BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-308H13
Chromosome19 (Build37)
Map Location 22,504,907 - 22,627,020
singlet/doubletdoublet
Overlap geneTrpm3, EG433230
Upstream geneGda, LOC100041633, 1110059E24Rik, 5730446C15Rik, Tmem2, EG433229
Downstream geneKlf9, Smc5, Mamdc2
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-308H13.bB6Ng01-308H13.g
ACCGA100965GA100966
length1,0731,133
definitionB6Ng01-308H13.b B6Ng01-308H13.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(22,504,907 - 22,505,980)(22,625,882 - 22,627,020)
sequence
gaattcaggatctttggtgttgctaggcaaggtctctgttcattagctgt
acccagatcgctaaggtccttttccatcacattcctggttacatttgatt
acagtggttaaaaacctcagtggcatctcaacctactcttgctcaatcga
ctctatttggtccccacccccattcaagaatcctgatcttccaattctgt
ctctaccttatcatataaaatggccctttgtgttcaacatgtctctgcat
ccttttattccattggcttccctgggcctatcctagcatctcccagttct
aaatttgctgtattcttgagcttagtgaaatgccttagaaacctcacatc
ccctagctgctccttctatgctcccaggtctcagtgcatctctatctaca
ctggatcaaagagtacatctgagagaagcaatatgctccctggtcttcat
ggggtacgttaactccacttgtcagcatgatgtaacctagaagagtggtt
ctcaaacttcctaacaatcgttcagttgtgtaaccattgtggtgatccac
agccataaaattattttaaaaaaagatgttagctttgttaagagttcaac
aaaacatcaacagcacacttacttttatgacattatcccaagttccagag
gagcaagcagactgaaccagcccagagtttaccctgctggtggttgggat
agtcacaagagttcagttgctttggctttcagagtggtctatactgtgca
gttatgcctttgtgtctgcagcttctcattcttccctctgtctcctccca
caagatgcaaagtaacacgtggaagaatttgtataaaacagagtgaactc
taaagctcaaggtgaccaagaatgtgtgactattttacaggcaaaggtgc
caacagcaatgccatttacgggaatttctatgctttaagatccaaataaa
ttttgggttccaagtgaatgcttgaggaaccactaatataattcagtatg
caggaaattttcataattgatgatccaaagattttggattgggtattttt
tttttctaataaagtgtatttgt
gaattcagtcactttagttttggtttcactgctttgctagcagaggaaga
tgtacgtgaataagcagggggcctactggaatggttttctataaatctaa
gcaatagagacaacagtgtaggtgcagcaccaagcaggtaccgagtcttg
ggcgcccccttgtggttaatatgctaagacagggggaggatctgcactga
gcactctgagatctgaagcccatagactgagtttctgcatctagttatta
actcattcttcagcatttctttgatctcacttctacacagaagaattcaa
tgcagaaacgtcatcaagagatatacttctcttgactaaacttggatacc
ttggtcttagggtttgaaccttgagatcaaacaacagcctctagaaacgc
atctaacaagagcggcatgtctttgtaatgagaggtctctaaagcttttt
gaatatacaacaaaattattccatacagacgtcaccaaaattcacttaga
acagaaatcatgctttcccgtgatttttttcttcctccattatatctctg
ttctctagaaactgaactagataaattcttctgccttcttgtacaaatag
tgtaccagatgagtaatgcatgcttattcagttatgatgactaatgcact
tcttagaaatcattattaaaatgtgaatccctgacctgaagaataataaa
catctcctccttggatattccctctgtctcccaactttttatttgaataa
ttcaaatctgcaaaataactgaaccaaagctctccacttaaccgctacgc
cttgttgtatggaattactgagtcttagctttagctaccgtagtactttg
tttgcatgtaccttttagaaacatagcccttttcgagctcaaccacatca
ttaaccctcacatgaggagaaacgtgatatcgggtccacagtcgaggttt
ccaaaatgtctaatcattcttgttgtttgattcagtacacaatcaaatat
ggtaggggcctttggttggaaagtgctctgcccatgtaggtgagccattg
tgctgctgtttctgcttcccttaactttcgtgtctgacactctcagcctg
tcagcattcagctcaatctaacctttcagtcta
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr19_22504907_22505980
seq2: B6Ng01-308H13.b_46_1118

seq1  GAATTCAGGATCTTTGGTGTTGCTAGGCAAGGTCTCTGTTCATTAGCTGT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAGGATCTTTGGTGTTGCTAGGCAAGGTCTCTGTTCATTAGCTGT  50

seq1  ACCCAGATCGCTAAGGTCCTTTTCCATCACATTCCTGGTTACATTTGATT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCCAGATCGCTAAGGTCCTTTTCCATCACATTCCTGGTTACATTTGATT  100

seq1  ACAGTGGTTAAAAACCTCAGTGGCATCTCAACCTACTCTTGCTCAATCGA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGTGGTTAAAAACCTCAGTGGCATCTCAACCTACTCTTGCTCAATCGA  150

seq1  CTCTATTTGGTCCCCACCCCCATTCAAGAATCCTGATCTTCCAATTCTGT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTATTTGGTCCCCACCCCCATTCAAGAATCCTGATCTTCCAATTCTGT  200

seq1  CTCTACCTTATCATATAAAATGGCCCTTTGTGTTCAACATGTCTCTGCAT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTACCTTATCATATAAAATGGCCCTTTGTGTTCAACATGTCTCTGCAT  250

seq1  CCTTTTATTCCATTGGCTTCCCTGGGCCTATCCTAGCATCTCCCAGTTCT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTTTATTCCATTGGCTTCCCTGGGCCTATCCTAGCATCTCCCAGTTCT  300

seq1  AAATTTGCTGTATTCTTGAGCTTAGTGAAATGCCTTAGAAACCTCACATC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATTTGCTGTATTCTTGAGCTTAGTGAAATGCCTTAGAAACCTCACATC  350

seq1  CCCTAGCTGCTCCTTCTATGCTCCCAGGTCTCAGTGCATCTCTATCTACA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTAGCTGCTCCTTCTATGCTCCCAGGTCTCAGTGCATCTCTATCTACA  400

seq1  CTGGATCAAAGAGTACATCTGAGAGAAGCAATATGCTCCCTGGTCTTCAT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGATCAAAGAGTACATCTGAGAGAAGCAATATGCTCCCTGGTCTTCAT  450

seq1  GGGGTACGTTAACTCCACTTGTCAGCATGATGTAACCTAGAAGAGTGGTT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGGTACGTTAACTCCACTTGTCAGCATGATGTAACCTAGAAGAGTGGTT  500

seq1  CTCAAACTTCCTAACAATCGTTCAGTTGTGTAACCATTGTGGTGATCCAC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCAAACTTCCTAACAATCGTTCAGTTGTGTAACCATTGTGGTGATCCAC  550

seq1  AGCCATAAAATTATTTTAAAAAAAGATGTTAGCTTTGTTAAGAGTTCAAC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCATAAAATTATTTTAAAAAAAGATGTTAGCTTTGTTAAGAGTTCAAC  600

seq1  AAAACATCAACAGCACACTTACTTTTATGACATTATCCCAAGTTCCAGAG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAACATCAACAGCACACTTACTTTTATGACATTATCCCAAGTTCCAGAG  650

seq1  GAGCAAGCAGACTGAACCAGCCCAGAGTTTACCCTGCTGGTGGTTGGGAT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGCAAGCAGACTGAACCAGCCCAGAGTTTACCCTGCTGGTGGTTGGGAT  700

seq1  AGTCACAAGAGTTCAGTTGCTTTGGCTTTCAGAGTGGTCTATACTGTGCA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTCACAAGAGTTCAGTTGCTTTGGCTTTCAGAGTGGTCTATACTGTGCA  750

seq1  GTTATGCCTTTGTGTCTGCAGCTTCTCATTCTTCCCTCTGTCTCCTCCCA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTATGCCTTTGTGTCTGCAGCTTCTCATTCTTCCCTCTGTCTCCTCCCA  800

seq1  CAAGATGCAAAGTAACACGTGGAAGAATTTGTATAAAACAGAGTGAACTC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGATGCAAAGTAACACGTGGAAGAATTTGTATAAAACAGAGTGAACTC  850

seq1  TAAAGCTCAAGGTGACCAAGAATGTGTGACTATTTTACAGGC-AAGGTGC  899
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
seq2  TAAAGCTCAAGGTGACCAAGAATGTGTGACTATTTTACAGGCAAAGGTGC  900

seq1  CAACAGCAATGCCATTTACGGGAATTTCTATGCTTTAAGATCCAAATAAA  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAACAGCAATGCCATTTACGGGAATTTCTATGCTTTAAGATCCAAATAAA  950

seq1  TTTT-GGTTCCAAGTGAATGCTTGAGGAACCACTAATATAATTCAGGTAT  998
      |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
seq2  TTTTGGGTTCCAAGTGAATGCTTGAGGAACCACTAATATAATTCA-GTAT  999

seq1  GCAGGAAATTTTCATAATTGATGATCCAAAGATTTTGGATTTGGGTAATT  1048
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||
seq2  GCAGGAAATTTTCATAATTGATGATCCAAAGATTTTGGA-TTGGGTATTT  1048

seq1  TTTTTTTCTTATAAAGTTGTATTTGT  1074
      ||||||||| |||||| |||||||||
seq2  TTTTTTTCTAATAAAG-TGTATTTGT  1073

seq1: chr19_22625882_22627020
seq2: B6Ng01-308H13.g_66_1198 (reverse)

seq1  TAGACTGAAAAGTTTAAGAATTGGAGCTGATGGCTGGACA-GCTGAGAAG  49
      |||||||||| |||  |||  | |||||||  ||| |||| |||||| ||
seq2  TAGACTGAAAGGTT--AGA--TTGAGCTGAATGCT-GACAGGCTGAG-AG  44

seq1  TGGCCAGACACGGAAGTTAAGGGAGGCAGAAACAGCAAGCACAATGGGCT  99
      | | |||||||| ||||||||||| ||||||||||| |||||||| ||||
seq2  T-GTCAGACACGAAAGTTAAGGGAAGCAGAAACAGC-AGCACAAT-GGCT  91

seq1  CACCTACATGGGCAGAGCCACTTCCAAACCAAGGGCCCTACCATATTTGA  149
      ||||||||||||||||||   |||||| | |||| |||||||||||||||
seq2  CACCTACATGGGCAGAGCACTTTCCAACCAAAGGCCCCTACCATATTTGA  141

seq1  TTGTGTACTGAATCAAACAACAAGAATGATTAGACATTTTTGGAAACCTC  199
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
seq2  TTGTGTACTGAATCAAACAACAAGAATGATTAGACA-TTTTGGAAACCTC  190

seq1  GACTGTGGA-CCGATATCACGTTTCTCCTCATGTGA-GGTTAATGATGTG  247
      ||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
seq2  GACTGTGGACCCGATATCACGTTTCTCCTCATGTGAGGGTTAATGATGTG  240

seq1  GTTGAGCTCG-AAAGGGCTATGTTTCTAAAAGGTACATGCAAACAAAGTA  296
      |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTGAGCTCGAAAAGGGCTATGTTTCTAAAAGGTACATGCAAACAAAGTA  290

seq1  CTACGGTAGCTAAAGCTAAGACTCAGTAATTCCATACAACAAGGCGTAGC  346
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTACGGTAGCTAAAGCTAAGACTCAGTAATTCCATACAACAAGGCGTAGC  340

seq1  GGTTAAGTGGAGAGCTTTGGTTCAGTTATTTTGCAGATTTGAATTATTCA  396
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTTAAGTGGAGAGCTTTGGTTCAGTTATTTTGCAGATTTGAATTATTCA  390

seq1  AATAAAAAGTTGGGAGACAGAGGGAATATCCAAGGAGGAGATGTTTATTA  446
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATAAAAAGTTGGGAGACAGAGGGAATATCCAAGGAGGAGATGTTTATTA  440

seq1  TTCTTCAGGTCAGGGATTCACATTTTAATAATGATTTCTAAGAAGTGCAT  496
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTTCAGGTCAGGGATTCACATTTTAATAATGATTTCTAAGAAGTGCAT  490

seq1  TAGTCATCATAACTGAATAAGCATGCATTACTCATCTGGTACACTATTTG  546
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGTCATCATAACTGAATAAGCATGCATTACTCATCTGGTACACTATTTG  540

seq1  TACAAGAAGGCAGAAGAATTTATCTAGTTCAGTTTCTAGAGAACAGAGAT  596
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACAAGAAGGCAGAAGAATTTATCTAGTTCAGTTTCTAGAGAACAGAGAT  590

seq1  ATAATGGAGGAAGAAAAAAATCACGGGAAAGCATGATTTCTGTTCTAAGT  646
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAATGGAGGAAGAAAAAAATCACGGGAAAGCATGATTTCTGTTCTAAGT  640

seq1  GAATTTTGGTGACGTCTGTATGGAATAATTTTGTTGTATATTCAAAAAGC  696
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTTTGGTGACGTCTGTATGGAATAATTTTGTTGTATATTCAAAAAGC  690

seq1  TTTAGAGACCTCTCATTACAAAGACATGCCGCTCTTGTTAGATGCGTTTC  746
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTAGAGACCTCTCATTACAAAGACATGCCGCTCTTGTTAGATGCGTTTC  740

seq1  TAGAGGCTGTTGTTTGATCTCAAGGTTCAAACCCTAAGACCAAGGTATCC  796
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGAGGCTGTTGTTTGATCTCAAGGTTCAAACCCTAAGACCAAGGTATCC  790

seq1  AAGTTTAGTCAAGAGAAGTATATCTCTTGATGACGTTTCTGCATTGAATT  846
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTTTAGTCAAGAGAAGTATATCTCTTGATGACGTTTCTGCATTGAATT  840

seq1  CTTCTGTGTAGAAGTGAGATCAAAGAAATGCTGAAGAATGAGTTAATAAC  896
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCTGTGTAGAAGTGAGATCAAAGAAATGCTGAAGAATGAGTTAATAAC  890

seq1  TAGATGCAGAAACTCAGTCTATGGGCTTCAGATCTCAGAGTGCTCAGTGC  946
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGATGCAGAAACTCAGTCTATGGGCTTCAGATCTCAGAGTGCTCAGTGC  940

seq1  AGATCCTCCCCCTGTCTTAGCATATTAACCACAAGGGGGCGCCCAAGACT  996
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATCCTCCCCCTGTCTTAGCATATTAACCACAAGGGGGCGCCCAAGACT  990

seq1  CGGTACCTGCTTGGTGCTGCACCTACACTGTTGTCTCTATTGCTTAGATT  1046
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGGTACCTGCTTGGTGCTGCACCTACACTGTTGTCTCTATTGCTTAGATT  1040

seq1  TATAGAAAACCATTCCAGTAGGCCCCCTGCTTATTCACGTACATCTTCCT  1096
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATAGAAAACCATTCCAGTAGGCCCCCTGCTTATTCACGTACATCTTCCT  1090

seq1  CTGCTAGCAAAGCAGTGAAACCAAAACTAAAGTGACTGAATTC  1139
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCTAGCAAAGCAGTGAAACCAAAACTAAAGTGACTGAATTC  1133