BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-259N01
Chromosome19 (Build37)
Map Location 41,174,198 - 41,324,749
singlet/doubletdoublet
Overlap geneTll2, Tm9sf3
Upstream geneCyp2c50, Cyp2c70, LOC545289, LOC676923, Pdlim1, LOC435599, Sorbs1, A930028N01Rik, Aldh18a1, LOC100043135, 4930521E07Rik, EG667723, Entpd1, EG667720, EG668310, EG668311, Ccnj, LOC664819, E030044B06Rik, E130314M14Rik, Zfp518, Blnk, LOC100043155, Dntt, Tmem10
Downstream genePik3ap1, LOC100043167, EG627352, Lcor, AI606181, Slit1, Arhgap19, Frat1, Frat2, Rrp12, LOC100042609, Pgam1, Exosc1, Zdhhc16, Mms19l, Ubtd1, Ankrd2, 0610010D20Rik, 4933411K16Rik, BC023055, Pi4k2a, Avpi1, Marveld1, EG628994, LOC100042633, Zfyve27, Sfrp5
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-259N01.bB6Ng01-259N01.g
ACCGA064900GA064901
length943925
definitionB6Ng01-259N01.b B6Ng01-259N01.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(41,323,799 - 41,324,749)(41,174,198 - 41,175,123)
sequence
gaattcatgttacctatgttaatcttttaaacttaacccttatgtagtgc
ttaccatatgctagtgatttgagcatttttaactaaaattatatgtaatt
atttttatacatttttttccttataaccttttgtgagcttattcttatat
tgttgctcttcaaatgtggctcagtagtactctgcagttgggatgtgcac
tttccccacacgagtcccacggtggtctgctctctccctttctcttcctt
cctttttagaaataacaaagcttttagcagatcttacgcaaggtattata
atgtagctacaaatcttttacaagcttaagctctttgaatagaattacta
aacatatgtatatatttatatttataggctataataaacattttaaggca
gtttctgttcccgtcctccctcccttacattttttagtattaggattgag
ctgaggaagggacctcatggatgttaaatgcttccccactgagctgcatt
tccaggccttccccccacccccatgtttttgtttttgttttccacttttt
attttgagacccagtcttgctgagttacacagcctagctttgggttcctc
tgtagctctggctgactgagcttgtaagccttctgcattagctttcaggt
agctagggttccagggttgttcccctaggctacgttgacagtcaggttgc
ttagttagtctgtacctttgtggtctttaaatcaactgtgcatagaccac
tatttccagtctgtgtttttaaaatctatttggcagttattgagtatata
attaccttccagactgcactaggccgtgaatgtagagagtttaaccagac
ctctggcttcaggggtccatccttgggcactctgaaactgtacacttaat
tttgtgtgattatacattttcaggtggggatggggggtggggg
gaattcaaagtgactaggagttgggaataacctgaaaagacagccaaccc
taccaccatggacaggatctctttaagggtggcttctcagacccttgcct
actttttctcagaggtttccttgggttgtctcgctcctcaaactctcagc
tcattggtcctccatgaatgtaatgccctctctactattttttccctctc
tgcttccctcttccaactcaaacgaaccaacttctagccttcctccttgt
ctgttcagcacacactccttatcagcttgatcgcccttctccagtgagag
gatagcttgtccataccccagtgtttcactcagtggagagcacacagagt
aaccatgagtgtcaggtgttcttgggctcaacaatgactgaaatgagttg
gtcagtgggtgccaaaagatgctctaggcagggaggtgaaattgtctgtg
gccattaataaatgtagtagtaaccatgttgaaacagtgttcaaagcaac
tatttactcattgtactgaaatatgcaaagcactttcttaggcatctaga
catttttcagaaattttggagtaagggaaatatataggataatatggagc
agtagaaagagatcaggattctgggcaagttgggtcaggttgggccaacc
aatacaatccaatcatatagacttggatgatggttatttggcttctctga
gccttcctctacttttaaaaacaacaagagcggtgttggcttttgtggcg
attgaaaattatgcgcatgaaggactggtatattgtcgatgtgcagggct
gcatttcagacaactctggtgcagtttctgcacctccaggagttggaaag
acaatgatgggaagggtagaaggagagacagcctgggcaaagggcagagg
aggtgaggaggtgaggagaggggca
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr19_41323799_41324749
seq2: B6Ng01-259N01.b_45_987 (reverse)

seq1  CCCCCACCCCACCCCACCCCATCCCCACCTGAAAATGTATAATCACACAA  50
      ||||||||        ||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCCCACC--------CCCCATCCCCACCTGAAAATGTATAATCACACAA  42

seq1  AATTAAGTGTACAGTTTCAGAGTGCCCAAGGATGGACCCCTGAAGCCAGA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTAAGTGTACAGTTTCAGAGTGCCCAAGGATGGACCCCTGAAGCCAGA  92

seq1  GGTCTGGTTAAACTCTCTACATTCACGGCCTAGTGCAGTCTGGAAGGTAA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTCTGGTTAAACTCTCTACATTCACGGCCTAGTGCAGTCTGGAAGGTAA  142

seq1  TTATATACTCAATAACTGCCAAATAGATTTTAAAAACACAGACTGGAAAT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATATACTCAATAACTGCCAAATAGATTTTAAAAACACAGACTGGAAAT  192

seq1  AGTGGTCTATGCACAGTTGATTTAAAGACCACAAAGGTACAGACTAACTA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGGTCTATGCACAGTTGATTTAAAGACCACAAAGGTACAGACTAACTA  242

seq1  AGCAACCTGACTGTCAACGTAGCCTAGGGGAACAACCCTGGAACCCTAGC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCAACCTGACTGTCAACGTAGCCTAGGGGAACAACCCTGGAACCCTAGC  292

seq1  TACCTGAAAGCTAATGCAGAAGGCTTACAAGCTCAGTCAGCCAGAGCTAC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACCTGAAAGCTAATGCAGAAGGCTTACAAGCTCAGTCAGCCAGAGCTAC  342

seq1  AGAGGAACCCAAAGCTAGGCTGTGTAACTCAGCAAGACTGGGTCTCAAAA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGGAACCCAAAGCTAGGCTGTGTAACTCAGCAAGACTGGGTCTCAAAA  392

seq1  TAAAAAGTGGAAAACAAAAACAAAAACATGGGGGTGGGGGGAAGGCCTGG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAAAGTGGAAAACAAAAACAAAAACATGGGGGTGGGGGGAAGGCCTGG  442

seq1  AAATGCAGCTCAGTGGGGAAGCATTTAACATCCATGAGGTCCCTTCCTCA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATGCAGCTCAGTGGGGAAGCATTTAACATCCATGAGGTCCCTTCCTCA  492

seq1  GCTCAATCCTAATACTAAAAAATGTAAGGGAGGGAGGACGGGAACAGAAA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTCAATCCTAATACTAAAAAATGTAAGGGAGGGAGGACGGGAACAGAAA  542

seq1  CTGCCTTAAAATGTTTATTATAGCCTATAAATATAAATATATACATATGT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCCTTAAAATGTTTATTATAGCCTATAAATATAAATATATACATATGT  592

seq1  TTAGTAATTCTATTCAAAGAGCTTAAGCTTGTAAAAGATTTGTAGCTACA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAGTAATTCTATTCAAAGAGCTTAAGCTTGTAAAAGATTTGTAGCTACA  642

seq1  TTATAATACCTTGCGTAAGATCTGCTAAAAGCTTTGTTATTTCTAAAAAG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATAATACCTTGCGTAAGATCTGCTAAAAGCTTTGTTATTTCTAAAAAG  692

seq1  GAAGGAAGAGAAAGGGAGAGAGCAGACCACCGTGGGACTCGTGTGGGGAA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGGAAGAGAAAGGGAGAGAGCAGACCACCGTGGGACTCGTGTGGGGAA  742

seq1  AGTGCACATCCCAACTGCAGAGTACTACTGAGCCACATTTGAAGAGCAAC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGCACATCCCAACTGCAGAGTACTACTGAGCCACATTTGAAGAGCAAC  792

seq1  AATATAAGAATAAGCTCACAAAAGGTTATAAGGAAAAAAATGTATAAAAA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATATAAGAATAAGCTCACAAAAGGTTATAAGGAAAAAAATGTATAAAAA  842

seq1  TAATTACATATAATTTTAGTTAAAAATGCTCAAATCACTAGCATATGGTA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATTACATATAATTTTAGTTAAAAATGCTCAAATCACTAGCATATGGTA  892

seq1  AGCACTACATAAGGGTTAAGTTTAAAAGATTAACATAGGTAACATGAATT  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCACTACATAAGGGTTAAGTTTAAAAGATTAACATAGGTAACATGAATT  942

seq1  C  951
      |
seq2  C  943

seq1: chr19_41174198_41175123
seq2: B6Ng01-259N01.g_67_991

seq1  GAATTCAAAGTGACTAGGAGTTGGGAATAACCTGAAAAGACAGCCAACCC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAAAGTGACTAGGAGTTGGGAATAACCTGAAAAGACAGCCAACCC  50

seq1  TACCACCATGGACAGGATCTCTTTAAGGGTGGCTTCTCAGACCCTTGCCT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACCACCATGGACAGGATCTCTTTAAGGGTGGCTTCTCAGACCCTTGCCT  100

seq1  ACTTTTTCTCAGAGGTTTCCTTGGGTTGTCTCGCTCCTCAAACTCTCAGC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTTTTCTCAGAGGTTTCCTTGGGTTGTCTCGCTCCTCAAACTCTCAGC  150

seq1  TCATTGGTCCTCCATGAATGTAATGCCCTCTCTACTATTTTTTCCCTCTC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATTGGTCCTCCATGAATGTAATGCCCTCTCTACTATTTTTTCCCTCTC  200

seq1  TGCTTCCCTCTTCCAACTCAAACGAACCAACTTCTAGCCTTCCTCCTTGT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTTCCCTCTTCCAACTCAAACGAACCAACTTCTAGCCTTCCTCCTTGT  250

seq1  CTGTTCAGCACACACTCCTTATCAGCTTGATCGCCCTTCTCCAGTGAGAG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTTCAGCACACACTCCTTATCAGCTTGATCGCCCTTCTCCAGTGAGAG  300

seq1  GATAGCTTGTCCATACCCCAGTGTTTCACTCAGTGGAGAGCACACAGAGT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATAGCTTGTCCATACCCCAGTGTTTCACTCAGTGGAGAGCACACAGAGT  350

seq1  AACCATGAGTGTCAGGTGTTCTTGGGCTCAACAATGACTGAAATGAGTTG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACCATGAGTGTCAGGTGTTCTTGGGCTCAACAATGACTGAAATGAGTTG  400

seq1  GTCAGTGGGTGCCAAAAGATGCTCTAGGCAGGGAGGTGAAATTGTCTGTG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCAGTGGGTGCCAAAAGATGCTCTAGGCAGGGAGGTGAAATTGTCTGTG  450

seq1  GCCATTAATAAATGTAGTAGTAACCATGTTGAAACAGTGTTCAAAGCAAC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCATTAATAAATGTAGTAGTAACCATGTTGAAACAGTGTTCAAAGCAAC  500

seq1  TATTTACTCATTGTACTGAAATATGCAAAGCACTTTCTTAGGCATCTAGA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTTACTCATTGTACTGAAATATGCAAAGCACTTTCTTAGGCATCTAGA  550

seq1  CATTTTTCAGAAATTTTGGAGTAAGGGAAATATATAGGATAATATGGAGC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTTTTCAGAAATTTTGGAGTAAGGGAAATATATAGGATAATATGGAGC  600

seq1  AGTAGAAAGAGATCAGGATTCTGGGCAAGTTGGGTCAGGTTGGGCCAACC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTAGAAAGAGATCAGGATTCTGGGCAAGTTGGGTCAGGTTGGGCCAACC  650

seq1  AATACAATCCAATCATATAGACTTGGATGATGGTTATTTGGCTTCTCTGA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATACAATCCAATCATATAGACTTGGATGATGGTTATTTGGCTTCTCTGA  700

seq1  GCCTTCCTCTACTTTTAAAAACAACAAGAGCGGTGTTGGCTTTTGTGGCG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTTCCTCTACTTTTAAAAACAACAAGAGCGGTGTTGGCTTTTGTGGCG  750

seq1  ATTGAAAATTATGCGCATGAAGGACTGGTATATTGTCGATGTGCAGGGCT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTGAAAATTATGCGCATGAAGGACTGGTATATTGTCGATGTGCAGGGCT  800

seq1  GCATTTCAGACAACTCTGGTGCAGTTTCTGCACCTCCAGGAGTTGGAAAG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATTTCAGACAACTCTGGTGCAGTTTCTGCACCTCCAGGAGTTGGAAAG  850

seq1  ACAATGATGGGAAGGGTAGAAGGAGAGACAGCCTGGGCAAAAGGGCAGAG  900
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
seq2  ACAATGATGGGAAGGGTAGAAGGAGAGACAGCCTGGGC-AAAGGGCAGAG  899

seq1  GAGGTGAGGAGGTGAGGAGAGGGGCA  926
      ||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGTGAGGAGGTGAGGAGAGGGGCA  925