BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-274D06
Chromosome19 (Build37)
Map Location 49,353,613 - 49,497,875
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneSorcs3, LOC100042896
Downstream geneLOC629448, Siah1-ps1, EG433251, Sorcs1
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-274D06.bB6Ng01-274D06.g
ACCGA075567GA075568
length1,1901,057
definitionB6Ng01-274D06.b B6Ng01-274D06.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(49,353,613 - 49,354,808)(49,496,808 - 49,497,875)
sequence
gaattccaggaaagagatgaccagaaaaaacaaaacttcatgtttgtgaa
caccctgttttctgtgtcaatctgacattgaatgccaggaataaaacttt
caagagatatggaatcagaatgaattcaagagatatgaatcaatgtgatg
aaatcttggagattcagaatgttagcagagttcaccaacctgggagtttg
ctttcattcatcagctgctcatttgtttcctatccctaacagtcttctat
ttaaaggatcttaatctccatcatgccgtcctctgctgagaaattcaatt
ctgactcttgattagttatgatatttatgccagtgtttgtcttcaagaga
gtgccaaggcgttagtctcactatggtggtggccttacttggggcacaac
agccatgatctctaaagctgtctaaaaatgagacagcacagaggttcggc
agtttgggagatgaagtgctggctccgagcttttgtttggtgtatttctt
ggaggataattataattttctagttaataacaatccatcctccatggtgt
aggctttataagtctggcctcctcaaagtcttcatccagttaaactacac
atgggatgattgcttccctcctcttccataattcatgtttccactgagtc
tgatatgctggctcactggaaccatgtttgcccagtgttcccttcactag
agaagtgaatacaaagggaactatctatacactagactgaatcacggtag
actgaatcatgactcagcaagatgctgcatcctaatccggacaggattgt
tactggatatgactattaggacaggcaggtccctgatcattggagattaa
ggaccctgatctatagagattgttctggattatctgagtggaatccaaac
gtaagctcaagtgttatcttaattgggctgcagaaagacacttaatatca
gaagtaggcacacaaccatggaagtggttcagaacaattcaggaggaatt
gtgcagggatacaggcgacacccagatgaggaaagaaacagaaaacaagt
tgagaccagctgcagaggggagtagcctgcttacatctgacctcactgag
tgaacctcatttagaatgtctacctcttcaacctacagaaagtaattgca
tgtttaaagccacctctgttttgcaagtaatttccatagc

gaattctctcaggagaggaaacaaggcaggaaggtaataaaggcttccta
gtaagctgcagaatggaacagctgcaagatctattcacctccatgtaaac
agctcaccaaggaggaggttttcagtgaagccattggggtgaaagccctg
aaaaatgccccagtcttttcctgctgggtttatgaaccgccttggcagcc
taacagcagcacattatatgaaattgctggtttactctaccttgtctgct
tttattttcacaaggaatccttgttattcagtggaattagcaaaggaatt
cattaagtgccggctacaaagactgcacagtatttattccagtaataaaa
aagtctaattttgcaataacatggcaatctttgggaagagctggctgatg
gaataagttagtttggtaaaatttgactcttttggtccttatgattatgg
tgcttgtgagaagcagacagagaggggacttgcttgccagctaagcactt
ttacacaacaaaacaaattctcttccacagaatcctcctgtaataaaaac
aaaataggggaaaatgttgtctagctcagacagcagaaacagcaagcaaa
ctcactcttaattaatgtggactgaggctaatggtgttcagaatcaggga
tgtgtccttggcaaaaatatatatctgggtagtttgccacctggtcctgt
tcttctcttccagatccatccacaggtatctggtaccatccgcacagcac
caggggcctcacagcatccttacgatccagtgaaaagcaaccttctgtta
gcaatgcatggaacatcacgccttcaaataattggagaactcagattctt
tctagatagcaggaggttatgagagtttttaaagacaaagcactcgtgcc
tgtgccttacctcatgtctcttggctgcctcctgctcttccttttgcaca
gttcatcaaataacatcttcacatcactgtttgtcatagcatagtgttcc
agcagctctatagcacataaagttgagctgtatattcagatcgttcgagt
gtaaatc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr19_49353613_49354808
seq2: B6Ng01-274D06.b_48_1237

seq1  GAATTCCAGGAAAGAGATGACCAGAAAAAACAAAACTTCATGTTTGTGAA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCAGGAAAGAGATGACCAGAAAAAACAAAACTTCATGTTTGTGAA  50

seq1  CACCCTGTTTTCTGTGTCAATCTGACATTGAATGCCAGGAATAAAACTTT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACCCTGTTTTCTGTGTCAATCTGACATTGAATGCCAGGAATAAAACTTT  100

seq1  CAAGAGATATGGAATCAGAATGAATTCAAGAGATATGAATCAATGTGATG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGAGATATGGAATCAGAATGAATTCAAGAGATATGAATCAATGTGATG  150

seq1  AAATCTTGGAGATTCAGAATGTTAGCAGAGTTCACCAACCTGGGAGTTTG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATCTTGGAGATTCAGAATGTTAGCAGAGTTCACCAACCTGGGAGTTTG  200

seq1  CTTTCATTCATCAGCTGCTCATTTGTTTCCTATCCCTAACAGTCTTCTAT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTCATTCATCAGCTGCTCATTTGTTTCCTATCCCTAACAGTCTTCTAT  250

seq1  TTAAAGGATCTTAATCTCCATCATGCCGTCCTCTGCTGAGAAATTCAATT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAAAGGATCTTAATCTCCATCATGCCGTCCTCTGCTGAGAAATTCAATT  300

seq1  CTGACTCTTGATTAGTTATGATATTTATGCCAGTGTTTGTCTTCAAGAGA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGACTCTTGATTAGTTATGATATTTATGCCAGTGTTTGTCTTCAAGAGA  350

seq1  GTGCCAAGGCGTTAGTCTCACTATGGTGGTGGCCTTACTTGGGGCACAAC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGCCAAGGCGTTAGTCTCACTATGGTGGTGGCCTTACTTGGGGCACAAC  400

seq1  AGCCATGATCTCTAAAGCTGTCTAAAAATGAGACAGCACAGAGGTTCGGC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCATGATCTCTAAAGCTGTCTAAAAATGAGACAGCACAGAGGTTCGGC  450

seq1  AGTTTGGGAGATGAAGTGCTGGCTCCGAGCTTTTGTTTGGTGTATTTCTT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTTGGGAGATGAAGTGCTGGCTCCGAGCTTTTGTTTGGTGTATTTCTT  500

seq1  GGAGGATAATTATAATTTTCTAGTTAATAACAATCCATCCTCCATGGTGT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGGATAATTATAATTTTCTAGTTAATAACAATCCATCCTCCATGGTGT  550

seq1  AGGCTTTATAAGTCTGGCCTCCTCAAAGTCTTCATCCAGTTAAACTACAC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCTTTATAAGTCTGGCCTCCTCAAAGTCTTCATCCAGTTAAACTACAC  600

seq1  ATGGGATGATTGCTTCCCTCCTCTTCCATAATTCATGTTTCCACTGAGTC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGGATGATTGCTTCCCTCCTCTTCCATAATTCATGTTTCCACTGAGTC  650

seq1  TGATATGCTGGCTCACTGGAACCATGTTTGCCCAGTGTTCCCTTCACTAG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATATGCTGGCTCACTGGAACCATGTTTGCCCAGTGTTCCCTTCACTAG  700

seq1  AGAAGTGAATACAAAGGGAACTATCTATACACTAGACTGAATCACGGTAG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAGTGAATACAAAGGGAACTATCTATACACTAGACTGAATCACGGTAG  750

seq1  ACTGAATCATGACTCAGCAAGATGCTGCATCCTAATCCGGACAGGATTGT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGAATCATGACTCAGCAAGATGCTGCATCCTAATCCGGACAGGATTGT  800

seq1  TACTGGATATGACTATTAGGACAGGCAGGTCCCTGATCATTGGAGATTAA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACTGGATATGACTATTAGGACAGGCAGGTCCCTGATCATTGGAGATTAA  850

seq1  GGACCCTGATCTATAGAGATTGTTCTGGATTATCTGAGTGGAATCCAAAC  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGACCCTGATCTATAGAGATTGTTCTGGATTATCTGAGTGGAATCCAAAC  900

seq1  GTAAGCTCAAGTGTTATCTTAATTGGGCTGCAGAAAGACACTTAATATCA  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAAGCTCAAGTGTTATCTTAATTGGGCTGCAGAAAGACACTTAATATCA  950

seq1  GAAGTAGGCACACAACCATGGAAGTGG-TCAGAACAATTCAGGGAGGAAT  999
      ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||
seq2  GAAGTAGGCACACAACCATGGAAGTGGTTCAGAACAATTCA-GGAGGAAT  999

seq1  TGTGCAGGGATACAGGCGACAACCAGAATGAAGGAAAGAAACAG-AAACA  1048
      ||||||||||||||||||||| |||| ||| ||||||||||||| |||||
seq2  TGTGCAGGGATACAGGCGACACCCAG-ATG-AGGAAAGAAACAGAAAACA  1047

seq1  AGTTGAGACCAAGGCCTGCAGA-GGGAGTAGCCCTGCCTACATCTTGACC  1097
      |||||||||||    ||||||| |||||||| ||||| |||||| |||||
seq2  AGTTGAGACCA---GCTGCAGAGGGGAGTAG-CCTGCTTACATC-TGACC  1092

seq1  TCACTGAGTGAACCTCATTTTAGATGTCTAACCTC-TCAAACTACAAGAA  1146
      ||||||||||||||||||||   |||||| ||||| |||| |||| ||||
seq2  TCACTGAGTGAACCTCATTTAGAATGTCT-ACCTCTTCAACCTAC-AGAA  1140

seq1  AGTACATTTGCAATGTTTAAAGCCA-CTCTG-TTTGC-AGTAATTTTCAT  1193
      |||  | |||| ||||||||||||| ||||| ||||| |||||||| |||
seq2  AGT--AATTGC-ATGTTTAAAGCCACCTCTGTTTTGCAAGTAATTTCCAT  1187

seq1  AGC  1196
      |||
seq2  AGC  1190


seq1: chr19_49496808_49497875
seq2: B6Ng01-274D06.g_66_1122 (reverse)

seq1  GATTTACACTTCCGAAACGATTCTGAATATACAGCTCAACTTTAATGTGC  50
      ||||||||||  || ||||| |||||||||||||||||||||| ||||||
seq2  GATTTACACT--CG-AACGA-TCTGAATATACAGCTCAACTTT-ATGTGC  45

seq1  TATAGAGCTTGCTGGGAACACTATGCTATGAACAAACAGTGATGTGAAGA  100
      |||||||| |||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||
seq2  TATAGAGC-TGCT-GGAACACTATGCTATG-ACAAACAGTGATGTGAAGA  92

seq1  TGTTAATTTGATGAAACTGTGCAAAAGGAAGAGCAGGAGGCAGCCAAGAG  150
      |||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTT-ATTTGATG-AACTGTGCAAAAGGAAGAGCAGGAGGCAGCCAAGAG  140

seq1  ACATGAGGTAAGGCACAGGCACGAGTGCTTTGTCTTTAAAAACTCTCATA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATGAGGTAAGGCACAGGCACGAGTGCTTTGTCTTTAAAAACTCTCATA  190

seq1  ACCTCCCTGCTATCTAGAAAGAATCTGAGTTCTCCAATTATTTGAAGGCC  250
      |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 
seq2  ACCT-CCTGCTATCTAGAAAGAATCTGAGTTCTCCAATTATTTGAAGGCG  239

seq1  TGATGTTCCATGCATTGCTAACAGAAGGTTGCTTTTCACTGGATCGTAAG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATGTTCCATGCATTGCTAACAGAAGGTTGCTTTTCACTGGATCGTAAG  289

seq1  GATGCTGTGAGGCCCCTGGTGCTGTGCGGATGGTACCAGATACCTGTGGA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGCTGTGAGGCCCCTGGTGCTGTGCGGATGGTACCAGATACCTGTGGA  339

seq1  TGGATCTGGAAGAGAAGAACAGGACCAGGTGGCAAACTACCCAGATATAT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGATCTGGAAGAGAAGAACAGGACCAGGTGGCAAACTACCCAGATATAT  389

seq1  ATTTTTGCCAAGGACACATCCCTGATTCTGAACACCATTAGCCTCAGTCC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTTTGCCAAGGACACATCCCTGATTCTGAACACCATTAGCCTCAGTCC  439

seq1  ACATTAATTAAGAGTGAGTTTGCTTGCTGTTTCTGCTGTCTGAGCTAGAC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATTAATTAAGAGTGAGTTTGCTTGCTGTTTCTGCTGTCTGAGCTAGAC  489

seq1  AACATTTTCCCCTATTTTGTTTTTATTACAGGAGGATTCTGTGGAAGAGA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACATTTTCCCCTATTTTGTTTTTATTACAGGAGGATTCTGTGGAAGAGA  539

seq1  ATTTGTTTTGTTGTGTAAAAGTGCTTAGCTGGCAAGCAAGTCCCCTCTCT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTGTTTTGTTGTGTAAAAGTGCTTAGCTGGCAAGCAAGTCCCCTCTCT  589

seq1  GTCTGCTTCTCACAAGCACCATAATCATAAGGACCAAAAGAGTCAAATTT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTGCTTCTCACAAGCACCATAATCATAAGGACCAAAAGAGTCAAATTT  639

seq1  TACCAAACTAACTTATTCCATCAGCCAGCTCTTCCCAAAGATTGCCATGT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACCAAACTAACTTATTCCATCAGCCAGCTCTTCCCAAAGATTGCCATGT  689

seq1  TATTGCAAAATTAGACTTTTTTATTACTGGAATAAATACTGTGCAGTCTT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTGCAAAATTAGACTTTTTTATTACTGGAATAAATACTGTGCAGTCTT  739

seq1  TGTAGCCGGCACTTAATGAATTCCTTTGCTAATTCCACTGAATAACAAGG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTAGCCGGCACTTAATGAATTCCTTTGCTAATTCCACTGAATAACAAGG  789

seq1  ATTCCTTGTGAAAATAAAAGCAGACAAGGTAGAGTAAACCAGCAATTTCA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCCTTGTGAAAATAAAAGCAGACAAGGTAGAGTAAACCAGCAATTTCA  839

seq1  TATAATGTGCTGCTGTTAGGCTGCCAAGGCGGTTCATAAACCCAGCAGGA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATAATGTGCTGCTGTTAGGCTGCCAAGGCGGTTCATAAACCCAGCAGGA  889

seq1  AAAGACTGGGGCATTTTTCAGGGCTTTCACCCCAATGGCTTCACTGAAAA  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGACTGGGGCATTTTTCAGGGCTTTCACCCCAATGGCTTCACTGAAAA  939

seq1  CCTCCTCCTTGGTGAGCTGTTTACATGGAGGTGAATAGATCTTGCAGCTG  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCCTCCTTGGTGAGCTGTTTACATGGAGGTGAATAGATCTTGCAGCTG  989

seq1  TTCCATTCTGCAGCTTACTAGGAAGCCTTTATTACCTTCCTGCCTTGTTT  1050
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCATTCTGCAGCTTACTAGGAAGCCTTTATTACCTTCCTGCCTTGTTT  1039

seq1  CCTCTCCTGAGAGAATTC  1068
      ||||||||||||||||||
seq2  CCTCTCCTGAGAGAATTC  1057


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |