BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-277B16
Chromosome19 (Build37)
Map Location 34,246,657 - 34,346,368
singlet/doubletdoublet
Overlap geneStambpl1, Acta2
Upstream gene6530404N21Rik, LOC638381, EG668095, LOC628236, AI747699, EG668106, EG668112, EG668114, EG329055, EG433241, LOC668127, Lipf, Lipk, EG383462, Lipn, Ankrd22
Downstream geneFas, Ch25h, Lipa, Ifit2, Ifit3, OTTMUSG00000016644, LOC667370, 2010002M12Rik, Ifit1, Slc16a12, LOC676714, Pank1, Mphosph1, LOC383464
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-277B16.bB6Ng01-277B16.g
ACCGA077712GA077713
length1,1821,131
definitionB6Ng01-277B16.b B6Ng01-277B16.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(34,246,657 - 34,247,846)(34,345,232 - 34,346,368)
sequence
gaattctttctcagaaagaatggacccagtgaacactgagcccctccaag
gccactgagtgacatcatcccctttcaaatgtaaatgacatcagaagtca
tcattatcagcagtttcctcatcattatacaatgtccctaagaataatcc
tagagcttgtaaaatgaaaatctctccacccacacatcagaggggctgca
tcagtctctcggagctaccacatggagacctgagacaaagtttatggaac
tttggggtgggataatctttattttgctctttctcaaagcaaggcccaga
agaaggtagtcaattattaatcactcctaacagtttatctggctttacaa
gtagttttggacttgtatttaaatatgccagagtttaggagtctgaaaat
tcttcaaataaaacagacagaactgtacaatgaataatatctgttaactt
cttgcccaattctgaggagctagctttggcggggcatttttgagccagag
ctgccatctcctctgaacccaggcatgaagtcacacaatcccttatgata
cataatctgtgaactcagaacgggttatgcaacatggattttgacctatt
aaacttcctagacactactgtcttcttctttaggttatgttcttactttg
agtcatgccttcccattgtgagtgattttgctcacccaggaggaaaatgg
gtaggaagaaaaagaagacggttcatttactatgggacagaatgcatctg
agatctcagagacaagtaacctgaggatggctggaattggagactttaga
acatttaggtagtaggagaggagggcgctaatgaatatgaatgtcttttt
ggaaagataagtggctatcaacacaatagatggaacgttcgtgaaatatg
ttctctctctttcatgcccataatgctgccctggagtagggatttggggg
tggatgccttttactgtctgcaagcaaatggatcctgaagaacactcaga
gctgtttcctttccccaaagctggctcttagaacagaagaaggggagatt
acaaagtctggcatagccacggccttctggagcttgtggatctgagaatt
aagcctccaataatccttcatgtatattggccatggtcgaggtgatggtt
ctgatcttcacttacctaatcaatagaaatat
gaattcccgtcaccagcttctctcagtaacttcaagctttactgaaacag
cggccacatgccacatatgtcctgaccccagaacattaggatttttgtca
ggttccaaaaactgcttcctaattaggagaacggagtttatttttaccaa
acaaagcctaaagcaactttgccaaggtcagatggaattcgcaggaacat
tttttattgcttcctaacctttagctgacccacctaagttcttaacaagt
tgcgttctatgacggggctgctctttccaaagttttcaagacgatggata
gggctttaggtttaatcttacttttaatacctaagtcattaatttaaagt
aactcccccctcccacagacattctttatgggagaccaagagtggtctct
gcttgcattgctatcctagagatatggcttgagagcctaaccgaataacc
aggtgactaattaagtcttaagaactttactcctttatcaagtagccaag
ctactttgtatcgttatttcttatcatttatgagtcatgtcagtgtttca
accctaactttaaagtgtaattggctaaggcgctggggctagtaatacag
ctcagtgggtaaaagctcttgcttagcaagcctgaggtccttggttccat
cagtccctgcgacccatctaacaaagtcagatgcaccaacacgtatctga
tctcagcacgagagtgctgagatgggaggcagagacaggacaatgtctca
gaagctcatggccagcagcctagaatatgtatcaaagaagaaacaagatg
ccttcctaacaagctacaacagaagaactgactccggaacattgacctct
gatttccacaggcatgcacatgctcgcgtgcgcgtgcgcgtgcacactca
cagacacacacacacaaacacacacacacacacacacactttaactcact
gtttctgatttttaaaaatgtaaagcaaaatattccccttcccttagctt
gtgtctgctaggtattctgctatgagatgcaaaatgataagacatgctct
agtgtcacatccatcctgacagcagaaagacgcaccacctacgtgtcttc
caagcaagtttatttgcaatgaggagaattc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr19_34246657_34247846
seq2: B6Ng01-277B16.b_46_1227

seq1  GAATTCTTTCTCAGAAAGAATGGACCCAGTGAACACTGAGCCCCTCCAAG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTTTCTCAGAAAGAATGGACCCAGTGAACACTGAGCCCCTCCAAG  50

seq1  GCCACTGAGTGACATCATCCCCTTTCAAATGTAAATGACATCAGAAGTCA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCACTGAGTGACATCATCCCCTTTCAAATGTAAATGACATCAGAAGTCA  100

seq1  TCATTATCAGCAGTTTCCTCATCATTATACAATGTCCCTAAGAATAATCC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATTATCAGCAGTTTCCTCATCATTATACAATGTCCCTAAGAATAATCC  150

seq1  TAGAGCTTGTAAAATGAAAATCTCTCCACCCACACATCAGAGGGGCTGCA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGAGCTTGTAAAATGAAAATCTCTCCACCCACACATCAGAGGGGCTGCA  200

seq1  TCAGTCTCTCGGAGCTACCACATGGAGACCTGAGACAAAGTTTATGGAAC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGTCTCTCGGAGCTACCACATGGAGACCTGAGACAAAGTTTATGGAAC  250

seq1  TTTGGGGTGGGATAATCTTTATTTTGCTCTTTCTCAAAGCAAGGCCCAGA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGGGGTGGGATAATCTTTATTTTGCTCTTTCTCAAAGCAAGGCCCAGA  300

seq1  AGAAGGTAGTCAATTATTAATCACTCCTAACAGTTTATCTGGCTTTACAA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAGGTAGTCAATTATTAATCACTCCTAACAGTTTATCTGGCTTTACAA  350

seq1  GTAGTTTTGGACTTGTATTTAAATATGCCAGAGTTTAGGAGTCTGAAAAT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAGTTTTGGACTTGTATTTAAATATGCCAGAGTTTAGGAGTCTGAAAAT  400

seq1  TCTTCAAATAAAACAGACAGAACTGTACAATGAATAATATCTGTTAACTT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTCAAATAAAACAGACAGAACTGTACAATGAATAATATCTGTTAACTT  450

seq1  CTTGCCCAATTCTGAGGAGCTAGCTTTGGCGGGGCATTTTTGAGCCAGAG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGCCCAATTCTGAGGAGCTAGCTTTGGCGGGGCATTTTTGAGCCAGAG  500

seq1  CTGCCATCTCCTCTGAACCCAGGCATGAAGTCACACAATCCCTTATGATA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCCATCTCCTCTGAACCCAGGCATGAAGTCACACAATCCCTTATGATA  550

seq1  CATAATCTGTGAACTCAGAACGGGTTATGCAACATGGATTTTGACCTATT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATAATCTGTGAACTCAGAACGGGTTATGCAACATGGATTTTGACCTATT  600

seq1  AAACTTCCTAGACACTACTGTCTTCTTCTTTAGGTTATGTTCTTACTTTG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACTTCCTAGACACTACTGTCTTCTTCTTTAGGTTATGTTCTTACTTTG  650

seq1  AGTCATGCCTTCCCATTGTGAGTGATTTTGCTCACCCAGGAGGAAAATGG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTCATGCCTTCCCATTGTGAGTGATTTTGCTCACCCAGGAGGAAAATGG  700

seq1  GTAGGAAGAAAAAGAAGACGGTTCATTTACTATGGGACAGAATGCATCTG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAGGAAGAAAAAGAAGACGGTTCATTTACTATGGGACAGAATGCATCTG  750

seq1  AGATCTCAGAGACAAGTAACCTGAGGATGGCTGGAATTGGAGACTTTAGA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATCTCAGAGACAAGTAACCTGAGGATGGCTGGAATTGGAGACTTTAGA  800

seq1  ACATTTAGGTAGTAGGAGAGGAGGGCGCTAATGAATATGAATGTCTTTTT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATTTAGGTAGTAGGAGAGGAGGGCGCTAATGAATATGAATGTCTTTTT  850

seq1  GGAAAGATAAGTGGCTATCAACACAATAGATGGAACGTTCGTGAAATATG  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAAAGATAAGTGGCTATCAACACAATAGATGGAACGTTCGTGAAATATG  900

seq1  TTCTCTCTCTTTCATGCCCATAATGCTGCCCTGGAGTAGGGATTT-GGGG  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
seq2  TTCTCTCTCTTTCATGCCCATAATGCTGCCCTGGAGTAGGGATTTGGGGG  950

seq1  TGGATGCCTTTTACTGTCTGCAAGCAAATGGATCCTGAAGAACACTCAGA  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGATGCCTTTTACTGTCTGCAAGCAAATGGATCCTGAAGAACACTCAGA  1000

seq1  GCTGTTTCCTTCCCCCAAAGCTGGCTCCTTTAG-ACAGAAGAAGGGGAGA  1048
      ||||||||||| |||||||||||||||  |||| ||||||||||||||||
seq2  GCTGTTTCCTTTCCCCAAAGCTGGCTC--TTAGAACAGAAGAAGGGGAGA  1048

seq1  TTACAAAGTTCTGCATAGCCAC-GCCTTCTGAAGC-TGTGGATTCTTGAA  1096
      |||||||||   |||||||||| |||||||| ||| |||||| |||   |
seq2  TTACAAAGTCTGGCATAGCCACGGCCTTCTGGAGCTTGTGGA-TCT--GA  1095

seq1  GATTTTAGCTTCAAATAAT-CTTCATGTAAATATGGCATGTTCGGAGTGA  1145
      || || ||| || |||||| ||||||||| ||  | |||| |||  ||||
seq2  GAATTAAGCCTCCAATAATCCTTCATGTATATTGGCCATGGTCGAGGTGA  1145

seq1  TGTGTTCTGATCTTTTTCACTTACCTAAATTGAAATAGAATATAT  1190
      || |||||||||   |||||||||||||     ||||||| ||||
seq2  TG-GTTCTGATC---TTCACTTACCTAA---TCAATAGAA-ATAT  1182

seq1: chr19_34345232_34346368
seq2: B6Ng01-277B16.g_64_1194 (reverse)

seq1  GAATTCCCTTTCCTCATTGC-AATAAACCTGCTT-GAAGACAACGT-GGT  47
      ||||||    |||||||||| ||||||| ||||| |||||| |||| |||
seq2  GAATTC----TCCTCATTGCAAATAAACTTGCTTGGAAGAC-ACGTAGGT  45

seq1  GTTGCGTCTTTCCTGCTGGTCAGGGTGGATGTGACACTAGAGCATGGTCT  97
      | ||||||||| ||||| |||||| |||||||||||||||||||| ||| 
seq2  GGTGCGTCTTT-CTGCT-GTCAGGATGGATGTGACACTAGAGCAT-GTC-  91

seq1  TTATCATTTTTGCATCTCATAGCAGAATACCTAGCAGACACAAGCTAAGG  147
      |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATCA-TTTTGCATCTCATAGCAGAATACCTAGCAGACACAAGCTAAGG  140

seq1  GAAGGGGAATATTTTGCTTTACATTTTTAAAAATCAGAAACAGTGAGTT-  196
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 
seq2  GAAGGGGAATATTTTGCTTTACATTTTTAAAAATCAGAAACAGTGAGTTA  190

seq1  AAGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTTTGTGTGTGTGTGTCTGTGAGTGTGC  246
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTTTGTGTGTGTGTGTCTGTGAGTGTGC  240

seq1  ACGCGCACGCGCACGCGAGCATGTGCATGCCTGTGGAAATCAGAGGTCAA  296
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACGCGCACGCGCACGCGAGCATGTGCATGCCTGTGGAAATCAGAGGTCAA  290

seq1  TGTTCCGGAGTCAGTTCTTCTGTTGTAGCTTGTTAGGAAGGCATCTTGTT  346
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTCCGGAGTCAGTTCTTCTGTTGTAGCTTGTTAGGAAGGCATCTTGTT  340

seq1  TCTTCTTTGATACATATTCTAGGCTGCTGGCCATGAGCTTCTGAGACATT  396
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTCTTTGATACATATTCTAGGCTGCTGGCCATGAGCTTCTGAGACATT  390

seq1  GTCCTGTCTCTGCCTCCCATCTCAGCACTCTCGTGCTGAGATCAGATACG  446
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCCTGTCTCTGCCTCCCATCTCAGCACTCTCGTGCTGAGATCAGATACG  440

seq1  TGTTGGTGCATCTGACTTTGTTAGATGGGTCGCAGGGACTGATGGAACCA  496
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTGGTGCATCTGACTTTGTTAGATGGGTCGCAGGGACTGATGGAACCA  490

seq1  AGGACCTCAGGCTTGCTAAGCAAGAGCTTTTACCCACTGAGCTGTATTAC  546
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGACCTCAGGCTTGCTAAGCAAGAGCTTTTACCCACTGAGCTGTATTAC  540

seq1  TAGCCCCAGCGCCTTAGCCAATTACACTTTAAAGTTAGGGTTGAAACACT  596
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGCCCCAGCGCCTTAGCCAATTACACTTTAAAGTTAGGGTTGAAACACT  590

seq1  GACATGACTCATAAATGATAAGAAATAACGATACAAAGTAGCTTGGCTAC  646
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACATGACTCATAAATGATAAGAAATAACGATACAAAGTAGCTTGGCTAC  640

seq1  TTGATAAAGGAGTAAAGTTCTTAAGACTTAATTAGTCACCTGGTTATTCG  696
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGATAAAGGAGTAAAGTTCTTAAGACTTAATTAGTCACCTGGTTATTCG  690

seq1  GTTAGGCTCTCAAGCCATATCTCTAGGATAGCAATGCAAGCAGAGACCAC  746
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTAGGCTCTCAAGCCATATCTCTAGGATAGCAATGCAAGCAGAGACCAC  740

seq1  TCTTGGTCTCCCATAAAGAATGTCTGTGGGAGGGGGGAGTTACTTTAAAT  796
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTGGTCTCCCATAAAGAATGTCTGTGGGAGGGGGGAGTTACTTTAAAT  790

seq1  TAATGACTTAGGTATTAAAAGTAAGATTAAACCTAAAGCCCTATCCATCG  846
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATGACTTAGGTATTAAAAGTAAGATTAAACCTAAAGCCCTATCCATCG  840

seq1  TCTTGAAAACTTTGGAAAGAGCAGCCCCGTCATAGAACGCAACTTGTTAA  896
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTGAAAACTTTGGAAAGAGCAGCCCCGTCATAGAACGCAACTTGTTAA  890

seq1  GAACTTAGGTGGGTCAGCTAAAGGTTAGGAAGCAATAAAAAATGTTCCTG  946
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAACTTAGGTGGGTCAGCTAAAGGTTAGGAAGCAATAAAAAATGTTCCTG  940

seq1  CGAATTCCATCTGACCTTGGCAAAGTTGCTTTAGGCTTTGTTTGGTAAAA  996
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGAATTCCATCTGACCTTGGCAAAGTTGCTTTAGGCTTTGTTTGGTAAAA  990

seq1  ATAAACTCCGTTCTCCTAATTAGGAAGCAGTTTTTGGAACCTGACAAAAA  1046
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAAACTCCGTTCTCCTAATTAGGAAGCAGTTTTTGGAACCTGACAAAAA  1040

seq1  TCCTAATGTTCTGGGGTCAGGACATATGTGGCATGTGGCCGCTGTTTCAG  1096
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTAATGTTCTGGGGTCAGGACATATGTGGCATGTGGCCGCTGTTTCAG  1090

seq1  TAAAGCTTGAAGTTACTGAGAGAAGCTGGTGACGGGAATTC  1137
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAGCTTGAAGTTACTGAGAGAAGCTGGTGACGGGAATTC  1131