BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-287E09
Chromosome19 (Build37)
Map Location 44,106,349 - 44,311,217
singlet/doubletdoublet
Overlap geneErlin1, Chuk, Cwf19l1, Bloc1s2, Pkd2l1, Scd3
Upstream geneLOC545291, EG627624, Cnnm1, Got1, Nkx2-3, LOC100042700, LOC100043245, Slc25a28, Entpd7, Cox15, Cutc, Abcc2, Dnmbp, LOC668408, Cpn1, Cyp2c44
Downstream geneLOC629152, Scd2, Scd4, Scd1, Wnt8b, Sec31b, Ndufb8, Hif1an, Pax2, LOC383450, LOC100042752, 6030443O07Rik, Sema4g, Mrpl43, Peo1, Lzts2, Pdzd7, EG435601, LOC100042760, Sfxn3, Kazald1, Tlx1, Lbx1
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-287E09.bB6Ng01-287E09.g
ACCGA085243GA085244
length1,0761,137
definitionB6Ng01-287E09.b B6Ng01-287E09.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(44,106,349 - 44,107,426)(44,310,068 - 44,311,217)
sequence
gaattctggaggtagaaactgatgtcctagagaagtcatggggcaatgct
gattactggcttgtttgcctggcttgctcagcttatttttttttatagca
tccaggaccactagctcaggggtggcacctcccagtgagctgggccctcc
cacatctatcaatcatccatcaataaaatgtaccataggccaattattgg
ggacattttcacacttgagattccttcttccaaaattattttatctggtg
tcgttaacaggaaattagccagtgtagacactaaacacttaagacaccga
ctttatgagtatttgcctatatgtatgcaagtgcacacttgtacagtgtc
cacagaggccagaggagtgttgtgtgctgccacgtcggtgttaggaacca
aaccccactcttctggaagagctcttaaccaccgagccacttctccagcc
ccaaccctgagcactttaactcttaacggacattgtgtatgttcctagag
ctccatgggttgagacagttttgctaactcaatgcaataagcttgtgctt
ctgtgggctggtttttcacttttctaacaccaggttcttgctgtttaagt
ggtcttaccttaaagcgttcactctcctaagagactgctgagtctaagag
agcaaagattgtcttgctgggttgatggttcatctattaacttcacatct
aggacgcacatttctggacgcacaccaggttattctttaagttttcgttg
aaatttaacttcatggtcaaactgctgcttcttctgttgagtcagaggat
tgctgtctccattgaaatggttttttttttttgggggggggggtcagccc
acaataatcatttacgctcatttctcaatgaaagtgtcccttggggcact
aactcttgtgcacgcgtatgaaccgactacagcttatggtctgaagggtt
cctaaagtaaaactgttaagagtgcttgcatgaagtgggagctgcaacaa
ggaaaagtgcggtgacatcttgatgggaactgtccaactatgacttccct
caagtcaagaggaggaagggctgaac
gaattcatcgtgtctatgaatatccccagtcagtgaatatttgctccatt
taattggtttaatgaaatcagttcagagagagaggaaagagcaacactcc
atgactttggacatccaagcaattaaaaactagggtttaaaatgatctgt
ttgttttgttttattgaaacagcataatactttatagccctggctgtcct
gcacttcactctgtagaccaggctagcctcagacccacaaagatccacct
gcctttgcatttcaaatcccgggactaaagatacgtgtgccaccacacct
ggccaatgtgctctttaaaattatttttattattattatttttattgatg
tatatgtgtgtatgtctgtgtgagtaagtgccccgtgtgttcctgtgcct
ctgaaggtcagaatggggtgtcagatcctttggagcaggaattgtgggag
taagtcacccagtatgggtgctgggatctgaactagggtcctctggaaga
agagaaagtgcttttaactgctgtgccatctcttcagtccatagagttat
cactatgtagctctggctggcctggacttcacagaagtctacctgcgttt
gtctccccagtgctgggattacagacacacttggctgaaatgatgctatt
ggacagataaacctggaaatttattcagctattttaaggactaagagaaa
tgagatcttgaaacctcatctctcaagctccacccctcagcccccactca
cctcctctggaacatcaccagcttctcggctttcggtcagacatgtccag
ttttccgcccttctctttgacagccgggtgtttgcgcacaagcagccaac
ccacgtgagagaagaagaaggccacggcgggaattgtgagggtcggcgtg
tgttctgaagaacctgtggtgggctcgggtgatctcgggccattcataca
cgtcattctggagccacaggaagaggaacccagtatggagaagagaggtc
ctcaaggagcctgcaaggtctagatgtctggaagggcttgggactcttag
cgcaactctcaagtctagggaccttgtctcaaggagctggccagcaccct
ctcagccacattgccgtgaacttatgtgaaagcaatt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr19_44106349_44107426
seq2: B6Ng01-287E09.b_43_1118

seq1  GAATTCTGGAGGTAGAAACTGATGTCCTAGAGAAGTCATGGGGCAATGCT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTGGAGGTAGAAACTGATGTCCTAGAGAAGTCATGGGGCAATGCT  50

seq1  GATTACTGGCTTGTTTGCCTGGCTTGCTCAGCTTATTTTTTTTTATAGCA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATTACTGGCTTGTTTGCCTGGCTTGCTCAGCTTATTTTTTTTTATAGCA  100

seq1  TCCAGGACCACTAGCTCAGGGGTGGCACCTCCCAGTGAGCTGGGCCCTCC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCAGGACCACTAGCTCAGGGGTGGCACCTCCCAGTGAGCTGGGCCCTCC  150

seq1  CACATCTATCAATCATCCATCAATAAAATGTACCATAGGCCAATTATTGG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACATCTATCAATCATCCATCAATAAAATGTACCATAGGCCAATTATTGG  200

seq1  GGACATTTTCACACTTGAGATTCCTTCTTCCAAAATTATTTTATCTGGTG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGACATTTTCACACTTGAGATTCCTTCTTCCAAAATTATTTTATCTGGTG  250

seq1  TCGTTAACAGGAAATTAGCCAGTGTAGACACTAAACACTTAAGACACCGA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCGTTAACAGGAAATTAGCCAGTGTAGACACTAAACACTTAAGACACCGA  300

seq1  CTTTATGAGTATTTGCCTATATGTATGCAAGTGCACACTTGTACAGTGTC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTATGAGTATTTGCCTATATGTATGCAAGTGCACACTTGTACAGTGTC  350

seq1  CACAGAGGCCAGAGGAGTGTTGTGTGCTGCCACGTCGGTGTTAGGAACCA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACAGAGGCCAGAGGAGTGTTGTGTGCTGCCACGTCGGTGTTAGGAACCA  400

seq1  AACCCCACTCTTCTGGAAGAGCTCTTAACCACCGAGCCACTTCTCCAGCC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACCCCACTCTTCTGGAAGAGCTCTTAACCACCGAGCCACTTCTCCAGCC  450

seq1  CCAACCCTGAGCACTTTAACTCTTAACGGACATTGTGTATGTTCCTAGAG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAACCCTGAGCACTTTAACTCTTAACGGACATTGTGTATGTTCCTAGAG  500

seq1  CTCCATGGGTTGAGACAGTTTTGCTAACTCAATGCAATAAGCTTGTGCTT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCATGGGTTGAGACAGTTTTGCTAACTCAATGCAATAAGCTTGTGCTT  550

seq1  CTGTGGGCTGGTTTTTCACTTTTCTAACACCAGGTTCTTGCTGTTTAAGT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTGGGCTGGTTTTTCACTTTTCTAACACCAGGTTCTTGCTGTTTAAGT  600

seq1  GGTCTTACCTTAAAGCGTTCACTCTCCTAAGAGACTGCTGAGTCTAAGAG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTCTTACCTTAAAGCGTTCACTCTCCTAAGAGACTGCTGAGTCTAAGAG  650

seq1  AGCAAAGATTGTCTTGCTGGGTTGATGGTTCATCTATTAACTTCACATCT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCAAAGATTGTCTTGCTGGGTTGATGGTTCATCTATTAACTTCACATCT  700

seq1  AGGACGCACATTTCTGGACGCACACCAGGTTATTCTTTAAGTTTTCGTTG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGACGCACATTTCTGGACGCACACCAGGTTATTCTTTAAGTTTTCGTTG  750

seq1  AAATTTAACTTCATGGTCAAACTGCTGCTTCTTCTGTTGAGTCAGGAGGA  800
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
seq2  AAATTTAACTTCATGGTCAAACTGCTGCTTCTTCTGTTGAGTCA-GAGGA  799

seq1  TTGCTGTCTCCATTGAAATGGTTTTTTTTTTTT-GGGGGGGGGGTCAGCC  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
seq2  TTGCTGTCTCCATTGAAATGGTTTTTTTTTTTTGGGGGGGGGGGTCAGCC  849

seq1  CACAATAATCATTTACGCTCATTTCTCAATGAAAGTTGTCCCTTGGGGCA  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
seq2  CACAATAATCATTTACGCTCATTTCTCAATGAAAG-TGTCCCTTGGGGCA  898

seq1  CTAACTCTTGTGCACGCGTATGAACCGACTACAGCTTATGGTCTTGAGGG  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||
seq2  CTAACTCTTGTGCACGCGTATGAACCGACTACAGCTTATGGTC-TGAAGG  947

seq1  TTTCCTAAAGTAAAAACTGTTAAGAGTGCTTGCATGAAGT-GGAGCTGCA  998
       |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
seq2  GTTCCTAAAGT-AAAACTGTTAAGAGTGCTTGCATGAAGTGGGAGCTGCA  996

seq1  ACCAGGGAAAAGTGCGGTGACATC-TGAT-GGAACTGTCCAACATAGACT  1046
      | || ||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||   ||||
seq2  A-CAAGGAAAAGTGCGGTGACATCTTGATGGGAACTGTCCAACTATGACT  1045

seq1  TCACTCAAAGTCAAGAGGAGGGAAGGCTGAAC  1078
      || ||| |||||||||||||| | ||||||||
seq2  TCCCTC-AAGTCAAGAGGAGGAAGGGCTGAAC  1076

seq1: chr19_44310068_44311217
seq2: B6Ng01-287E09.g_64_1200 (reverse)

seq1  AATTGCTTTTTCACATAAGTTTCACGGGCATGTGTGCCTGAGAGGGTGCT  50
      ||||||  ||||||||||| |||||||  |  |||| |||||||||||||
seq2  AATTGC--TTTCACATAAG-TTCACGGCAA--TGTGGCTGAGAGGGTGCT  45

seq1  GCCAAGGCCTCCTTGGAGACAGAGTCCCTAAGACTCTGAGAGTTGCGCTA  100
      | | ||  |||||| ||||||  |||||| ||||| ||||||||||||||
seq2  GGCCAG--CTCCTT-GAGACAAGGTCCCT-AGACT-TGAGAGTTGCGCTA  90

seq1  AGAGTCCCAAGCCCTTGCAGACATCTAGACCCTTGCAGGCTCCTTGGAGG  150
      |||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||| ||||
seq2  AGAGTCCCAAGCCCTTCCAGACATCTAGA-CCTTGCAGGCTCCTT-GAGG  138

seq1  GCCTCTCTTCTCCATACTGGGTTCCTCTTTCCTGTGCTTCCAGAATGACG  200
       |||||||||||||||||||||||||| ||||||||  ||||||||||||
seq2  ACCTCTCTTCTCCATACTGGGTTCCTC-TTCCTGTGGCTCCAGAATGACG  187

seq1  TGTATGAATGGGCCCGAGATCA-CCGAGCCCACCACAAGTTC-TCAGAAA  248
      ||||||||| |||||||||||| |||||||||||||| |||| |||| ||
seq2  TGTATGAAT-GGCCCGAGATCACCCGAGCCCACCACAGGTTCTTCAG-AA  235

seq1  CACACGCCGACCCTCACAATTCCCGCCGTGG-CTTCTTCTTCTCTCACGT  297
      ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
seq2  CACACGCCGACCCTCACAATTCCCGCCGTGGCCTTCTTCTTCTCTCACGT  285

seq1  GGGTTGGCTGCTTGTGCGCAAACACCCGGCTGTCAAAGAGAAGGGCGGAA  347
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGTTGGCTGCTTGTGCGCAAACACCCGGCTGTCAAAGAGAAGGGCGGAA  335

seq1  AACTGGACATGTCTGACCTGAAAGCCGAGAAGCTGGTGATGTTCCAGAGG  397
      |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTGGACATGTCTGACC-GAAAGCCGAGAAGCTGGTGATGTTCCAGAGG  384

seq1  AGGTGAGTGGGGGCTGAGGGGTGGAGCTTGAGAGATGAGGTTTCAAGATC  447
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTGAGTGGGGGCTGAGGGGTGGAGCTTGAGAGATGAGGTTTCAAGATC  434

seq1  TCATTTCTCTTAGTCCTTAAAATAGCTGAATAAATTTCCAGGTTTATCTG  497
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATTTCTCTTAGTCCTTAAAATAGCTGAATAAATTTCCAGGTTTATCTG  484

seq1  TCCAATAGCATCATTTCAGCCAAGTGTGTCTGTAATCCCAGCACTGGGGA  547
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCAATAGCATCATTTCAGCCAAGTGTGTCTGTAATCCCAGCACTGGGGA  534

seq1  GACAAACGCAGGTAGACTTCTGTGAAGTCCAGGCCAGCCAGAGCTACATA  597
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACAAACGCAGGTAGACTTCTGTGAAGTCCAGGCCAGCCAGAGCTACATA  584

seq1  GTGATAACTCTATGGACTGAAGAGATGGCACAGCAGTTAAAAGCACTTTC  647
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGATAACTCTATGGACTGAAGAGATGGCACAGCAGTTAAAAGCACTTTC  634

seq1  TCTTCTTCCAGAGGACCCTAGTTCAGATCCCAGCACCCATACTGGGTGAC  697
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTCTTCCAGAGGACCCTAGTTCAGATCCCAGCACCCATACTGGGTGAC  684

seq1  TTACTCCCACAATTCCTGCTCCAAAGGATCTGACACCCCATTCTGACCTT  747
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTACTCCCACAATTCCTGCTCCAAAGGATCTGACACCCCATTCTGACCTT  734

seq1  CAGAGGCACAGGAACACACGGGGCACTTACTCACACAGACATACACACAT  797
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAGGCACAGGAACACACGGGGCACTTACTCACACAGACATACACACAT  784

seq1  ATACATCAATAAAAATAATAATAATAAAAATAATTTTAAAGAGCACATTG  847
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATACATCAATAAAAATAATAATAATAAAAATAATTTTAAAGAGCACATTG  834

seq1  GCCAGGTGTGGTGGCACACGTATCTTTAGTCCCGGGATTTGAAATGCAAA  897
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCAGGTGTGGTGGCACACGTATCTTTAGTCCCGGGATTTGAAATGCAAA  884

seq1  GGCAGGTGGATCTTTGTGGGTCTGAGGCTAGCCTGGTCTACAGAGTGAAG  947
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCAGGTGGATCTTTGTGGGTCTGAGGCTAGCCTGGTCTACAGAGTGAAG  934

seq1  TGCAGGACAGCCAGGGCTATAAAGTATTATGCTGTTTCAATAAAACAAAA  997
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCAGGACAGCCAGGGCTATAAAGTATTATGCTGTTTCAATAAAACAAAA  984

seq1  CAAACAGATCATTTTAAACCCTAGTTTTTAATTGCTTGGATGTCCAAAGT  1047
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAACAGATCATTTTAAACCCTAGTTTTTAATTGCTTGGATGTCCAAAGT  1034

seq1  CATGGAGTGTTGCTCTTTCCTCTCTCTCTGAACTGATTTCATTAAACCAA  1097
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGGAGTGTTGCTCTTTCCTCTCTCTCTGAACTGATTTCATTAAACCAA  1084

seq1  TTAAATGGAGCAAATATTCACTGACTGGGGATATTCATAGACACGATGAA  1147
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAAATGGAGCAAATATTCACTGACTGGGGATATTCATAGACACGATGAA  1134

seq1  TTC  1150
      |||
seq2  TTC  1137