BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-307L04
Chromosome19 (Build37)
Map Location 38,360,040 - 38,478,859
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLgi1, Tmem20
Upstream geneIde, LOC100043010, Kif11, EG667490, LOC631069, Hhex, Exoc6, Cyp26c1, Cyp26a1, LOC668248, LOC668251, LOC209281, Fer1l3, Cep55, Gpr120, Rbp4, Pde6c, 5730455O13Rik
Downstream geneLOC100042483, Plce1, EG667587, Noc3l, Tbc1d12, Hells, LOC209753, Cyp2c55, LOC100042507, Cyp2c65, LOC668278, Cyp2c66, Cyp2c29, Cyp2c38
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-307L04.bB6Ng01-307L04.g
ACCGA100401GA100402
length1,1171,074
definitionB6Ng01-307L04.b B6Ng01-307L04.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(38,477,743 - 38,478,859)(38,360,040 - 38,361,101)
sequence
gaattcaaagagaatttgtagaaaaaccaccgcatctgaagtgaaatcac
ctcaggatgggaatgtacacactgatcacgccaagattttgctctcatga
tttcaaggttggaaatctcggaatgttaaaaaaaaagtgcaatttcaata
aaacaggagacaactgaaattcaaaatgatagccagagttgttaatattc
tgaaagagagaactgctaaccacatgtggcaagctgaaggctctgttcag
agtacatataaaaagtcccagcatcaaaacgaaaaggcacacatgagtta
aaagtgtagtaatcatctctaagatccttgagaataaggctggttcgctt
atactcctatgggtaggtaggcacctagaccaagttgcagctttggcatc
ctaagtgggatgatattgcaatcaacagattagcacagtactaactagag
cagcattgtcaacgttgagcttcttatgtgcactgctaaaatagaggatc
tcccatccacatcccgggtcagaaataaattttaaaaattgtactcataa
aaatttctgaaattcctcaaatgagctcccttctcatcaatggtaaccca
accaaggagccaaagcaaagataaaagctatccagactgtgaggctagcc
tagctagctactcttttttgtttttgtttttcgagacagggcttctctgt
gtagccttggctgtcctggaactcactttgtagaccaggctggcctcaaa
ctcagaaatccgcctgcctctgcctcccgagtgctgggattaaaggcgtg
cgccaacacgcccggctagctagctactcttaactaaaaacgcactatgt
ttaaaaatggcactttatgaaaggtattaaagaagccaatgagtgatgaa
gattctccaggtatgtgtgtgggtgtgcaagatgtctgagctagtgacag
cacacttgaaaataaaaccaggttttcagcagtgacacttcatttgggaa
ccctgcagccatcgacgatgggttgcttccagtggtgctggaccaccacc
acagaggcccccacccaccgttcacaggttggtacattaatcaagaaagc
atctgaaagatgaaagc
gaattcaaatcattcaaaggcaatttcttaaacacctaatatgagtctat
ccgtgctgctgatgtaatgaatccatgtgtcatagtcactctgttaacct
tgacctatctccacacttcctcagcaccactctgctctaagccatgatga
aacagagcaacacttaccctttgaacctattttctagtgtacccatgtgg
ttaccctgctatacctgccaggccccactgtctcttgcgtttggattgca
acaagagagaaatgatagctaagcttattttataaactacaattctgtct
tctaagacttgtatatggtcattaaaatatgaacacaatttacaatgccc
tccctgtcagtgatataatatgatgtgaccatggctgtgtaacaggatga
acattatgtaatttttgatcatggagtctagttttgcagaatgtttatca
gataaaataaaatgaaataaaataaataagcacacaaaagatgaaatgaa
tattcattacctcatgtggtggtttgaatgagaataaccctcataggctc
atgtatttgaatacttggtccctagttggtggaactgtttgggaaggatt
aggaggtgtggccttattgaagattgtgtgttactatctagggacaggct
ttgaagtttcaaaaaagcccacattatttccagatagctatttcttcctc
atgctgtggtataagcactcagctatactttaaagctaagcttgccacca
tgttccaggccacaatggtcatgaattcaaaccttctgtaactgtaagcc
ccgataaactctttctgttataagttaccttggtcatggttaatctcttt
gcagccatagaagaataactaagacaacttaggtctgagacctcttggat
gtatatacatatcacccaacagggccctctgcctttatgggtcagcatca
gcttgctactcagaggctgtgggatccatggtcttccctaggaacttgaa
agaacaagtatgttggtgctcaacttggctagggtgttcccaatctgaaa
aggcatggtgggccttctctcaga
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr19_38477743_38478859
seq2: B6Ng01-307L04.b_43_1159 (reverse)

seq1  GCTTTCATCTTTCAGATTGCTTTCTTTGATAATGTACCAACTTGGTGGAC  50
      |||||||||||||||| |||||||||   |||||||||||| | ||| ||
seq2  GCTTTCATCTTTCAGA-TGCTTTCTTGATTAATGTACCAACCT-GTGAAC  48

seq1  GGTGGGTGGGGCCCTCTGT-GTGGTGGT-CAGCACCACTGG-AGCAACCA  97
      ||||||||||| ||||||| |||||||| |||||||||||| ||||||| 
seq2  GGTGGGTGGGGGCCTCTGTGGTGGTGGTCCAGCACCACTGGAAGCAACCC  98

seq1  TTCGTCGATGGCTGCAGGGTT-CCAAATGAAGTGTCACTGCTG-AAACCT  145
       |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||
seq2  ATCGTCGATGGCTGCAGGGTTCCCAAATGAAGTGTCACTGCTGAAAACCT  148

seq1  GGTTTTTATTTTCAAGTGTGCTGTCACCTAGCTCAGACATCTTGCACACC  195
      || ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
seq2  GG-TTTTATTTTCAAGTGTGCTGTCA-CTAGCTCAGACATCTTGCACACC  196

seq1  CACACACATACCTGGAGAATCTTCATCACTCATTGGCTTTCTTTAATACC  245
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
seq2  CACACACATACCTGGAGAATCTTCATCACTCATTGGC-TTCTTTAATACC  245

seq1  TTTCATAAAGTGCCATTTTTAAACATAGTGCGTTTTTAGTTAAGAGTAGC  295
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCATAAAGTGCCATTTTTAAACATAGTGCGTTTTTAGTTAAGAGTAGC  295

seq1  TAGCTAGCCGGGCGTGTTGGCGCACGCCTTTAATCCCAGCACTCGGGAGG  345
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGCTAGCCGGGCGTGTTGGCGCACGCCTTTAATCCCAGCACTCGGGAGG  345

seq1  CAGAGGCAGGCGGATTTCTGAGTTTGAGGCCAGCCTGGTCTACAAAGTGA  395
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAGGCAGGCGGATTTCTGAGTTTGAGGCCAGCCTGGTCTACAAAGTGA  395

seq1  GTTCCAGGACAGCCAAGGCTACACAGAGAAGCCCTGTCTCGAAAAACAAA  445
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTCCAGGACAGCCAAGGCTACACAGAGAAGCCCTGTCTCGAAAAACAAA  445

seq1  AACAAAAAAGAGTAGCTAGCTAGGCTAGCCTCACAGTCTGGATAGCTTTT  495
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACAAAAAAGAGTAGCTAGCTAGGCTAGCCTCACAGTCTGGATAGCTTTT  495

seq1  ATCTTTGCTTTGGCTCCTTGGTTGGGTTACCATTGATGAGAAGGGAGCTC  545
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTTTGCTTTGGCTCCTTGGTTGGGTTACCATTGATGAGAAGGGAGCTC  545

seq1  ATTTGAGGAATTTCAGAAATTTTTATGAGTACAATTTTTAAAATTTATTT  595
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTGAGGAATTTCAGAAATTTTTATGAGTACAATTTTTAAAATTTATTT  595

seq1  CTGACCCGGGATGTGGATGGGAGATCCTCTATTTTAGCAGTGCACATAAG  645
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGACCCGGGATGTGGATGGGAGATCCTCTATTTTAGCAGTGCACATAAG  645

seq1  AAGCTCAACGTTGACAATGCTGCTCTAGTTAGTACTGTGCTAATCTGTTG  695
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCTCAACGTTGACAATGCTGCTCTAGTTAGTACTGTGCTAATCTGTTG  695

seq1  ATTGCAATATCATCCCACTTAGGATGCCAAAGCTGCAACTTGGTCTAGGT  745
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTGCAATATCATCCCACTTAGGATGCCAAAGCTGCAACTTGGTCTAGGT  745

seq1  GCCTACCTACCCATAGGAGTATAAGCGAACCAGCCTTATTCTCAAGGATC  795
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTACCTACCCATAGGAGTATAAGCGAACCAGCCTTATTCTCAAGGATC  795

seq1  TTAGAGATGATTACTACACTTTTAACTCATGTGTGCCTTTTCGTTTTGAT  845
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAGAGATGATTACTACACTTTTAACTCATGTGTGCCTTTTCGTTTTGAT  845

seq1  GCTGGGACTTTTTATATGTACTCTGAACAGAGCCTTCAGCTTGCCACATG  895
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGGGACTTTTTATATGTACTCTGAACAGAGCCTTCAGCTTGCCACATG  895

seq1  TGGTTAGCAGTTCTCTCTTTCAGAATATTAACAACTCTGGCTATCATTTT  945
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTTAGCAGTTCTCTCTTTCAGAATATTAACAACTCTGGCTATCATTTT  945

seq1  GAATTTCAGTTGTCTCCTGTTTTATTGAAATTGCACTTTTTTTTTAACAT  995
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTTCAGTTGTCTCCTGTTTTATTGAAATTGCACTTTTTTTTTAACAT  995

seq1  TCCGAGATTTCCAACCTTGAAATCATGAGAGCAAAATCTTGGCGTGATCA  1045
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCGAGATTTCCAACCTTGAAATCATGAGAGCAAAATCTTGGCGTGATCA  1045

seq1  GTGTGTACATTCCCATCCTGAGGTGATTTCACTTCAGATGCGGTGGTTTT  1095
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTGTACATTCCCATCCTGAGGTGATTTCACTTCAGATGCGGTGGTTTT  1095

seq1  TCTACAAATTCTCTTTGAATTC  1117
      ||||||||||||||||||||||
seq2  TCTACAAATTCTCTTTGAATTC  1117

seq1: chr19_38360040_38361101
seq2: B6Ng01-307L04.g_65_1138

seq1  GAATTCAAATCATTCAAAGGCAATTTCTTAAACACCTAATATGAGTCTAT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAAATCATTCAAAGGCAATTTCTTAAACACCTAATATGAGTCTAT  50

seq1  CCGTGCTGCTGATGTAATGAATCCATGTGTCATAGTCACTCTGTTAACCT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCGTGCTGCTGATGTAATGAATCCATGTGTCATAGTCACTCTGTTAACCT  100

seq1  TGACCTATCTCCACACTTCCTCAGCACCACTCTGCTCTAAGCCATGATGA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACCTATCTCCACACTTCCTCAGCACCACTCTGCTCTAAGCCATGATGA  150

seq1  AACAGAGCAACACTTACCCTTTGAACCTATTTTCTAGTGTACCCATGTGG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACAGAGCAACACTTACCCTTTGAACCTATTTTCTAGTGTACCCATGTGG  200

seq1  TTACCCTGCTATACCTGCCAGGCCCCACTGTCTCTTGCGTTTGGATTGCA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTACCCTGCTATACCTGCCAGGCCCCACTGTCTCTTGCGTTTGGATTGCA  250

seq1  ACAAGAGAGAAATGATAGCTAAGCTTATTTTATAAACTACAATTCTGTCT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAAGAGAGAAATGATAGCTAAGCTTATTTTATAAACTACAATTCTGTCT  300

seq1  TCTAAGACTTGTATATGGTCATTAAAATATGAACACAATTTACAATGCCC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTAAGACTTGTATATGGTCATTAAAATATGAACACAATTTACAATGCCC  350

seq1  TCCCTGTCAGTGATATAATATGATGTGACCATGGCTGTGTAACAGGATGA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCTGTCAGTGATATAATATGATGTGACCATGGCTGTGTAACAGGATGA  400

seq1  ACATTATGTAATTTTTGATCATGGAGTCTAGTTTTGCAGAATGTTTATCA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATTATGTAATTTTTGATCATGGAGTCTAGTTTTGCAGAATGTTTATCA  450

seq1  GATAAAATAAAATGAAATAAAATAAATAAGCACACAAAAGATGAAATGAA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATAAAATAAAATGAAATAAAATAAATAAGCACACAAAAGATGAAATGAA  500

seq1  TATTCATTACCTCATGTGGTGGTTTGAATGAGAATAACCCTCATAGGCTC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTCATTACCTCATGTGGTGGTTTGAATGAGAATAACCCTCATAGGCTC  550

seq1  ATGTATTTGAATACTTGGTCCCTAGTTGGTGGAACTGTTTGGGAAGGATT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTATTTGAATACTTGGTCCCTAGTTGGTGGAACTGTTTGGGAAGGATT  600

seq1  AGGAGGTGTGGCCTTATTGAAGATTGTGTGTTACTATCTAGGGACAGGCT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGAGGTGTGGCCTTATTGAAGATTGTGTGTTACTATCTAGGGACAGGCT  650

seq1  TTGAAGTTTCAAAAAAGCCCACATTATTTCCAGATAGCTATTTCTTCCTC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGAAGTTTCAAAAAAGCCCACATTATTTCCAGATAGCTATTTCTTCCTC  700

seq1  ATGCTGTGGTATAAGCACTCAGCTATACTTTAAAGCTAAGCTTGCCACCA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCTGTGGTATAAGCACTCAGCTATACTTTAAAGCTAAGCTTGCCACCA  750

seq1  TGTTCCAGGCCACAATGGTCATGAATTCAAACCTTCTGTAACTGTAAGCC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTCCAGGCCACAATGGTCATGAATTCAAACCTTCTGTAACTGTAAGCC  800

seq1  CCGATAAACTCTTTCTGTTATAAGTTACCTTGGTCATGGTTAATCTCTTT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCGATAAACTCTTTCTGTTATAAGTTACCTTGGTCATGGTTAATCTCTTT  850

seq1  GCAGCCATAGAAGAATAACTAAGACAACTTA-GTCTGAGACCTCTTGGAT  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
seq2  GCAGCCATAGAAGAATAACTAAGACAACTTAGGTCTGAGACCTCTTGGAT  900

seq1  GTATATACATATCACCCAACAGGG-CCTCTGCC-TTAT-GGTCAGCATCA  946
      |||||||||||||||||||||||| |||||||| |||| |||||||||||
seq2  GTATATACATATCACCCAACAGGGCCCTCTGCCTTTATGGGTCAGCATCA  950

seq1  GCTTGCTACTCAGAGGCTGTGGGATCCATGGTC-TCCCTAGGAACTTGAA  995
      ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
seq2  GCTTGCTACTCAGAGGCTGTGGGATCCATGGTCTTCCCTAGGAACTTGAA  1000

seq1  AG-ACAAGTATGTT-GTGCTCAACTT-GCTAGGGTGTT-CCAATCTTAAA  1041
      || ||||||||||| ||||||||||| ||||||||||| ||||||| |||
seq2  AGAACAAGTATGTTGGTGCTCAACTTGGCTAGGGTGTTCCCAATCTGAAA  1050

seq1  AAGCAT-GTGG--CTTCTCTCAGA  1062
      | |||| ||||  |||||||||||
seq2  AGGCATGGTGGGCCTTCTCTCAGA  1074