BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-305L22
Chromosome19 (Build37)
Map Location 19,922,376 - 20,013,593
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneTrpm6, Rorb
Downstream geneLOC100042218, LOC100041541, Anxa1, LOC100041560, 1500015L24Rik, E030003E18Rik, EG626549, Aldh1a1, Aldh1a7, Tmc1, LOC100042287
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-305L22.bB6Ng01-305L22.g
ACCGA098955GA098956
length1,1801,127
definitionB6Ng01-305L22.b B6Ng01-305L22.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(20,012,404 - 20,013,593)(19,922,376 - 19,923,507)
sequence
gaattccatgtactacacagtcttaatctctcattcatactatgactcta
catttacacaagctccaacaattagaattccatctggacaatgtgcccag
gaaacaccttgagcttctggtgacatcatagtcccttcagtgcacatttc
agacaactcttttacaccagcccagcaaggctcacatggccatagggatt
atgctatgtatgttgccaggccttctctcactcttactttaatattgata
atgagtagaccctatgttgggcttagcctgattttaaagtgttaatttca
taggtagatatagccagtatccagtatcttaggactcaaaatgcaaatga
aactaaaattattgggattgttctttgcagctcagttggtaacacagaat
taatatcacagtcattcaaatccaaaatactgattttaattagaaaatat
ttaattacaaactgtatataaacacataaaattttattagatacagaact
cagattgctggcacccatgtgtgtatgtgcagacagtctgcatctgtaac
tatattaaaatggcaacatgttcatttaagctgaagattattttcaatcc
tgcatgaaatttgttgtcttgggcaaatcttcacaaatgccagttcccaa
ggaaagtaaatgcatattcaaattctcttacatgagtttggaaatggaac
aaagacaacagaacagtataaaaatatccacacatgtatgatctatgtga
agcaatactctagattgagtattctatatcttagaaggaatcaacatatt
gtaaaactgagtgagaatttccctttaatatgttgcgctaagagatagat
gaagttctggttacttttcaactctttcttacaactggcatttaaaatta
catagatcctaagtcattcacagacaacatttcataattaataaatgtgc
tatctctcaaattaatgcacattttgttggataatatctaatactcattt
agatatttttcagaaattatacagaaacacatatactcataaatcataaa
aacatgtagatgactacttttgggatctgttgaaatacagatttgtatca
gaatatgtctcatagtgttctccgggtcatgttaattttccgtacgtaac
tgtagaatcgaattagtcatggaattattt

gaattcctggtctcttggctaagatagaaaatttcaaatggcagtaatga
tttatgaaaaaagattttttttcaaaaatgatatgtaacatatttatcac
atgtgatttatgataacactgcataatttcaatcatatgacattgtaaaa
tatatgttaaattgtaatttattttatttaggtaaatgcattattaaatt
atattcttatttgtcatacaataataagacattaaaatgctagacatgaa
aattagaaatatttgtagtacttgttcagaataaacctgtgaggatgctc
tggtttttgttttcttatttatccaacattttatcgtgtttattcaacag
gaaaaggttagcaaaaatatctatcctgctgagtaagggacaaagtgaaa
atcaaggtcatttttcagtctgtgttaactagcatgtcaattatgcctcg
gctttgacacaaagcagaactggagcgagtacacagccggggatcatgag
gttccactcagcagcagcctttaggctgctgtctgcatataacctctatt
tttaaaactatgttttgtagtcaatatgacccaaggagaaatcttaactg
aagaataaaatagtcaaatccaaatcaccctcagttagagtttactataa
taataatttgaggtgatcttaaagatacattttagttttccttaaatagt
attattcactaaaaaatttaccatggttatcattccatctatgatcttaa
agttaaaataacactatgtaaaataaaataaaaacataccatgtaaacag
tttaccagtgactacaagtgttgtttttagcaaaatctcaattgctcagt
tttaccactgaagactcaggagccagatgctggggtgaaagcctacacag
tatagggattccaaatgaaacacacatatttaaagattcaaactaaagtc
aacaaatgagaaaaaagagacgtaaaataattgttgctctgggtgtggtt
taccacacctcagattgattatgtttattcttcatcttgcagcagcatcc
tttatatttcatacggtggtgcacacccattgggatccggaggcagctag
caataattttcagactgtagcctaatc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr19_20012404_20013593
seq2: B6Ng01-305L22.b_46_1225 (reverse)

seq1  AAATAA-TCCATGACTTAAATCGATTCTACAATATAGGTAACAGAAAATA  49
      |||||| |||||||| ||| ||||||||||| | || || || |||||| 
seq2  AAATAATTCCATGAC-TAATTCGATTCTACAGT-TACGT-ACGGAAAATT  47

seq1  AACATGACCGGGAAGGAACATTATGAGGACATATTCTGATACAAATCTGT  99
      ||||||||| |||  ||||| ||||| |||||||||||||||||||||||
seq2  AACATGACCCGGA--GAACACTATGA-GACATATTCTGATACAAATCTGT  94

seq1  ATTTCAACAGATCCCAAAAGTAGTTCATCTACATTGTTTTTATTGATTTT  149
      ||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||| ||| |||
seq2  ATTTCAACAGATCCCAAAAGTAG-TCATCTACA-TGTTTTTA-TGA-TTT  140

seq1  ATGAGTTATATGTGTTTCTGTAT-ATTTCTGAAAAAATATCTAAATGAGT  198
      ||||| ||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||
seq2  ATGAG-TATATGTGTTTCTGTATAATTTCTG-AAAAATATCTAAATGAGT  188

seq1  ATTAGATATTATCCAACAAAATGTGCATTAATTTGAGAGATAGCACATTT  248
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTAGATATTATCCAACAAAATGTGCATTAATTTGAGAGATAGCACATTT  238

seq1  ATTAATTATGAAATGTTGTCTGTGAATGACTTAGGATCTATGTAATTTTA  298
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTAATTATGAAATGTTGTCTGTGAATGACTTAGGATCTATGTAATTTTA  288

seq1  AATGCCAGTTGTAAGAAAGAGTTGAAAAGTAACCAGAACTTCATCTATCT  348
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGCCAGTTGTAAGAAAGAGTTGAAAAGTAACCAGAACTTCATCTATCT  338

seq1  CTTAGCGCAACATATTAAAGGGAAATTCTCACTCAGTTTTACAATATGTT  398
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTAGCGCAACATATTAAAGGGAAATTCTCACTCAGTTTTACAATATGTT  388

seq1  GATTCCTTCTAAGATATAGAATACTCAATCTAGAGTATTGCTTCACATAG  448
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATTCCTTCTAAGATATAGAATACTCAATCTAGAGTATTGCTTCACATAG  438

seq1  ATCATACATGTGTGGATATTTTTATACTGTTCTGTTGTCTTTGTTCCATT  498
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCATACATGTGTGGATATTTTTATACTGTTCTGTTGTCTTTGTTCCATT  488

seq1  TCCAAACTCATGTAAGAGAATTTGAATATGCATTTACTTTCCTTGGGAAC  548
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCAAACTCATGTAAGAGAATTTGAATATGCATTTACTTTCCTTGGGAAC  538

seq1  TGGCATTTGTGAAGATTTGCCCAAGACAACAAATTTCATGCAGGATTGAA  598
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGCATTTGTGAAGATTTGCCCAAGACAACAAATTTCATGCAGGATTGAA  588

seq1  AATAATCTTCAGCTTAAATGAACATGTTGCCATTTTAATATAGTTACAGA  648
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATAATCTTCAGCTTAAATGAACATGTTGCCATTTTAATATAGTTACAGA  638

seq1  TGCAGACTGTCTGCACATACACACATGGGTGCCAGCAATCTGAGTTCTGT  698
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCAGACTGTCTGCACATACACACATGGGTGCCAGCAATCTGAGTTCTGT  688

seq1  ATCTAATAAAATTTTATGTGTTTATATACAGTTTGTAATTAAATATTTTC  748
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTAATAAAATTTTATGTGTTTATATACAGTTTGTAATTAAATATTTTC  738

seq1  TAATTAAAATCAGTATTTTGGATTTGAATGACTGTGATATTAATTCTGTG  798
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATTAAAATCAGTATTTTGGATTTGAATGACTGTGATATTAATTCTGTG  788

seq1  TTACCAACTGAGCTGCAAAGAACAATCCCAATAATTTTAGTTTCATTTGC  848
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTACCAACTGAGCTGCAAAGAACAATCCCAATAATTTTAGTTTCATTTGC  838

seq1  ATTTTGAGTCCTAAGATACTGGATACTGGCTATATCTACCTATGAAATTA  898
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTTGAGTCCTAAGATACTGGATACTGGCTATATCTACCTATGAAATTA  888

seq1  ACACTTTAAAATCAGGCTAAGCCCAACATAGGGTCTACTCATTATCAATA  948
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACTTTAAAATCAGGCTAAGCCCAACATAGGGTCTACTCATTATCAATA  938

seq1  TTAAAGTAAGAGTGAGAGAAGGCCTGGCAACATACATAGCATAATCCCTA  998
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAAAGTAAGAGTGAGAGAAGGCCTGGCAACATACATAGCATAATCCCTA  988

seq1  TGGCCATGTGAGCCTTGCTGGGCTGGTGTAAAAGAGTTGTCTGAAATGTG  1048
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGCCATGTGAGCCTTGCTGGGCTGGTGTAAAAGAGTTGTCTGAAATGTG  1038

seq1  CACTGAAGGGACTATGATGTCACCAGAAGCTCAAGGTGTTTCCTGGGCAC  1098
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTGAAGGGACTATGATGTCACCAGAAGCTCAAGGTGTTTCCTGGGCAC  1088

seq1  ATTGTCCAGATGGAATTCTAATTGTTGGAGCTTGTGTAAATGTAGAGTCA  1148
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTGTCCAGATGGAATTCTAATTGTTGGAGCTTGTGTAAATGTAGAGTCA  1138

seq1  TAGTATGAATGAGAGATTAAGACTGTGTAGTACATGGAATTC  1190
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGTATGAATGAGAGATTAAGACTGTGTAGTACATGGAATTC  1180


seq1: chr19_19922376_19923507
seq2: B6Ng01-305L22.g_64_1190

seq1  GAATTCCTGGTCTCTTGGCTAAGATAGAAAATTTCAAATGGCAGTAATGA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCTGGTCTCTTGGCTAAGATAGAAAATTTCAAATGGCAGTAATGA  50

seq1  TTTATGAAAAAAGATTTTTTTTCAAAAATGATATGTAACATATTTATCAC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTATGAAAAAAGATTTTTTTTCAAAAATGATATGTAACATATTTATCAC  100

seq1  ATGTGATTTATGATAACACTGCATAATTTCAATCATATGACATTGTAAAA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTGATTTATGATAACACTGCATAATTTCAATCATATGACATTGTAAAA  150

seq1  TATATGTTAAATTGTAATTTATTTTATTTAGGTAAATGCATTATTAAATT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATATGTTAAATTGTAATTTATTTTATTTAGGTAAATGCATTATTAAATT  200

seq1  ATATTCTTATTTGTCATACAATAATAAGACATTAAAATGCTAGACATGAA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATTCTTATTTGTCATACAATAATAAGACATTAAAATGCTAGACATGAA  250

seq1  AATTAGAAATATTTGTAGTACTTGTTCAGAATAAACCTGTGAGGATGCTC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTAGAAATATTTGTAGTACTTGTTCAGAATAAACCTGTGAGGATGCTC  300

seq1  TGGTTTTTGTTTTCTTATTTATCCAACATTTTATCGTGTTTATTCAACAG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTTTTTGTTTTCTTATTTATCCAACATTTTATCGTGTTTATTCAACAG  350

seq1  GAAAAGGTTAGCAAAAATATCTATCCTGCTGAGTAAGGGACAAAGTGAAA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAAGGTTAGCAAAAATATCTATCCTGCTGAGTAAGGGACAAAGTGAAA  400

seq1  ATCAAGGTCATTTTTCAGTCTGTGTTAACTAGCATGTCAATTATGCCTCG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCAAGGTCATTTTTCAGTCTGTGTTAACTAGCATGTCAATTATGCCTCG  450

seq1  GCTTTGACACAAAGCAGAACTGGAGCGAGTACACAGCCGGGGATCATGAG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTTGACACAAAGCAGAACTGGAGCGAGTACACAGCCGGGGATCATGAG  500

seq1  GTTCCACTCAGCAGCAGCCTTTAGGCTGCTGTCTGCATATAACCTCTATT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTCCACTCAGCAGCAGCCTTTAGGCTGCTGTCTGCATATAACCTCTATT  550

seq1  TTTAAAACTATGTTTTGTAGTCAATATGACCCAAGGAGAAATCTTAACTG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTAAAACTATGTTTTGTAGTCAATATGACCCAAGGAGAAATCTTAACTG  600

seq1  AAGAATAAAATAGTCAAATCCAAATCACCCTCAGTTAGAGTTTACTATAA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAATAAAATAGTCAAATCCAAATCACCCTCAGTTAGAGTTTACTATAA  650

seq1  TAATAATTTGAGGTGATCTTAAAGATACATTTTAGTTTTCCTTAAATAGT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATAATTTGAGGTGATCTTAAAGATACATTTTAGTTTTCCTTAAATAGT  700

seq1  ATTATTCACTAAAAAATTTACCATGGTTATCATTCCATCTATGATCTTAA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTATTCACTAAAAAATTTACCATGGTTATCATTCCATCTATGATCTTAA  750

seq1  AGTTAAAATAACACTATGTAAAATAAAATAAAAACATACCATGTAAACAG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTAAAATAACACTATGTAAAATAAAATAAAAACATACCATGTAAACAG  800

seq1  TTTACCAGTGACTACAAGTGTTGTTTTTAGCAAAATCTCAATTGCTCAGT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTACCAGTGACTACAAGTGTTGTTTTTAGCAAAATCTCAATTGCTCAGT  850

seq1  TTTACCACTGAAGACTCAGGAGCCAGATGCTGGGGTGAAAGCCTACACAG  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTACCACTGAAGACTCAGGAGCCAGATGCTGGGGTGAAAGCCTACACAG  900

seq1  TATAGGGATTCCAAATGAAACACACATATTTAAAGATTCAAACTAAAGTC  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATAGGGATTCCAAATGAAACACACATATTTAAAGATTCAAACTAAAGTC  950

seq1  AACAAATGAGAAAAAAGAGACGTAAAATAATTGTTGCTCTGGGTGTGGTT  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACAAATGAGAAAAAAGAGACGTAAAATAATTGTTGCTCTGGGTGTGGTT  1000

seq1  TACCACA-CTCAGATTGATTATGTTTA-TCTTCATCCTTGCAGCCAGCCA  1048
      ||||||| ||||||||||||||||||| ||||||| ||||||| ||||  
seq2  TACCACACCTCAGATTGATTATGTTTATTCTTCAT-CTTGCAG-CAGCAT  1048

seq1  TCTTTATAATTTCATACGGT-GTGCAACACCCATTGGAATCACAGAAGGC  1097
       |||||| |||||||||||| |||| ||||||||||| ||  | | ||||
seq2  CCTTTAT-ATTTCATACGGTGGTGC-ACACCCATTGGGAT--CCGGAGGC  1094

seq1  AGCTAGCATTAATTTTCAGGACTGTTAAGCTAATC  1132
      |||||||| ||||||||| ||||| ||  ||||||
seq2  AGCTAGCAATAATTTTCA-GACTG-TAGCCTAATC  1127


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |