BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-287P04
Chromosome19 (Build37)
Map Location 37,872,152 - 38,016,374
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC209281, Fer1l3
Upstream geneTnks2, Fgfbp3, Btaf1, Cpeb3, March5, LOC668230, Ide, LOC100043010, Kif11, EG667490, LOC631069, Hhex, Exoc6, Cyp26c1, Cyp26a1, LOC668248, LOC668251
Downstream geneCep55, Gpr120, Rbp4, Pde6c, 5730455O13Rik, Lgi1, Tmem20, LOC100042483, Plce1, EG667587, Noc3l, Tbc1d12, Hells
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-287P04.bB6Ng01-287P04.g
ACCGA085738GA085739
length1,0211,147
definitionB6Ng01-287P04.b B6Ng01-287P04.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(38,015,365 - 38,016,374)(37,872,152 - 37,873,315)
sequence
gaattcaaactctgggagggagactttaactaaccaggaccaaaaagagc
ctggggaggaagggttaatattccagcttacatgtcctgatcacagtcta
ccgtgaagtaagtcagggcaggaactcaaggcaggaacctggaggcagga
gctggtgtggaggccatggaggagtgctgcttgctaacttgctctttgtg
gcttgctcagcctgctttcctatagcccggaactacctgcccagaatcgg
caccatccacagtcagctgggccctcccacatcaatcattaattaagaaa
acaccctcgaggcttgctcatataggccaactgggtaaagacattatttc
ctttgaggttcctttccccccgaatgactctagcttatatgtagttgaca
taaaactatccatatcctaatttaattagggcattacaaggctttaaact
gcgtagtagattaagtggactaataatatgaaatcgataataaacaatat
gttttatacatcatgtagaacatggcacacagatgcatcatgcataagct
gtaaggtctgagcgttgctcattctcacaggtggagttcataggcatgaa
gtagacttgccttaggtcatatctccagggaagtaacaggttagactgat
tctaaacaggaacttttcctattgctctaaaggctcaactctcataggag
ctatgaaattacatttttacacagtaatgagcttccagagaacaaaaata
gagctacatattttggtgtcccccctaccatgttaccaggacagggtgtg
gaagaatcaatgaatcttgaacatttgcattacttcatcctgattgggtg
agacatttctagacttgctttcctttctctttccacatgagtacctacat
ggctctgggaagaacatggggccaccaggttggaaaccccaagttcaccc
tatgagccccgcagaaggcttgaatcattattcctctacctgctttattt
ctcagttcacacaaattatgt
gaattctctccttatcttgcttggtaagtcaccagctccttgtttgtggt
ctgagtggataactagttgcctcactttgggtcatatgtgctgtactatt
acaaaagatgctggaaaattaattatttagctttcgagagaaagagacta
aataccctttgtttcaaggctcatatgggagaggtaagattcccaaaagt
agagaagaaaattacatcatagaatatccagaagccatcaaatgtctacc
acagtgagaattctgaactggtcatctacctcagacttacctgtccttcc
ttctcagacctttcataaggtatacaaagtccaatctgcatctcccagtt
gattgacaccagaccaaaccccttccctcagcaggaatttacttggtttt
atctccatacctaaaattataagtaacaaaatacatgctaatctaatcca
acactggcctccttggtgctaggtaaaggagaaggctggaggctggggat
ctccgagaggtcagtctttgaatctaacagtatcatggagtacatgggtg
gaaagaatacttgaggtggtcccacctagctcttcgcctctggagacaag
aatatgtgtaagattccatcaatgccccaggcagatctttccattcagtt
tactgtgcagctgctaagctggagtctcagcttgtaagactctctgaagg
aaggaagcaaactcctttaaaaaaatgtaatcaaactagccaagcaaaca
aaagtcagtacaaccttcccaaagagcaatttgacaatgtctattatgat
tctcaatactgcttacctctttaatccactaatgccatttctgttcttca
attaaaaaaaaaaaaagtatgctttgaaacaaagtctcactatgtgatca
gacaggccttcaactctgagtggtccaggttgaccttgaactcataatct
tgcttctgcttcagatttcagcatgtgtgaccaagccttgatactaattc
ctgttaaaatcagcatattacaggtaactgaggaaaactgaagtgacaga
agtggtctttcttcactagagcacaccatctcttggtcgtatcaacgctc
agtcctggaaactgtaaacatgcactatgtgaccaacagtttattta
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr19_38015365_38016374
seq2: B6Ng01-287P04.b_47_1067 (reverse)

seq1  ACATATTTTGTGTG-ACTGAG-AATAAAGCAGGTTAGA-GAAT-ATGATT  46
      ||||| |||||||| |||||| ||||||||||| |||| |||| ||||||
seq2  ACATAATTTGTGTGAACTGAGAAATAAAGCAGG-TAGAGGAATAATGATT  49

seq1  CAAGCC-TCTGCGGGGCTCAT-GGGTGGAACTGGGGTTTCC-ACCTGGTG  93
      |||||| |||||||||||||| ||||| |  |||||||||| ||||||||
seq2  CAAGCCTTCTGCGGGGCTCATAGGGTGAACTTGGGGTTTCCAACCTGGTG  99

seq1  GCCCCATGTTCTT-CCAGAGCCATGTAGGTACTCATGTGGAAAGAGAAAG  142
      ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCCCATGTTCTTCCCAGAGCCATGTAGGTACTCATGTGGAAAGAGAAAG  149

seq1  GAAAGCAAGTCTAGAAATGTCTCACCCAATCAGGATGAAGTAATGC-AAT  191
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
seq2  GAAAGCAAGTCTAGAAATGTCTCACCCAATCAGGATGAAGTAATGCAAAT  199

seq1  GTTCAAGATTCATTGATTCTTCCACACCCTGTCCTGGTAACATGGTAGGG  241
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTCAAGATTCATTGATTCTTCCACACCCTGTCCTGGTAACATGGTAGGG  249

seq1  GGGACACCAAAATATGTAGCTCTATTTTTGTTCTCTGGAAGCTCATTACT  291
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGACACCAAAATATGTAGCTCTATTTTTGTTCTCTGGAAGCTCATTACT  299

seq1  GTGT-AAAATGTAATTTCATAGCTCCTATGAGAGTTGAGCCTTTAGAGCA  340
      |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTAAAAATGTAATTTCATAGCTCCTATGAGAGTTGAGCCTTTAGAGCA  349

seq1  ATAGGAAAAGTTCCTGTTTAGAATCAGTCTAACCTGTTACTT-CCTGGAG  389
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
seq2  ATAGGAAAAGTTCCTGTTTAGAATCAGTCTAACCTGTTACTTCCCTGGAG  399

seq1  ATATGACCTAAGGCAAGTCTACTTCATGCCTATGAACTCCACCTGTG-GA  438
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
seq2  ATATGACCTAAGGCAAGTCTACTTCATGCCTATGAACTCCACCTGTGAGA  449

seq1  ATGAGCAACGCTCAGACCTTACAGCTTATGCATGATGCATCTGTGTGCCA  488
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGAGCAACGCTCAGACCTTACAGCTTATGCATGATGCATCTGTGTGCCA  499

seq1  TGTTCTACATGATGTATAAAACATATTGTTTATTATCGATTTCATATTAT  538
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTCTACATGATGTATAAAACATATTGTTTATTATCGATTTCATATTAT  549

seq1  TAGTCCACTTAATCTACTACGCAGTTTAAAGCCTTGTAATGCCCTAATTA  588
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGTCCACTTAATCTACTACGCAGTTTAAAGCCTTGTAATGCCCTAATTA  599

seq1  AATTAGGATATGGATAGTTTTATGTCAACTACATATAAGCTAGAGTCATT  638
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTAGGATATGGATAGTTTTATGTCAACTACATATAAGCTAGAGTCATT  649

seq1  CGGGGGGAAAGGAACCTCAAAGGAAATAATGTCTTTACCCAGTTGGCCTA  688
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGGGGGGAAAGGAACCTCAAAGGAAATAATGTCTTTACCCAGTTGGCCTA  699

seq1  TATGAGCAAGCCTCGAGGGTGTTTTCTTAATTAATGATTGATGTGGGAGG  738
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGAGCAAGCCTCGAGGGTGTTTTCTTAATTAATGATTGATGTGGGAGG  749

seq1  GCCCAGCTGACTGTGGATGGTGCCGATTCTGGGCAGGTAGTTCCGGGCTA  788
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCCAGCTGACTGTGGATGGTGCCGATTCTGGGCAGGTAGTTCCGGGCTA  799

seq1  TAGGAAAGCAGGCTGAGCAAGCCACAAAGAGCAAGTTAGCAAGCAGCACT  838
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGGAAAGCAGGCTGAGCAAGCCACAAAGAGCAAGTTAGCAAGCAGCACT  849

seq1  CCTCCATGGCCTCCACACCAGCTCCTGCCTCCAGGTTCCTGCCTTGAGTT  888
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCCATGGCCTCCACACCAGCTCCTGCCTCCAGGTTCCTGCCTTGAGTT  899

seq1  CCTGCCCTGACTTACTTCACGGTAGACTGTGATCAGGACATGTAAGCTGG  938
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGCCCTGACTTACTTCACGGTAGACTGTGATCAGGACATGTAAGCTGG  949

seq1  AATATTAACCCTTCCTCCCCAGGCTCTTTTTGGTCCTGGTTAGTTAAAGT  988
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATATTAACCCTTCCTCCCCAGGCTCTTTTTGGTCCTGGTTAGTTAAAGT  999

seq1  CTCCCTCCCAGAGTTTGAATTC  1010
      ||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCCTCCCAGAGTTTGAATTC  1021

seq1: chr19_37872152_37873315
seq2: B6Ng01-287P04.g_68_1214

seq1  GAATTCTCTCCTTATCTTGCTTGGTAAGTCACCAGCTCCTTGTTTGTGGT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTCTCCTTATCTTGCTTGGTAAGTCACCAGCTCCTTGTTTGTGGT  50

seq1  CTGAGTGGATAACTAGTTGCCTCACTTTGGGTCATATGTGCTGTACTATT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGAGTGGATAACTAGTTGCCTCACTTTGGGTCATATGTGCTGTACTATT  100

seq1  ACAAAAGATGCTGGAAAATTAATTATTTAGCTTTCGAGAGAAAGAGACTA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAAAAGATGCTGGAAAATTAATTATTTAGCTTTCGAGAGAAAGAGACTA  150

seq1  AATACCCTTTGTTTCAAGGCTCATATGGGAGAGGTAAGATTCCCAAAAGT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATACCCTTTGTTTCAAGGCTCATATGGGAGAGGTAAGATTCCCAAAAGT  200

seq1  AGAGAAGAAAATTACATCATAGAATATCCAGAAGCCATCAAATGTCTACC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGAAGAAAATTACATCATAGAATATCCAGAAGCCATCAAATGTCTACC  250

seq1  ACAGTGAGAATTCTGAACTGGTCATCTACCTCAGACTTACCTGTCCTTCC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGTGAGAATTCTGAACTGGTCATCTACCTCAGACTTACCTGTCCTTCC  300

seq1  TTCTCAGACCTTTCATAAGGTATACAAAGTCCAATCTGCATCTCCCAGTT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTCAGACCTTTCATAAGGTATACAAAGTCCAATCTGCATCTCCCAGTT  350

seq1  GATTGACACCAGACCAAACCCCTTCCCTCAGCAGGAATTTACTTGGTTTT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATTGACACCAGACCAAACCCCTTCCCTCAGCAGGAATTTACTTGGTTTT  400

seq1  ATCTCCATACCTAAAATTATAAGTAACAAAATACATGCTAATCTAATCCA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTCCATACCTAAAATTATAAGTAACAAAATACATGCTAATCTAATCCA  450

seq1  ACACTGGCCTCCTTGGTGCTAGGTAAAGGAGAAGGCTGGAGGCTGGGGAT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACTGGCCTCCTTGGTGCTAGGTAAAGGAGAAGGCTGGAGGCTGGGGAT  500

seq1  CTCCGAGAGGTCAGTCTTTGAATCTAACAGTATCATGGAGTACATGGGTG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCGAGAGGTCAGTCTTTGAATCTAACAGTATCATGGAGTACATGGGTG  550

seq1  GAAAGAATACTTGAGGTGGTCCCACCTAGCTCTTCGCCTCTGGAGACAAG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAGAATACTTGAGGTGGTCCCACCTAGCTCTTCGCCTCTGGAGACAAG  600

seq1  AATATGTGTAAGATTCCATCAATGCCCCAGGCAGATCTTTCCATTCAGTT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATATGTGTAAGATTCCATCAATGCCCCAGGCAGATCTTTCCATTCAGTT  650

seq1  TACTGTGCAGCTGCTAAGCTGGAGTCTCAGCTTGTAAGACTCTCTGAAGG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACTGTGCAGCTGCTAAGCTGGAGTCTCAGCTTGTAAGACTCTCTGAAGG  700

seq1  AAGGAAGCAAACTCCTTTAAAAAAATGTAATCAAACTAGCCAAGCAAACA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGAAGCAAACTCCTTTAAAAAAATGTAATCAAACTAGCCAAGCAAACA  750

seq1  AAAGTCAGTACAACCTTCCCAAAGAGCAATTTGACAATGTCTATTATGAT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGTCAGTACAACCTTCCCAAAGAGCAATTTGACAATGTCTATTATGAT  800

seq1  TCTCAATACTGCTTACCTCTTTAATCCACTAATGCCATTTCTGTTCTTCA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCAATACTGCTTACCTCTTTAATCCACTAATGCCATTTCTGTTCTTCA  850

seq1  ATTAAAAAAAAAAAAAGTATGCTTTGAAACAAAGTCTCACTATGTGATCA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTAAAAAAAAAAAAAGTATGCTTTGAAACAAAGTCTCACTATGTGATCA  900

seq1  GACAGGCCTTCAACTCTGAGTGGTCCAGGTTGACCTTGAACTCATAATCT  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACAGGCCTTCAACTCTGAGTGGTCCAGGTTGACCTTGAACTCATAATCT  950

seq1  TGCTTCTGCTTCAGATTTCAAGCATGTGTGACCAAGCCTTGATAACTAAT  1000
      ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||
seq2  TGCTTCTGCTTCAGATTTC-AGCATGTGTGACCAAGCCTTGAT-ACTAAT  998

seq1  TCCTGTTAAAAATCAAGCATATTACAGGTAACTGAGGAAAACTGAAAGTG  1050
      ||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||
seq2  TCCTGTT-AAAATC-AGCATATTACAGGTAACTGAGGAAAACTG-AAGTG  1045

seq1  ACAGAAGTGGTC-TTCTTCAGGGAAGAGCACACCAATCTCTTGTCCGTTA  1099
      |||||||||||| |||||||    |||||||||| ||||||||  || ||
seq2  ACAGAAGTGGTCTTTCTTCA--CTAGAGCACACC-ATCTCTTGGTCG-TA  1091

seq1  TCAAACGCTCAGCCCTGAAAACATGTATACAAGTGGCACTATGTGGACCA  1149
      || ||||||||| |||| |||| |||| |||    ||||||||| |||| 
seq2  TC-AACGCTCAGTCCTGGAAAC-TGTAAACA---TGCACTATGT-GACC-  1134

seq1  AACAGGTTTTATTTA  1164
      |||||  ||||||||
seq2  AACAG--TTTATTTA  1147