BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-256H21
Chromosome19 (Build37)
Map Location 37,935,790 - 38,072,882
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC209281, Fer1l3
Upstream geneTnks2, Fgfbp3, Btaf1, Cpeb3, March5, LOC668230, Ide, LOC100043010, Kif11, EG667490, LOC631069, Hhex, Exoc6, Cyp26c1, Cyp26a1, LOC668248, LOC668251
Downstream geneCep55, Gpr120, Rbp4, Pde6c, 5730455O13Rik, Lgi1, Tmem20, LOC100042483, Plce1, EG667587, Noc3l, Tbc1d12, Hells, LOC209753
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-256H21.bB6Ng01-256H21.g
ACCGA062439GA062440
length1,1521,073
definitionB6Ng01-256H21.b B6Ng01-256H21.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(37,935,790 - 37,936,936)(38,071,803 - 38,072,882)
sequence
gaattcatacctgttgtggttcagtggttgaatacttgcctggcatggac
aaagtcctaagcttgccttccagaacagcaaacaacagcacctgctcact
tgtcaatagccactccattctcagtagtcaacacaggaaaacatggctgg
taggatggttgagtgggtaaaggtactgatcactaagcctgacaaactga
atcacatcccaaaattcatgtggtagaaggagaagcctacatccatgggt
ttgttctttgaccttcactcgtatgacatgggtgtatgtatacacactca
cacacacacacataccaacacacataccacacacacaaataataaagaaa
atgtaacaagcattgtggaaataacataagtatttagagaggagtaaaaa
gcaaaaatgtaataaacccagagtgtgaaataatattccttcataaaaag
gaataacatactgacactttatacaacacaagctaactttgaaaatacgc
taagtgaacaatccagtcatgaatgatatgcaatagatacataattctaa
atattgtttgccatgcataggcaaatccatagagacccaaaagcagatta
gtgttgccaggttctgagatgaaaagaatagtgaatgactgcccagaatt
tcttgtggaggtgacaagaatgttctagaatgagacagtagtggcctgat
catggctcagcttctaaacataaaacaaacaaaaaaaatagctctcacct
taagaagagtaagaattaaggtttttttctggggccactttgaatgacca
tggctcaggaacacagattcgggtgaccccaaattccatgttccaatatg
gaagcagttttatgaagtcttatagttttatagaacaaagaaactgatac
gttgagacaaaattaaatgcattggtagctacatcagagacacagttaca
gcaagatagggggaagcttttctgtagacttcagatgttatcggatgaca
tgctacagcttgtgtatgtggtctgagaacaacttgtggggagctggttc
tctttttcccacacctgggaatcaaacttagctcactggggctagaggca
gctgacctaaccctggcggaatcatctactggtccttatttttcatttgg
aa
gaattctaatggcctgtggatgtgtgctccctcataagctgctgcgccct
ttcttgttttctctgcagattaattggcacagcaactgtctccctgaagg
acctgattggggaccagaacaggtctttgccctacaaacagacctccctg
ctaaatgaaaagggacaagacactggggtgagtgctcttctgtggaaaga
cagaacaagatagtgaaggaaaatactggaagtttggtttcgtgataaat
gcatccccttgtcaatgatatgggcctcatcctcaatttccaatcacaga
actggcaaatttgagatttggttttatttgacagaattccatatggaaag
catatggttatagctcaatgatatccacatgggtgttgacatttagcttt
ggatatctagcctttaagttgggtgtctaacataccagacaaaggtgtgt
attaccttctgtgttgcgatggtaatatcattgtcgttatcaccacattg
attgctgaatatcttctgattccagtccctctctataagtatatattgtc
tgacatagaatcagaattcaaaggtcccggcagttgggaggttgagatag
gatgatttctgagagtttcagcttcatccattagtgcattccagggtagc
caggaatatacaatgataccctgtgttcaaaaaaaaaaatccaaactatg
agttaaaaattgactcgagtatctccggtttatatgctgcgtgcctacta
agaagtcttcaaatgctgtcgtgctcagtccatgacctctaaccccttca
tcttcgagccaattcatcttacttgtaaatctgggcatcagtgtaagtgt
gaacacaggggaggctcagaatccaaaggagaggatgccagtgaggctgt
gctggtctcagagactgtatcatccagccacaagcccaggttctgattat
aacatgtgcattcaaaatgatctctgccatctgactaccccaacccacag
aacagaaatggtgccatgacagcagatgtcacgattttttgttttttgtt
tttgtttggatggctggcttttt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr19_37935790_37936936
seq2: B6Ng01-256H21.b_47_1198

seq1  GAATTCATACCTGTTGTGGTTCAGTGGTTGAATACTTGCCTGGCATGGAC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCATACCTGTTGTGGTTCAGTGGTTGAATACTTGCCTGGCATGGAC  50

seq1  AAAGTCCTAAGCTTGCCTTCCAGAACAGCAAACAACAGCACCTGCTCACT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGTCCTAAGCTTGCCTTCCAGAACAGCAAACAACAGCACCTGCTCACT  100

seq1  TGTCAATAGCCACTCCATTCTCAGTAGTCAACACAGGAAAACATGGCTGG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCAATAGCCACTCCATTCTCAGTAGTCAACACAGGAAAACATGGCTGG  150

seq1  TAGGATGGTTGAGTGGGTAAAGGTACTGATCACTAAGCCTGACAAACTGA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGGATGGTTGAGTGGGTAAAGGTACTGATCACTAAGCCTGACAAACTGA  200

seq1  ATCACATCCCAAAATTCATGTGGTAGAAGGAGAAGCCTACATCCATGGGT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCACATCCCAAAATTCATGTGGTAGAAGGAGAAGCCTACATCCATGGGT  250

seq1  TTGTTCTTTGACCTTCACTCGTATGACATGGGTGTATGTATACACACTCA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTTCTTTGACCTTCACTCGTATGACATGGGTGTATGTATACACACTCA  300

seq1  CACACACACACATACCAACACACATACCACACACACAAATAATAAAGAAA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACACACACACATACCAACACACATACCACACACACAAATAATAAAGAAA  350

seq1  ATGTAACAAGCATTGTGGAAATAACATAAGTATTTAGAGAGGAGTAAAAA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTAACAAGCATTGTGGAAATAACATAAGTATTTAGAGAGGAGTAAAAA  400

seq1  GCAAAAATGTAATAAACCCAGAGTGTGAAATAATATTCCTTCATAAAAAG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAAAAATGTAATAAACCCAGAGTGTGAAATAATATTCCTTCATAAAAAG  450

seq1  GAATAACATACTGACACTTTATACAACACAAGCTAACTTTGAAAATACGC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATAACATACTGACACTTTATACAACACAAGCTAACTTTGAAAATACGC  500

seq1  TAAGTGAACAATCCAGTCATGAATGATATGCAATAGATACATAATTCTAA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGTGAACAATCCAGTCATGAATGATATGCAATAGATACATAATTCTAA  550

seq1  ATATTGTTTGCCATGCATAGGCAAATCCATAGAGACCCAAAAGCAGATTA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATTGTTTGCCATGCATAGGCAAATCCATAGAGACCCAAAAGCAGATTA  600

seq1  GTGTTGCCAGGTTCTGAGATGAAAAGAATAGTGAATGACTGCCCAGAATT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTTGCCAGGTTCTGAGATGAAAAGAATAGTGAATGACTGCCCAGAATT  650

seq1  TCTTGTGGAGGTGACAAGAATGTTCTAGAATGAGACAGTAGTGGCCTGAT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTGTGGAGGTGACAAGAATGTTCTAGAATGAGACAGTAGTGGCCTGAT  700

seq1  CATGGCTCAGCTTCTAAACATAAAACAAAC-AAAAAAATAGCTCTCACCT  749
      |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
seq2  CATGGCTCAGCTTCTAAACATAAAACAAACAAAAAAAATAGCTCTCACCT  750

seq1  TAAGAAGAGTAAGAATTAAGGTTTTTTTCTGGGGCCACTTTGAATGACCA  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGAAGAGTAAGAATTAAGGTTTTTTTCTGGGGCCACTTTGAATGACCA  800

seq1  TGGCTCAGGAACACAGATTCGGGTGACCCCAAATTCCATGTTCCAATATG  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGCTCAGGAACACAGATTCGGGTGACCCCAAATTCCATGTTCCAATATG  850

seq1  GAAGCAGTTTTATGAAGTCTTATAGTTTTATAGAACAAAGAAACTGATAC  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGCAGTTTTATGAAGTCTTATAGTTTTATAGAACAAAGAAACTGATAC  900

seq1  GTTGAGACAAAATTAAAATGCATTGGTAGCTACATCAGAGACACAGTTAC  949
      |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTGAGACAAAATT-AAATGCATTGGTAGCTACATCAGAGACACAGTTAC  949

seq1  AGCAAGATA-GGGGAAGCTTTTCTGTAGACTTCAGATGTTATCGGATGAC  998
      ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCAAGATAGGGGGAAGCTTTTCTGTAGACTTCAGATGTTATCGGATGAC  999

seq1  ATGCTACAGCTTGTGTATGGTGGTCTGAGAACAACTTGT-GGGAGCTGGT  1047
      |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||
seq2  ATGCTACAGCTTGTGTAT-GTGGTCTGAGAACAACTTGTGGGGAGCTGGT  1048

seq1  TCTCTTTTTCCACCACCTGGGAATCAAACTTAGTTCACTGGGCTTAGAGG  1097
      |||||||||||  |||||||||||||||||||| ||||||||  ||||||
seq2  TCTCTTTTTCCCACACCTGGGAATCAAACTTAGCTCACTGGGGCTAGAGG  1098

seq1  CAGTTGA-CTA--CCT-GCCGAACCATCTTACTGG-CCTTATTTTTCTTT  1142
      ||| ||| |||  ||| || ||| |||| |||||| ||||||||||| ||
seq2  CAGCTGACCTAACCCTGGCGGAATCATC-TACTGGTCCTTATTTTTCATT  1147

seq1  TGGAA  1147
      |||||
seq2  TGGAA  1152

seq1: chr19_38071803_38072882
seq2: B6Ng01-256H21.g_67_1139 (reverse)

seq1  AAAAACCCCAGCAATCCAAAACAAAAACAAAAAACAAAAAATCCGTGACA  50
       ||||  ||||| |||| |||||||||||||||||||||||| |||||||
seq2  -AAAAAGCCAGCCATCC-AAACAAAAACAAAAAACAAAAAAT-CGTGACA  47

seq1  TCCTGCCTTGTCATGGCACCATTTCTGTTCTGTGGGTTTGGGGTAGTCAG  100
      | ||||  |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
seq2  T-CTGC--TGTCATGGCACCATTTCTGTTCTGTGGG-TTGGGGTAGTCAG  93

seq1  ATGGCAGAGATCATTTTGAATGCACATGTTATAATCAGAACCCTGGCTTG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||
seq2  ATGGCAGAGATCATTTTGAATGCACATGTTATAATCAGAACCTGGGCTTG  143

seq1  TGGCTGGATGATACAGTCTCTGAGACCAGCACAGCCTCACTGGCATCCTC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGCTGGATGATACAGTCTCTGAGACCAGCACAGCCTCACTGGCATCCTC  193

seq1  TCCTTTGGATTCTGAGCCTCCCCTGTGTTCACACTTACACTGATGCCCAG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTTTGGATTCTGAGCCTCCCCTGTGTTCACACTTACACTGATGCCCAG  243

seq1  ATTTACAAGTAAGATGAATTGGCTCGAAGATGAAGGGGTTAGAGGTCATG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTACAAGTAAGATGAATTGGCTCGAAGATGAAGGGGTTAGAGGTCATG  293

seq1  GACTGAGCACGACAGCATTTGAAGACTTCTTAGTAGGCACGCAGCATATA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACTGAGCACGACAGCATTTGAAGACTTCTTAGTAGGCACGCAGCATATA  343

seq1  AACCGGAGATACTCGAGTCAATTTTTAACTCATAGTTTGGATTTTTTTTT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACCGGAGATACTCGAGTCAATTTTTAACTCATAGTTTGGATTTTTTTTT  393

seq1  TTGAACACAGGGTATCATTGTATATTCCTGGCTACCCTGGAATGCACTAA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGAACACAGGGTATCATTGTATATTCCTGGCTACCCTGGAATGCACTAA  443

seq1  TGGATGAAGCTGAAACTCTCAGAAATCATCCTATCTCAACCTCCCAACTG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGATGAAGCTGAAACTCTCAGAAATCATCCTATCTCAACCTCCCAACTG  493

seq1  CCGGGACCTTTGAATTCTGATTCTATGTCAGACAATATATACTTATAGAG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCGGGACCTTTGAATTCTGATTCTATGTCAGACAATATATACTTATAGAG  543

seq1  AGGGACTGGAATCAGAAGATATTCAGCAATCAATGTGGTGATAACGACAA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGACTGGAATCAGAAGATATTCAGCAATCAATGTGGTGATAACGACAA  593

seq1  TGATATTACCATCGCAACACAGAAGGTAATACACACCTTTGTCTGGTATG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATATTACCATCGCAACACAGAAGGTAATACACACCTTTGTCTGGTATG  643

seq1  TTAGACACCCAACTTAAAGGCTAGATATCCAAAGCTAAATGTCAACACCC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAGACACCCAACTTAAAGGCTAGATATCCAAAGCTAAATGTCAACACCC  693

seq1  ATGTGGATATCATTGAGCTATAACCATATGCTTTCCATATGGAATTCTGT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTGGATATCATTGAGCTATAACCATATGCTTTCCATATGGAATTCTGT  743

seq1  CAAATAAAACCAAATCTCAAATTTGCCAGTTCTGTGATTGGAAATTGAGG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAATAAAACCAAATCTCAAATTTGCCAGTTCTGTGATTGGAAATTGAGG  793

seq1  ATGAGGCCCATATCATTGACAAGGGGATGCATTTATCACGAAACCAAACT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGAGGCCCATATCATTGACAAGGGGATGCATTTATCACGAAACCAAACT  843

seq1  TCCAGTATTTTCCTTCACTATCTTGTTCTGTCTTTCCACAGAAGAGCACT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCAGTATTTTCCTTCACTATCTTGTTCTGTCTTTCCACAGAAGAGCACT  893

seq1  CACCCCAGTGTCTTGTCCCTTTTCATTTAGCAGGGAGGTCTGTTTGTAGG  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACCCCAGTGTCTTGTCCCTTTTCATTTAGCAGGGAGGTCTGTTTGTAGG  943

seq1  GCAAAGACCTGTTCTGGTCCCCAATCAGGTCCTTCAGGGAGACAGTTGCT  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAAAGACCTGTTCTGGTCCCCAATCAGGTCCTTCAGGGAGACAGTTGCT  993

seq1  GTGCCAATTAATCTGCAGAGAAAACAAGAAAGGGCGCAGCAGCTTATGAG  1050
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGCCAATTAATCTGCAGAGAAAACAAGAAAGGGCGCAGCAGCTTATGAG  1043

seq1  GGAGCACACATCCACAGGCCATTAGAATTC  1080
      ||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGCACACATCCACAGGCCATTAGAATTC  1073