BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-275A06
Chromosome19 (Build37)
Map Location 48,886,812 - 49,087,432
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC100042896
Upstream geneD19Ertd652e, LOC677174, Gsto1, Gsto2, BC063749, Gm969, LOC670576, Sorcs3
Downstream geneLOC629448, Siah1-ps1
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-275A06.bB6Ng01-275A06.g
ACCGA076165GA076166
length1,1371,079
definitionB6Ng01-275A06.b B6Ng01-275A06.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(48,886,812 - 48,887,958)(49,086,327 - 49,087,432)
sequence
gaattctcaaagatgattattatattcacatacggattttaaaatgttga
tgtttctcatctcgcttccccctgccaccatgtataatatctctttccct
tatctccttggcaagaggatggaggtactgaagttgggggtgtgccagaa
ctaaaggatgcttgggaatgccatgagggagtgacaagaaaatggtggga
aagataatatatgaaataaaattcaaaatttacagtcttgacctattttg
caatcatggagtctatattttctgtgttgcttcaagtttttaaaatcagt
atgtattggtttcataattatgaagaaagaggtaaaagaaagtcacatta
atgtatataatgtttttccagtttaatggactcccacataatgcacttta
attttttaaataagcttgaaaataaaacacaagattattctgcaatttaa
ttattaaccatagtttagaagaaaggtaaatccttgggtcaaagatggac
tgtggtttgaaatatagcttgtggtagcataaaatctgccacaaaataga
tagtttattggaccatacaaatggaaaaaagaaactataattacttaggt
ccttcacaatgagtcttaaagatacaggaaatcactatgcaagattcttg
gcaaaggaagtggctcttaactttgctctctgctattgttttatcttatt
cctttcacaaaagtggagaaagtttttgtttagcagttttgttggcaaca
tctcatacataagtaatttgccattgttaacgaatgttggaacagaacac
catcaattaaagttttaaacggttatcaaacatgacaagggattttgcat
gaactctgaggtgaaaggatgtagcatgaggaaaacatcactggtgctga
gaaacaccctaaacagacaggaaacttcccaatgagtttcctctgtaagt
gacgtacatacctgactctggtattgggctatggctacaggtagagatat
acactttctcccaggacttctgggatattagagactcaaagaaatccata
gcttgagagagtctgatgccaaaacaggttccatttcagctcctccctta
gtgtggggtgtttatgacatgcatgcaacgcattacc
gaattcaactatggtcattttattaagcattttttttttttagttacttg
ggacaccataattttgtatatttttgaggcacagagtgatattctgagac
acgtaggcattgtgtaacattccactgaagataagcaatgtatctaagtg
cagtgcatttattgcttctttgaattggcagcattcatttagagcaacgc
aggtcgaagcacatgacatagaagcacatgacatagaagcacatgacata
gaagcacatgacatagaagcacatgacatagaagcacgtgacatagaagc
acgtgacatagaagcacgtgacatagaagcacatgacatagaagcacgtg
acatagaagcacatgacatagaagcacgtgacatagaagcacgtgacata
gaagcacgtgacatagaagcacatgacatagaagcacatgacatagaagc
acatgacatagaagaaacttggattcagagtgtgatgatcctggctgact
ccgggaatcggttctaaagccaacgctcaagtgcttttctaggcaaattt
cctctccatcatccaaaacaggagagccacttttgtcattttacccatcc
ctccccacggcagccctactaataggactcagacctctcctattgtcagc
accaataaattaaacggtttgtagacacacatctagtgcctcttttacac
aaggcacacttttaggagttgacttttctaccacagagggacaaaagttg
atcaatttattccaactaaacgtacagactcctaagaatgtttgcaggtt
actctctacaggcaaacaattagaaccacagatgaccctcctggccatct
gaactctgctctctctatgattaacagtctaattaacaaggctgggttta
gcacttatacgagaatcacttacagtgcaaatattcctgagatatataag
ctgctcagttttgctgtcagtacatcataaaaatgtattttagtcactat
gggacctgtggggcaaatctgtacctcagtccatgatatcagactaaaac
aaagattcaaaacataccagccaacactt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr19_48886812_48887958
seq2: B6Ng01-275A06.b_44_1180

seq1  GAATTCTCAAAGATGATTATTATATTCACATACGGATTTTAAAATGTTGA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTCAAAGATGATTATTATATTCACATACGGATTTTAAAATGTTGA  50

seq1  TGTTTCTCATCTCGCTTCCCCCTGCCACCATGTATAATATCTCTTTCCCT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTTCTCATCTCGCTTCCCCCTGCCACCATGTATAATATCTCTTTCCCT  100

seq1  TATCTCCTTGGCAAGAGGATGGAGGTACTGAAGTTGGGGGTGTGCCAGAA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATCTCCTTGGCAAGAGGATGGAGGTACTGAAGTTGGGGGTGTGCCAGAA  150

seq1  CTAAAGGATGCTTGGGAATGCCATGAGGGAGTGACAAGAAAATGGTGGGA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAAAGGATGCTTGGGAATGCCATGAGGGAGTGACAAGAAAATGGTGGGA  200

seq1  AAGATAATATATGAAATAAAATTCAAAATTTACAGTCTTGACCTATTTTG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGATAATATATGAAATAAAATTCAAAATTTACAGTCTTGACCTATTTTG  250

seq1  CAATCATGGAGTCTATATTTTCTGTGTTGCTTCAAGTTTTTAAAATCAGT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAATCATGGAGTCTATATTTTCTGTGTTGCTTCAAGTTTTTAAAATCAGT  300

seq1  ATGTATTGGTTTCATAATTATGAAGAAAGAGGTAAAAGAAAGTCACATTA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTATTGGTTTCATAATTATGAAGAAAGAGGTAAAAGAAAGTCACATTA  350

seq1  ATGTATATAATGTTTTTCCAGTTTAATGGACTCCCACATAATGCACTTTA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTATATAATGTTTTTCCAGTTTAATGGACTCCCACATAATGCACTTTA  400

seq1  ATTTTTTAAATAAGCTTGAAAATAAAACACAAGATTATTCTGCAATTTAA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTTTTAAATAAGCTTGAAAATAAAACACAAGATTATTCTGCAATTTAA  450

seq1  TTATTAACCATAGTTTAGAAGAAAGGTAAATCCTTGGGTCAAAGATGGAC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATTAACCATAGTTTAGAAGAAAGGTAAATCCTTGGGTCAAAGATGGAC  500

seq1  TGTGGTTTGAAATATAGCTTGTGGTAGCATAAAATCTGCCACAAAATAGA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGGTTTGAAATATAGCTTGTGGTAGCATAAAATCTGCCACAAAATAGA  550

seq1  TAGTTTATTGGACCATACAAATGGAAAAAAGAAACTATAATTACTTAGGT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGTTTATTGGACCATACAAATGGAAAAAAGAAACTATAATTACTTAGGT  600

seq1  CCTTCACAATGAGTCTTAAAGATACAGGAAATCACTATGCAAGATTCTTG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTCACAATGAGTCTTAAAGATACAGGAAATCACTATGCAAGATTCTTG  650

seq1  GCAAAGGAAGTGGCTCTTAACTTTGCTCTCTGCTATTGTTTTATCTTATT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAAAGGAAGTGGCTCTTAACTTTGCTCTCTGCTATTGTTTTATCTTATT  700

seq1  CCTTTCACAAAAGTGGAGAAAGTTTTTGTTTAGCAGTTTTGTTGGCAACA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTTCACAAAAGTGGAGAAAGTTTTTGTTTAGCAGTTTTGTTGGCAACA  750

seq1  TCTCATACATAAGTAATTTGCCATTGTTAACGAATGTTGGAACAGAACAC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCATACATAAGTAATTTGCCATTGTTAACGAATGTTGGAACAGAACAC  800

seq1  CATCAATTAAGGTTTTAAACGGTTATCAAACATGACAAGGGATTTTGCAT  850
      |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCAATTAAAGTTTTAAACGGTTATCAAACATGACAAGGGATTTTGCAT  850

seq1  GAACTCTGAGGTG-AAGGATGTAGCATGAGGAAAACATCACTGGTGCTGA  899
      ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAACTCTGAGGTGAAAGGATGTAGCATGAGGAAAACATCACTGGTGCTGA  900

seq1  GAAACACCCTAAACAGACAGGAAACTTCCCAATGAGTTTCCTCTGTAAGG  949
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
seq2  GAAACACCCTAAACAGACAGGAAACTTCCCAATGAGTTTCCTCTGTAA-G  949

seq1  TGACGTACATACCTGACTCTGGTATTGGGCTATGGCTACAGGTAGAGATA  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACGTACATACCTGACTCTGGTATTGGGCTATGGCTACAGGTAGAGATA  999

seq1  TACAACTTTCTCCCAGGAC-TCTGGGATATTAGGAGGACTCAAAGAAATC  1048
      ||| ||||||||||||||| |||||||||||||   ||||||||||||||
seq2  TAC-ACTTTCTCCCAGGACTTCTGGGATATTAG--AGACTCAAAGAAATC  1046

seq1  CCAATAGCTTTGAGAAGGAGTCTGATGCCAAAACAGGTTTCCATTTTCAG  1098
      |  ||||| ||||||  |||||||||||||||||||| ||||| ||||| 
seq2  C--ATAGC-TTGAGA--GAGTCTGATGCCAAAACAGG-TTCCA-TTTCA-  1088

seq1  GCTCTCCTTTTAGT---GGGTGTTTATTGACATGCCATGCAACGCATCTA  1145
      ||||  |  |||||   ||||||||| ||||||| |||||||||||| ||
seq2  GCTCCTCCCTTAGTGTGGGGTGTTTA-TGACATG-CATGCAACGCAT-TA  1135

seq1  CC  1147
      ||
seq2  CC  1137

seq1: chr19_49086327_49087432
seq2: B6Ng01-275A06.g_71_1149 (reverse)

seq1  AAGTGTTTGGGTTGTATGTTTTTAAAATCTTTTGTTTTTAGTTCTGAATA  50
      ||||| |||| | |||||||||   |||||||   |||||| |||| |||
seq2  AAGTG-TTGGCTGGTATGTTTT--GAATCTTT--GTTTTAG-TCTG-ATA  43

seq1  TCATGGGAACTGAGGTAACAAGATTTTGCCCCACAGGGTCCCATAAGTGG  100
      ||||||  |||||||||   ||| ||||||||||| |||||||| |||| 
seq2  TCATGG--ACTGAGGTA--CAGA-TTTGCCCCACA-GGTCCCAT-AGTG-  85

seq1  AACTTAAAAATACATTTTTATGATTGTTACTGACAAGGCAAAAACTGAGC  150
       |||  ||||||||||||||||||   ||||||||  || ||||||||| 
seq2  -ACT--AAAATACATTTTTATGAT--GTACTGACA--GC-AAAACTGAG-  126

seq1  CAGCTTATAATTATCTTCAGGAATATTTGCACCTGTAAGTGATTCTCGTA  200
      |||||||||  |||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||
seq2  CAGCTTATA--TATC-TCAGGAATATTTGCA-CTGTAAGTGATTCTCGTA  172

seq1  TAAGTGCTAAA-CCAGCCTTGTTAATTAGACTGTTAATCATAGAGAGAGC  249
      ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGTGCTAAACCCAGCCTTGTTAATTAGACTGTTAATCATAGAGAGAGC  222

seq1  AGAGTTCAGATGGCCAGGAGGGTCATCTGTGGTTCTAATTGTTTGCCTGT  299
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGTTCAGATGGCCAGGAGGGTCATCTGTGGTTCTAATTGTTTGCCTGT  272

seq1  AGAGAGTAACCTGCAAACATTCTTAGGAGTCTGTACGTTTAGTTGGAATA  349
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGAGTAACCTGCAAACATTCTTAGGAGTCTGTACGTTTAGTTGGAATA  322

seq1  AATTGATCAACTTTTGTCCCTCTGTGGTAGAAAAGTCAACTCCTAAAAGT  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTGATCAACTTTTGTCCCTCTGTGGTAGAAAAGTCAACTCCTAAAAGT  372

seq1  GTGCCTTGTGTAAAAGAGGCACTAGATGTGTGTCTACAAACCGTTTAATT  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGCCTTGTGTAAAAGAGGCACTAGATGTGTGTCTACAAACCGTTTAATT  422

seq1  TATTGGTGCTGACAATAGGAGAGGTCTGAGTCCTATTAGTAGGGCTGCCG  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTGGTGCTGACAATAGGAGAGGTCTGAGTCCTATTAGTAGGGCTGCCG  472

seq1  TGGGGAGGGATGGGTAAAATGACAAAAGTGGCTCTCCTGTTTTGGATGAT  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGGAGGGATGGGTAAAATGACAAAAGTGGCTCTCCTGTTTTGGATGAT  522

seq1  GGAGAGGAAATTTGCCTAGAAAAGCACTTGAGCGTTGGCTTTAGAACCGA  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGAGGAAATTTGCCTAGAAAAGCACTTGAGCGTTGGCTTTAGAACCGA  572

seq1  TTCCCGGAGTCAGCCAGGATCATCACACTCTGAATCCAAGTTTCTTCTAT  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCCGGAGTCAGCCAGGATCATCACACTCTGAATCCAAGTTTCTTCTAT  622

seq1  GTCATGTGCTTCTATGTCATGTGCTTCTATGTCATGTGCTTCTATGTCAC  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCATGTGCTTCTATGTCATGTGCTTCTATGTCATGTGCTTCTATGTCAC  672

seq1  GTGCTTCTATGTCACGTGCTTCTATGTCACGTGCTTCTATGTCATGTGCT  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGCTTCTATGTCACGTGCTTCTATGTCACGTGCTTCTATGTCATGTGCT  722

seq1  TCTATGTCACGTGCTTCTATGTCATGTGCTTCTATGTCACGTGCTTCTAT  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTATGTCACGTGCTTCTATGTCATGTGCTTCTATGTCACGTGCTTCTAT  772

seq1  GTCACGTGCTTCTATGTCACGTGCTTCTATGTCATGTGCTTCTATGTCAT  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCACGTGCTTCTATGTCACGTGCTTCTATGTCATGTGCTTCTATGTCAT  822

seq1  GTGCTTCTATGTCATGTGCTTCTATGTCATGTGCTTCTATGTCATGTGCT  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGCTTCTATGTCATGTGCTTCTATGTCATGTGCTTCTATGTCATGTGCT  872

seq1  TCGACCTGCGTTGCTCTAAATGAATGCTGCCAATTCAAAGAAGCAATAAA  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCGACCTGCGTTGCTCTAAATGAATGCTGCCAATTCAAAGAAGCAATAAA  922

seq1  TGCACTGCACTTAGATACATTGCTTATCTTCAGTGGAATGTTACACAATG  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCACTGCACTTAGATACATTGCTTATCTTCAGTGGAATGTTACACAATG  972

seq1  CCTACGTGTCTCAGAATATCACTCTGTGCCTCAAAAATATACAAAATTAT  1049
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTACGTGTCTCAGAATATCACTCTGTGCCTCAAAAATATACAAAATTAT  1022

seq1  GGTGTCCCAAGTAACTAAAAAAAAAAAATGCTTAATAAAATGACCATAGT  1099
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTGTCCCAAGTAACTAAAAAAAAAAAATGCTTAATAAAATGACCATAGT  1072

seq1  TGAATTC  1106
      |||||||
seq2  TGAATTC  1079