BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-292C02
Chromosome19 (Build37)
Map Location 56,310,887 - 56,467,877
singlet/doubletdoublet
Overlap geneHabp2, Nrap
Upstream geneGucy2g, Acsl5, Zdhhc6, Vti1a, LOC100043479, Tcf7l2, Ppnr, LOC100043484
Downstream geneCasp7, 9930023K05Rik, Dclre1a, Nhlrc2, Adrb1, EG629643, A630007B06Rik, 1700010L13Rik, Tdrd1, Vwa2, Afap1l2, Ablim1, EG668259, AI450540
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-292C02.bB6Ng01-292C02.g
ACCGA088846GA088847
length1,1581,137
definitionB6Ng01-292C02.b B6Ng01-292C02.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(56,466,724 - 56,467,877)(56,310,887 - 56,312,032)
sequence
gaattctctgatactccaggtcaatgtaaatctttcctcctctcggatac
tcctcacagcaatgaaaagctacttaacacaggagattcctcccccgacc
cccaaaagatggagatcgccaggctaatgcactttttagggttaagtgtc
cctgaaatccaaaactttgtgagcaccaccatgaagctaccagtggaaga
ttccagaccaggaaactttgcttcatatacacaattattaatgatatgca
taaaattattatctggctgtgtattagggtagatatgaaacatgattttc
atatatatatatatatatatatatatatatacatatatatgacttattct
cctaatatatgtaaatatccaaactaaaatataagcagaaacctgaatcc
ttctggtcccgagcactttagacacaaatgttggtttccttgaggaccaa
cctcacacacctaccccgtcctgtttcctgccttctcactccgattcctt
aaagtactctcccaaataccttcttcaacacaggcctttgcctcagcttc
tgttttctggaaaaccgaggctaaggcccatattattggaaccactctca
gaggtcagaggaacccctgtgctccttggcttggtggccctgatataatc
ctggagccaaggagccagagcttgcaccaagaaagaaaagtagagagcca
tgttttgggctgagtgcccaccctattgtcttaccctgttcctacagcta
taataacacccaaggttcagcagctcatgatgagcagcatttggctcata
cctctggagagcaggctggctgagagtatgaccctgggaaggacttcctg
ctgtgtcatgccttggcagatgggatgagaacaagaaaggagcagggaag
gaggggacacctccatgtctccttgggtgacatcgatccactgattgcta
ctcaggccctgtccgtctccaagtattgtgacactggagaatagaatttc
taggacatagactttggaggacatgcttaaaacatagcatctgtcagtta
aaggacatcttgtctgtcctgcaataggcattactctacaccctttagaa
tgtcacacctcctcattctctgtgcctgttcccacttcagtattcgcaga
aaacagaa
tcagatagccactgaggggcagattcagggagaaccagacggcaacctcc
aacctcttccctggggtgatgcaggaagtgttatcagagttgaaaccaga
agacaggtgtctggttgctcggcctcccagtgatgctaacttctggggta
tgatcccagcatgcactggttgggttctaaggcaataaatcccaactgca
actcaatcagtaaactctctgaagcacatatgtgtacacagggcagactg
tgaccagggttacaggcttaggatttgtaagaaacttctggatccaggtg
gagacactgactcagccttcagggggctgggagctctaaccacatgcagc
attttactaatgtttcctttgtgtattcgatgtggctgccgggccaccta
gggttctgctgtgagctccagtcagtaatgttgttttctgggctccctca
gtaagaaatctctcccgtcagcttagcaggaccccctccagccttcagag
aaccttctggctaactttctagccattgattctggtctaccttgtccctt
aaacacttaaaccttcctcttggctgttcatccccagttgctgcttttga
aacggttcttggttaaaaactaaggttcttagccaggcagtggtagcaca
tacctttaatcccagcatctgggaagcagaggcaggcggatctctgagtt
caaggccaagttccagcacagccagtggtacacagagaaagccggtctca
aacaaaacaaaaacaaacaagcaaacaaaatccctgggatatctatattt
ctatctatctttctcaatatttctaaccacttctatagctatgattctga
ttattctgcctgcttccactcaactgccagtttcctataaaaccttattc
agtgtcactttcttttaatttctttttcaaacattttgcagtctgggttg
acacacacaggtccagacttgacccaaccatcacacgccagagaaccatt
ccttatatcttatgacccaatgacttacttcttcagcagaacaatgctct
tgacttctttggctagggtgtgatattcctgtggatttctggttaatgtg
aatgtggctccctttgctctcgacctacgagccacgt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr19_56466724_56467877
seq2: B6Ng01-292C02.b_46_1203 (reverse)

seq1  TTCTGTTTCCTGAG-ATACTGAAAGTTGGGGACA-GCACAGAGAATGAGG  48
      |||||||| ||| | ||||||||   |||| ||| |||||||||||||||
seq2  TTCTGTTTTCTGCGAATACTGAA--GTGGGAACAGGCACAGAGAATGAGG  48

seq1  A-GTGTGACAATCT-AAGGGTGTAGAAGTAAATGCCTATTGCAGGACAGA  96
      | |||||||| ||| |||||||||| ||| ||||||||||||||||||||
seq2  AGGTGTGACATTCTAAAGGGTGTAG-AGT-AATGCCTATTGCAGGACAGA  96

seq1  C-AGATGTCCCTTAACTGACAGATGCTATGTTTTAAGCATGTCCTCCAAA  145
      | |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGATGTCCTTTAACTGACAGATGCTATGTTTTAAGCATGTCCTCCAAA  146

seq1  GTCTATGTCCTAGAAATTCTA-TCTCCAGTGTCACAATACTTGGAGACGG  194
      ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTATGTCCTAGAAATTCTATTCTCCAGTGTCACAATACTTGGAGACGG  196

seq1  ACAGGGCCTGAGTAGCAATCAGTGGATCGATGTCA-CCAAGGAGACATGG  243
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
seq2  ACAGGGCCTGAGTAGCAATCAGTGGATCGATGTCACCCAAGGAGACATGG  246

seq1  AGGTGTCCCCTCCTTCCCTGCTCC-TTCTTGTTCTCATCCCATCTGCCAA  292
      |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTGTCCCCTCCTTCCCTGCTCCTTTCTTGTTCTCATCCCATCTGCCAA  296

seq1  GGCATGACACAGCAGGAAGTCCTTCCCAGGGTCATACTCTCAGCCAGCCT  342
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCATGACACAGCAGGAAGTCCTTCCCAGGGTCATACTCTCAGCCAGCCT  346

seq1  GCTCTCCAGAGGTATGAGCCAAATGCTGCTCATCATGAGCTGCTGAACCT  392
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTCTCCAGAGGTATGAGCCAAATGCTGCTCATCATGAGCTGCTGAACCT  396

seq1  TGGGTGTTATTATAGCTGTAGGAACAGGGTAAGACAATAGGGTGGGCACT  442
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGTGTTATTATAGCTGTAGGAACAGGGTAAGACAATAGGGTGGGCACT  446

seq1  CAGCCCAAAACATGGCTCTCTACTTTTCTTTCTTGGTGCAAGCTCTGGCT  492
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCCCAAAACATGGCTCTCTACTTTTCTTTCTTGGTGCAAGCTCTGGCT  496

seq1  CCTTGGCTCCAGGATTATATCAGGGCCACCAAGCCAAGGAGCACAGGGGT  542
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTGGCTCCAGGATTATATCAGGGCCACCAAGCCAAGGAGCACAGGGGT  546

seq1  TCCTCTGACCTCTGAGAGTGGTTCCAATAATATGGGCCTTAGCCTCGGTT  592
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTCTGACCTCTGAGAGTGGTTCCAATAATATGGGCCTTAGCCTCGGTT  596

seq1  TTCCAGAAAACAGAAGCTGAGGCAAAGGCCTGTGTTGAAGAAGGTATTTG  642
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCAGAAAACAGAAGCTGAGGCAAAGGCCTGTGTTGAAGAAGGTATTTG  646

seq1  GGAGAGTACTTTAAGGAATCGGAGTGAGAAGGCAGGAAACAGGACGGGGT  692
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGAGTACTTTAAGGAATCGGAGTGAGAAGGCAGGAAACAGGACGGGGT  696

seq1  AGGTGTGTGAGGTTGGTCCTCAAGGAAACCAACATTTGTGTCTAAAGTGC  742
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTGTGTGAGGTTGGTCCTCAAGGAAACCAACATTTGTGTCTAAAGTGC  746

seq1  TCGGGACCAGAAGGATTCAGGTTTCTGCTTATATTTTAGTTTGGATATTT  792
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCGGGACCAGAAGGATTCAGGTTTCTGCTTATATTTTAGTTTGGATATTT  796

seq1  ACATATATTAGGAGAATAAGTCATATATATGTATATATATATATATATAT  842
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATATATTAGGAGAATAAGTCATATATATGTATATATATATATATATAT  846

seq1  ATATATATATATGAAAATCATGTTTCATATCTACCCTAATACACAGCCAG  892
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATATATATATGAAAATCATGTTTCATATCTACCCTAATACACAGCCAG  896

seq1  ATAATAATTTTATGCATATCATTAATAATTGTGTATATGAAGCAAAGTTT  942
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAATAATTTTATGCATATCATTAATAATTGTGTATATGAAGCAAAGTTT  946

seq1  CCTGGTCTGGAATCTTCCACTGGTAGCTTCATGGTGGTGCTCACAAAGTT  992
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGGTCTGGAATCTTCCACTGGTAGCTTCATGGTGGTGCTCACAAAGTT  996

seq1  TTGGATTTCAGGGACACTTAACCCTAAAAAGTGCATTAGCCTGGCGATCT  1042
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGATTTCAGGGACACTTAACCCTAAAAAGTGCATTAGCCTGGCGATCT  1046

seq1  CCATCTTTTGGGGGTCGGGGGAGGAATCTCCTGTGTTAAGTAGCTTTTCA  1092
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATCTTTTGGGGGTCGGGGGAGGAATCTCCTGTGTTAAGTAGCTTTTCA  1096

seq1  TTGCTGTGAGGAGTATCCGAGAGGAGGAAAGATTTACATTGACCTGGAGT  1142
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGCTGTGAGGAGTATCCGAGAGGAGGAAAGATTTACATTGACCTGGAGT  1146

seq1  ATCAGAGAATTC  1154
      ||||||||||||
seq2  ATCAGAGAATTC  1158

seq1: chr19_56310887_56312032
seq2: B6Ng01-292C02.g_74_1210

seq1  TCAGATAGCCACTGAGGGGCAGATTCAGGGAGAACCAGACGGCAACCTCC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGATAGCCACTGAGGGGCAGATTCAGGGAGAACCAGACGGCAACCTCC  50

seq1  AACCTCTTCCCTGGGGTGATGCAGGAAGTGTTATCAGAGTTGAAACCAGA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACCTCTTCCCTGGGGTGATGCAGGAAGTGTTATCAGAGTTGAAACCAGA  100

seq1  AGACAGGTGTCTGGTTGCTCGGCCTCCCAGTGATGCTAACTTCTGGGGTA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACAGGTGTCTGGTTGCTCGGCCTCCCAGTGATGCTAACTTCTGGGGTA  150

seq1  TGATCCCAGCATGCACTGGTTGGGTTCTAAGGCAATAAATCCCAACTGCA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATCCCAGCATGCACTGGTTGGGTTCTAAGGCAATAAATCCCAACTGCA  200

seq1  ACTCAATCAGTAAACTCTCTGAAGCACATATGTGTACACAGGGCAGACTG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCAATCAGTAAACTCTCTGAAGCACATATGTGTACACAGGGCAGACTG  250

seq1  TGACCAGGGTTACAGGCTTAGGATTTGTAAGAAACTTCTGGATCCAGGTG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACCAGGGTTACAGGCTTAGGATTTGTAAGAAACTTCTGGATCCAGGTG  300

seq1  GAGACACTGACTCAGCCTTCAGGGGGCTGGGAGCTCTAACCACATGCAGC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGACACTGACTCAGCCTTCAGGGGGCTGGGAGCTCTAACCACATGCAGC  350

seq1  ATTTTACTAATGTTTCCTTTGTGTATTCGATGTGGCTGCCGGGCCACCTA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTTACTAATGTTTCCTTTGTGTATTCGATGTGGCTGCCGGGCCACCTA  400

seq1  GGGTTCTGCTGTGAGCTCCAGTCAGTAATGTTGTTTTCTGGGCTCCCTCA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGTTCTGCTGTGAGCTCCAGTCAGTAATGTTGTTTTCTGGGCTCCCTCA  450

seq1  GTAAGAAATCTCTCCCGTCAGCTTAGCAGGACCCCCTCCAGCCTTCAGAG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAAGAAATCTCTCCCGTCAGCTTAGCAGGACCCCCTCCAGCCTTCAGAG  500

seq1  AACCTTCTGGCTAACTTTCTAGCCATTGATTCTGGTCTACCTTGTCCCTT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACCTTCTGGCTAACTTTCTAGCCATTGATTCTGGTCTACCTTGTCCCTT  550

seq1  AAACACTTAAACCTTCCTCTTGGCTGTTCATCCCCAGTTGCTGCTTTTGA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACACTTAAACCTTCCTCTTGGCTGTTCATCCCCAGTTGCTGCTTTTGA  600

seq1  AACGGTTCTTGGTTAAAAACTAAGGTTCTTAGCCAGGCAGTGGTAGCACA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACGGTTCTTGGTTAAAAACTAAGGTTCTTAGCCAGGCAGTGGTAGCACA  650

seq1  TACCTTTAATCCCAGCATCTGGGAAGCAGAGGCAGGCGGATCTCTGAGTT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACCTTTAATCCCAGCATCTGGGAAGCAGAGGCAGGCGGATCTCTGAGTT  700

seq1  CAAGGCCAAGTTCCAGCACAGCCAGTGGTACACAGAGAAAGCCGGTCTCA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGGCCAAGTTCCAGCACAGCCAGTGGTACACAGAGAAAGCCGGTCTCA  750

seq1  AACAAAACAAAAACAAACAAGCAAACAAAATCCCTGGGATATCTATATTT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACAAAACAAAAACAAACAAGCAAACAAAATCCCTGGGATATCTATATTT  800

seq1  CTATCTATCTTTCTCAATATTTCTAACCACTTCTATAGCTATGATTCTGA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATCTATCTTTCTCAATATTTCTAACCACTTCTATAGCTATGATTCTGA  850

seq1  TTATTCTGCCTGCTTCCACTCAACTGCCAG-TTCCTATAAAACCTTATTC  899
      |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
seq2  TTATTCTGCCTGCTTCCACTCAACTGCCAGTTTCCTATAAAACCTTATTC  900

seq1  AGTGTCACTTTCTTTTAATTTCTTTTTCAAACATTTTGCAGTCT-GGTTG  948
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
seq2  AGTGTCACTTTCTTTTAATTTCTTTTTCAAACATTTTGCAGTCTGGGTTG  950

seq1  ACACACACAGGTCCAGACTTGACCCAAACCATCAACACGCCAGAAGAAAC  998
      ||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||   |||
seq2  ACACACACAGGTCCAGACTTGACCC-AACCATC-ACACGCCAGA--GAAC  996

seq1  CATTCCTTATTATCTTATGACCCAATGGAACTAAC-TCTTCAGCAAGAAC  1047
      ||||||||| |||||||||||||||||  ||| || |||||||| |||||
seq2  CATTCCTTA-TATCTTATGACCCAATG--ACTTACTTCTTCAGC-AGAAC  1042

seq1  AAAGGCTCCTGGCCTC-TTGGCTAGGGTGTGATATCCCTGTGGGTTTTCT  1096
       || |||| || | || |||||||||||||||||| ||||| || |||||
seq2  -AATGCTCTTGACTTCTTTGGCTAGGGTGTGATATTCCTGT-GGATTTCT  1090

seq1  GTTAAATGTGGATGTTGGCTCCC-TTGCTCTCCGACCAACCGAAGCCACG  1145
      | | |||||| ||| |||||||| ||||||| ||||| ||   |||||||
seq2  GGTTAATGTGAATG-TGGCTCCCTTTGCTCT-CGACCTAC--GAGCCACG  1136

seq1  T  1146
      |
seq2  T  1137