BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-311H08
Chromosome19 (Build37)
Map Location 49,124,148 - 49,230,707
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneLOC670576, Sorcs3, LOC100042896
Downstream geneLOC629448, Siah1-ps1, EG433251, Sorcs1
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-311H08.bB6Ng01-311H08.g
ACCGA103170GA103171
length1,1631,105
definitionB6Ng01-311H08.b B6Ng01-311H08.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(49,124,148 - 49,125,308)(49,229,602 - 49,230,707)
sequence
gaattcaaagtgaagacgagaatggaaattttagacagggttgggaccgt
taaagaaaatgaggatgaggagtggagggtatatggttcaaaagtgatat
ctttgggtgtcaagttgaaaagtatggagtttttttttggttaatactga
ttggccaactaacaagatctaaaaacttagatagaagataagcttcaggc
acagatgtgaaggactatccagcttgcattagttgaggtgagaacaccat
gctctctaacttgttgggtatgccactgcctgccctggtgtcctggacta
aacatgaacttccattggtcattactttctgactatagactaagaagaac
cagctacctcctacctttcctgccacaatctattagatctcctgcaactg
ggagacaaaatgagctgcttttatcaagagtattatcaaaacaataagac
aagtcaatcatacaatgcaaaaaatatgttctatagtatcaggataggct
gaactatcttgagcaaaccagtacaaaccagacatagactcactcactaa
tccttcgacagtgattaaatcagtctttgtgaaatacccacagggaggaa
gattgttgatctccgcttctctcctgtgacagttaggccatttgttacca
gatgcctattgttcatgtctgcagtcagcacctaatcatgtctgaacaga
aaggaaaaattcaattctcttggatcataatatattgccagtaaaattga
atataactccaacattcaaagaaaagtagtcaataaatctatgcaaactc
ctggtaaattttcttatggttgttatttttccaaataagtacaacttgat
ttctataacaacactaattctaatgtattttgtttcttaattccatctgt
gattagtcatcctgagaaataatcacttggcaaatatcttgggtttagat
ttctcagtagacattattgcatgttgtgaacctatggtagctaatgcctt
tcctccccaggtaccccactcagtttccccagctcttttatcgttcttgc
aaggctgctcacagcatttgtggggtttgcagcttccctgatcctgagca
ctatttcagtaacattgcatttgattggctggcatggaaccttagacgac
ccattagtaattt

gaattctctaagagccatgaaagcaacacatacctcataaaatccctaag
aacacccctctccatctaggcaacaagagagaacttggtgaggtaaaaat
aacattcaccatgataggacatgtcctgtagatacagaatggtcaagatt
tcagtaaacagtgagggcatgtaagccagtctggtcatttctatcttgtt
tagagacacaatggcataaatcacatttccagttccaacagagttgtcat
aggctctgcagctgattcagtcctgaagtggagacttgaattaggacaag
actagatgggatgatagtggtaaggattgagagatttattcccaactaaa
agaagcctctcaaaaaatgtgaaacatgggataccagcaggatgtctggg
aagattggtttggcaatgaagtgtactcagtgaagaggcctaaaataaat
aggaaacttactatgttgttgtttgtttgcttgcttgcttttgttttgtt
tgttttaaggctttgccagatgtttattctggattaatagggaagtaggt
cagaatccaaaagaaagtacaaaaatctaatacacaaattaataacacag
ccccaaatttccaaagctgtgcttatatattgaaagtatgaggatgtaga
attgttatttttcacttgttgactatttttcctataattaattttttatc
cacttcacatcctgacaacagtcctctccttcctctcattccaatcctag
ccttacaaatctctccccacattgccccctattcttctcctcagagaaag
ggaagctccttcccccacttataccaccacaccctgggacacctaggccc
agcaggactaagcacattctcttttattgaagcccaaccaggaagtcaaa
taaagagaacggatccaatggcagggaacagagatcaagacagcccccat
tccacttgttagagaacctacatggccaacaagctgcatattggctacaa
acttataagattatctaggtccatatcttgtgcttgctggtggtaggccc
aggctctggtgagccccataaatctcaagttaagttgaccttgtagatct
tcttg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr19_49124148_49125308
seq2: B6Ng01-311H08.b_46_1208

seq1  GAATTCAAAGTGAAGACGAGAATGGAAATTTTAGACAGGGTTGGGACCGT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAAAGTGAAGACGAGAATGGAAATTTTAGACAGGGTTGGGACCGT  50

seq1  TAAAGAAAATGAGGATGAGGAGTGGAGGGTATATGGTTCAAAAGTGATAT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAGAAAATGAGGATGAGGAGTGGAGGGTATATGGTTCAAAAGTGATAT  100

seq1  CTTTGGGTGTCAAGTTGAAAAGTATGGAGTTTTTTTTTGGTTAATACTGA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTGGGTGTCAAGTTGAAAAGTATGGAGTTTTTTTTTGGTTAATACTGA  150

seq1  TTGGCCAACTAACAAGATCTAAAAACTTAGATAGAAGATAAGCTTCAGGC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGCCAACTAACAAGATCTAAAAACTTAGATAGAAGATAAGCTTCAGGC  200

seq1  ACAGATGTGAAGGACTATCCAGCTTGCATTAGTTGAGGTGAGAACACCAT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGATGTGAAGGACTATCCAGCTTGCATTAGTTGAGGTGAGAACACCAT  250

seq1  GCTCTCTAACTTGTTGGGTATGCCACTGCCTGCCCTGGTGTCCTGGACTA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTCTCTAACTTGTTGGGTATGCCACTGCCTGCCCTGGTGTCCTGGACTA  300

seq1  AACATGAACTTCCATTGGTCATTACTTTCTGACTATAGACTAAGAAGAAC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACATGAACTTCCATTGGTCATTACTTTCTGACTATAGACTAAGAAGAAC  350

seq1  CAGCTACCTCCTACCTTTCCTGCCACAATCTATTAGATCTCCTGCAACTG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCTACCTCCTACCTTTCCTGCCACAATCTATTAGATCTCCTGCAACTG  400

seq1  GGAGACAAAATGAGCTGCTTTTATCAAGAGTATTATCAAAACAATAAGAC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGACAAAATGAGCTGCTTTTATCAAGAGTATTATCAAAACAATAAGAC  450

seq1  AAGTCAATCATACAATGCAAAAAATATGTTCTATAGTATCAGGATAGGCT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTCAATCATACAATGCAAAAAATATGTTCTATAGTATCAGGATAGGCT  500

seq1  GAACTATCTTGAGCAAACCAGTACAAACCAGACATAGACTCACTCACTAA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAACTATCTTGAGCAAACCAGTACAAACCAGACATAGACTCACTCACTAA  550

seq1  TCCTTCGACAGTGATTAAATCAGTCTTTGTGAAATACCCACAGGGAGGAA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTTCGACAGTGATTAAATCAGTCTTTGTGAAATACCCACAGGGAGGAA  600

seq1  GATTGTTGATCTCCGCTTCTCTCCTGTGACAGTTAGGCCATTTGTTACCA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATTGTTGATCTCCGCTTCTCTCCTGTGACAGTTAGGCCATTTGTTACCA  650

seq1  GATGCCTATTGTTCATGTCTGCAGTCAGCACCTAATCATGTCTGAACAGA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGCCTATTGTTCATGTCTGCAGTCAGCACCTAATCATGTCTGAACAGA  700

seq1  AAGGAAAAATTCAATTCTCTTGGATCATAATATATTGCCAGTAAAATTGA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGAAAAATTCAATTCTCTTGGATCATAATATATTGCCAGTAAAATTGA  750

seq1  ATATAACTCCAACATTCAAAGAAAAGTAGTCAATAAATCTATGCAAACTC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATAACTCCAACATTCAAAGAAAAGTAGTCAATAAATCTATGCAAACTC  800

seq1  CTGGTAAATTTTCTTATGGTTGTTATTTTTCCAAATAAGTACAACTTGAT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGTAAATTTTCTTATGGTTGTTATTTTTCCAAATAAGTACAACTTGAT  850

seq1  TTCTATAACAACACTAATTCTAATGTATTTTGTTTCTTAATTCCATCTGT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTATAACAACACTAATTCTAATGTATTTTGTTTCTTAATTCCATCTGT  900

seq1  GATTAGTCATCCTGAGAAATAATCACTTGGCAAATATCTTGGGTTTAGAT  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATTAGTCATCCTGAGAAATAATCACTTGGCAAATATCTTGGGTTTAGAT  950

seq1  TTCTCAGTAGACATTATTGCATGTTGTGAA-CTATGGTAGCCTAATGCC-  998
      |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||| 
seq2  TTCTCAGTAGACATTATTGCATGTTGTGAACCTATGGTAG-CTAATGCCT  999

seq1  TTCCTCCCCAGGTAACCCACTCAGTTTCCCCAGCTC-TTTATCG-TCTTG  1046
      |||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||| |||||
seq2  TTCCTCCCCAGGTACCCCACTCAGTTTCCCCAGCTCTTTTATCGTTCTTG  1049

seq1  CAAGGCTGCTCACAGGCATTTGTGGGTTTGCCAGC-TCCCTGAT-CTGAG  1094
      |||||||||||||| ||||||||||| ||  |||| |||||||| |||||
seq2  CAAGGCTGCTCACA-GCATTTGTGGGGTTTGCAGCTTCCCTGATCCTGAG  1098

seq1  CACTATTTCAGTTACATTTGGCATTTGAATGGCTGGTATGAGACC-TAGA  1143
      |||||||||||| |||||  |||||||| ||||||| |||  ||| ||||
seq2  CACTATTTCAGTAACATT--GCATTTGATTGGCTGGCATGGAACCTTAGA  1146

seq1  CCGCCCCATTAGTAATTT  1161
       || ||||||||||||||
seq2  -CGACCCATTAGTAATTT  1163


seq1: chr19_49229602_49230707
seq2: B6Ng01-311H08.g_67_1171 (reverse)

seq1  CAAGAAGATCTACAGAGTCAAC-TAACCTGAGATTATGGGGGCTCA-CAG  48
      ||||||||||||||  |||||| |||| |||||||   |||||||| |||
seq2  CAAGAAGATCTACAAGGTCAACTTAACTTGAGATTTATGGGGCTCACCAG  50

seq1  AGCCTGGG-CTACCAACAAGCAAGCACACAGGATATGGACCTAGATAATC  97
      |||||||| ||||| || ||||||  |||| |||||||||||||||||||
seq2  AGCCTGGGCCTACC-ACCAGCAAG--CACAAGATATGGACCTAGATAATC  97

seq1  -TATAAGTTTGTAGCAAATATGCAGCTTTGTTGCCATGTAGGTTCTCTAA  146
       |||||||||||||| ||||||||||||  | ||||||||||||||||||
seq2  TTATAAGTTTGTAGCCAATATGCAGCTTGTTGGCCATGTAGGTTCTCTAA  147

seq1  CAAGTGGAATGGGGGCTGTCTTGATCTCTGTTCCCTGCCATTGGATCCCC  196
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || 
seq2  CAAGTGGAATGGGGGCTGTCTTGATCTCTGTTCCCTGCCATTGGAT-CCG  196

seq1  TTCTCTTTATTTGGACTTCCTGGTTGGGCTTCAATAAAAGAGAATGTGCT  246
      |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTCTTTATTT-GACTTCCTGGTTGGGCTTCAATAAAAGAGAATGTGCT  245

seq1  TAGTCCTGCTGGGCCTAGGTGTCCCAGGGTGTGGTGGTATAAGTGGGGGA  296
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGTCCTGCTGGGCCTAGGTGTCCCAGGGTGTGGTGGTATAAGTGGGGGA  295

seq1  AGGAGCTTCCCTTTCTCTGAGGAGAAGAATAGGGGGCAATGTGGGGAGAG  346
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGAGCTTCCCTTTCTCTGAGGAGAAGAATAGGGGGCAATGTGGGGAGAG  345

seq1  ATTTGTAAGGCTAGGATTGGAATGAGAGGAAGGAGAGGACTGTTGTCAGG  396
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTGTAAGGCTAGGATTGGAATGAGAGGAAGGAGAGGACTGTTGTCAGG  395

seq1  ATGTGAAGTGGATAAAAAATTAATTATAGGAAAAATAGTCAACAAGTGAA  446
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTGAAGTGGATAAAAAATTAATTATAGGAAAAATAGTCAACAAGTGAA  445

seq1  AAATAACAATTCTACATCCTCATACTTTCAATATATAAGCACAGCTTTGG  496
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATAACAATTCTACATCCTCATACTTTCAATATATAAGCACAGCTTTGG  495

seq1  AAATTTGGGGCTGTGTTATTAATTTGTGTATTAGATTTTTGTACTTTCTT  546
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATTTGGGGCTGTGTTATTAATTTGTGTATTAGATTTTTGTACTTTCTT  545

seq1  TTGGATTCTGACCTACTTCCCTATTAATCCAGAATAAACATCTGGCAAAG  596
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGATTCTGACCTACTTCCCTATTAATCCAGAATAAACATCTGGCAAAG  595

seq1  CCTTAAAACAAACAAAACAAAAGCAAGCAAGCAAACAAACAACAACATAG  646
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTAAAACAAACAAAACAAAAGCAAGCAAGCAAACAAACAACAACATAG  645

seq1  TAAGTTTCCTATTTATTTTAGGCCTCTTCACTGAGTACACTTCATTGCCA  696
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGTTTCCTATTTATTTTAGGCCTCTTCACTGAGTACACTTCATTGCCA  695

seq1  AACCAATCTTCCCAGACATCCTGCTGGTATCCCATGTTTCACATTTTTTG  746
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACCAATCTTCCCAGACATCCTGCTGGTATCCCATGTTTCACATTTTTTG  745

seq1  AGAGGCTTCTTTTAGTTGGGAATAAATCTCTCAATCCTTACCACTATCAT  796
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGGCTTCTTTTAGTTGGGAATAAATCTCTCAATCCTTACCACTATCAT  795

seq1  CCCATCTAGTCTTGTCCTAATTCAAGTCTCCACTTCAGGACTGAATCAGC  846
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCATCTAGTCTTGTCCTAATTCAAGTCTCCACTTCAGGACTGAATCAGC  845

seq1  TGCAGAGCCTATGACAACTCTGTTGGAACTGGAAATGTGATTTATGCCAT  896
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCAGAGCCTATGACAACTCTGTTGGAACTGGAAATGTGATTTATGCCAT  895

seq1  TGTGTCTCTAAACAAGATAGAAATGACCAGACTGGCTTACATGCCCTCAC  946
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGTCTCTAAACAAGATAGAAATGACCAGACTGGCTTACATGCCCTCAC  945

seq1  TGTTTACTGAAATCTTGACCATTCTGTATCTACAGGACATGTCCTATCAT  996
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTTACTGAAATCTTGACCATTCTGTATCTACAGGACATGTCCTATCAT  995

seq1  GGTGAATGTTATTTTTACCTCACCAAGTTCTCTCTTGTTGCCTAGATGGA  1046
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTGAATGTTATTTTTACCTCACCAAGTTCTCTCTTGTTGCCTAGATGGA  1045

seq1  GAGGGGTGTTCTTAGGGATTTTATGAGGTATGTGTTGCTTTCATGGCTCT  1096
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGGGTGTTCTTAGGGATTTTATGAGGTATGTGTTGCTTTCATGGCTCT  1095

seq1  TAGAGAATTC  1106
      ||||||||||
seq2  TAGAGAATTC  1105


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |