BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-311N20
Chromosome19 (Build37)
Map Location 38,540,258 - 38,684,236
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC100042483, Plce1
Upstream geneExoc6, Cyp26c1, Cyp26a1, LOC668248, LOC668251, LOC209281, Fer1l3, Cep55, Gpr120, Rbp4, Pde6c, 5730455O13Rik, Lgi1, Tmem20
Downstream geneEG667587, Noc3l, Tbc1d12, Hells, LOC209753, Cyp2c55, LOC100042507, Cyp2c65, LOC668278, Cyp2c66, Cyp2c29, Cyp2c38, Cyp2c39, C730004C24Rik
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-311N20.bB6Ng01-311N20.g
ACCGA103477GA103478
length1,0091,110
definitionB6Ng01-311N20.b B6Ng01-311N20.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(38,540,258 - 38,541,258)(38,683,118 - 38,684,236)
sequence
gaattcagagaagagccaagcagtggtggcacacgcctttaatcccagca
cttgggaggcagaggtaggcggatctctatgagtttgaggccagcctggt
ctacagagcaagttccaggacagccaaggctacacacaaacacacacaca
aaccatctcgaaaaccaaaaatacaaaaccaaaaccaaaccaaaccaaac
caccacaacaaccaaaagaattcagaaaagataacttggtcttggagcag
ggtcacttcttggtggttctcaggtggcacttgggggcactgaggtaatt
ggaaggatcttctcttaaactcccagcctgtagtgcagcatgacatcact
tccagtggattctgtttggagcagtcacagaatgtgtgcatgttcaggga
catgaacagggctctcttccaccttttacgtttgctttaaagatttattt
ctattttatgtgtgtgaaccctttgcctgcatacatgtgtgtactatgtg
agtacagtgttcaaggaggccgacagagggaggcaaatcccccgggactg
cagtgactggcagctgtgagctgccaagtgggcctgggaatcaaacgctg
gtcttgcaagagcagcaagtgtctagatgctgtctccaggcacttggtgg
gtttttgttgttttgtttttagttaagaactcactctctagctccaggat
ggtctagctctcactatgtaacctaggctaacctccaactcaacaaagtc
gtcctgcctcagccttgcctcagccttgcttgggatgcaggtctttgcta
tcacgctcagcttctcccttcttaaaaagttacttggccgggcagtggtg
gcgtacacctttaatctagccctcagaaggaagaggcaggtagaatatct
tgagtttgaaggccagccaggtctgcagagtgagtttcaaggacagccaa
agactgtttgtccacatagaaaacccttgtcttcaaaaaaacaaacaata
aaaccgtaa
gaattctgacccctaccagcacttcagatctacaaccatggacatgaagg
aaactcttatagattgtgctcctcagataatccttgcaaaaggatgctgc
tgaaatcctattcattgctcatccttcaaagctctgagtttaaatccagc
atgggcaaaactaacaagtgtcagctagagggtggggaatctcttgccga
acgatgttactcatggctgtgaatgtaatgggcggttataaaggaaactt
ccagcttaatatctgctgagatgaatcatgcctgagatacttattctaat
gggaattaccacagggatgaatcatgtcatcatgagaaaacctagctgcc
aagaaagcctctggacaagaaaaaaatcaaattaggacaaatgaattatg
ttgttaggtttgtgatgtcaggaggtgaattaggccttacagacgggact
gaaaggcttgacctgccaggcttcttgtagctctgaggagcagtgggtca
tctagtgaaacacatgaggacaaagcccctgcaagataaaaacaaagtcc
cacaaacacgctgtaaccgtgttccctagctcagagtccagagcttcatg
cttgcttgtctgtacacatgggatgctctgagggacagaaagtcccgggc
atcccactgctcagggatgctgcaggctctgaacagaaagaaggaatcaa
agccaatcctaggaccgggctatgtactctctgtgtgttactcctttcat
gtgttactccttgctgcccttgagccatttcacatcctcctccatcttgc
cagctgggaagaaccaatattggctctgtcttcacaatcctgagggcccc
tctgcctgcatcactgcctttggaccacgccccatttctctactcgactt
cttttttattgtgacatttgctttaattttttttttctctcgaaataata
taggtttacatgtggtgggggatgtccagaacgtgacccagtaattgtgt
ccaagccatagatccaaatcatgttaacagaatgcctgttcctgaatcac
ttgcatttgcgcttgaagtgcctctctcttattcgttcgctacataacat
gtactgcaaa
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr19_38540258_38541258
seq2: B6Ng01-311N20.b_48_1056

seq1  GAATTCAGAGAAGAGCCAAGCAGTGGTGGCACACGCCTTTAATCCCAGCA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAGAGAAGAGCCAAGCAGTGGTGGCACACGCCTTTAATCCCAGCA  50

seq1  CTTGGGAGGCAGAGGTAGGCGGATCTCTATGAGTTTGAGGCCAGCCTGGT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGGGAGGCAGAGGTAGGCGGATCTCTATGAGTTTGAGGCCAGCCTGGT  100

seq1  CTACAGAGCAAGTTCCAGGACAGCCAAGGCTACACACAAACACACACACA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTACAGAGCAAGTTCCAGGACAGCCAAGGCTACACACAAACACACACACA  150

seq1  AACCATCTCGAAAACCAAAAATACAAAACCAAAACCAAACCAAACCAAAC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACCATCTCGAAAACCAAAAATACAAAACCAAAACCAAACCAAACCAAAC  200

seq1  CACCACAACAACCAAAAGAATTCAGAAAAGATAACTTGGTCTTGGAGCAG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACCACAACAACCAAAAGAATTCAGAAAAGATAACTTGGTCTTGGAGCAG  250

seq1  GGTCACTTCTTGGTGGTTCTCAGGTGGCACTTGGGGGCACTGAGGTAATT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTCACTTCTTGGTGGTTCTCAGGTGGCACTTGGGGGCACTGAGGTAATT  300

seq1  GGAAGGATCTTCTCTTAAACTCCCAGCCTGTAGTGCAGCATGACATCACT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAAGGATCTTCTCTTAAACTCCCAGCCTGTAGTGCAGCATGACATCACT  350

seq1  TCCAGTGGATTCTGTTTGGAGCAGTCACAGAATGTGTGCATGTTCAGGGA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCAGTGGATTCTGTTTGGAGCAGTCACAGAATGTGTGCATGTTCAGGGA  400

seq1  CATGAACAGGGCTCTCTTCCACCTTTTACGTTTGCTTTAAAGATTTATTT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGAACAGGGCTCTCTTCCACCTTTTACGTTTGCTTTAAAGATTTATTT  450

seq1  CTATTTTATGTGTGTGAACCCTTTGCCTGCATACATGTGTGTACTATGTG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATTTTATGTGTGTGAACCCTTTGCCTGCATACATGTGTGTACTATGTG  500

seq1  AGTACAGTGTTCAAGGAGGCCGACAGAGGGAGGCAAATCCCCCGGGACTG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTACAGTGTTCAAGGAGGCCGACAGAGGGAGGCAAATCCCCCGGGACTG  550

seq1  CAGTGACTGGCAGCTGTGAGCTGCCAAGTGGGCCTGGGAATCAAACGCTG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTGACTGGCAGCTGTGAGCTGCCAAGTGGGCCTGGGAATCAAACGCTG  600

seq1  GTCTTGCAAGAGCAGCAAGTGTCTAGATGCTGTCTCCAGGCACTTGGTGG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTTGCAAGAGCAGCAAGTGTCTAGATGCTGTCTCCAGGCACTTGGTGG  650

seq1  GTTTTTGTTGTTTTGTTTTTAGTTAAGAACTCACTCTCTAG-TCCAGGAT  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
seq2  GTTTTTGTTGTTTTGTTTTTAGTTAAGAACTCACTCTCTAGCTCCAGGAT  700

seq1  GGTCTAGCTCTCACTATGTAACCTAGGCTAACCTCCAACTCAACAAAGTC  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTCTAGCTCTCACTATGTAACCTAGGCTAACCTCCAACTCAACAAAGTC  750

seq1  GTCCTGCCTCAGCCTTGCCTCAGCCTTGCTTGGGATGCAGGTCTTTGCTA  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCCTGCCTCAGCCTTGCCTCAGCCTTGCTTGGGATGCAGGTCTTTGCTA  800

seq1  TCACGCTCAGCTTTCTCCCTTCTTAAAAAGTTACTTGGCCGGGCAGTGGT  849
      ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACGCTCAGC-TTCTCCCTTCTTAAAAAGTTACTTGGCCGGGCAGTGGT  849

seq1  GGCGTACACCTTTAATCTAGCCCTCAGGAGGAAGAGGCAGGTAG-ATATC  898
      ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||
seq2  GGCGTACACCTTTAATCTAGCCCTCAGAAGGAAGAGGCAGGTAGAATATC  899

seq1  -TGAGTTTG-AGGCCAGCCAGGTCTGCAGAGTGAGTTTC-AGGACAGCC-  944
       |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| 
seq2  TTGAGTTTGAAGGCCAGCCAGGTCTGCAGAGTGAGTTTCAAGGACAGCCA  949

seq1  AAGACTGTTTGT-CACATAGAAAAACCCTGTC-TCAAAAAAACAAACAA-  991
      |||||||||||| ||||||||||| || |||| |||||||||||||||| 
seq2  AAGACTGTTTGTCCACATAGAAAACCCTTGTCTTCAAAAAAACAAACAAT  999

seq1  AAAAACGTAA  1001
      |||| |||||
seq2  AAAACCGTAA  1009

seq1: chr19_38683118_38684236
seq2: B6Ng01-311N20.g_69_1178 (reverse)

seq1  TTTGCAGTAACCTGTTATGTATTTTGAG-ACGAATTAGGAGAGAGGCACT  49
      |||||||| || |||||||||    | | ||||| || ||||||||||||
seq2  TTTGCAGT-ACATGTTATGTA----GCGAACGAA-TAAGAGAGAGGCACT  44

seq1  CCAAGGCCCCAAATGCCAGTGA-TCAGGAACAGCCATTCTGGTTACCCTG  98
       ||||  | ||||||| ||||| |||||||||| |||||| |||| | ||
seq2  TCAAG--CGCAAATGCAAGTGATTCAGGAACAGGCATTCT-GTTAACATG  91

seq1  ATTT-GATCCTTATGTGCTTTGGACAC-ATTACTGGGGTCACGTTCTGGG  146
      |||| ||||  |||| || |||||||| |||||| |||||||||||| ||
seq2  ATTTGGATC--TATG-GC-TTGGACACAATTACT-GGGTCACGTTCT-GG  135

seq1  ACATCCCCCA-CACATGTAAACTTATATTAATTTCGAGAGAAAAAAAAA-  194
      |||||||||| ||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||| 
seq2  ACATCCCCCACCACATGTAAACCTATATT-ATTTCGAGAGAAAAAAAAAA  184

seq1  -TAAAGCAAATGTCACAATAAAAAAGAAGTCGAGTAGAGAAATGGGGCGT  243
       |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAAAGCAAATGTCACAATAAAAAAGAAGTCGAGTAGAGAAATGGGGCGT  234

seq1  GGTCCAAAGGCAGTGATGCAGGCAGAGGGGCCCTCAGGATTGTGAAGACA  293
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTCCAAAGGCAGTGATGCAGGCAGAGGGGCCCTCAGGATTGTGAAGACA  284

seq1  GAGCCAATATTGGTTCTTCCCAGCTGGCAAGATGGAGGAGGATGTGAAAT  343
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGCCAATATTGGTTCTTCCCAGCTGGCAAGATGGAGGAGGATGTGAAAT  334

seq1  GGCTCAAGGGCAGCAAGGAGTAACACATGAAAGGAGTAACACACAGAGAG  393
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTCAAGGGCAGCAAGGAGTAACACATGAAAGGAGTAACACACAGAGAG  384

seq1  TACATAGCCCGGTCCTAGGATTGGCTTTGATTCCTTCTTTCTGTTCAGAG  443
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACATAGCCCGGTCCTAGGATTGGCTTTGATTCCTTCTTTCTGTTCAGAG  434

seq1  CCTGCAGCATCCCTGAGCAGTGGGATGCCCGGGACTTTCTGTCCCTCAGA  493
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGCAGCATCCCTGAGCAGTGGGATGCCCGGGACTTTCTGTCCCTCAGA  484

seq1  GCATCCCATGTGTACAGACAAGCAAGCATGAAGCTCTGGACTCTGAGCTA  543
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATCCCATGTGTACAGACAAGCAAGCATGAAGCTCTGGACTCTGAGCTA  534

seq1  GGGAACACGGTTACAGCGTGTTTGTGGGACTTTGTTTTTATCTTGCAGGG  593
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGAACACGGTTACAGCGTGTTTGTGGGACTTTGTTTTTATCTTGCAGGG  584

seq1  GCTTTGTCCTCATGTGTTTCACTAGATGACCCACTGCTCCTCAGAGCTAC  643
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTTGTCCTCATGTGTTTCACTAGATGACCCACTGCTCCTCAGAGCTAC  634

seq1  AAGAAGCCTGGCAGGTCAAGCCTTTCAGTCCCGTCTGTAAGGCCTAATTC  693
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAAGCCTGGCAGGTCAAGCCTTTCAGTCCCGTCTGTAAGGCCTAATTC  684

seq1  ACCTCCTGACATCACAAACCTAACAACATAATTCATTTGTCCTAATTTGA  743
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTCCTGACATCACAAACCTAACAACATAATTCATTTGTCCTAATTTGA  734

seq1  TTTTTTTCTTGTCCAGAGGCTTTCTTGGCAGCTAGGTTTTCTCATGATGA  793
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTTTTCTTGTCCAGAGGCTTTCTTGGCAGCTAGGTTTTCTCATGATGA  784

seq1  CATGATTCATCCCTGTGGTAATTCCCATTAGAATAAGTATCTCAGGCATG  843
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGATTCATCCCTGTGGTAATTCCCATTAGAATAAGTATCTCAGGCATG  834

seq1  ATTCATCTCAGCAGATATTAAGCTGGAAGTTTCCTTTATAACCGCCCATT  893
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCATCTCAGCAGATATTAAGCTGGAAGTTTCCTTTATAACCGCCCATT  884

seq1  ACATTCACAGCCATGAGTAACATCGTTCGGCAAGAGATTCCCCACCCTCT  943
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATTCACAGCCATGAGTAACATCGTTCGGCAAGAGATTCCCCACCCTCT  934

seq1  AGCTGACACTTGTTAGTTTTGCCCATGCTGGATTTAAACTCAGAGCTTTG  993
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTGACACTTGTTAGTTTTGCCCATGCTGGATTTAAACTCAGAGCTTTG  984

seq1  AAGGATGAGCAATGAATAGGATTTCAGCAGCATCCTTTTGCAAGGATTAT  1043
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGATGAGCAATGAATAGGATTTCAGCAGCATCCTTTTGCAAGGATTAT  1034

seq1  CTGAGGAGCACAATCTATAAGAGTTTCCTTCATGTCCATGGTTGTAGATC  1093
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGAGGAGCACAATCTATAAGAGTTTCCTTCATGTCCATGGTTGTAGATC  1084

seq1  TGAAGTGCTGGTAGGGGTCAGAATTC  1119
      ||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAAGTGCTGGTAGGGGTCAGAATTC  1110