BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-307H14
Chromosome19 (Build37)
Map Location 52,641,185 - 52,750,246
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneLOC100042924, LOC100042928, LOC668536, LOC100042936, Ins1
Downstream geneLOC100043450, Xpnpep1, LOC668545, LOC674277, Add3, 1700001K23Rik, Mxi1, Smndc1, Dusp5, LOC100043462, Smc3
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-307H14.bB6Ng01-307H14.g
ACCGA100236GA100237
length1,1201,029
definitionB6Ng01-307H14.b B6Ng01-307H14.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(52,641,185 - 52,642,305)(52,749,246 - 52,750,246)
sequence
gaattcatcaatttatttagttcccactcaatcatttttttccttatcct
atactattattgggccctgggttgaagcttcctgctgtatctagtaccta
ttaacactcttcctgaccttgcacaatgacaagaacaacttgaatgaact
gtagcccatgtacaatgcttgatgcatgacttcatctgctgaactataac
catccatgttctgccctatttccattattagttagattgtctacaaaatg
gaagccgtggataccagcctgcagcatcctgggaaggtccctgggaatcc
acgtccaaatccaacaccaccacataaagtatttactactgagctactaa
cttttcatttttactccaattaattcgaatcataagacataaggcaaaca
agtcatttgagattctttttagaaatattttatccctatacattattttt
cacatctatttatagatcctcttgccccaccatagttattacaaacatgg
gtcattacagaggccatcacaaacagatacgacaagaatcactctcctgg
agatcagaagccttggctctaaggcgaattgtcttgatgaccttcttggg
tgctttaaataatttcaaagtgattgcaaagtgaggggaagtagagatgt
aatgctatgctttagaccagctaaatgtggtaagtcaggaacagagtcat
aggaagaaagacaattattctcaaatcatatttattatgtatgaagtaag
taccttggaagtataagagagaaaaaaaaaactttcctaaagaaaagaaa
tgccttttcttctgacactctgatacaagaactgtctcacaaacttacaa
gctgagaaagttatgatcaataggcacataattgaatgtggtttctttga
aagcaaacagacaagtagttttctatcacagacagccatagatatcaaca
atcccattgctagtgggactatcaaaccccggattttgcatacacattct
caccctgtgcagcttactccctaacggtcccatgggtggctctcttttct
ctatgatgggcatctggtagtatcaattaactaagtgaatctacatctgg
ctctcctggacacttggtca
gaattcaagtaaggcaggaacctgaaggtaggaactgatgcagaagtcat
ggaaggatgctgcttactgtcttgctacccatggcttgctcagtctgttt
tcttatagaatccaggaccactgggccagggatggcactacccataacgg
cctggatgtttctccatcattagctaattaagaaaatgacttatagctgg
atcttacagaggcactttttcagttgaggttctctcatctcagataactc
tagtttgtgtcaaggaacttacaactagctcacagagatgcttttcagga
tgtcttggtaagacctatagattttgctaaagatggtccacgtgaagaca
gatttatcttccagtgagagtgtcagacaaggtactatagtgagtgactc
tgcgttccactcttttcaactcagaagtctgttcttttcatcccaatagt
aaaacaacaacaacaacaacaacaacaacaaactctaaaactctaattca
taaaggactagcgttgaagactggttctaatgctttgtcttaattcggct
ccccaaatcacacaggaatctgtgtccaggcactgagggtccctgttccc
agttggtttttgactgatcaataaacagccagtggctgatgattgggcag
gacagagtatctgatattaaattatgacattgtgatatttctccttaaga
aataatctgatattaaattatgacattgtgatatttctcctttaagatgt
ataccaggcataaaaagccattcctttgtattttattttacttaagcact
gatgtatccaatgcttttgacatagcatgactttcaggattcctgggtca
ggaaacacagggcagatgaagggttccatcacgagagggggcataggatg
ggactcatgccataatggggagcagagagtcagataagagctaccagcat
taggaggtcagagagcagctccagagccacttcctatgggctggggtagg
agactaaatatagattagaaagtgttaac
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr19_52641185_52642305
seq2: B6Ng01-307H14.b_41_1160

seq1  GAATTCATCAATTTATTTAGTTCCCACTCAATCATTTTTTTCCTTATCCT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCATCAATTTATTTAGTTCCCACTCAATCATTTTTTTCCTTATCCT  50

seq1  ATACTATTATTGGGCCCTGGGTTGAAGCTTCCTGCTGTATCTAGTACCTA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATACTATTATTGGGCCCTGGGTTGAAGCTTCCTGCTGTATCTAGTACCTA  100

seq1  TTAACACTCTTCCTGACCTTGCACAATGACAAGAACAACTTGAATGAACT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAACACTCTTCCTGACCTTGCACAATGACAAGAACAACTTGAATGAACT  150

seq1  GTAGCCCATGTACAATGCTTGATGCATGACTTCATCTGCTGAACTATAAC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAGCCCATGTACAATGCTTGATGCATGACTTCATCTGCTGAACTATAAC  200

seq1  CATCCATGTTCTGCCCTATTTCCATTATTAGTTAGATTGTCTACAAAATG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCCATGTTCTGCCCTATTTCCATTATTAGTTAGATTGTCTACAAAATG  250

seq1  GAAGCCGTGGATACCAGCCTGCAGCATCCTGGGAAGGTCCCTGGGAATCC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGCCGTGGATACCAGCCTGCAGCATCCTGGGAAGGTCCCTGGGAATCC  300

seq1  ACGTCCAAATCCAACACCACCACATAAAGTATTTACTACTGAGCTACTAA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACGTCCAAATCCAACACCACCACATAAAGTATTTACTACTGAGCTACTAA  350

seq1  CTTTTCATTTTTACTCCAATTAATTCGAATCATAAGACATAAGGCAAACA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTTCATTTTTACTCCAATTAATTCGAATCATAAGACATAAGGCAAACA  400

seq1  AGTCATTTGAGATTCTTTTTAGAAATATTTTATCCCTATACATTATTTTT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTCATTTGAGATTCTTTTTAGAAATATTTTATCCCTATACATTATTTTT  450

seq1  CACATCTATTTATAGATCCTCTTGCCCCACCATAGTTATTACAAACATGG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACATCTATTTATAGATCCTCTTGCCCCACCATAGTTATTACAAACATGG  500

seq1  GTCATTACAGAGGCCATCACAAACAGATACGACAAGAATCACTCTCCTGG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCATTACAGAGGCCATCACAAACAGATACGACAAGAATCACTCTCCTGG  550

seq1  AGATCAGAAGCCTTGGCTCTAAGGCGAATTGTCTTGATGACCTTCTTGGG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATCAGAAGCCTTGGCTCTAAGGCGAATTGTCTTGATGACCTTCTTGGG  600

seq1  TGCTTTAAATAATTTCAAAGTGATTGCAAAGTGAGGGGAAGTAGAGATGT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTTTAAATAATTTCAAAGTGATTGCAAAGTGAGGGGAAGTAGAGATGT  650

seq1  AATGCTATGCTTTAGACCAGCTAAATGTGGTAAGTCAGGAACAGAGTCAT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGCTATGCTTTAGACCAGCTAAATGTGGTAAGTCAGGAACAGAGTCAT  700

seq1  AGGAAGAAAGACAATTATTCTCAAATCATATTTATTATGTATGAAGTAAG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGAAGAAAGACAATTATTCTCAAATCATATTTATTATGTATGAAGTAAG  750

seq1  TACCTTGGAAGTATAAGAGAGAAAAAAAAAACTTTCCTAAAGAAAAGAAA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACCTTGGAAGTATAAGAGAGAAAAAAAAAACTTTCCTAAAGAAAAGAAA  800

seq1  TGCCTTTTCTTCTGACACTCTGATACAAGAACTGTCTCACAAACTTACAA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCCTTTTCTTCTGACACTCTGATACAAGAACTGTCTCACAAACTTACAA  850

seq1  GCTGAGAAAGTTATGATCAATAGGCACATAATTGAATGTGGTTCCTTTGA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
seq2  GCTGAGAAAGTTATGATCAATAGGCACATAATTGAATGTGGTTTCTTTGA  900

seq1  AAGCAAAACAGAACAAGTAGTTTTCTATCAACAGACAGCCATAGATATCA  950
      |||| |||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
seq2  AAGC-AAACAG-ACAAGTAGTTTTCTATC-ACAGACAGCCATAGATATCA  947

seq1  ACAATCCCATTGCTAGTGGGACTATCAAA-CCCGGATTTTGCATACAACA  999
      ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||
seq2  ACAATCCCATTGCTAGTGGGACTATCAAACCCCGGATTTTGCATAC-ACA  996

seq1  TTCTCACCCTGTGCAGCCTTACTCCCTAACGGTCCCATGGGTGGCTCTC-  1048
      |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| 
seq2  TTCTCACCCTGTGCAG-CTTACTCCCTAACGGTCCCATGGGTGGCTCTCT  1045

seq1  TTTCTCTATGAT-GGCATCT-GTAGTTATC-ATTTACTTAGTG-ATCTAC  1094
      |||||||||||| ||||||| |||| |||| ||| ||| |||| ||||||
seq2  TTTCTCTATGATGGGCATCTGGTAG-TATCAATTAACTAAGTGAATCTAC  1094

seq1  ATCTTGCCTCTCCTGACCACTTGGTCA  1121
      ||| || ||||||||  ||||||||||
seq2  ATC-TGGCTCTCCTGGACACTTGGTCA  1120

seq1: chr19_52749246_52750246
seq2: B6Ng01-307H14.g_99_1092 (reverse)

seq1  GTTAACACTTTCTAAATCTATATTTATGTCTCCTACCCCAGGCCCAATAG  50
      ||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||  || ||| 
seq2  GTTAACACTTTCT-AATCTATATTTA-GTCTCCTACCCCAG--CCCATA-  45

seq1  GGAAGTGGCTCCTGGGGCTGCTTCTCTGA-CTCTTAAATGCTGGTGGGCT  99
      |||||||||| |||| ||||| ||||||| ||| | |||||||||  |||
seq2  GGAAGTGGCT-CTGGAGCTGC-TCTCTGACCTCCT-AATGCTGGT-AGCT  91

seq1  CTTAATTCTGACTCTCTGCTTCCCCATTATGGCATG-GT-CCATCCTATG  147
      ||||  ||||||||||||| |||||||||||||||| || ||||||||||
seq2  CTTA--TCTGACTCTCTGC-TCCCCATTATGGCATGAGTCCCATCCTATG  138

seq1  -CCCCTCTCGTGATGGAACCCCTTCTTCTGCCCTGTGTTTCCTGA-CCAG  195
       ||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||| ||||
seq2  CCCCCTCTCGTGATGGAA-CCCTTCATCTGCCCTGTGTTTCCTGACCCAG  187

seq1  GAATCCTGAAAGTCATGCTATGTCAAAAGCATTGGATACATCAGTGCTTA  245
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATCCTGAAAGTCATGCTATGTCAAAAGCATTGGATACATCAGTGCTTA  237

seq1  AGTAAAATAAAATACAAAGGAATGGCTTTTTATGCCTGGTATACATCTT-  294
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 
seq2  AGTAAAATAAAATACAAAGGAATGGCTTTTTATGCCTGGTATACATCTTA  287

seq1  AAGGAGAAATATCACAATGTCATAATTTAATATCAGATTATTTCTTAAGG  344
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGAGAAATATCACAATGTCATAATTTAATATCAGATTATTTCTTAAGG  337

seq1  AGAAATATCACAATGTCATAATTTAATATCAGATACTCTGTCCTGCCCAA  394
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAATATCACAATGTCATAATTTAATATCAGATACTCTGTCCTGCCCAA  387

seq1  TCATCAGCCACTGGCTGTTTATTGATCAGTCAAAAACCAACTGGGAACAG  444
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATCAGCCACTGGCTGTTTATTGATCAGTCAAAAACCAACTGGGAACAG  437

seq1  GGACCCTCAGTGCCTGGACACAGATTCCTGTGTGATTTGGGGAGCCGAAT  494
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGACCCTCAGTGCCTGGACACAGATTCCTGTGTGATTTGGGGAGCCGAAT  487

seq1  TAAGACAAAGCATTAGAACCAGTCTTCAACGCTAGTCCTTTATGAATTAG  544
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGACAAAGCATTAGAACCAGTCTTCAACGCTAGTCCTTTATGAATTAG  537

seq1  AGTTTTAGAGTTTGTTGTTGTTGTTGTTGTTGTTGTTGTTTTACTATTGG  594
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTTTAGAGTTTGTTGTTGTTGTTGTTGTTGTTGTTGTTTTACTATTGG  587

seq1  GATGAAAAGAACAGACTTCTGAGTTGAAAAGAGTGGAACGCAGAGTCACT  644
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGAAAAGAACAGACTTCTGAGTTGAAAAGAGTGGAACGCAGAGTCACT  637

seq1  CACTATAGTACCTTGTCTGACACTCTCACTGGAAGATAAATCTGTCTTCA  694
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTATAGTACCTTGTCTGACACTCTCACTGGAAGATAAATCTGTCTTCA  687

seq1  CGTGGACCATCTTTAGCAAAATCTATAGGTCTTACCAAGACATCCTGAAA  744
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGTGGACCATCTTTAGCAAAATCTATAGGTCTTACCAAGACATCCTGAAA  737

seq1  AGCATCTCTGTGAGCTAGTTGTAAGTTCCTTGACACAAACTAGAGTTATC  794
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCATCTCTGTGAGCTAGTTGTAAGTTCCTTGACACAAACTAGAGTTATC  787

seq1  TGAGATGAGAGAACCTCAACTGAAAAAGTGCCTCTGTAAGATCCAGCTAT  844
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGATGAGAGAACCTCAACTGAAAAAGTGCCTCTGTAAGATCCAGCTAT  837

seq1  AAGTCATTTTCTTAATTAGCTAATGATGGAGAAACATCCAGGCCGTTATG  894
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTCATTTTCTTAATTAGCTAATGATGGAGAAACATCCAGGCCGTTATG  887

seq1  GGTAGTGCCATCCCTGGCCCAGTGGTCCTGGATTCTATAAGAAAACAGAC  944
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTAGTGCCATCCCTGGCCCAGTGGTCCTGGATTCTATAAGAAAACAGAC  937

seq1  TGAGCAAGCCATGGGTAGCAAGACAGTAAGCAGCATCCTTCCATGACTTC  994
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGCAAGCCATGGGTAGCAAGACAGTAAGCAGCATCCTTCCATGACTTC  987

seq1  TGCATCA  1001
      |||||||
seq2  TGCATCA  994