BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-278F18
Chromosome19 (Build37)
Map Location 51,510,192 - 51,723,662
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC100042924
Upstream geneSorcs1
Downstream geneLOC100042928, LOC668536, LOC100042936, Ins1
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-278F18.bB6Ng01-278F18.g
ACCGA078625GA078626
length1,184817
definitionB6Ng01-278F18.b B6Ng01-278F18.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(51,722,481 - 51,723,662)(51,510,192 - 51,511,005)
sequence
gaattcatattgaggagtcatttggcaccaggttatcactctgcaacttg
gatagattcattgacacaaaaatccagaaggtagatgtttataacttcca
atttcaccagataatgatgctgagatttcagtaataggcatgctcatagc
agatctagatacagaatgacgttccaaactgaaggtattgccaaataatt
tatttgaatcagtagtgttgatttcaatgccttcatctaagacatatggt
aagccccatattttagttggctttgtttaatttgtgcccaactttgaatt
ttccctggatgatgaaatggagttgagattcttttgcagtcgttccaagg
acaggctctaccacctgcagagagctgccttcatcaattaagctcagcat
agtaaatttttaattgaattagattacagcctggattaagaaaaccatat
ttggctgtctgctatatcagaatgtctatggctgcagacaaagcagcttt
ggctagctgatctgtggcttcagaaggtgcatcttgttgtctttaaggag
gtcatttataattcattggaacggaaaacatctccatctaccacctcaat
ttaatgaaatatcttgttaactaaaacagtggtgcctgaaatagctattg
atttcatcattcacttaggggcaagctcatttcctatggccaaggatgag
gaaggggttagaatgagactgacaaattgagatatattctcaagcactaa
ctctactaatccttcccaaagccagatgctcccattactcaaatcagcca
gtcactgacatcacaggtattagcaagcaagtaaacagatgctgtaaaat
tctttatataagagacaactggagagctcccagggcctatgggtcctggg
aaaaaaagaaaatcaaagaaaaacaaaacatgtatcctctaacaaattag
tatatatttttgcatatggaaaattaaatagtaagagatatttacattct
ttacacatttacatgctataggagagagtagactgggcattaaatccagt
gtattttatccactcacctgggatggagcttttagagactcctggagtgg
gaagatgtcattatagcttggttagagaatcgctctcaaaatatcaatgc
tgatttgatattgatgtttccaatgacttcaact

gaattcaaaaggctcaacaagctgaagtgtccaagtgaggacacctcagt
tccacttgggagaggcaagaaagcaatcacaagtgaggagggagggaggg
acttgggaggaaaaagtggatggggaaaagtgaaacttttgacttgagaa
tgctggactaaaccttgggaacagtcttgggttcttttgtgatgatcttc
ctcacttctaaccacccttggtaacagtgcaataataaagttacctgagt
tttaaatatgcactgtgtgatgagtatgtctttttgcatataggattaat
gaacttcattatcacctgtaatactatattcaaagtcactgataaagtgt
aaatttagcagcataagtgttttgtgatatgtatctttaaacagcaagaa
aacaataaaaaatttatcctacagtgagtaaaacagaaaagcatagtttt
ttcacctctacaaaagttacagggacacaacacttttaaaataattcatg
tgatgctccaaagtctgtcttaaggatgaaacttccagagaaagactttt
agtcaaatcattattcctttcattcagtctgagttcctatcatagtcagc
tatctatgctatatcctacagttaatataagacaggcacatattaattac
aagaaaatccagaattgaagatccagaaatgaacccacacacctatggtc
acttgatcttcgacaagggagcttaaaaccatccagtggaagaaagacag
cattttcaacaattggtgctggcacaacttggttgttatcgtgtagaaga
atgtgaattcgatccat
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr19_51722481_51723662
seq2: B6Ng01-278F18.b_44_1227 (reverse)

seq1  AGTTGAAGTCATTGGAAACATACAATA-CAAATCAGCAAATGATATTTTT  49
      ||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||| | ||||| ||||
seq2  AGTTGAAGTCATTGGAAACAT-CAATATCAAATCAGC-ATTGATA-TTTT  47

seq1  GAGAGCGA-TCTCTACCAAAGCTTATATGACATCT--CCACT-CAGGAGT  95
      |||||||| |||||| | |||||   |||||||||  ||||| |||||||
seq2  GAGAGCGATTCTCTAACCAAGCTATAATGACATCTTCCCACTCCAGGAGT  97

seq1  CTTCCTAAAAGCTCCAT-CCAGGTGAAGTGGAT-AAATACACTGGATTTA  143
      ||  ||||||||||||| ||||||| ||||||| ||||||||||||||||
seq2  CT--CTAAAAGCTCCATCCCAGGTG-AGTGGATAAAATACACTGGATTTA  144

seq1  ATGCCCAGTCTACTCTCTCTTATAGCATTGTAAATGTGTAAAGAATGTAA  193
      ||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCCCAGTCTACTCTCTCCTATAGCA-TGTAAATGTGTAAAGAATGTAA  193

seq1  ATATCTCTTACTATTTAATTTT-CATATGCAAAAATATATACTAATTTTG  242
      |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||
seq2  ATATCTCTTACTATTTAATTTTCCATATGCAAAAATATATACTAA-TTTG  242

seq1  TTAGAGGATACATGTTTTGTTTTTCTTTGATTTTCTTTTTTT-CCAGGAC  291
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
seq2  TTAGAGGATACATGTTTTGTTTTTCTTTGATTTTCTTTTTTTCCCAGGAC  292

seq1  CCATAGGCCCTGGGAGCTCTCCAGTTGTCTCTTATATAAAG-ATTTTACA  340
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
seq2  CCATAGGCCCTGGGAGCTCTCCAGTTGTCTCTTATATAAAGAATTTTACA  342

seq1  GCATCTGTTTACTTGCTTGCTAATACCTGTGATGTCAGTGACTGGCTGAT  390
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATCTGTTTACTTGCTTGCTAATACCTGTGATGTCAGTGACTGGCTGAT  392

seq1  TTGAGTAATGGGAGCATCTGGCTTTGGGAAGGATTAGTAGAGTTAGTGCT  440
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGAGTAATGGGAGCATCTGGCTTTGGGAAGGATTAGTAGAGTTAGTGCT  442

seq1  TGAGAATATATCTCAATTTGTCAGTCTCATTCTAACCCCTTCCTCATCCT  490
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGAATATATCTCAATTTGTCAGTCTCATTCTAACCCCTTCCTCATCCT  492

seq1  TGGCCATAGGAAATGAGCTTGCCCCTAAGTGAATGATGAAATCAATAGCT  540
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGCCATAGGAAATGAGCTTGCCCCTAAGTGAATGATGAAATCAATAGCT  542

seq1  ATTTCAGGCACCACTGTTTTAGTTAACAAGATATTTCATTAAATTGAGGT  590
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTCAGGCACCACTGTTTTAGTTAACAAGATATTTCATTAAATTGAGGT  592

seq1  GGTAGATGGAGATGTTTTCCGTTCCAATGAATTATAAATGACCTCCTTAA  640
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTAGATGGAGATGTTTTCCGTTCCAATGAATTATAAATGACCTCCTTAA  642

seq1  AGACAACAAGATGCACCTTCTGAAGCCACAGATCAGCTAGCCAAAGCTGC  690
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACAACAAGATGCACCTTCTGAAGCCACAGATCAGCTAGCCAAAGCTGC  692

seq1  TTTGTCTGCAGCCATAGACATTCTGATATAGCAGACAGCCAAATATGGTT  740
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGTCTGCAGCCATAGACATTCTGATATAGCAGACAGCCAAATATGGTT  742

seq1  TTCTTAATCCAGGCTGTAATCTAATTCAATTAAAAATTTACTATGCTGAG  790
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTTAATCCAGGCTGTAATCTAATTCAATTAAAAATTTACTATGCTGAG  792

seq1  CTTAATTGATGAAGGCAGCTCTCTGCAGGTGGTAGAGCCTGTCCTTGGAA  840
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTAATTGATGAAGGCAGCTCTCTGCAGGTGGTAGAGCCTGTCCTTGGAA  842

seq1  CGACTGCAAAAGAATCTCAACTCCATTTCATCATCCAGGGAAAATTCAAA  890
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGACTGCAAAAGAATCTCAACTCCATTTCATCATCCAGGGAAAATTCAAA  892

seq1  GTTGGGCACAAATTAAACAAAGCCAACTAAAATATGGGGCTTACCATATG  940
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTGGGCACAAATTAAACAAAGCCAACTAAAATATGGGGCTTACCATATG  942

seq1  TCTTAGATGAAGGCATTGAAATCAACACTACTGATTCAAATAAATTATTT  990
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTAGATGAAGGCATTGAAATCAACACTACTGATTCAAATAAATTATTT  992

seq1  GGCAATACCTTCAGTTTGGAACGTCATTCTGTATCTAGATCTGCTATGAG  1040
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCAATACCTTCAGTTTGGAACGTCATTCTGTATCTAGATCTGCTATGAG  1042

seq1  CATGCCTATTACTGAAATCTCAGCATCATTATCTGGTGAAATTGGAAGTT  1090
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGCCTATTACTGAAATCTCAGCATCATTATCTGGTGAAATTGGAAGTT  1092

seq1  ATAAACATCTACCTTCTGGATTTTTGTGTCAATGAATCTATCCAAGTTGC  1140
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAAACATCTACCTTCTGGATTTTTGTGTCAATGAATCTATCCAAGTTGC  1142

seq1  AGAGTGATAACCTGGTGCCAAATGACTCCTCAATATGAATTC  1182
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGTGATAACCTGGTGCCAAATGACTCCTCAATATGAATTC  1184


seq1: chr19_51510192_51511005
seq2: B6Ng01-278F18.g_67_883

seq1  GAATTCAAAAGGCTCAACAAGCTGAAGTGTCCAAGTGAGGACACCTCAGT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAAAAGGCTCAACAAGCTGAAGTGTCCAAGTGAGGACACCTCAGT  50

seq1  TCCACTTGGGAGAGGCAAGAAAGCAATCACAAGTGAGGAGGGAGGGAGGG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCACTTGGGAGAGGCAAGAAAGCAATCACAAGTGAGGAGGGAGGGAGGG  100

seq1  ACTTGGGAGGAAAAAGTGGATGGGGAAAAGTGAAACTTTTGACTTGAGAA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTGGGAGGAAAAAGTGGATGGGGAAAAGTGAAACTTTTGACTTGAGAA  150

seq1  TGCTGGACTAAACCTTGGGAACAGTCTTGGGTTCTTTTGTGATGATCTTC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTGGACTAAACCTTGGGAACAGTCTTGGGTTCTTTTGTGATGATCTTC  200

seq1  CTCACTTCTAACCACCCTTGGTAACAGTGCAATAATAAAGTTACCTGAGT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCACTTCTAACCACCCTTGGTAACAGTGCAATAATAAAGTTACCTGAGT  250

seq1  TTTAAATATGCACTGTGTGATGAGTATGTCTTTTTGCATATAGGATTAAT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTAAATATGCACTGTGTGATGAGTATGTCTTTTTGCATATAGGATTAAT  300

seq1  GAACTTCATTATCACCTGTAATACTATATTCAAAGTCACTGATAAAGTGT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAACTTCATTATCACCTGTAATACTATATTCAAAGTCACTGATAAAGTGT  350

seq1  AAATTTAGCAGCATAAGTGTTTTGTGATATGTATCTTTAAACAGCAAGAA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATTTAGCAGCATAAGTGTTTTGTGATATGTATCTTTAAACAGCAAGAA  400

seq1  AACAATAAAAAATTTATCCTACAGTGAGTAAAACAGAAAAGCATAGTTTT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACAATAAAAAATTTATCCTACAGTGAGTAAAACAGAAAAGCATAGTTTT  450

seq1  TTCACCTCTACAAAAGTTACAGGGACACAACACTTTTAAAATAATTCATG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCACCTCTACAAAAGTTACAGGGACACAACACTTTTAAAATAATTCATG  500

seq1  TGATGCTCCAAAGTCTGTCTTAAGGATGAAACTTCCAGAGAAAGACTTTT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATGCTCCAAAGTCTGTCTTAAGGATGAAACTTCCAGAGAAAGACTTTT  550

seq1  AGTCAAATCATTATTCCTTTCATTCAGTCTGAGTTCCTATCATAGTCAGC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTCAAATCATTATTCCTTTCATTCAGTCTGAGTTCCTATCATAGTCAGC  600

seq1  TATCTATGCTATATCCTACAGTTAATATAAGACAGGCACATATTAATTAC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATCTATGCTATATCCTACAGTTAATATAAGACAGGCACATATTAATTAC  650

seq1  AAGAAAATCCAGAATTGAAGATCCAGAAATGAACCCACACACCTATGGTC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAAAATCCAGAATTGAAGATCCAGAAATGAACCCACACACCTATGGTC  700

seq1  ACTTGATCTTCGACAAGGGAGC-TAAAACCATCCAGTGGAAGAAAGACAG  749
      |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTGATCTTCGACAAGGGAGCTTAAAACCATCCAGTGGAAGAAAGACAG  750

seq1  CATTTTCAACAATTGGTGCTGGCACAAC-TGGTTGTTATCGTGTAGAAGA  798
      |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
seq2  CATTTTCAACAATTGGTGCTGGCACAACTTGGTTGTTATCGTGTAGAAGA  800

seq1  ATGTGAA-TCGATCCAT  814
      ||||||| |||||||||
seq2  ATGTGAATTCGATCCAT  817


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |