BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-294J19
Chromosome19 (Build37)
Map Location 58,789,579 - 58,926,341
singlet/doubletdoublet
Overlap genePnliprp1, Pnliprp2, 1700019N19Rik, Hspa12a
Upstream geneAtrnl1, Gfra1, LOC100043503, 1700011F14Rik, Pnlip
Downstream gene6430537H07Rik, 4930506M07Rik, LOC668626, Vax1, LOC668627, Kcnk18, Slc18a2, Pdzd8, LOC100034727, LOC100043073, Emx2os, Emx2
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-294J19.bB6Ng01-294J19.g
ACCGA090696GA090697
length1,083467
definitionB6Ng01-294J19.b B6Ng01-294J19.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(58,789,579 - 58,790,655)(58,925,869 - 58,926,341)
sequence
gaattctattcctaatttttttttctctgctctatcttgagagagaccct
tgtgcttactcttatgcaacacgcctgagttgtaagcagtaattatttca
ttttattttaatttaatttaattttacttcttgcatgaagttggaggaaa
gattatatgatgacattgtgaataaattatatcctgagagaactgtgtca
actcctgagagaattgtgtaaaatcctgcctttggttttattaaatttac
agttgtccttgaagtaattaaaagtcatccacagaaaaagctgccagtta
acatgcacatatgagtgtatttaacaggaaaatggcaatttcctatcaac
cagttcaacccaagaagccttccaagcccttttgggaaacacacacacac
ctttatgtgtacaaacgataacacccatgtttattcatacccaaatacat
tacacgcgtgcttttatgcacatgcttctgtgtgcttatatatttttatt
tcattcttcacactcccaggggctctctccaatctggaaaactcttacca
gtgagactgactctttgtggatgttggagatttgcagaaggctaaattta
tttgatacaacaatgtgatcaacccaactccacccacagtggaagcatct
gggataacagggggaagaaatgatggtagagtgtaagaagaaccagggta
agaagggtctagacgtgtttaccactctcttctctctaaaatcctttttg
aggtatatacctatagagtcacacatgccccggccatgtctgtttcttaa
gacctcatggggctttaggaaacagtgtcaagtgttaggaatgtcacttt
gatagattcagacaaaggtgaagaatgcttctttcaacagacaggcttag
actatgtaggtgactcgtgtgtgcacccctaccccaaacttcatggtttc
accaaacttatgttgttggggacttttttatcttatcaaggagcagaaaa
tatggcctcaggctcttaaagtggagatcaggaggtataggacactggga
tttcaagtacagtccttacctagagaaggtgtg
ctttgttcatacaaagccataaatccatgcgttctggaaattaggacttg
atacactgaagagttaggcccttactgtgtctgcctgagccagagaggta
gaggtctccatggactggggattgttagctagaaggtcttctgtctccct
tgaggtctgtttgttggagaaagttccttcttagtgtcttacctttggtt
tgacttcatcttggtaggttcctcagagacagtgccctcttcaggctggg
tcagccccctttcagaggcccatgctaaataaaaatctaaataaagattt
atggactcccagatagggaaaactatcaaagtatcaaggagctagtgaaa
catctacaaagatgtctcaatttcctcaggcagtctctaatgggttaaag
caactgtgtctgttttgctagccaggttgtgggcaggtgcctggggcggg
aggggggaggcgggggg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr19_58789579_58790655
seq2: B6Ng01-294J19.b_47_1129

seq1  GAATTCTATTCCTAATTTTTTTTTCTCTGCTCTATCTTGAGAGAGACCCT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTATTCCTAATTTTTTTTTCTCTGCTCTATCTTGAGAGAGACCCT  50

seq1  TGTGCTTACTCTTATGCAACACGCCTGAGTTGTAAGCAGTAATTATTTCA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGCTTACTCTTATGCAACACGCCTGAGTTGTAAGCAGTAATTATTTCA  100

seq1  TTTTATTTTAATTTAATTTAATTTTACTTCTTGCATGAAGTTGGAGGAAA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTATTTTAATTTAATTTAATTTTACTTCTTGCATGAAGTTGGAGGAAA  150

seq1  GATTATATGATGACATTGTGAATAAATTATATCCTGAGAGAACTGTGTCA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATTATATGATGACATTGTGAATAAATTATATCCTGAGAGAACTGTGTCA  200

seq1  ACTCCTGAGAGAATTGTGTAAAATCCTGCCTTTGGTTTTATTAAATTTAC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCCTGAGAGAATTGTGTAAAATCCTGCCTTTGGTTTTATTAAATTTAC  250

seq1  AGTTGTCCTTGAAGTAATTAAAAGTCATCCACAGAAAAAGCTGCCAGTTA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTGTCCTTGAAGTAATTAAAAGTCATCCACAGAAAAAGCTGCCAGTTA  300

seq1  ACATGCACATATGAGTGTATTTAACAGGAAAATGGCAATTTCCTATCAAC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATGCACATATGAGTGTATTTAACAGGAAAATGGCAATTTCCTATCAAC  350

seq1  CAGTTCAACCCAAGAAGCCTTCCAAGCCCTTTTGGGAAACACACACACAC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTTCAACCCAAGAAGCCTTCCAAGCCCTTTTGGGAAACACACACACAC  400

seq1  CTTTATGTGTACAAACGATAACACCCATGTTTATTCATACCCAAATACAT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTATGTGTACAAACGATAACACCCATGTTTATTCATACCCAAATACAT  450

seq1  TACACGCGTGCTTTTATGCACATGCTTCTGTGTGCTTATATATTTTTATT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACACGCGTGCTTTTATGCACATGCTTCTGTGTGCTTATATATTTTTATT  500

seq1  TCATTCTTCACACTCCCAGGGGCTCTCTCCAATCTGGAAAACTCTTACCA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATTCTTCACACTCCCAGGGGCTCTCTCCAATCTGGAAAACTCTTACCA  550

seq1  GTGAGACTGACTCTTTGTGGATGTTGGAGATTTGCAGAAGGCTAAATTTA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGAGACTGACTCTTTGTGGATGTTGGAGATTTGCAGAAGGCTAAATTTA  600

seq1  TTTGATACAACAATGTGATCAACCCAACTCCACCCACAGTGGAAGCATCT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGATACAACAATGTGATCAACCCAACTCCACCCACAGTGGAAGCATCT  650

seq1  GGGATAACAGGGGGAAGAAATGATGGTAGAGTGTAAGAAGAACCAGGGTA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGATAACAGGGGGAAGAAATGATGGTAGAGTGTAAGAAGAACCAGGGTA  700

seq1  AGAAGGGTCTAGACGTGTTTACCACTCTCTTCTCTCTAAAATCCTTTTTG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAGGGTCTAGACGTGTTTACCACTCTCTTCTCTCTAAAATCCTTTTTG  750

seq1  AGGTATATACCTATAGAGTCACACATGCCCCGGCCATGTCTGTTTCTTAA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTATATACCTATAGAGTCACACATGCCCCGGCCATGTCTGTTTCTTAA  800

seq1  GACCTCATGGGGCTTTAGGAAACAGTGTCAAGTGTTAGGAATGTCACTTT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACCTCATGGGGCTTTAGGAAACAGTGTCAAGTGTTAGGAATGTCACTTT  850

seq1  GATAGATTCAGACAAAGGTGAAGAATGCTTCTTTCAACAGACAGGCTTAG  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATAGATTCAGACAAAGGTGAAGAATGCTTCTTTCAACAGACAGGCTTAG  900

seq1  ACTATGTAGGTGACTCGTGTGTGCACCCCTACCCCAAACTTCATGGTTTC  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTATGTAGGTGACTCGTGTGTGCACCCCTACCCCAAACTTCATGGTTTC  950

seq1  ACCAAACTTATGTTGTTGGGGAC-TTTTTATCTTATCAAGGAGCAG-AAA  998
      ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||
seq2  ACCAAACTTATGTTGTTGGGGACTTTTTTATCTTATCAAGGAGCAGAAAA  1000

seq1  TAT-GCCTCAGGCTCTTAAAGTGAGGATCAGGAGGTATAAGACAACTGGA  1047
      ||| |||||||||||||||||||  |||||||||||||| ||||   |||
seq2  TATGGCCTCAGGCTCTTAAAGTGGAGATCAGGAGGTATAGGACACTGGGA  1050

seq1  TTTCAAAGTACAG-CCT--ACTAGAG-AGGTGTG  1077
      |||| |||||||| |||   |||||| |||||||
seq2  TTTC-AAGTACAGTCCTTACCTAGAGAAGGTGTG  1083

seq1: chr19_58925869_58926341
seq2: B6Ng01-294J19.g_69_541 (reverse)

seq1  CCCCCCGCCTCCCCCCTCCCGCCCCAGGCACCTGCCCACAACCTGGCTAG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCCCCGCCTCCCCCCTCCCGCCCCAGGCACCTGCCCACAACCTGGCTAG  50

seq1  CAAAACAGACACAGTTGCTTTAACCCATTAGAGACTGCCTGAGGAAATTG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAAACAGACACAGTTGCTTTAACCCATTAGAGACTGCCTGAGGAAATTG  100

seq1  AGACATCTTTGTAGATGTTTCACTAGCTCCTTGATACTTTGATAGTTTTC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACATCTTTGTAGATGTTTCACTAGCTCCTTGATACTTTGATAGTTTTC  150

seq1  CCTATCTGGGAGTCCATAAATCTTTATTTAGATTTTTATTTAGCATGGGC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTATCTGGGAGTCCATAAATCTTTATTTAGATTTTTATTTAGCATGGGC  200

seq1  CTCTGAAAGGGGGCTGACCCAGCCTGAAGAGGGCACTGTCTCTGAGGAAC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTGAAAGGGGGCTGACCCAGCCTGAAGAGGGCACTGTCTCTGAGGAAC  250

seq1  CTACCAAGATGAAGTCAAACCAAAGGTAAGACACTAAGAAGGAACTTTCT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTACCAAGATGAAGTCAAACCAAAGGTAAGACACTAAGAAGGAACTTTCT  300

seq1  CCAACAAACAGACCTCAAGGGAGACAGAAGACCTTCTAGCTAACAATCCC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAACAAACAGACCTCAAGGGAGACAGAAGACCTTCTAGCTAACAATCCC  350

seq1  CAGTCCATGGAGACCTCTACCTCTCTGGCTCAGGCAGACACAGTAAGGGC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTCCATGGAGACCTCTACCTCTCTGGCTCAGGCAGACACAGTAAGGGC  400

seq1  CTAACTCTTCAGTGTATCAAGTCCTAATTTCCAGAACGCATGGATTTATG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAACTCTTCAGTGTATCAAGTCCTAATTTCCAGAACGCATGGATTTATG  450

seq1  GCTTTGTATGAACAAAGGAATTC  473
      |||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTTGTATGAACAAAGGAATTC  473