BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-309I10
Chromosome19 (Build37)
Map Location 10,935,967 - 11,074,890
singlet/doubletdoublet
Overlap geneTmem132a, Tmem109, Prpf19, Zp1, Gpr44, Ccdc86, Ms4a10, E530011F12Rik, 5033428B15Rik
Upstream geneIncenp, LOC100040215, Fth1, Best1, Rab3il1, Fads3, Fads2, LOC100040227, Fads1, Fen1, 1810006K21Rik, Gm98, Dagla, Syt7, Gm705, 4930579J09Rik, 0610038F07Rik, 5730453I16Rik, 2810441K11Rik, Tmem138, Cybasc3, Dak, Ddb1, Vwce, Pga5, 2210404E10Rik, Vps37c, Cd5, Cd6, Slc15a3
Downstream geneAW112010, Ms4a8a, Gm336, LOC624395, 1700025F22Rik, Ms4a13, Ms4a12, Ms4a1, Ms4a5, Gm1276, Ms4a7, Ms4a4a, LOC435588, Ms4a4c, LOC433221, Ms4a4b, Ms4a6c, EG666926, Ms4a6b, Ms4a4d, LOC100040454, Ms4a6d, Ms4a2, Ms4a3, Plac1l, Oosp1, Gm97, Gif, EG666958, Mrpl16, Stx3, Olfr1417, Olfr1418, Olfr1419, EG622845, EG666985, Olfr1420, AV312086, Osbp
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-309I10.bB6Ng01-309I10.g
ACCGA101745GA101746
length5051,145
definitionB6Ng01-309I10.b B6Ng01-309I10.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(10,935,967 - 10,936,477)(11,073,735 - 11,074,890)
sequence
actaagccctgtgtcctatgcgctcctgcaggcgggtctgtactcaccct
tctgctgagcctgggaccctccagcctcggatttgttccagagtggtgtc
agtcagctcaatgcgcaagggcaggagtggggcccatacagtcagcttta
gtgaggcccgaagtcggcgccaccagaagtccaccctcacccccttggca
ccccggctctcctggccagccacgaacacagcatcacaggcctcagatac
ctatggcaaggcagagatgtgtggagacacaaatgataggcactgataca
gcgtcacctactccagctataagcagggctacaaaattcaaattcagctc
tgatatcataaatacatgttgtgtggtggtctggacggggtggggggagg
tgctcttagcttaaagtattttgctgtactaccaaaatccactccagggg
cgttactgtaggttccccattggatgagctgggccatttgcatgcaacat
acatg
gaattcatcctcacctgcatagcctcacattttggatgccaggctgtctg
ctgcgcccattttcaggtgagtgttgggcttgattccaggaatcagagtc
tgctctgggaaggcttaacaaagagtgaccagagcttgagggaagtcagg
attgaggaagtatcagataagttttgccgaataacaaactactgccaagc
caagtaagtaccttaaagcagcaatcatctgctttaacctagggggttgc
atgtcagatatcctgcatatcagatatttacattatgattcttagcagta
gcaaaattacagttataaagtagccacaaaaaataattttatgcttgcgg
tcactacaacatgaggaactgtatttaaagggccacagccttgggaaggt
cgagaaccgctgattgacttggttcttggttctgtatatcatccatttgt
actgtgatacatgactacctcttcaactgacatcatcactctttggtgga
atcactctttctgcagccagctgccagatggacttcaggaaagctggtac
ccgggtcacttagtgggatggttcatttctgctcctgtgatagctcatcc
tccagtatgccagcttgagtttcttcataaggcacctgaattcccaggaa
aaacatgtaatccctcacaggcaagcactctagcccttgcttgtgccctg
cttgattaagtcctatggccaaagtcactcacgtggccacacttagtacc
tgtgagcagaggactaactccagttagaaggagaaaagctacagagttac
ctaagaggcatgcataggaggatttgtagattttttttttccaaatgagt
tactaacacttccaaaagaatcaaaccacgtttatctccatcccaggatt
cccacacattccatccaattccatcaccatacttgaatgtccaggatcca
gttttgggatatgaatctgcttgacactgcaacctaagaaactaaatgta
gacaagaagctggttgcttacaggaacctgggttgatctcagcatggtgg
agcatgcctataatccagacttggtgagtaagaagccagaattcgaatcc
aaggtcaccattggctacttagccaggttgaagcacctggacaac
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr19_10935967_10936477
seq2: B6Ng01-309I10.b_47_557

seq1  GAATTCACTAAGCCCTGTGTCCTATGCGCTCCTGCAGGCGGGTCTGTACT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCACTAAGCCCTGTGTCCTATGCGCTCCTGCAGGCGGGTCTGTACT  50

seq1  CACCCTTCTGCTGAGCCTGGGACCCTCCAGCCTCGGATTTGTTCCAGAGT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACCCTTCTGCTGAGCCTGGGACCCTCCAGCCTCGGATTTGTTCCAGAGT  100

seq1  GGTGTCAGTCAGCTCAATGCGCAAGGGCAGGAGTGGGGCCCATACAGTCA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTGTCAGTCAGCTCAATGCGCAAGGGCAGGAGTGGGGCCCATACAGTCA  150

seq1  GCTTTAGTGAGGCCCGAAGTCGGCGCCACCAGAAGTCCACCCTCACCCCC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTTAGTGAGGCCCGAAGTCGGCGCCACCAGAAGTCCACCCTCACCCCC  200

seq1  TTGGCACCCCGGCTCTCCTGGCCAGCCACGAACACAGCATCACAGGCCTC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGCACCCCGGCTCTCCTGGCCAGCCACGAACACAGCATCACAGGCCTC  250

seq1  AGATACCTATGGCAAGGCAGAGATGTGTGGAGACACAAATGATAGGCACT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATACCTATGGCAAGGCAGAGATGTGTGGAGACACAAATGATAGGCACT  300

seq1  GATACAGCGTCACCTACTCCAGCTATAAGCAGGGCTACAAAATTCAAATT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATACAGCGTCACCTACTCCAGCTATAAGCAGGGCTACAAAATTCAAATT  350

seq1  CAGCTCTGATATCATAAATACATGTTGTGTGGTGGTCTGGACGGGGTGGG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCTCTGATATCATAAATACATGTTGTGTGGTGGTCTGGACGGGGTGGG  400

seq1  GGGAGGTGCTCTTAGCTTAAAGTATTTTGCTGTACTACCAAAATCCACTC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGAGGTGCTCTTAGCTTAAAGTATTTTGCTGTACTACCAAAATCCACTC  450

seq1  CAGGGGCGTTACTGTAGGTTCCCCAAGGGATGAGCTGGGCCATTTGCATG  500
      |||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGGGCGTTACTGTAGGTTCCCCATTGGATGAGCTGGGCCATTTGCATG  500

seq1  CAACATACATG  511
      |||||||||||
seq2  CAACATACATG  511

seq1: chr19_11073735_11074890
seq2: B6Ng01-309I10.g_65_1209 (reverse)

seq1  GTTGTCCAGGTTGGCCTCAAACTTGCTAAGTAGCCAAGGGTGACCTTGAA  50
      |||||||||||  || |||| || ||||||||||||| |||||||||| |
seq2  GTTGTCCAGGT--GCTTCAACCTGGCTAAGTAGCCAATGGTGACCTTGGA  48

seq1  TTTCTGATTCTCCTGCCTCTACCTCACAAGTTCTGGGATTATAAGCATGC  100
       |||  |||||   || |||  ||||| |  ||| |||||||| ||||||
seq2  -TTCGAATTCT--GGCTTCTTACTCACCAAGTCT-GGATTATAGGCATGC  94

seq1  TCCACCATGCCTGGAGATCAAACCCAGGGTTTCCTGTAAGCCAACCAAGC  150
      ||||||||||   |||||| ||||||||  |||||||||| ||||| |||
seq2  TCCACCATGC--TGAGATC-AACCCAGG--TTCCTGTAAG-CAACC-AGC  137

seq1  TTCTTGTCTACATTTTAGTTTC-TAGGTTGCAGTGTCAAGCAGATTCATA  199
      |||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTTGTCTACA-TTTAGTTTCTTAGGTTGCAGTGTCAAGCAGATTCATA  186

seq1  ATCCAAAACTGGATCCTGGACA-TCAAGTATGGTGATGGAATTGGATGGA  248
        |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCAAAACTGGATCCTGGACATTCAAGTATGGTGATGGAATTGGATGGA  236

seq1  ATGTGTGGGAATCCTGGGATGGAGATAAACGTGGTTTGATTCTTTTGGAA  298
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTGTGGGAATCCTGGGATGGAGATAAACGTGGTTTGATTCTTTTGGAA  286

seq1  GTGTTAGTAACTCATTTGG-AAAAAAAAATCTACAAATCCTCCTATGCAT  347
      ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTTAGTAACTCATTTGGAAAAAAAAAATCTACAAATCCTCCTATGCAT  336

seq1  GCCTCTTAGGTAACTCTGTAGCTTTTCTCCTTCTAACTGGAGTTAGTCCT  397
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTCTTAGGTAACTCTGTAGCTTTTCTCCTTCTAACTGGAGTTAGTCCT  386

seq1  CTGCTCACAGGTACTAAGTGTGGCCACGTGAGTGACTTTGGCCATAGGAC  447
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCTCACAGGTACTAAGTGTGGCCACGTGAGTGACTTTGGCCATAGGAC  436

seq1  TTAATCAAGCAGGGCACAAGCAAGGGCTAGAGTGCTTGCCTGTGAGGGAT  497
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAATCAAGCAGGGCACAAGCAAGGGCTAGAGTGCTTGCCTGTGAGGGAT  486

seq1  TACATGTTTTTCCTGGGAATTCAGGTGCCTTATGAAGAAACTCAAGCTGG  547
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACATGTTTTTCCTGGGAATTCAGGTGCCTTATGAAGAAACTCAAGCTGG  536

seq1  CATACTGGAGGATGAGCTATCACAGGAGCAGAAATGAACCATCCCACTAA  597
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATACTGGAGGATGAGCTATCACAGGAGCAGAAATGAACCATCCCACTAA  586

seq1  GTGACCCGGGTACCAGCTTTCCTGAAGTCCATCTGGCAGCTGGCTGCAGA  647
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGACCCGGGTACCAGCTTTCCTGAAGTCCATCTGGCAGCTGGCTGCAGA  636

seq1  AAGAGTGATTCCACCAAAGAGTGATGATGTCAGTTGAAGAGGTAGTCATG  697
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAGTGATTCCACCAAAGAGTGATGATGTCAGTTGAAGAGGTAGTCATG  686

seq1  TATCACAGTACAAATGGATGATATACAGAACCAAGAACCAAGTCAATCAG  747
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATCACAGTACAAATGGATGATATACAGAACCAAGAACCAAGTCAATCAG  736

seq1  CGGTTCTCGACCTTCCCAAGGCTGTGGCCCTTTAAATACAGTTCCTCATG  797
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGGTTCTCGACCTTCCCAAGGCTGTGGCCCTTTAAATACAGTTCCTCATG  786

seq1  TTGTAGTGACCGCAAGCATAAAATTATTTTTTGTGGCTACTTTATAACTG  847
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTAGTGACCGCAAGCATAAAATTATTTTTTGTGGCTACTTTATAACTG  836

seq1  TAATTTTGCTACTGCTAAGAATCATAATGTAAATATCTGATATGCAGGAT  897
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATTTTGCTACTGCTAAGAATCATAATGTAAATATCTGATATGCAGGAT  886

seq1  ATCTGACATGCAACCCCCTAGGTTAAAGCAGATGATTGCTGCTTTAAGGT  947
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTGACATGCAACCCCCTAGGTTAAAGCAGATGATTGCTGCTTTAAGGT  936

seq1  ACTTACTTGGCTTGGCAGTAGTTTGTTATTCGGCAAAACTTATCTGATAC  997
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTACTTGGCTTGGCAGTAGTTTGTTATTCGGCAAAACTTATCTGATAC  986

seq1  TTCCTCAATCCTGACTTCCCTCAAGCTCTGGTCACTCTTTGTTAAGCCTT  1047
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCTCAATCCTGACTTCCCTCAAGCTCTGGTCACTCTTTGTTAAGCCTT  1036

seq1  CCCAGAGCAGACTCTGATTCCTGGAATCAAGCCCAACACTCACCTGAAAA  1097
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCAGAGCAGACTCTGATTCCTGGAATCAAGCCCAACACTCACCTGAAAA  1086

seq1  TGGGCGCAGCAGACAGCCTGGCATCCAAAATGTGAGGCTATGCAGGTGAG  1147
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGCGCAGCAGACAGCCTGGCATCCAAAATGTGAGGCTATGCAGGTGAG  1136

seq1  GATGAATTC  1156
      |||||||||
seq2  GATGAATTC  1145