BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-287D04
Chromosome19 (Build37)
Map Location 58,985,098 - 59,153,939
singlet/doubletdoublet
Overlap gene6430537H07Rik, 4930506M07Rik
Upstream geneAtrnl1, Gfra1, LOC100043503, 1700011F14Rik, Pnlip, Pnliprp1, Pnliprp2, 1700019N19Rik, Hspa12a
Downstream geneLOC668626, Vax1, LOC668627, Kcnk18, Slc18a2, Pdzd8, LOC100034727, LOC100043073, Emx2os, Emx2, Rab11fip2, LOC100043087, LOC100043091
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-287D04.bB6Ng01-287D04.g
ACCGA085187GA085188
length1,1581,194
definitionB6Ng01-287D04.b B6Ng01-287D04.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(58,985,098 - 58,986,267)(59,152,742 - 59,153,939)
sequence
gaattcaaagggaaatatgaaataaataatactgtggttttctgtggcaa
aaggttatgtttacactggaagtcatagtgcctgttgttatgcaaatcaa
agaatttatacacaactcaagatcaggctttacaaatacagcttgtaggg
catctgaagtcctaggtgcttactcagaactcagtaaaggtcggttatta
tcaagatcataattagtaataactctttaataattaaaacgtaagaaacg
taattcagattatggctctaaaaatagccctgagataaatgactaacccc
gtggagtgaggtagagcaggcttcacagctacctctccgttcccacactt
ggcctcttgctgccctggatgccacacacacatccccactctccatgtcc
ctcaccttcaccagcacaagcgcctcaatgtagacaaacacagggggcgc
aagactgactgcccgggcttacaaagctgcttcctccccccacccccacc
cccaacgaaagcctcacttaacacagggcaggaaatgaatccccacccct
atggtcgattttgcaatgtcctagctaagctaaagggcagagatttggag
acaaggcatccagtccccaagaactaagacactcagtccagcccaccctc
tcctcggaggacgagcaggatccggaagcaactgaaggggtagtcgccct
gtacagcttcagcagaatcgtatttggccaccagaaaagtgtcaatctgt
ccattcatgccctcccccttaaagatgattagcagtggtaagtactcagg
gccttcgccatgaagacgtttttatttcattttcccaggatgtgtctgct
cttggtgattcttctagagttcctcccaggaaatcccaccgaagtgaaac
ccaccagaggggaatgcttttcctgttcccaacctcggctgacagaactg
tttgtctgcagccgggccaccaggcggagccccagctttctctatggagc
atttatgtctttttgcaaacatctctgtgggagtcctacttctacaagtc
tgctgaggctcggcatccacactagactgtagctcattggggtcagacgc
ttacccttcaatggacttacatctaaggtgtaggatggcagtcagactga
aggcactc
gaattccaggacagcctggacagctatacagagaaaccatatctcaaaaa
aaaaaaattaagagctttattgaattgtattttacccaccatgttacatg
gatgctaacaagggatataggtaacatcatcaatgaagataaccaaagac
ttttctaaatgggcagaatgtacaattctagttttgaggatatccatagt
tatgcaatctgaaatacaatgtattttagtttattcccccacctccaatg
cacatgctttttaggagtcattgcctatattttctttctccctatcccca
gttctatacaaatcattaatcaactttctttatgtgtttgtttgttgtga
gcattttatataaaggcaatcgtgcagtagttcgggtttttctgactgcc
ttcttgcacttagaatcatgtttttcaaagtttgcccatagtgggtcatg
tatcacaactttgtttctttgcattgccaagtaacattcaaatgttacta
tttttatatcattgttaactttatggtaaataaccctgcaggcaagtctc
taaggattgactccctaacacagaatgagtgggtcaaagatgacaaatct
cgctacatcatagttttatctacatagtacagaaaattacatacattgta
attaccaaaaagcaaacaagtactaaatagcctcattgtgctcccttctc
tatctccttccttagagtcagatattccgtcttctatccctagagacagc
cacaatcccatgtttgttacaagtcttttagttcatctttagaaggtacc
tcctgacctcatatacgtatataacacacaaacatttcaagatgtttcaa
atttgatgttgtttgatggttactaacagcgtcaatgcaatgaaacacaa
atccccgttatgcattattaagcagaaacaaaaactaattatataactct
atcctttcctatcaatatcatgccatataaataaggtcaatggtacagaa
gctcttgtatccaagaagtaaatctatagttagcctaatattcatagcat
ggcctcaggatatagggctttgttttttcaggtgggctattttaattcaa
agaggtacatgggatccatttccatggaccaccgaatcactgtggaggca
aaactcaattgagactctcaactccccggactcataactgttgt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr19_58985098_58986267
seq2: B6Ng01-287D04.b_45_1202

seq1  GAATTCAAAGGGAAATATGAAATAAATAATACTGTGGTTTTCTGTGGCAA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAAAGGGAAATATGAAATAAATAATACTGTGGTTTTCTGTGGCAA  50

seq1  AAGGTTATGTTTACACTGGAAGTCATAGTGCCTGTTGTTATGCAAATCAA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGTTATGTTTACACTGGAAGTCATAGTGCCTGTTGTTATGCAAATCAA  100

seq1  AGAATTTATACACAACTCAAGATCAGGCTTTACAAATACAGCTTGTAGGG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAATTTATACACAACTCAAGATCAGGCTTTACAAATACAGCTTGTAGGG  150

seq1  CATCTGAAGTCCTAGGTGCTTACTCAGAACTCAGTAAAGGTCGGTTATTA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCTGAAGTCCTAGGTGCTTACTCAGAACTCAGTAAAGGTCGGTTATTA  200

seq1  TCAAGATCATAATTAGTAATAACTCTTTAATAATTAAAACGTAAGAAACG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAAGATCATAATTAGTAATAACTCTTTAATAATTAAAACGTAAGAAACG  250

seq1  TAATTCAGATTATGGCTCTAAAAATAGCCCTGAGATAAATGACTAACCCC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATTCAGATTATGGCTCTAAAAATAGCCCTGAGATAAATGACTAACCCC  300

seq1  GTGGAGTGAGGTAGAGCAGGCTTCACAGCTACCTCTCCGTTCCCACACTT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGAGTGAGGTAGAGCAGGCTTCACAGCTACCTCTCCGTTCCCACACTT  350

seq1  GGCCTCTTGCTGCCCTGGATGCCACACACACATCCCCACTCTCCATGTCC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCCTCTTGCTGCCCTGGATGCCACACACACATCCCCACTCTCCATGTCC  400

seq1  CTCACCTTCACCAGCACAAGCGCCTCAATGTAGACAAACACAGGGGGCGC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCACCTTCACCAGCACAAGCGCCTCAATGTAGACAAACACAGGGGGCGC  450

seq1  AAGACTGACTGCCCGGGCTTACAAAGCTGCTTCCTCCCCCCACCCCCACC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGACTGACTGCCCGGGCTTACAAAGCTGCTTCCTCCCCCCACCCCCACC  500

seq1  CCCAACGAAAGCCTCACTTAACACAGGGCAGGAAATGAATCCCCACCCCT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCAACGAAAGCCTCACTTAACACAGGGCAGGAAATGAATCCCCACCCCT  550

seq1  ATGGTCGATTTTGCAATGTCCTAGCTAAGCTAAAGGGCAGAGATTTGGAG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGTCGATTTTGCAATGTCCTAGCTAAGCTAAAGGGCAGAGATTTGGAG  600

seq1  ACAAGGCATCCAGTCCCCAAGAACTAAGACACTCAGTCCAGCCCACCCTC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAAGGCATCCAGTCCCCAAGAACTAAGACACTCAGTCCAGCCCACCCTC  650

seq1  TCCTCGGAGGACGAGCAGGATCCGGAAGCAACTGAAGGGGTAGTCGCCCT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTCGGAGGACGAGCAGGATCCGGAAGCAACTGAAGGGGTAGTCGCCCT  700

seq1  GTACAGCTTCAGCAGAATCGTATTTGGCCACCAGAAAAGTGTCAATCTGT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTACAGCTTCAGCAGAATCGTATTTGGCCACCAGAAAAGTGTCAATCTGT  750

seq1  CCATTCATGCCCTCCCCCTTAAAGATGATTAGCAGTGGTAAGTACTCAGG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATTCATGCCCTCCCCCTTAAAGATGATTAGCAGTGGTAAGTACTCAGG  800

seq1  GCCTTCGCCATGAAGACGTTTTTATTTCATTTTCCCAGGATGTGTCTGCT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTTCGCCATGAAGACGTTTTTATTTCATTTTCCCAGGATGTGTCTGCT  850

seq1  CTTGGTGATTCTTCTAGAGTTCCTCCCAGGAAATCCCACCGAAGTGAAAC  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGGTGATTCTTCTAGAGTTCCTCCCAGGAAATCCCACCGAAGTGAAAC  900

seq1  CCACCAGAGGGGAATGCTTTTCCTGTTCCCAACCTCGGCTGACAGAACTG  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACCAGAGGGGAATGCTTTTCCTGTTCCCAACCTCGGCTGACAGAACTG  950

seq1  TTTGTCTGCAGCC-GGCCACCAGGCGGAGCCCCAGCTTTCTCTATGGAGC  999
      ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| 
seq2  TTTGTCTGCAGCCGGGCCACCAGGCGGAGCCCCAGCTTTCTCTATGGAG-  999

seq1  CATTTATGTCTTTTTGCAAAACATCTCTGTGGGAGTCCCTACTTCTACCA  1049
      ||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||| |
seq2  CATTTATGTCTTTTTGC-AAACATCTCTGTGGGAGT-CCTACTTCTACAA  1047

seq1  GTCTGGCTGAGGGCTTCCGCCATCCCACACTTAGACTGTAGGCTCATTGG  1099
      |||| ||||| ||||  || ||| |||||| ||||||||| |||||||||
seq2  GTCT-GCTGA-GGCT--CGGCAT-CCACAC-TAGACTGTA-GCTCATTGG  1090

seq1  GGTCAAGACGCTAACCCTTCCAATGGGCCTACAATCTAA-GTGTAGGATG  1148
      |||| ||||||| |||||| |||||| | ||| |||||| ||||||||||
seq2  GGTC-AGACGCTTACCCTT-CAATGGACTTAC-ATCTAAGGTGTAGGATG  1137

seq1  GCAGTCCAAGACT-CAGGCACTC  1170
      ||||||  |||||  ||||||||
seq2  GCAGTC--AGACTGAAGGCACTC  1158

seq1: chr19_59152742_59153939
seq2: B6Ng01-287D04.g_67_1260 (reverse)

seq1  ACAACAG-TATGATGTCTGGGGAGTTTGAGAGTCTCAAATTGAAATGTTT  49
      ||||||| ||||| ||| |||||| ||||||||||| ||||||   ||||
seq2  ACAACAGTTATGA-GTCCGGGGAG-TTGAGAGTCTC-AATTGA---GTTT  44

seq1  TGGCCTCACAGTGAATCGGTGGCTCATTGAAATGAATTCCATGTACCCTC  99
      || |  |||||||| |||||||  ||| |||||| || ||||||| ||||
seq2  TGCCTCCACAGTGATTCGGTGGTCCATGGAAATGGATCCCATGTA-CCTC  93

seq1  TTTGAATTAAAATAG-CCACCTG-AAAAACAAAGCCCTATTATCCTGAGG  147
      ||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||| ||||||||||
seq2  TTTGAATTAAAATAGCCCACCTGAAAAAACAAAGCCCTA-TATCCTGAGG  142

seq1  CCATGCTATGAATTATTAGGCTAACTATTAGATTTACTTCTTGGGATAC-  196
      |||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||| |||||| 
seq2  CCATGCTATGAA-TATTAGGCTAACTA-TAGATTTACTTCTT-GGATACA  189

seq1  AGAGCTTCTGTTACAATGA-CTTATTTATATGGCATGAATATTGATAGG-  244
      |||||||||||  || ||| ||||||||||||||||| ||||||||||| 
seq2  AGAGCTTCTGTACCATTGACCTTATTTATATGGCATG-ATATTGATAGGA  238

seq1  AAGGATAGAGTTATATAATTAGTTTTTG-TTCTGCTTAATAATGCAT-AC  292
      |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||
seq2  AAGGATAGAGTTATATAATTAGTTTTTGTTTCTGCTTAATAATGCATAAC  288

seq1  GGGGATTTGTGTTTCATTGCATTGACGCTGTTAGTAACCATCAAACAACA  342
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGGATTTGTGTTTCATTGCATTGACGCTGTTAGTAACCATCAAACAACA  338

seq1  TCAAATTTGAAACATCTTGAAATGTTTGTGTGTTATATACGTATATGAGG  392
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAAATTTGAAACATCTTGAAATGTTTGTGTGTTATATACGTATATGAGG  388

seq1  TCAGGAGGTACCTTCTAAAGATGAACTAAAAGACTTGTAACAAACATGGG  442
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGGAGGTACCTTCTAAAGATGAACTAAAAGACTTGTAACAAACATGGG  438

seq1  ATTGTGGCTGTCTCTAGGGATAGAAGACGGAATATCTGACTCTAAGGAAG  492
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTGTGGCTGTCTCTAGGGATAGAAGACGGAATATCTGACTCTAAGGAAG  488

seq1  GAGATAGAGAAGGGAGCACAATGAGGCTATTTAGTACTTGTTTGCTTTTT  542
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGATAGAGAAGGGAGCACAATGAGGCTATTTAGTACTTGTTTGCTTTTT  538

seq1  GGTAATTACAATGTATGTAATTTTCTGTACTATGTAGATAAAACTATGAT  592
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTAATTACAATGTATGTAATTTTCTGTACTATGTAGATAAAACTATGAT  588

seq1  GTAGCGAGATTTGTCATCTTTGACCCACTCATTCTGTGTTAGGGAGTCAA  642
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAGCGAGATTTGTCATCTTTGACCCACTCATTCTGTGTTAGGGAGTCAA  638

seq1  TCCTTAGAGACTTGCCTGCAGGGTTATTTACCATAAAGTTAACAATGATA  692
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTTAGAGACTTGCCTGCAGGGTTATTTACCATAAAGTTAACAATGATA  688

seq1  TAAAAATAGTAACATTTGAATGTTACTTGGCAATGCAAAGAAACAAAGTT  742
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAAATAGTAACATTTGAATGTTACTTGGCAATGCAAAGAAACAAAGTT  738

seq1  GTGATACATGACCCACTATGGGCAAACTTTGAAAAACATGATTCTAAGTG  792
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGATACATGACCCACTATGGGCAAACTTTGAAAAACATGATTCTAAGTG  788

seq1  CAAGAAGGCAGTCAGAAAAACCCGAACTACTGCACGATTGCCTTTATATA  842
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGAAGGCAGTCAGAAAAACCCGAACTACTGCACGATTGCCTTTATATA  838

seq1  AAATGCTCACAACAAACAAACACATAAAGAAAGTTGACTAATGATTTGTA  892
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
seq2  AAATGCTCACAACAAACAAACACATAAAGAAAGTTGATTAATGATTTGTA  888

seq1  TAGAACTGGGGATAGGGAGAAAGAAAATATAGGCAATGACTCCTAAAAAG  942
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGAACTGGGGATAGGGAGAAAGAAAATATAGGCAATGACTCCTAAAAAG  938

seq1  CATGTGCATTGGAGGTGGGGGAATAAACTAAAATACATTGTATTTCAGAT  992
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGTGCATTGGAGGTGGGGGAATAAACTAAAATACATTGTATTTCAGAT  988

seq1  TGCATAACTATGGATATCCTCAAAACTAGAATTGTACATTCTGCCCATTT  1042
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCATAACTATGGATATCCTCAAAACTAGAATTGTACATTCTGCCCATTT  1038

seq1  AGAAAAGTCTTTGGTTATCTTCATTGATGATGTTACCTATATCCCTTGTT  1092
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAAAGTCTTTGGTTATCTTCATTGATGATGTTACCTATATCCCTTGTT  1088

seq1  AGCATCCATGTAACATGGTGGGTAAAATACAATTCAATAAAGCTCTTAAT  1142
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCATCCATGTAACATGGTGGGTAAAATACAATTCAATAAAGCTCTTAAT  1138

seq1  TTTTTTTTTTTGAGATATGGTTTCTCTGTATAGCTGTCCAGGCTGTCCTG  1192
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTTTTTTTTGAGATATGGTTTCTCTGTATAGCTGTCCAGGCTGTCCTG  1188

seq1  GAATTC  1198
      ||||||
seq2  GAATTC  1194