BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-254G01
Chromosome19 (Build37)
Map Location 10,026,637 - 10,201,549
singlet/doubletdoublet
Overlap geneFth1, Best1, Rab3il1, Fads3, Fads2
Upstream geneMta2, Tut1, Eef1g, Ahnak, Scgb1a1, Asrgl1, EG621699, LOC100040104, LOC623810, Pcna-ps2, LOC100040130, LOC100040137, LOC100040143, LOC100040152, Stxbp3b, LOC623688, LOC100040178, LOC100040192, 6720475J19Rik, LOC100040203, Incenp, LOC100040215
Downstream geneLOC100040227, Fads1, Fen1, 1810006K21Rik, Gm98, Dagla, Syt7, Gm705, 4930579J09Rik, 0610038F07Rik, 5730453I16Rik, 2810441K11Rik, Tmem138, Cybasc3, Dak, Ddb1, Vwce, Pga5, 2210404E10Rik, Vps37c, Cd5, Cd6, Slc15a3, Tmem132a, Tmem109, Prpf19, Zp1, Gpr44, Ccdc86, Ms4a10, E530011F12Rik, 5033428B15Rik, AW112010, Ms4a8a, Gm336, LOC624395
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-254G01.bB6Ng01-254G01.g
ACCGA060856GA060857
length1,1481,181
definitionB6Ng01-254G01.b B6Ng01-254G01.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(10,026,637 - 10,027,782)(10,200,404 - 10,201,549)
sequence
gaattctctgcagctaggctacatataggatgcaaaacaagattgggccc
attaactttccatcatgaatgatagaggggctcctaaagccaaacacctc
aaggatgtatagacagccaagggtacaagccaacaccctgcccctccctg
agaatatataacagttactggtgatgcaagacattttatttaacgattta
gccacttataagttgcccatgcccctgtaaagtaacccctcactcataat
cctgcaattaacctttactaaactcactgactcacaaagctgggcttgag
tagtgtcttaagctattattgctgcaaagaaactccatgaccaaaagaaa
cttagggaggacagacttttatttgactcccacgtcatcaggaaggaagt
cagagtctgaactcaaggcaggaacctgaaagcaggaactgaaacaaaga
cagtagagaaacactgctattggctagctcccaacggtttgctcagcctg
atttttttatagaaccaaggaccacctgtccagggatgataccacccaca
gtgggccgggttctctcacatcaatcataaatcaagagaatgccccacaa
gcttgccttcaggacagtgggatagagccattttctcaactgaggttccc
tctatccggatgattcaagctgtgccaaggggacaaaaattaaccaggac
tggtggaatagcttctttggtctttgttggagcccgttttgggatgaata
gacatttgttttccccagacagcgtttactctgtaacttcctgctaccct
ttgagaggtggtccaggactctaatgtgtaatctggtgggttgcatcatc
agtttcctgttttctatctctgggaatcaggactcaacaaaacacttctc
actagcagtccctggaggttgccatcagcggagacagaagtcacctgggg
tgaggatagtgtgaacagtggaagtgtcacagttctgtccttagactagg
ggcctggtctgaacaggaggggagatgagcgtcagagtcacatgttcttg
ctgttcttgcatggcccagaggtgtgtgggttcccagctgcatgtgaagt
tctgttatgcccctcaatgacagtctatggcctcttaaccacaagctg
gaattcacaccctcgtggttgcagtcaggctcattcaactcaggccaggg
gctgtgcctgcagagaggggcactttggggctttttgagcatgaactatg
attagcaggaagctgggaccaaatccacaagaccttgtcacagcaagata
catgctgtggcaccaccacggccagcaaatcagaatccaagtacagaggg
cacagaaatccccaagtaatcaggccaggtttgtgcttacaggagggctg
aggcagagctaaggggttggagattcactacacattctgcagtctacttg
aaatggagcaagcctttttacaaccacacacattgttggaacgaggctgt
caacagttcaaaagcctgtttggcttacccaatcagtctagtgggcacca
agaacagcctcctgtcttgctacaagggcaacaggaggaagtggagagtc
agagcagctcagtctcgcagtgacatccaagtgctgggcaaatcattttt
ctagcactgtgcactcatgggtaaaacagggccaaccctgtctgcactta
tagaccacacagaaagccatgtaatcattcactgaaaaaagggactctct
ctctctctctctatatatatatatatacacacacacacacacacacacac
acacacacacacacacacacacatatgcctcactgattgcttgtagccag
aagcaaggaatgattaatgaagtagatttagatgctggggctgcccagct
aggacatttcctttcttgggacccactggcactgagtcaggaaacagatg
taatagtgtaagcccaggatggctcaagggtgtgaagaatgctcctaggt
gtggctgggagtacgacagcatacctttcttccagggtgagttgtctgac
ctccagcattaccactaaagtgtgatgaggaagaaaggatgctcagaagt
aagggggtgttacccaggaaatctcagcatcaaaccaggccaggcagcag
ttagcagcatccagcagcatgccgaagggggccctttccctctcgccctg
gggcttcacaaccttgaaacttctctccatcggtcctctctgtagtaatt
actgggagaaccggactctactgcaaaagatccatggttaagccccttgg
gatggggttggaatacctcgtaaactgggga
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr19_10026637_10027782
seq2: B6Ng01-254G01.b_43_1190

seq1  GAATTCTCTGCAGCTAGGCTACATATAGGATGCAAAACAAGATTGGGCCC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTCTGCAGCTAGGCTACATATAGGATGCAAAACAAGATTGGGCCC  50

seq1  ATTAACTTTCCATCATGAATGATAGAGGGGCTCCTAAAGCCAAACACCTC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTAACTTTCCATCATGAATGATAGAGGGGCTCCTAAAGCCAAACACCTC  100

seq1  AAGGATGTATAGACAGCCAAGGGTACAAGCCAACACCCTGCCCCTCCCTG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGATGTATAGACAGCCAAGGGTACAAGCCAACACCCTGCCCCTCCCTG  150

seq1  AGAATATATAACAGTTACTGGTGATGCAAGACATTTTATTTAACGATTTA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAATATATAACAGTTACTGGTGATGCAAGACATTTTATTTAACGATTTA  200

seq1  GCCACTTATAAGTTGCCCATGCCCCTGTAAAGTAACCCCTCACTCATAAT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCACTTATAAGTTGCCCATGCCCCTGTAAAGTAACCCCTCACTCATAAT  250

seq1  CCTGCAATTAACCTTTACTAAACTCACTGACTCACAAAGCTGGGCTTGAG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGCAATTAACCTTTACTAAACTCACTGACTCACAAAGCTGGGCTTGAG  300

seq1  TAGTGTCTTAAGCTATTATTGCTGCAAAGAAACTCCATGACCAAAAGAAA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGTGTCTTAAGCTATTATTGCTGCAAAGAAACTCCATGACCAAAAGAAA  350

seq1  CTTAGGGAGGACAGACTTTTATTTGACTCCCACGTCATCAGGAAGGAAGT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTAGGGAGGACAGACTTTTATTTGACTCCCACGTCATCAGGAAGGAAGT  400

seq1  CAGAGTCTGAACTCAAGGCAGGAACCTGAAAGCAGGAACTGAAACAAAGA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAGTCTGAACTCAAGGCAGGAACCTGAAAGCAGGAACTGAAACAAAGA  450

seq1  CAGTAGAGAAACACTGCTATTGGCTAGCTCCCAACGGTTTGCTCAGCCTG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTAGAGAAACACTGCTATTGGCTAGCTCCCAACGGTTTGCTCAGCCTG  500

seq1  ATTTTTTTATAGAACCAAGGACCACCTGTCCAGGGATGATACCACCCACA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTTTTTATAGAACCAAGGACCACCTGTCCAGGGATGATACCACCCACA  550

seq1  GTGGGCCGGGTTCTCTCACATCAATCATAAATCAAGAGAATGCCCCACAA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGGCCGGGTTCTCTCACATCAATCATAAATCAAGAGAATGCCCCACAA  600

seq1  GCTTGCCTTCAGGACAGTGGGATAGAGCCATTTTCTCAACTGAGGTTCCC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTGCCTTCAGGACAGTGGGATAGAGCCATTTTCTCAACTGAGGTTCCC  650

seq1  TCTATCCGGATGATTCAAGCTGTGCCAAGGGGACAAAAATTAACCAGGAC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTATCCGGATGATTCAAGCTGTGCCAAGGGGACAAAAATTAACCAGGAC  700

seq1  TGGTGGAATAGCTTCTTTGGTCTTTGTTGGAGCCCGTTTTGGGATGAATA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTGGAATAGCTTCTTTGGTCTTTGTTGGAGCCCGTTTTGGGATGAATA  750

seq1  GACATTTGTTTTCCCCAGACAGCGTTTACTCTGTAACTTCCTGCTACCCT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACATTTGTTTTCCCCAGACAGCGTTTACTCTGTAACTTCCTGCTACCCT  800

seq1  TTGAGAGGTGGTCCAGGACTCTAATGTGTAATCTGGTGGGTTGCATCATC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGAGAGGTGGTCCAGGACTCTAATGTGTAATCTGGTGGGTTGCATCATC  850

seq1  AGTTTCCTGTTTTCTATCTCTGGGAATCAGGACTCAACAAAACACTTCTC  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTTCCTGTTTTCTATCTCTGGGAATCAGGACTCAACAAAACACTTCTC  900

seq1  ACTAGCAGTCCCTGGAGGTTGCCATCAGCGGAGACAGAAGTCACCT-GGG  949
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
seq2  ACTAGCAGTCCCTGGAGGTTGCCATCAGCGGAGACAGAAGTCACCTGGGG  950

seq1  TGAGGATAGTGTGAACAGGTGGAAGGTGTCACAGTTCTGTCCTTAGACTA  999
      ||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGGATAGTGTGAACA-GTGGAA-GTGTCACAGTTCTGTCCTTAGACTA  998

seq1  GGGGCCTGGTCTGAACAGGAGGGGAGATGAAGCGTCAAGAGTCAACATG-  1048
      ||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||| ||||| 
seq2  GGGGCCTGGTCTGAACAGGAGGGGAGATG-AGCGTC-AGAGTC-ACATGT  1045

seq1  TCTTGCTGT--CTGCATGGCCCAGAG--GTGTGGGGTCCCAGCTGCATGT  1094
      |||||||||   ||||||||||||||  ||||||| ||||||||||||||
seq2  TCTTGCTGTTCTTGCATGGCCCAGAGGTGTGTGGGTTCCCAGCTGCATGT  1095

seq1  GAAG-TCTGTTATGCCCCTC-ATGACAGTCTATGGCCTCTTAAACCACAA  1142
      |||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||
seq2  GAAGTTCTGTTATGCCCCTCAATGACAGTCTATGGCCTCTT-AACCACAA  1144

seq1  GCTG  1146
      ||||
seq2  GCTG  1148

seq1: chr19_10200404_10201549
seq2: B6Ng01-254G01.g_70_1250 (reverse)

seq1  TCCCCAGTTCA-GGGATA-TCCAACCCCATTCCCAAGGGCTTA--CAT-G  45
      ||||||||| | | | || ||||||||||| || | |||||||  ||| |
seq2  TCCCCAGTTTACGAGGTATTCCAACCCCATCCCAAGGGGCTTAACCATGG  50

seq1  ATCTTCTGCAGTAGAGTCAG--TCT-CCAGTAA-TACTACAGAGAG--AC  89
      ||||| |||||||||||| |  ||| ||||||| ||||||||||||   |
seq2  ATCTTTTGCAGTAGAGTCCGGTTCTCCCAGTAATTACTACAGAGAGGACC  100

seq1  GATGGAAAGAAG--TCAAAGTTGGTGAG-CCCAGGGCAGGAGGGAA--GG  134
      |||||| |||||  |||| ||||   || ||||||||  |||||||  ||
seq2  GATGGAGAGAAGTTTCAAGGTTGTGAAGCCCCAGGGCGAGAGGGAAAGGG  150

seq1  CCCC--TCGGC-TGCTGCT-GCTGCTGCT-ACTGCTG-CTGGC--TGTTT  176
      ||||  ||||| ||||||| | ||||||| ||||||| |||||   ||||
seq2  CCCCCTTCGGCATGCTGCTGGATGCTGCTAACTGCTGCCTGGCCTGGTTT  200

seq1  GATGCTGAGA-TTCCTGGGT-ACA-CCCCTTACTTCTGAGCAT-CTTTC-  221
      |||||||||| ||||||||| ||| |||||||||||||||||| ||||| 
seq2  GATGCTGAGATTTCCTGGGTAACACCCCCTTACTTCTGAGCATCCTTTCT  250

seq1  TCCTCATCACAC-TTAGTGGTAATGCTGGA-GTCAGAC-ACTCA-CCTTG  267
      |||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||| ||||| ||| |
seq2  TCCTCATCACACTTTAGTGGTAATGCTGGAGGTCAGACAACTCACCCTGG  300

seq1  AAG-AAGGTATGCTGTCGTACTCCCAG-CACACCTAGGAGCATTCCTCAC  315
      ||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||
seq2  AAGAAAGGTATGCTGTCGTACTCCCAGCCACACCTAGGAGCATTCTTCAC  350

seq1  ACCCTTGAGCCATCCTGGGCTTACACTATTACATCTGTTTCCTGACTCAG  365
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCCTTGAGCCATCCTGGGCTTACACTATTACATCTGTTTCCTGACTCAG  400

seq1  TGCCAGTGGGTCCCAAGAAAGGAAATGTCCTAGCTGGGCAGCCCCAGCAT  415
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCCAGTGGGTCCCAAGAAAGGAAATGTCCTAGCTGGGCAGCCCCAGCAT  450

seq1  CTAAATCTACTTCATTAATCATTCCTTGCTTCTGGCTACAAGCAATCAGT  465
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAAATCTACTTCATTAATCATTCCTTGCTTCTGGCTACAAGCAATCAGT  500

seq1  GAGGCATATGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTG  515
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGCATATGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTG  550

seq1  TGTGTATATATATATATATAGAGAGAGAGAGAGAGAGTCCCTTTTTTCAG  565
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGTATATATATATATATAGAGAGAGAGAGAGAGAGTCCCTTTTTTCAG  600

seq1  TGAATGATTACATGGCTTTCTGTGTGGTCTATAAGTGCAGACAGGGTTGG  615
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAATGATTACATGGCTTTCTGTGTGGTCTATAAGTGCAGACAGGGTTGG  650

seq1  CCCTGTTTTACCCATGAGTGCACAGTGCTAGAAAAATGATTTGCCCAGCA  665
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTGTTTTACCCATGAGTGCACAGTGCTAGAAAAATGATTTGCCCAGCA  700

seq1  CTTGGATGTCACTGCGAGACTGAGCTGCTCTGACTCTCCACTTCCTCCTG  715
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGGATGTCACTGCGAGACTGAGCTGCTCTGACTCTCCACTTCCTCCTG  750

seq1  TTGCCCTTGTAGCAAGACAGGAGGCTGTTCTTGGTGCCCACTAGACTGAT  765
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGCCCTTGTAGCAAGACAGGAGGCTGTTCTTGGTGCCCACTAGACTGAT  800

seq1  TGGGTAAGCCAAACAGGCTTTTGAACTGTTGACAGCCTCGTTCCAACAAT  815
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGTAAGCCAAACAGGCTTTTGAACTGTTGACAGCCTCGTTCCAACAAT  850

seq1  GTGTGTGGTTGTAAAAAGGCTTGCTCCATTTCAAGTAGACTGCAGAATGT  865
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTGTGGTTGTAAAAAGGCTTGCTCCATTTCAAGTAGACTGCAGAATGT  900

seq1  GTAGTGAATCTCCAACCCCTTAGCTCTGCCTCAGCCCTCCTGTAAGCACA  915
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAGTGAATCTCCAACCCCTTAGCTCTGCCTCAGCCCTCCTGTAAGCACA  950

seq1  AACCTGGCCTGATTACTTGGGGATTTCTGTGCCCTCTGTACTTGGATTCT  965
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACCTGGCCTGATTACTTGGGGATTTCTGTGCCCTCTGTACTTGGATTCT  1000

seq1  GATTTGCTGGCCGTGGTGGTGCCACAGCATGTATCTTGCTGTGACAAGGT  1015
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATTTGCTGGCCGTGGTGGTGCCACAGCATGTATCTTGCTGTGACAAGGT  1050

seq1  CTTGTGGATTTGGTCCCAGCTTCCTGCTAATCATAGTTCATGCTCAAAAA  1065
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGTGGATTTGGTCCCAGCTTCCTGCTAATCATAGTTCATGCTCAAAAA  1100

seq1  GCCCCAAAGTGCCCCTCTCTGCAGGCACAGCCCCTGGCCTGAGTTGAATG  1115
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCCCAAAGTGCCCCTCTCTGCAGGCACAGCCCCTGGCCTGAGTTGAATG  1150

seq1  AGCCTGACTGCAACCACGAGGGTGTGAATTC  1146
      |||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCTGACTGCAACCACGAGGGTGTGAATTC  1181