BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-283J05
Chromosome19 (Build37)
Map Location 33,725,919 - 33,876,903
singlet/doubletdoublet
Overlap geneEG668112, EG668114, EG329055
Upstream genePapss2, Atad1, Pten, B430203M17Rik, 6530404N21Rik, LOC638381, EG668095, LOC628236, AI747699, EG668106
Downstream geneEG433241, LOC668127, Lipf, Lipk, EG383462, Lipn, Ankrd22, Stambpl1, Acta2, Fas, Ch25h, Lipa, Ifit2, Ifit3, OTTMUSG00000016644, LOC667370, 2010002M12Rik, Ifit1, Slc16a12, LOC676714
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-283J05.bB6Ng01-283J05.g
ACCGA082503GA082504
length1,0281,168
definitionB6Ng01-283J05.b B6Ng01-283J05.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(33,725,919 - 33,726,621)(33,875,734 - 33,876,903)
sequence
gaattcttctgagcatataagtatagtgatgcatatgagacaagtatata
ctaaataaacaaattcttaaaatcatctactactgttaatatcactttgc
cctcattttatatgcactattaccagctaaaaatcttcacacattgcctt
ttttaaattgtctcaaaagtataaagccaaacaatcttgcttcttccccc
ccctccccccagagtcagccccgatgtggtctactttcttgttggcacat
cttgaagcagcacagtgatgagcatcagcacagggtaagactttgtcttg
atatggagtaagactttgtcttatgagatatttagggttattgcataata
ataaaaagtttatttatagaagtctaaattactttgctactgtgctgacc
tgctttctgtgttcctctgaggccagaacctgcagtctctggcacttagc
acctcatcttaaaacagcaggacattaagtaaaggattaattgctagagc
cttttcccttttgtccagctgcctcttgtttgttgggttgggggaagttt
ggaacaataaacttctattgaaccagaagaacagaataatgatcacagaa
gaataaacttttacataagcaaatgtgcataaactcacataaattcttat
acagattcacacatgcatatttatactatttttattcaacctgttgggtc
caacttgcatgcattctcacaattacatacttatgcacacacatccatac
ttacctatgcatatggagcaaaagatcaagcaacagtgcagaaagaactc
actcattctggatgaaaaatgaactccaatcttgattgcatagaggggaa
aaaaagcttctaccctttcaatgctaaatgaattgaacccaagtttgtaa
gaagacagttttgttcctttaataagactaagcctacattgttattaaga
aaagacctgatctgtcccagcaagtagaagcctgcctgccccttctgatc
tctgcatctcttttcctttttcctttgc
gaattctttgagaacacataggaatgatacaaaattaaatttagacaaac
tgaaaatggttttctagatacatgacttgcagggagatggattgctcttc
atgtgaataccatttaaacattttttttttcattttcattatacaaacat
caccatagtttattaactggaatatttttaaatcccttgtgtttttaaga
cagttgatatggatttgtactcattaggaaatttagttagcaagagcatg
tagagggaatggaaatgtattatacaggaagacactaggcaacctccaga
attctccactaatgactttgttacagtgttctagtaatagaagtatttta
tagacgtcaagaccttactctatagtcatttcattttggttgccctggat
tgatatcatcgtagaatagaaccactggttcctttagggcaacaaagatg
agctgtctaatgatggtattaaagaaataatagccagagccattaccagt
ttaagcatgaaacaaacaaaatagaggaataaaatcaaacctaccaaagt
gaaaatcttcttaagtcaaaaatagaatcattcaacaagcttaaaaaatc
atccccacatttggagagaggtctcatggacatatctacctaaatctata
ggtgactaacagtaaatgtgtccttccatatgccttgtttatgggtggtc
tggcaaatatcctctgaacttatcagaaaatcttgatgtttattattaca
aaatttttcatctctaaagtttctgtgttcaaggctaatacaggaataaa
accacaagaaagagctctgtagtgttgaaaacacattatttgagttcact
gctcagctctagaaagctgtttctggcttgggtgagcataggggagaaat
aaaagactactcaagctgatagaagctttcagctcttgacctcactcaga
aagtgctgttggcatgtgttctttgatactggtggggttgtaggttcact
gatgttgagaaggattactctacatacctgtatctgctcttaaatctatc
ttcagaggaaagctagggaaacatctgggaagcagttgtcttctgggcct
gaaactccaatgatccaatccagtgactctctttacagatatggtgaaga
gacccataacttcctgtg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr19_33725919_33726621
seq2: B6Ng01-283J05.b_43_745

seq1  GAATTCTTCTGAGCATATAAGTATAGTGATGCATATGAGACAAGTATATA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTTCTGAGCATATAAGTATAGTGATGCATATGAGACAAGTATATA  50

seq1  CTAAATAAACAAATTCTTAAAATCATCTACTACTGTTAATATCACTTTGC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAAATAAACAAATTCTTAAAATCATCTACTACTGTTAATATCACTTTGC  100

seq1  CCTCATTTTATATGCACTATTACCAGCTAAAAATCTTCACACATTGCCTT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCATTTTATATGCACTATTACCAGCTAAAAATCTTCACACATTGCCTT  150

seq1  TTTTAAATTGTCTCAAAAGTATAAAGCCAAACAATCTTGCTTCTTCCCCC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTAAATTGTCTCAAAAGTATAAAGCCAAACAATCTTGCTTCTTCCCCC  200

seq1  CCCTCCCCCCAGAGTCAGCCCCGATGTGGTCTACTTTCTTGTTGGCACAT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTCCCCCCAGAGTCAGCCCCGATGTGGTCTACTTTCTTGTTGGCACAT  250

seq1  CTTGAAGCAGCACAGTGATGAGCATCAGCACAGGGTAAGACTTTGTCTTG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGAAGCAGCACAGTGATGAGCATCAGCACAGGGTAAGACTTTGTCTTG  300

seq1  ATATGGAGTAAGACTTTGTCTTATGAGATATTTAGGGTTATTGCATAATA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATGGAGTAAGACTTTGTCTTATGAGATATTTAGGGTTATTGCATAATA  350

seq1  ATAAAAAGTTTATTTATAGAAGTCTAAATTACTTTGCTACTGTGCTGACC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAAAAAGTTTATTTATAGAAGTCTAAATTACTTTGCTACTGTGCTGACC  400

seq1  TGCTTTCTGTGTTCCTCTGAGGCCAGAACCTGCAGTCTCTGGCACTTAGC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTTTCTGTGTTCCTCTGAGGCCAGAACCTGCAGTCTCTGGCACTTAGC  450

seq1  ACCTCATCTTAAAACAGCAGGACATTAAGTAAAGGATTAATTGCTAGAGC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTCATCTTAAAACAGCAGGACATTAAGTAAAGGATTAATTGCTAGAGC  500

seq1  CTTTTCCCTTTTGTCCAGCTGCCTCTTGTTTGTTGGGTTGGGGGAAGTTT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTTCCCTTTTGTCCAGCTGCCTCTTGTTTGTTGGGTTGGGGGAAGTTT  550

seq1  GGAACAATAAACTTCTATTGAACCAGAAGAACAGAATAATGATCACAGAA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAACAATAAACTTCTATTGAACCAGAAGAACAGAATAATGATCACAGAA  600

seq1  GAATAAACTTTTACATAAGCAAATGTGCATAAACTCACATAAATTCTTAT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATAAACTTTTACATAAGCAAATGTGCATAAACTCACATAAATTCTTAT  650

seq1  ACAGATTCACACATGCATATTTATACTATTTTTATTCAACCTGTTGGGTC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGATTCACACATGCATATTTATACTATTTTTATTCAACCTGTTGGGTC  700

seq1  CAA  703
      |||
seq2  CAA  703

seq1: chr19_33875734_33876903
seq2: B6Ng01-283J05.g_64_1231 (reverse)

seq1  CACAGGAAATTAT-GGTCCTTTCAC--TATCTGTAAAGAGAG-CACTTGA  46
      |||||||| |||| ||||  |||||  ||||||||||||||| |||| ||
seq2  CACAGGAAGTTATGGGTCTCTTCACCATATCTGTAAAGAGAGTCACTGGA  50

seq1  ATGGAACTCATTGGAGTTTTTCA-GCCCAAGAGACAACTGCTTTCCAGAT  95
       ||||  |||||||||  ||||| |||||  |||||||||||| ||||||
seq2  TTGGA--TCATTGGAG--TTTCAGGCCCAGAAGACAACTGCTTCCCAGAT  96

seq1  GTTTTCCCTAGGCTTTTCTCTGAAGATAGAATTAAAGAGCAGATACAGGT  145
      | |||||||| ||||| |||||||||||| ||| ||||||||||||||||
seq2  G-TTTCCCTA-GCTTTCCTCTGAAGATAG-ATTTAAGAGCAGATACAGGT  143

seq1  ATGTAGAGTAATCCTTCTCAAACATCAGTGAACCTACAA-CCCACCAGTA  194
      ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||
seq2  ATGTAGAGTAATCCTTCTC-AACATCAGTGAACCTACAACCCCACCAGTA  192

seq1  TCAAAGAACACATGCCAACAGCACTTTCTGAGTGAGGTCAAGAGCTGAAA  244
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAAAGAACACATGCCAACAGCACTTTCTGAGTGAGGTCAAGAGCTGAAA  242

seq1  GCTTCTATCAGCTTGAGTAGTCTTTTATTTCTCCCCTATGCTCACCCAAG  294
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTCTATCAGCTTGAGTAGTCTTTTATTTCTCCCCTATGCTCACCCAAG  292

seq1  CCAGAAACAGCTTTCTAGAGCTGAGCAGTGAACTCAAATAATGTGTTTTC  344
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGAAACAGCTTTCTAGAGCTGAGCAGTGAACTCAAATAATGTGTTTTC  342

seq1  AACACTACAGAGCTCTTTCTTGTGGTTTTATTCCTGTATTAGCCTTGAAC  394
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACACTACAGAGCTCTTTCTTGTGGTTTTATTCCTGTATTAGCCTTGAAC  392

seq1  ACAGAAACTTTAGAGATGAAAAATTTTGTAATAATAAACATCAAGATTTT  444
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGAAACTTTAGAGATGAAAAATTTTGTAATAATAAACATCAAGATTTT  442

seq1  CTGATAAGTTCAGAGGATATTTGCCAGACCACCCATAAACAAGGCATATG  494
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGATAAGTTCAGAGGATATTTGCCAGACCACCCATAAACAAGGCATATG  492

seq1  GAAGGACACATTTACTGTTAGTCACCTATAGATTTAGGTAGATATGTCCA  544
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGGACACATTTACTGTTAGTCACCTATAGATTTAGGTAGATATGTCCA  542

seq1  TGAGACCTCTCTCCAAATGTGGGGATGATTTTTTAAGCTTGTTGAATGAT  594
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGACCTCTCTCCAAATGTGGGGATGATTTTTTAAGCTTGTTGAATGAT  592

seq1  TCTATTTTTGACTTAAGAAGATTTTCACTTTGGTAGGTTTGATTTTATTC  644
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTATTTTTGACTTAAGAAGATTTTCACTTTGGTAGGTTTGATTTTATTC  642

seq1  CTCTATTTTGTTTGTTTCATGCTTAAACTGGTAATGGCTCTGGCTATTAT  694
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTATTTTGTTTGTTTCATGCTTAAACTGGTAATGGCTCTGGCTATTAT  692

seq1  TTCTTTAATACCATCATTAGACAGCTCATCTTTGTTGCCCTAAAGGAACC  744
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTTTAATACCATCATTAGACAGCTCATCTTTGTTGCCCTAAAGGAACC  742

seq1  AGTGGTTCTATTCTACGATGATATCAATCCAGGGCAACCAAAATGAAATG  794
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGGTTCTATTCTACGATGATATCAATCCAGGGCAACCAAAATGAAATG  792

seq1  ACTATAGAGTAAGGTCTTGACGTCTATAAAATACTTCTATTACTAGAACA  844
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTATAGAGTAAGGTCTTGACGTCTATAAAATACTTCTATTACTAGAACA  842

seq1  CTGTAACAAAGTCATTAGTGGAGAATTCTGGAGGTTGCCTAGTGTCTTCC  894
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTAACAAAGTCATTAGTGGAGAATTCTGGAGGTTGCCTAGTGTCTTCC  892

seq1  TGTATAATACATTTCCATTCCCTCTACATGCTCTTGCTAACTAAATTTCC  944
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTATAATACATTTCCATTCCCTCTACATGCTCTTGCTAACTAAATTTCC  942

seq1  TAATGAGTACAAATCCATATCAACTGTCTTAAAAACACAAGGGATTTAAA  994
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATGAGTACAAATCCATATCAACTGTCTTAAAAACACAAGGGATTTAAA  992

seq1  AATATTCCAGTTAATAAACTATGGTGATGTTTGTATAATGAAAATGAAAA  1044
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATATTCCAGTTAATAAACTATGGTGATGTTTGTATAATGAAAATGAAAA  1042

seq1  AAAAAATGTTTAAATGGTATTCACATGAAGAGCAATCCATCTCCCTGCAA  1094
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAAATGTTTAAATGGTATTCACATGAAGAGCAATCCATCTCCCTGCAA  1092

seq1  GTCATGTATCTAGAAAACCATTTTCAGTTTGTCTAAATTTAATTTTGTAT  1144
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCATGTATCTAGAAAACCATTTTCAGTTTGTCTAAATTTAATTTTGTAT  1142

seq1  CATTCCTATGTGTTCTCAAAGAATTC  1170
      ||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTCCTATGTGTTCTCAAAGAATTC  1168