BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-262O11
Chromosome19 (Build37)
Map Location 44,720,162 - 44,854,024
singlet/doubletdoublet
Overlap genePax2
Upstream geneSlc25a28, Entpd7, Cox15, Cutc, Abcc2, Dnmbp, LOC668408, Cpn1, Cyp2c44, Erlin1, Chuk, Cwf19l1, Bloc1s2, Pkd2l1, Scd3, LOC629152, Scd2, Scd4, Scd1, Wnt8b, Sec31b, Ndufb8, Hif1an
Downstream geneLOC383450, LOC100042752, 6030443O07Rik, Sema4g, Mrpl43, Peo1, Lzts2, Pdzd7, EG435601, LOC100042760, Sfxn3, Kazald1, Tlx1, Lbx1, Btrc, EG627889, Poll, 5330431N19Rik, Fbxw4, Fgf8, Npm3, Mgea5, E330018D03Rik
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-262O11.bB6Ng01-262O11.g
ACCGA067202GA067203
length1,105806
definitionB6Ng01-262O11.b B6Ng01-262O11.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(44,720,162 - 44,721,269)(44,853,219 - 44,854,024)
sequence
gaattctatccatctattcaaaggagtgaataacttattcgtgctaaagc
ataagattgaagcataaggtcaaagctgagacttagctcagtggtagaga
gcacttgcttagcatacacaaagtcctgggtttgatcccagcactgcaag
ggggtgaggggagggaaagaaagaaaactgttacattaagtgagggaaaa
caaaaccaaacacacacacacacacacacacactgatttcttgtatatat
aatgatcttaacaagccaacacatagagacaggaaataggttagtgattt
cttagggctgaggagtgtgtactggagttaaaaagaggtgactgctgtca
taggaatggttgcataatcctgtaaatatgctaaaaggccattgtcttgt
ttgttttaaataggtaaattgtgtggaacatgaaccctaataatgctgta
aatttgtttgttttgctttgtttggagacagggttggtgtcatgccccac
gctggtttagagctcaacacgttgtcctggctggccttgaattttcaatc
ttcctgtctctgcttcctgagtactgggcttgcaagtgagtaccaccatc
ccaggtcttttatgctggaccaaatgctctttgacaatgagctatatcct
ccgctcttataagattatctgtctatctatctatctacctatctatctat
ccatccatgtgtctagatgtttgtctttgtaggtgtctctgggcatgtcc
atgtctctgaaggtcagtccttacgtctgtgacgtcatgatagtgtgttc
ttgtgtgtcagtacttctatctgtagcacatgtctcagtgggtggccatg
ggctactttacgaagcagcctgtgagtttggattcatggaccctgtatga
ccatgtttcctggcttttctacccaggccatcaatgttagtccctccccg
aaggcctgcatctatggagtggcgctcacgagtgtcttccatctaagtct
gtgtttctaagtccttcttcaggaccagccccagaaggtgtctgcctccc
cacccccacctcttgacaccatcgaagcttcacagtaaattcatgcctgc
ctggc
gaattcactataaaagaaacacggtacacaacgcactttctcactcaaat
cctaaccacggctctatcaaataggtgtgttctctattctaccttagagt
caacagctcggctaagcagctcacccaaggtcacattcttaatatcagat
tgctttggtcccaagcctgtgacttcaatatctgagggctgtgtaatatg
atctcctctggaaactcctatattaataatgctttgtgtctattagctat
ttgagcaggaacgattttcttcgtcttcccacatacatgatttggacaac
cgagcgaacatctgtaggtggctagcaggggttgcatgtggctgtgatct
gaaacatgctttcctctcccatgcatggaccatcacttatttaataagca
tcgtgtccatgttacaaacaaaccatagtttgcaaatcgtgtacacagtc
ccatgatgatcctgcatatagatgtttcgcggcatctacattttcgaaac
tatttctgttgatgagcacatctttatattcatatctaatgcattgatcc
gagatttataacagtgaatatacttatcaaaagtggcttaatgaatatct
gccaagttatgcctgcttctgttaaacacactcagctacagcgaaaccca
ttgatgttccctattctggatgcctgagtctcgcacatcacaatcctgtt
ttcatatcagtccgtgcgggcagtattgatgtgcataaatgtgcatttgt
atacctgtgtatctccctgtctgcggccagaatggtatgggggtggggga
tgtgga
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr19_44720162_44721269
seq2: B6Ng01-262O11.b_48_1152

seq1  GAATTCTATCCATCTATTCAAAGGAGTGAATAACTTATTCGTGCTAAAGC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTATCCATCTATTCAAAGGAGTGAATAACTTATTCGTGCTAAAGC  50

seq1  ATAAGATTGAAGCATAAGGTCAAAGCTGAGACTTAGCTCAGTGGTAGAGA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAAGATTGAAGCATAAGGTCAAAGCTGAGACTTAGCTCAGTGGTAGAGA  100

seq1  GCACTTGCTTAGCATACACAAAGTCCTGGGTTTGATCCCAGCACTGCAAG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCACTTGCTTAGCATACACAAAGTCCTGGGTTTGATCCCAGCACTGCAAG  150

seq1  GGGGTGAGGGGAGGGAAAGAAAGAAAACTGTTACATTAAGTGAGGGAAAA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGGTGAGGGGAGGGAAAGAAAGAAAACTGTTACATTAAGTGAGGGAAAA  200

seq1  CAAAACCAAACACACACACACACACACACACACTGATTTCTTGTATATAT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAAACCAAACACACACACACACACACACACACTGATTTCTTGTATATAT  250

seq1  AATGATCTTAACAAGCCAACACATAGAGACAGGAAATAGGTTAGTGATTT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGATCTTAACAAGCCAACACATAGAGACAGGAAATAGGTTAGTGATTT  300

seq1  CTTAGGGCTGAGGAGTGTGTACTGGAGTTAAAAAGAGGTGACTGCTGTCA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTAGGGCTGAGGAGTGTGTACTGGAGTTAAAAAGAGGTGACTGCTGTCA  350

seq1  TAGGAATGGTTGCATAATCCTGTAAATATGCTAAAAGGCCATTGTCTTGT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGGAATGGTTGCATAATCCTGTAAATATGCTAAAAGGCCATTGTCTTGT  400

seq1  TTGTTTTAAATAGGTAAATTGTGTGGAACATGAACCCTAATAATGCTGTA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTTTTAAATAGGTAAATTGTGTGGAACATGAACCCTAATAATGCTGTA  450

seq1  AATTTGTTTGTTTTGCTTTGTTTGGAGACAGGGTTGGTGTCATGCCCCAC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTTGTTTGTTTTGCTTTGTTTGGAGACAGGGTTGGTGTCATGCCCCAC  500

seq1  GCTGGTTTAGAGCTCAACACGTTGTCCTGGCTGGCCTTGAATTTTCAATC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGGTTTAGAGCTCAACACGTTGTCCTGGCTGGCCTTGAATTTTCAATC  550

seq1  TTCCTGTCTCTGCTTCCTGAGTACTGGGCTTGCAAGTGAGTACCACCATC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCTGTCTCTGCTTCCTGAGTACTGGGCTTGCAAGTGAGTACCACCATC  600

seq1  CCAGGTCTTTTATGCTGGACCAAATGCTCTTTGACAATGAGCTATATCCT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGGTCTTTTATGCTGGACCAAATGCTCTTTGACAATGAGCTATATCCT  650

seq1  CCGCTCTTATAAGATTATCTGTCTATCTATCTATCTACCTATCTATCTAT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCGCTCTTATAAGATTATCTGTCTATCTATCTATCTACCTATCTATCTAT  700

seq1  CCATCCATGTGTCTAGATGTTTGTCTTTGTAGGTGTCTCTGGGCATGTCC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATCCATGTGTCTAGATGTTTGTCTTTGTAGGTGTCTCTGGGCATGTCC  750

seq1  ATGTCTCTGAAGGTCAGTCCTTACGTCTGTGACGTCATGATAGTGTGTTC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTCTCTGAAGGTCAGTCCTTACGTCTGTGACGTCATGATAGTGTGTTC  800

seq1  TTGTGTGTCAGTACTTCTATCTGTAGCACATGTCTCAGTGGGTGGCCATG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTGTGTCAGTACTTCTATCTGTAGCACATGTCTCAGTGGGTGGCCATG  850

seq1  GGCTACTTTACGAAGCAGCCTGTGAGTTTGGATTCATGGACCCTGTATGA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTACTTTACGAAGCAGCCTGTGAGTTTGGATTCATGGACCCTGTATGA  900

seq1  CCATGTTTCCTGGCTTTTCTACCCAGGGCCATCAATGTTAGTCCCTCCCC  950
      ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATGTTTCCTGGCTTTTCTACCCA-GGCCATCAATGTTAGTCCCTCCCC  949

seq1  GAAGGCCTGCATCTATGGAGTGGCGCTCACGAGTGTC-TCCATCTAAGTC  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
seq2  GAAGGCCTGCATCTATGGAGTGGCGCTCACGAGTGTCTTCCATCTAAGTC  999

seq1  TGTGTTTCTAAGTCCTTCTTCCAAGAACCAGCCCCAGAAGGTGTCTGCCT  1049
      |||||||||||||||||||||  || ||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGTTTCTAAGTCCTTCTTC--AGGACCAGCCCCAGAAGGTGTCTGCCT  1047

seq1  CCCCACCCCCACCTC-TGACAACCATCGAAAGCTTCACAGTAAATTCATG  1098
      ||||||||||||||| |||| ||||||| |||||||||||||||||||||
seq2  CCCCACCCCCACCTCTTGAC-ACCATCG-AAGCTTCACAGTAAATTCATG  1095

seq1  GCTGCCTGGC  1108
       |||||||||
seq2  CCTGCCTGGC  1105

seq1: chr19_44853219_44854024
seq2: B6Ng01-262O11.g_66_871 (reverse)

seq1  TCCACATCCCCCACCCCCATACCATTCTGGCCGCAGACAGGGAGATACAC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCACATCCCCCACCCCCATACCATTCTGGCCGCAGACAGGGAGATACAC  50

seq1  AGGTATACAAATGCACATTTATGCACATCAATACTGCCCGCACGGACTGA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTATACAAATGCACATTTATGCACATCAATACTGCCCGCACGGACTGA  100

seq1  TATGAAAACAGGATTGTGATGTGCGAGACTCAGGCATCCAGAATAGGGAA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGAAAACAGGATTGTGATGTGCGAGACTCAGGCATCCAGAATAGGGAA  150

seq1  CATCAATGGGTTTCGCTGTAGCTGAGTGTGTTTAACAGAAGCAGGCATAA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCAATGGGTTTCGCTGTAGCTGAGTGTGTTTAACAGAAGCAGGCATAA  200

seq1  CTTGGCAGATATTCATTAAGCCACTTTTGATAAGTATATTCACTGTTATA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGGCAGATATTCATTAAGCCACTTTTGATAAGTATATTCACTGTTATA  250

seq1  AATCTCGGATCAATGCATTAGATATGAATATAAAGATGTGCTCATCAACA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATCTCGGATCAATGCATTAGATATGAATATAAAGATGTGCTCATCAACA  300

seq1  GAAATAGTTTCGAAAATGTAGATGCCGCGAAACATCTATATGCAGGATCA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAATAGTTTCGAAAATGTAGATGCCGCGAAACATCTATATGCAGGATCA  350

seq1  TCATGGGACTGTGTACACGATTTGCAAACTATGGTTTGTTTGTAACATGG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATGGGACTGTGTACACGATTTGCAAACTATGGTTTGTTTGTAACATGG  400

seq1  ACACGATGCTTATTAAATAAGTGATGGTCCATGCATGGGAGAGGAAAGCA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACGATGCTTATTAAATAAGTGATGGTCCATGCATGGGAGAGGAAAGCA  450

seq1  TGTTTCAGATCACAGCCACATGCAACCCCTGCTAGCCACCTACAGATGTT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTTCAGATCACAGCCACATGCAACCCCTGCTAGCCACCTACAGATGTT  500

seq1  CGCTCGGTTGTCCAAATCATGTATGTGGGAAGACGAAGAAAATCGTTCCT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGCTCGGTTGTCCAAATCATGTATGTGGGAAGACGAAGAAAATCGTTCCT  550

seq1  GCTCAAATAGCTAATAGACACAAAGCATTATTAATATAGGAGTTTCCAGA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTCAAATAGCTAATAGACACAAAGCATTATTAATATAGGAGTTTCCAGA  600

seq1  GGAGATCATATTACACAGCCCTCAGATATTGAAGTCACAGGCTTGGGACC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGATCATATTACACAGCCCTCAGATATTGAAGTCACAGGCTTGGGACC  650

seq1  AAAGCAATCTGATATTAAGAATGTGACCTTGGGTGAGCTGCTTAGCCGAG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGCAATCTGATATTAAGAATGTGACCTTGGGTGAGCTGCTTAGCCGAG  700

seq1  CTGTTGACTCTAAGGTAGAATAGAGAACACACCTATTTGATAGAGCCGTG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTTGACTCTAAGGTAGAATAGAGAACACACCTATTTGATAGAGCCGTG  750

seq1  GTTAGGATTTGAGTGAGAAAGTGCGTTGTGTACCGTGTTTCTTTTATAGT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTAGGATTTGAGTGAGAAAGTGCGTTGTGTACCGTGTTTCTTTTATAGT  800

seq1  GAATTC  806
      ||||||
seq2  GAATTC  806