BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-285K11
Chromosome19 (Build37)
Map Location 38,705,537 - 38,850,341
singlet/doubletdoublet
Overlap genePlce1, EG667587
Upstream geneExoc6, Cyp26c1, Cyp26a1, LOC668248, LOC668251, LOC209281, Fer1l3, Cep55, Gpr120, Rbp4, Pde6c, 5730455O13Rik, Lgi1, Tmem20, LOC100042483
Downstream geneNoc3l, Tbc1d12, Hells, LOC209753, Cyp2c55, LOC100042507, Cyp2c65, LOC668278, Cyp2c66, Cyp2c29, Cyp2c38, Cyp2c39, C730004C24Rik, 9030012A22Rik, Cyp2c40
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-285K11.bB6Ng01-285K11.g
ACCGA084048GA084049
length9411,071
definitionB6Ng01-285K11.b B6Ng01-285K11.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(38,705,537 - 38,706,471)(38,849,283 - 38,850,341)
sequence
gaattctaccagaacatatctaactatgtgcatgcaggaaagtctaaaat
atttgccaactaaaaatacatacctactattttaattttcttttatttaa
gtcttcttaactgtgcatttttttctgacaataaatgctatttaaaaaat
gttttctatgcactaatcagcaagcaatttcatggaaacataaacaagtt
tacgtttcagtatttctgaggctgtcagtgtgtatattgtgaatattccc
cgagtttgcactcagtcacactcttgattaataaataaacatctaaattc
caatttcaagcacatgttcttgcagatgatttgggacatcgagagcaagg
gagtatgaaaacattttagagactttggaaacacaagttccagactattg
acttctaagcatataacacgcatattcaactcagtttcccagccagtgtg
tacaaagccagtatttgatcctaagtctggctgattctcaaatccatggt
ctttacctctaagatagggcttcttcaatttttccctccatgacctattt
ttgcctgagaaattttataaaactgtggatatatacatatacacacatat
atttatatataccatacatatatgaaatatacatgcgaaatatatggtgt
acatatagtttatatatgtggtataatcttatacaattactaatgataaa
gaatttttgttttagaataattatttttaaatggtgtgattatatgtatg
ctaaggtaaaagccaatgtgtacactaataaaattgaattatttttagat
aaagaattaaatataggctccgtacttgatacttcaaactacagagcatc
ttcaacagtattcttatctgattagtattttgagtttataacttaatgct
gaaaataagtgtcacattaaatatatgctatacaatagcag
gaattcagggtttgtggccaatggcctggacatttcaacaggtcccacaa
cctagggttgttcccattgatgcttaagtcagcactggaaactgccacca
ggtggtgccatattgtaaccaagactggaaaggatcctccccggcctttt
caaaaatcagggagtcacaaccctacagtttactggtgtttacagtgact
ggcatatccaactttactcaaacaatggaggagtaggagtggaggtattg
tttatctattacgtaaaacgtgattgtttcccgccattctacaacttgtt
tttctccccacttacagttctagttccataatgttacatgtgtaacattc
atcgttacatattccaacaatccaaaagtggtgtcgggggtagttcacat
gacagaacttatggcctagcattcttcagagcaggaagagaggaacgtgt
ggctgaggggacagcagagtgcttgctgaagagcatgaggacgaaggtag
agaagaagccagccagatgtgggatcacctgcttgtaatcacagcaccag
gaggcagagacaggctgacgctcgggtttgctgtgttgtcagtatagcct
acctagtgagatctaagtctagtgacacaccctgttctcaaagaaatcag
ggtagatgtctcctgtacagaactttgtggtggttctctggcttccacat
gcacaggcacacatgtatacaagtatatgtgaacacacacacacacacac
acacacacacacatacaaagagaggaaatttctatgtttgcttcaaaaaa
ttagcaagaatacatattttgctacatacatatggtagtgcacacatttt
agtcccagcactagggaggcagaggcaagtagatctctgtgagttcaagg
cagcctggtctacatagctaataagggctacagagtgagatgctgactgc
cccctgatgccatctacagtgccacccttggggtgtggataatctccatt
ggcctagtaccatgattttctacgttgtccgcagatgggttagcaaaaga
ccatccaatttatttatcatg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr19_38705537_38706471
seq2: B6Ng01-285K11.b_45_978

seq1  GAATTCTACCAGAACATATCTAACTATGTGCATGCAGGAAAGTCTAAAAT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTACCAGAACATATCTAACTATGTGCATGCAGGAAAGTCTAAAAT  50

seq1  ATTTGCCAACTAAAAATACATACCTACTATTTTAATTTTCTTTTATTTAA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTGCCAACTAAAAATACATACCTACTATTTTAATTTTCTTTTATTTAA  100

seq1  GTCTTCTTAACTGTGCATTTTTTTCTGACAATAAATGCTATTTAAAAAAT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTTCTTAACTGTGCATTTTTTTCTGACAATAAATGCTATTTAAAAAAT  150

seq1  GTTTTCTATGCACTAATCAGCAAGCAATTTCATGGAAACATAAACAAGTT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTTCTATGCACTAATCAGCAAGCAATTTCATGGAAACATAAACAAGTT  200

seq1  TACGTTTCAGTATTTCTGAGGCTGTCAGTGTGTATATTGTGAATATTCCC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACGTTTCAGTATTTCTGAGGCTGTCAGTGTGTATATTGTGAATATTCCC  250

seq1  CGAGTTTGCACTCAGTCACACTCTTGATTAATAAATAAACATCTAAATTC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGAGTTTGCACTCAGTCACACTCTTGATTAATAAATAAACATCTAAATTC  300

seq1  CAATTTCAAGCACATGTTCTTGCAGATGATTTGGGACATCGAGAGCAAGG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAATTTCAAGCACATGTTCTTGCAGATGATTTGGGACATCGAGAGCAAGG  350

seq1  GAGTATGAAAACATTTTAGAGACTTTGGAAACACAAGTTCCAGACTATTG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGTATGAAAACATTTTAGAGACTTTGGAAACACAAGTTCCAGACTATTG  400

seq1  ACTTCTAAGCATATAACACGCATATTCAACTCAGTTTCCCAGCCAGTGTG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTCTAAGCATATAACACGCATATTCAACTCAGTTTCCCAGCCAGTGTG  450

seq1  TACAAAGCCAGTATTTGATCCTAAGTCTGGCTGATTCTCAAATCCATGGT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACAAAGCCAGTATTTGATCCTAAGTCTGGCTGATTCTCAAATCCATGGT  500

seq1  CTTTACCTCTAAGATAGGGCTTCTTCAATTTTTCCCTCCATGACCTATTT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTACCTCTAAGATAGGGCTTCTTCAATTTTTCCCTCCATGACCTATTT  550

seq1  TTGCCTGAGAAATTTTATAAAACTGTGGATATATACATATACACACATAT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGCCTGAGAAATTTTATAAAACTGTGGATATATACATATACACACATAT  600

seq1  ATTTATATATACCATACATATATGAAATATACATGCGAAATATATGGTGT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTATATATACCATACATATATGAAATATACATGCGAAATATATGGTGT  650

seq1  ACATATAGTTTATATATGTGGTATAATCTTATACAATTACTAATGATAAA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATATAGTTTATATATGTGGTATAATCTTATACAATTACTAATGATAAA  700

seq1  GAATTTTTGTTTTAGAATAATTATTTTTAAATGGTGTGATTATATGTATG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTTTTGTTTTAGAATAATTATTTTTAAATGGTGTGATTATATGTATG  750

seq1  CTAAGGTAAAAGCCAATGTGTACACTAATAAAATTGAATTATTTTTAGAT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAAGGTAAAAGCCAATGTGTACACTAATAAAATTGAATTATTTTTAGAT  800

seq1  AAAGAATTAAATATAGGCTCCGTACTTGATACTTCAAACTACAGAGCATC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGAATTAAATATAGGCTCCGTACTTGATACTTCAAACTACAGAGCATC  850

seq1  TTCAACAGTATTCTTATCTGATTAGTATTTTGAGTTTATAACTTAATGCT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCAACAGTATTCTTATCTGATTAGTATTTTGAGTTTATAACTTAATGCT  900

seq1  GAAAATAAGGTGTCACATTAAATATATGCTATACA  935
      |||||||| ||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAATAA-GTGTCACATTAAATATATGCTATACA  934

seq1: chr19_38849283_38850341
seq2: B6Ng01-285K11.g_69_1139 (reverse)

seq1  CATGA-AAATAAATTTGAT-GTCTTTTGCTAACC--TCTGCGGCCACGGT  46
      ||||| ||||||||| ||| ||||||||||||||  ||||||| ||  ||
seq2  CATGATAAATAAATTGGATGGTCTTTTGCTAACCCATCTGCGGACAACGT  50

seq1  AG-AAATCCTGGTACTA-GCCACTGAGGATTATCCACACCC--AAGGTTG  92
      || ||||| |||||||| |||| ||  ||||||||||||||  | ||| |
seq2  AGAAAATCATGGTACTAGGCCAATGGAGATTATCCACACCCCAAGGGTGG  100

seq1  CACTGTAGATGGCATCAGGGGGCAGTCAGCATCTCACTCTGTAGCCCTTA  142
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTGTAGATGGCATCAGGGGGCAGTCAGCATCTCACTCTGTAGCCCTTA  150

seq1  TTAGCTATGTAGACCAGGCTTGCCTTGAACTCACAGAGATCTACTTGCCT  192
      ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAGCTATGTAGACCAGGC-TGCCTTGAACTCACAGAGATCTACTTGCCT  199

seq1  CTGCCTCCCTAGTGCTGGGACT-AAATGTGTGCACTACCATATGTATGTA  241
      |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCCTCCCTAGTGCTGGGACTAAAATGTGTGCACTACCATATGTATGTA  249

seq1  GCAAAATATGTATTCTTGCTAATTTTTTGAAGC-AACATAG-AATTTCCT  289
      ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||
seq2  GCAAAATATGTATTCTTGCTAATTTTTTGAAGCAAACATAGAAATTTCCT  299

seq1  CTCTTTGTATGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTTCACATATAC  339
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTTTGTATGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTTCACATATAC  349

seq1  TTGTATACATGTGTGCCTGTGCATGTGGAAGCCAGAGAACCACCAC-AAG  388
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
seq2  TTGTATACATGTGTGCCTGTGCATGTGGAAGCCAGAGAACCACCACAAAG  399

seq1  TTCTGTACAGGAGACATCTACCCTGATTTCTTTGAG-ACAGGGTGTGTCA  437
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
seq2  TTCTGTACAGGAGACATCTACCCTGATTTCTTTGAGAACAGGGTGTGTCA  449

seq1  CTAGACTTAGATCTCACTAGGTAGGCTATACTGACAACACAGCAAACCCG  487
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAGACTTAGATCTCACTAGGTAGGCTATACTGACAACACAGCAAACCCG  499

seq1  AGCGTCAGCCTGTCTCTGCCTCCTGGTGCTGTGATTACAAGCAGGTGATC  537
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCGTCAGCCTGTCTCTGCCTCCTGGTGCTGTGATTACAAGCAGGTGATC  549

seq1  CCACATCTGGCTGGCTTCTTCTCTACCTTCGTCCTCATGCTCTTCAGCAA  587
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACATCTGGCTGGCTTCTTCTCTACCTTCGTCCTCATGCTCTTCAGCAA  599

seq1  GCACTCTGCTGTCCCCTCAGCCACACGTTCCTCTCTTCCTGCTCTGAAGA  637
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCACTCTGCTGTCCCCTCAGCCACACGTTCCTCTCTTCCTGCTCTGAAGA  649

seq1  ATGCTAGGCCATAAGTTCTGTCATGTGAACTACCCCCGACACCACTTTTG  687
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCTAGGCCATAAGTTCTGTCATGTGAACTACCCCCGACACCACTTTTG  699

seq1  GATTGTTGGAATATGTAACGATGAATGTTACACATGTAACATTATGGAAC  737
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATTGTTGGAATATGTAACGATGAATGTTACACATGTAACATTATGGAAC  749

seq1  TAGAACTGTAAGTGGGGAGAAAAACAAGTTGTAGAATGGCGGGAAACAAT  787
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGAACTGTAAGTGGGGAGAAAAACAAGTTGTAGAATGGCGGGAAACAAT  799

seq1  CACGTTTTACGTAATAGATAAACAATACCTCCACTCCTACTCCTCCATTG  837
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACGTTTTACGTAATAGATAAACAATACCTCCACTCCTACTCCTCCATTG  849

seq1  TTTGAGTAAAGTTGGATATGCCAGTCACTGTAAACACCAGTAAACTGTAG  887
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGAGTAAAGTTGGATATGCCAGTCACTGTAAACACCAGTAAACTGTAG  899

seq1  GGTTGTGACTCCCTGATTTTTGAAAAGGCCGGGGAGGATCCTTTCCAGTC  937
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTTGTGACTCCCTGATTTTTGAAAAGGCCGGGGAGGATCCTTTCCAGTC  949

seq1  TTGGTTACAATATGGCACCACCTGGTGGCAGTTTCCAGTGCTGACTTAAG  987
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGTTACAATATGGCACCACCTGGTGGCAGTTTCCAGTGCTGACTTAAG  999

seq1  CATCAATGGGAACAACCCTAGGTTGTGGGACCTGTTGAAATGTCCAGGCC  1037
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCAATGGGAACAACCCTAGGTTGTGGGACCTGTTGAAATGTCCAGGCC  1049

seq1  ATTGGCCACAAACCCTGAATTC  1059
      ||||||||||||||||||||||
seq2  ATTGGCCACAAACCCTGAATTC  1071