BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-312E17
Chromosome19 (Build37)
Map Location 33,188,605 - 33,339,401
singlet/doubletdoublet
Overlap gene6530404N21Rik
Upstream geneSgms1, 2700046G09Rik, LOC100042138, LOC672490, LOC100042823, Minpp1, Papss2, Atad1, Pten, B430203M17Rik
Downstream geneLOC638381, EG668095, LOC628236, AI747699, EG668106, EG668112, EG668114, EG329055, EG433241, LOC668127, Lipf, Lipk, EG383462, Lipn, Ankrd22, Stambpl1, Acta2
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-312E17.bB6Ng01-312E17.g
ACCGA103798GA103799
length1,0661,166
definitionB6Ng01-312E17.b B6Ng01-312E17.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(33,338,324 - 33,339,401)(33,188,605 - 33,189,792)
sequence
gaattctgatagataaaggccaacattcctcaggaacctctgaagttgtt
caccctctaccaaaaggagtcacctcttacctctagcaaaagggagtgtg
gctacctatggtgtctattagcatatcaaagctcatgtgggcctccaggc
tccagcaggatcacaaattacacctttcaaagtctgtgttagcatcctag
cttactcacattctccccactctacctccctccagcttaccgggttccct
ccccacagctacactttatccttataagctgctattttcactatgatctg
tctatgctctgctcttgcttttctcactatggattctctgttctctatag
cttgctcttcttccctctctcacaggcagccctggccatgtctagtctgc
tgaccatgctcagtctacttctttttgcctcttctctgaactctcccagc
tgcctctagctgttatctctcccttatctacattaaaaaccttccaccta
accataccaaggagcggtcatgtcatgagtctatatgttcaccacaattt
atcttctgctatcagtaataaacaaatcctcctagggggtatttgaatga
cagaacagatgttaggctccagaatattgacaaatgacccataaataagc
tatgaggtcatcattaattagtagcacacatttctatttaaaattattta
aataaggagctggagagatggctcaacaattaagaccctttgctacaacc
acaaaggagaccaaattcacttctcatcacccacataaagtggctcacca
ctatctgtacctccaggcaacctaatgccctcttctggcctccatatcca
caggcgtgaacatatatgcacataaacatttcagacggctttctcacaca
tcttgttgctgagactggacctcagagatctgtaaccaccaggatgatat
tttcatgattgaattggactattatatcttttctcatctctgaaagccac
agcagtttaccttttatactcatatcgacgtatgggatgctgtagtagaa
tataagttttatagaa
gaattcactaaaccccaacctcctgttgaattgaggttgagacgaatgca
gaggctgtacattggacaaagcttgatctggtgacatggaggctggaggc
tccttgaaaacaggcaggtagccactataccttggaggctactttgctcc
tttaataacatcttgtgatcagaaatgaatgtaattctgaaaatttaaac
ttcagcatcagtatttcactggcaacctcttgggcaaagttgaaatgctc
ttcacaattccccatacttaaatctccagcagtgttttctttgtttttgg
aaaacaacaaaattaaaattatcctagaatcattttttttcttcaaaaac
acatattttaggcctgtgttgagactcagactgaaatggatttgtttaaa
aaaatgtctgtgtatttgatgtgggagactagtgacctttggtagtttgt
ataaaaaaaatgtttgatgtctcaaatttccctactgagcttgtattgtt
gctgcattttttttttctgtgatttttttccatgctctatcatcccccac
attcaacataagctctttaatcactcaacagagctcattccaatggcatc
ctcagatgaccgccactcacatcatgatgtcaagattgacatgagtctaa
ttctaacaatggtgaaaaaaattcaagacagagcccaagagacactgtca
ttgttgggggcgtggtaagactcatgggggaaccctgctgcctttacact
ggtggaacactgtgcacaccgacacagtcactcagaatacaaatctctaa
cagcacgatcctcagagactacaagaactcctgcagaggaagtcagtggg
cagctggcagtggcagggtcagtaggaatgacacagactctttcttcatt
aggatgagcagaaaacgatgtcaaaagggtgacagctcagacaccacaaa
ttcaggcataccacgatccctggagccttgtctatgttcagcctgtgcag
caagctagccactggggacaaatggtggagtaacagtgaagagagcaaat
ctaaacacactgagcagctcacacaggtctgggtgctacaaatgtatgtc
atactctggacttaccgagcagagtctgtcactgacgatgaactcaggac
actcttcaaaccacgg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr19_33338324_33339401
seq2: B6Ng01-312E17.b_44_1109 (reverse)

seq1  TTCTAATAAAACTTATA-TCTACTACAGCATCCCATTAACGTCGATATGA  49
      |||| |||||||||||| ||||||||||||||||||  ||||||||||||
seq2  TTCT-ATAAAACTTATATTCTACTACAGCATCCCAT--ACGTCGATATGA  47

seq1  GGTTATAAAAGGTAAACTTGCTTGTGGCTTTCAGAGATTGAGAAAAGATA  99
      |  |||||||||||||| ||| ||||||||||||||| ||||||||||||
seq2  G--TATAAAAGGTAAAC-TGC-TGTGGCTTTCAGAGA-TGAGAAAAGATA  92

seq1  TAATTAAGTCCAATTCAATCATGAAAATATCATTCCTGGTGGTTACAGAT  149
      ||||  |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| 
seq2  TAAT--AGTCCAATTCAATCATGAAAATATCA-TCCTGGTGGTTACAGA-  138

seq1  TCTCCTGAGGTCCAGTCTCAGCAACAAGATGTGTGAGAAAGCCTTCTGAA  199
      ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
seq2  TCT-CTGAGGTCCAGTCTCAGCAACAAGATGTGTGAGAAAGCCGTCTGAA  187

seq1  ATGTTTATGTGCATATATGTTCACGCCTGTGGATATGGAGGCCAGAAGAG  249
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTTTATGTGCATATATGTTCACGCCTGTGGATATGGAGGCCAGAAGAG  237

seq1  GGCATTAGGTTGCCTGGAGGTACAGATAGTGGTGAGCCACCTTATGTGGG  299
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
seq2  GGCATTAGGTTGCCTGGAGGTACAGATAGTGGTGAGCCACTTTATGTGGG  287

seq1  TGATGAGAAGTGAATTTGGTCTCCTTTGTGGTTGTAGCAAAGGGTCTTAA  349
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATGAGAAGTGAATTTGGTCTCCTTTGTGGTTGTAGCAAAGGGTCTTAA  337

seq1  TTGTTGAGCCATCTCTCCAGCTCCTTATTTAAATAATTTTAAATAGAAAT  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTTGAGCCATCTCTCCAGCTCCTTATTTAAATAATTTTAAATAGAAAT  387

seq1  GTGTGCTACTAATTAATGATGACCTCATAGCTTATTTATGGGTCATTTGT  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTGCTACTAATTAATGATGACCTCATAGCTTATTTATGGGTCATTTGT  437

seq1  CAATATTCTGGAGCCTAACATCTGTTCTGTCATTCAAATACCCCCTAGGA  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAATATTCTGGAGCCTAACATCTGTTCTGTCATTCAAATACCCCCTAGGA  487

seq1  GGATTTGTTTATTACTGATAGCAGAAGATAAATTGTGGTGAACATATAGA  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGATTTGTTTATTACTGATAGCAGAAGATAAATTGTGGTGAACATATAGA  537

seq1  CTCATGACATGACCGCTCCTTGGTATGGTTAGGTGGAAGGTTTTTAATGT  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCATGACATGACCGCTCCTTGGTATGGTTAGGTGGAAGGTTTTTAATGT  587

seq1  AGATAAGGGAGAGATAACAGCTAGAGGCAGCTGGGAGAGTTCAGAGAAGA  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATAAGGGAGAGATAACAGCTAGAGGCAGCTGGGAGAGTTCAGAGAAGA  637

seq1  GGCAAAAAGAAGTAGACTGAGCATGGTCAGCAGACTAGACATGGCCAGGG  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCAAAAAGAAGTAGACTGAGCATGGTCAGCAGACTAGACATGGCCAGGG  687

seq1  CTGCCTGTGAGAGAGGGAAGAAGAGCAAGCTATAGAGAACAGAGAATCCA  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCCTGTGAGAGAGGGAAGAAGAGCAAGCTATAGAGAACAGAGAATCCA  737

seq1  TAGTGAGAAAAGCAAGAGCAGAGCATAGACAGATCATAGTGAAAATAGCA  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGTGAGAAAAGCAAGAGCAGAGCATAGACAGATCATAGTGAAAATAGCA  787

seq1  GCTTATAAGGATAAAGTGTAGCTGTGGGGAGGGAACCCGGTAAGCTGGAG  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTATAAGGATAAAGTGTAGCTGTGGGGAGGGAACCCGGTAAGCTGGAG  837

seq1  GGAGGTAGAGTGGGGAGAATGTGAGTAAGCTAGGATGCTAACACAGACTT  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGGTAGAGTGGGGAGAATGTGAGTAAGCTAGGATGCTAACACAGACTT  887

seq1  TGAAAGGTGTAATTTGTGATCCTGCTGGAGCCTGGAGGCCCACATGAGCT  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAAAGGTGTAATTTGTGATCCTGCTGGAGCCTGGAGGCCCACATGAGCT  937

seq1  TTGATATGCTAATAGACACCATAGGTAGCCACACTCCCTTTTGCTAGAGG  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGATATGCTAATAGACACCATAGGTAGCCACACTCCCTTTTGCTAGAGG  987

seq1  TAAGAGGTGACTCCTTTTGGTAGAGGGTGAACAACTTCAGAGGTTCCTGA  1049
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGAGGTGACTCCTTTTGGTAGAGGGTGAACAACTTCAGAGGTTCCTGA  1037

seq1  GGAATGTTGGCCTTTATCTATCAGAATTC  1078
      |||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAATGTTGGCCTTTATCTATCAGAATTC  1066

seq1: chr19_33188605_33189792
seq2: B6Ng01-312E17.g_63_1228

seq1  GAATTCACTAAACCCCAACCTCCTGTTGAATTGAGGTTGAGACGAATGCA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCACTAAACCCCAACCTCCTGTTGAATTGAGGTTGAGACGAATGCA  50

seq1  GAGGCTGTACATTGGACAAAGCTTGATCTGGTGACATGGAGGCTGGAGGC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGCTGTACATTGGACAAAGCTTGATCTGGTGACATGGAGGCTGGAGGC  100

seq1  TCCTTGAAAACAGGCAGGTAGCCACTATACCTTGGAGGCTACTTTGCTCC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTTGAAAACAGGCAGGTAGCCACTATACCTTGGAGGCTACTTTGCTCC  150

seq1  TTTAATAACATCTTGTGATCAGAAATGAATGTAATTCTGAAAATTTAAAC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTAATAACATCTTGTGATCAGAAATGAATGTAATTCTGAAAATTTAAAC  200

seq1  TTCAGCATCAGTATTTCACTGGCAACCTCTTGGGCAAAGTTGAAATGCTC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCAGCATCAGTATTTCACTGGCAACCTCTTGGGCAAAGTTGAAATGCTC  250

seq1  TTCACAATTCCCCATACTTAAATCTCCAGCAGTGTTTTCTTTGTTTTTGG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCACAATTCCCCATACTTAAATCTCCAGCAGTGTTTTCTTTGTTTTTGG  300

seq1  AAAACAACAAAATTAAAATTATCCTAGAATCATTTTTTTTCTTCAAAAAC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAACAACAAAATTAAAATTATCCTAGAATCATTTTTTTTCTTCAAAAAC  350

seq1  ACATATTTTAGGCCTGTGTTGAGACTCAGACTGAAATGGATTTGTTTAAA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATATTTTAGGCCTGTGTTGAGACTCAGACTGAAATGGATTTGTTTAAA  400

seq1  AAAATGTCTGTGTATTTGATGTGGGAGACTAGTGACCTTTGGTAGTTTGT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAATGTCTGTGTATTTGATGTGGGAGACTAGTGACCTTTGGTAGTTTGT  450

seq1  ATAAAAAAAATGTTTGATGTCTCAAATTTCCCTACTGAGCTTGTATTGTT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAAAAAAAATGTTTGATGTCTCAAATTTCCCTACTGAGCTTGTATTGTT  500

seq1  GCTGCATTTTTTTTTTCTGTGATTTTTTTCCATGCTCTATCATCCCCCAC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGCATTTTTTTTTTCTGTGATTTTTTTCCATGCTCTATCATCCCCCAC  550

seq1  ATTCAACATAAGCTCTTTAATCACTCAACAGAGCTCATTCCAATGGCATC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCAACATAAGCTCTTTAATCACTCAACAGAGCTCATTCCAATGGCATC  600

seq1  CTCAGATGACCGCCACTCACATCATGATGTCAAGATTGACATGAGTCTAA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCAGATGACCGCCACTCACATCATGATGTCAAGATTGACATGAGTCTAA  650

seq1  TTCTAACAATGGTGAAAAAAATTCAAGACAGAGCCCAAGAGACACTGTCA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTAACAATGGTGAAAAAAATTCAAGACAGAGCCCAAGAGACACTGTCA  700

seq1  TTGTTGGGGGCGTGGTAAGACTCATGGGGGAACCCTGCTGCCTTTACACT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTTGGGGGCGTGGTAAGACTCATGGGGGAACCCTGCTGCCTTTACACT  750

seq1  GGTGGAACACTGTGCACACCGACACAGTCACTCAGAATACAAATCTCTAA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTGGAACACTGTGCACACCGACACAGTCACTCAGAATACAAATCTCTAA  800

seq1  CAGCACGATCCTCAGAGACTACAAGAACTCCTGCAGAGGAAGTCAGTGGG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCACGATCCTCAGAGACTACAAGAACTCCTGCAGAGGAAGTCAGTGGG  850

seq1  CAGCTGGCAGTGGCAGGGTCAGTAGGAATGACACAGACCCTTTCTTCATT  900
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
seq2  CAGCTGGCAGTGGCAGGGTCAGTAGGAATGACACAGACTCTTTCTTCATT  900

seq1  AGGATGAGCAGAAAACGATGTCAAAAGGGTGACAAGCTCAGAACACCACA  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||
seq2  AGGATGAGCAGAAAACGATGTCAAAAGGGTGAC-AGCTCAG-ACACCACA  948

seq1  AATTCAGGCAATACCAACGAATCCCTGGAGCCTTGTCTATGTTCAGCCTG  1000
      ||||||||| ||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTCAGGC-ATACC-ACG-ATCCCTGGAGCCTTGTCTATGTTCAGCCTG  995

seq1  TGCAGCCAAAGCTAGCCACTGGGGACAAAT-GTGGAGTAAACAGTGAAAG  1049
      ||||||  |||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||| |||
seq2  TGCAGC--AAGCTAGCCACTGGGGACAAATGGTGGAGT-AACAGTG-AAG  1041

seq1  AAGAAGCAAATTCTAAACACCACTGAGCAAGCTCACACAGGGTCT-GGTG  1098
      |   |||||| |||||||| |||||||| |||||||||| ||||| ||||
seq2  A--GAGCAAA-TCTAAACA-CACTGAGC-AGCTCACACA-GGTCTGGGTG  1085

seq1  CTACAAATTGTAAATGTCATACTTCTTGACTTACCGAAGCAAGAGCCTTG  1148
      ||||||| |||  ||||||||| ||| ||||||||| ||| |||| | ||
seq2  CTACAAA-TGT--ATGTCATAC-TCTGGACTTACCG-AGC-AGAGTC-TG  1128

seq1  TACATGACGATTTAATCTATGACACTCTTTCAAACCACGG  1188
      |   |||||||  | || | ||||||| ||||||||||||
seq2  TCACTGACGATGAACTC-AGGACACTC-TTCAAACCACGG  1166