BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-284K10
Chromosome19 (Build37)
Map Location 29,545,989 - 29,704,104
singlet/doubletdoublet
Overlap geneC030046E11Rik, D19Wsu12e
Upstream geneGlis3, EG434460, EG627788, Slc1a1, LOC545262, 4430402I18Rik, Ppapdc2, LOC100042006, EG226086, Cdc37l1, LOC672214, Ak3, Rcl1, LOC433238, Jak2, Insl6, Rln1, 5033414D02Rik, Cd274, Pdcd1lg2
Downstream geneMlana, 9930021J03Rik, Ranbp6, Il33, Trpd52l3, Uhrf2, Gldc, EG625917, Mbl2, LOC100042088, LOC668020, EG546723, Dkk1, Prkg1
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-284K10.bB6Ng01-284K10.g
ACCGA083299GA083300
length1,129669
definitionB6Ng01-284K10.b B6Ng01-284K10.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(29,545,989 - 29,547,118)(29,703,437 - 29,704,104)
sequence
gaattcactaaccttcgggctgtccaaatgtgcacattagctactgtgac
ccctgtaggttagggagcctgaagccagctctttacctggtgtttagact
cagcagaatttggagtcaatgggaccaaatggttgtgaaattaagatttg
aagtgtgcatcttattttatcaccatctgcccaacaaaacttcagaaaat
gcctttgaagcacaaaaatgtaatcgtttatgtgaaatctctgagttgca
tttagatgcccattgcagcaaggtggctctctcacagattccacacctta
gcctaagataccagacagcaggacagagagaaaagtccttcctggtgtgc
aaacttccttacactggacctcgcctctcaggtgtgtgattggtaggcca
aatcccgatagccaatcggtgttgggtgctttgtctgctctactgggagt
ccagtggtacaatggattctggcaaaatgctgccatcttggccctcgctg
ggctgctttctaggatattcatagagaaagggccgtccagatccagtatc
ctaaaatcctgagaggagaatataagttagtgtgtctcactataactatc
tctatgatcggtcacattactatctaacagttaccaaatactatatgcct
aatactggtaagcattttatacacaccattggattgaatcctctcaaaat
cctcaaaaaggaagttattaatacctccataggcaaggagcccagaaccc
agagaggtcaggcagtctagttatagatgcctgctttgtttagaagtgaa
caagagcatcaaattattaatgtgccctggttattaatgcgccctggtta
cctgctggatggaacatcaaggtggacttttggcagttgcatacacccag
aggtattttggctattcacgggattaatttcacacgaagtgtttcagaga
catgtgtaggggaagtcccgggttcaggggcctaagattcaaactctagc
ttagctacgtctgacctccctagcactaacttactatcaaagatgagcca
gtaaaagaatggtgttactgcctgtctttatcaggcagtgacgtgccagc
gggccacgaatgccttgataagtgtgtgt
gaattcatgatccttctgcctttgcttctccttcataatattttttttta
aagatttatttatttttgtgtgtattgatgttttgcctgtgtgcatgttt
gtgagtgccagatcctttgcagctggacttacagacagttgtgagctgcc
atgaggatgcttggaattgaacccaagtcctctagtacagcagtcagtgc
tcttaaccactgagtcatctctctaaccccctaataattcttaacatgct
ttaacaacttcacgagaggcgtttttttttcgttttcccactgcctttgt
ggtcttagtgtctcatggttataatgtatccactgcctttgtggtcttag
tgtctcatggttataatgtatccactgactttgtggtcttagtgtctcat
ggttataatgtatccactgcctttgtggtcttagtgtctcatggttataa
tggatccactgactttgtggtcttagtgtctcatggttatagtgtatcca
tgggcaggcttgaggtggagctctggggctgtgcatttggattagggaag
agcagtatgagagggccacggctgagcttctaagtggggaggaaggagag
caggagcagggaccctcatctgggagatctggaagaaagggcaaagcggt
ggagggtggggtgggaaaa
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr19_29545989_29547118
seq2: B6Ng01-284K10.b_46_1174

seq1  GAATTCACTAACCTTCGGGCTGTCCAAATGTGCACATTAGCTACTGTGAC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCACTAACCTTCGGGCTGTCCAAATGTGCACATTAGCTACTGTGAC  50

seq1  CCCTGTAGGTTAGGGAGCCTGAAGCCAGCTCTTTACCTGGTGTTTAGACT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTGTAGGTTAGGGAGCCTGAAGCCAGCTCTTTACCTGGTGTTTAGACT  100

seq1  CAGCAGAATTTGGAGTCAATGGGACCAAATGGTTGTGAAATTAAGATTTG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCAGAATTTGGAGTCAATGGGACCAAATGGTTGTGAAATTAAGATTTG  150

seq1  AAGTGTGCATCTTATTTTATCACCATCTGCCCAACAAAACTTCAGAAAAT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTGTGCATCTTATTTTATCACCATCTGCCCAACAAAACTTCAGAAAAT  200

seq1  GCCTTTGAAGCACAAAAATGTAATCGTTTATGTGAAATCTCTGAGTTGCA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTTTGAAGCACAAAAATGTAATCGTTTATGTGAAATCTCTGAGTTGCA  250

seq1  TTTAGATGCCCATTGCAGCAAGGTGGCTCTCTCACAGATTCCACACCTTA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTAGATGCCCATTGCAGCAAGGTGGCTCTCTCACAGATTCCACACCTTA  300

seq1  GCCTAAGATACCAGACAGCAGGACAGAGAGAAAAGTCCTTCCTGGTGTGC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTAAGATACCAGACAGCAGGACAGAGAGAAAAGTCCTTCCTGGTGTGC  350

seq1  AAACTTCCTTACACTGGACCTCGCCTCTCAGGTGTGTGATTGGTAGGCCA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACTTCCTTACACTGGACCTCGCCTCTCAGGTGTGTGATTGGTAGGCCA  400

seq1  AATCCCGATAGCCAATCGGTGTTGGGTGCTTTGTCTGCTCTACTGGGAGT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATCCCGATAGCCAATCGGTGTTGGGTGCTTTGTCTGCTCTACTGGGAGT  450

seq1  CCAGTGGTACAATGGATTCTGGCAAAATGCTGCCATCTTGGCCCTCGCTG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGTGGTACAATGGATTCTGGCAAAATGCTGCCATCTTGGCCCTCGCTG  500

seq1  GGCTGCTTTCTAGGATATTCATAGAGAAAGGGCCGTCCAGATCCAGTATC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTGCTTTCTAGGATATTCATAGAGAAAGGGCCGTCCAGATCCAGTATC  550

seq1  CTAAAATCCTGAGAGGAGAATATAAGTTAGTGTGTCTCACTATAACTATC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAAAATCCTGAGAGGAGAATATAAGTTAGTGTGTCTCACTATAACTATC  600

seq1  TCTATGATCGGTCACATTACTATCTAACAGTTACCAAATACTATATGCCT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTATGATCGGTCACATTACTATCTAACAGTTACCAAATACTATATGCCT  650

seq1  AATACTGGTAAGCATTTTATACACACCATTGGATTGAATCCTCTCAAAAT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATACTGGTAAGCATTTTATACACACCATTGGATTGAATCCTCTCAAAAT  700

seq1  CCTCAAAAAGGAAGTTATTAATACCTCCATAGGCAAGGAGCCCAGAACCC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCAAAAAGGAAGTTATTAATACCTCCATAGGCAAGGAGCCCAGAACCC  750

seq1  AGAGAGGTCAGGCAGTCTAGTTATAGATGCCTGCTTTGTTTAGAAGTGAA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGAGGTCAGGCAGTCTAGTTATAGATGCCTGCTTTGTTTAGAAGTGAA  800

seq1  CAAGAGCATCAAATTATTAATGTGCCCTGGTTATTAATGCGCCCTGGTTA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGAGCATCAAATTATTAATGTGCCCTGGTTATTAATGCGCCCTGGTTA  850

seq1  CCTGCTGGATGGAACATCAAGGTGGACTTTTGGCAGTTGCATACACCCAG  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGCTGGATGGAACATCAAGGTGGACTTTTGGCAGTTGCATACACCCAG  900

seq1  AGGTATTTTGGCTATTCAC-GGATTAATTTCACACGAAGTGTTTCAGAGA  949
      ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTATTTTGGCTATTCACGGGATTAATTTCACACGAAGTGTTTCAGAGA  950

seq1  CATGTGTAGGGGAAGT-CCGGGTTCAGGGGGCCTAAGATTCAAACTCTAG  998
      |||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||
seq2  CATGTGTAGGGGAAGTCCCGGGTTCA-GGGGCCTAAGATTCAAACTCTAG  999

seq1  CTTAGCTACGTCTGACCTCCCTAAGCACTAACTTACTATCAAAAGAATGA  1048
      |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||   ||||
seq2  CTTAGCTACGTCTGACCTCCCT-AGCACTAACTTACTATCAAA--GATGA  1046

seq1  G-CAGTAAAAGAATGGTGTTTACTGCCTGCCTTTATCAGGCAGTGAACGT  1097
      | |||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||| ||||
seq2  GCCAGTAAAAGAATGGTG-TTACTGCCTGTCTTTATCAGGCAGTG-ACGT  1094

seq1  G-CAGCGGGCAACGAATG-CTTGATAAGTGTGTGT  1130
      | |||||||| ||||||| ||||||||||||||||
seq2  GCCAGCGGGCCACGAATGCCTTGATAAGTGTGTGT  1129

seq1: chr19_29703437_29704104
seq2: B6Ng01-284K10.g_69_737 (reverse)

seq1  TCTTCCCACCCCACCCTCCACCGCTTTGCCCTTTCTTCCAGATCTCCCAG  50
      | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTCCCACCCCACCCTCCACCGCTTTGCCCTTTCTTCCAGATCTCCCAG  50

seq1  ATGA-GGTCCCTGCTCCTGCTCTCCTTCCTCCCCACTTAGAAGCTCAGCC  99
      |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGAGGGTCCCTGCTCCTGCTCTCCTTCCTCCCCACTTAGAAGCTCAGCC  100

seq1  GTGGCCCTCTCATACTGCTCTTCCCTAATCCAAATGCACAGCCCCAGAGC  149
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGCCCTCTCATACTGCTCTTCCCTAATCCAAATGCACAGCCCCAGAGC  150

seq1  TCCACCTCAAGCCTGCCCATGGATACACTATAACCATGAGACACTAAGAC  199
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCACCTCAAGCCTGCCCATGGATACACTATAACCATGAGACACTAAGAC  200

seq1  CACAAAGTCAGTGGATCCATTATAACCATGAGACACTAAGACCACAAAGG  249
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACAAAGTCAGTGGATCCATTATAACCATGAGACACTAAGACCACAAAGG  250

seq1  CAGTGGATACATTATAACCATGAGACACTAAGACCACAAAGTCAGTGGAT  299
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTGGATACATTATAACCATGAGACACTAAGACCACAAAGTCAGTGGAT  300

seq1  ACATTATAACCATGAGACACTAAGACCACAAAGGCAGTGGATACATTATA  349
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATTATAACCATGAGACACTAAGACCACAAAGGCAGTGGATACATTATA  350

seq1  ACCATGAGACACTAAGACCACAAAGGCAGTGGGAAAACGAAAAAAAAACG  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCATGAGACACTAAGACCACAAAGGCAGTGGGAAAACGAAAAAAAAACG  400

seq1  CCTCTCGTGAAGTTGTTAAAGCATGTTAAGAATTATTAGGGGGTTAGAGA  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCTCGTGAAGTTGTTAAAGCATGTTAAGAATTATTAGGGGGTTAGAGA  450

seq1  GATGACTCAGTGGTTAAGAGCACTGACTGCTGTACTAGAGGACTTGGGTT  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGACTCAGTGGTTAAGAGCACTGACTGCTGTACTAGAGGACTTGGGTT  500

seq1  CAATTCCAAGCATCCTCATGGCAGCTCACAACTGTCTGTAAGTCCAGCTG  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAATTCCAAGCATCCTCATGGCAGCTCACAACTGTCTGTAAGTCCAGCTG  550

seq1  CAAAGGATCTGGCACTCACAAACATGCACACAGGCAAAACATCAATACAC  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAAGGATCTGGCACTCACAAACATGCACACAGGCAAAACATCAATACAC  600

seq1  ACAAAAATAAATAAATCTTTAAAAAAAAATATTATGAAGGAGAAGCAAAG  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAAAAATAAATAAATCTTTAAAAAAAAATATTATGAAGGAGAAGCAAAG  650

seq1  GCAGAAGGATCATGAATTC  668
      |||||||||||||||||||
seq2  GCAGAAGGATCATGAATTC  669