BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-321H10
Chromosome19 (Build37)
Map Location 36,962,558 - 37,136,397
singlet/doubletdoublet
Overlap geneTnks2, Fgfbp3, Btaf1, Cpeb3
Upstream geneA830019P07Rik, Htr7, Rpp30, Ankrd1, LOC668195, Pcgf5, LOC668201, Hectd2, LOC668215, Ppp1r3c
Downstream geneMarch5, LOC668230, Ide, LOC100043010, Kif11, EG667490, LOC631069, Hhex, Exoc6, Cyp26c1, Cyp26a1, LOC668248, LOC668251, LOC209281, Fer1l3, Cep55
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-321H10.bB6Ng01-321H10.g
ACCGA110561GA110562
length1,0621,155
definitionB6Ng01-321H10.b B6Ng01-321H10.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(36,962,558 - 36,963,607)(37,135,227 - 37,136,397)
sequence
gaattcttagctctaaaaatagcaagctctagggtctgtagggatgattt
agaaggaacagaaagagcaaatattgctgctggagaagactgcagttaag
tttccaaagcccgcattgggtgttcaaactgcctgtgattctggctctca
atgcacataccacatggacctacagaattatgcatagctttgttgttggt
agtttttgtttttgttttgttttgttttttttttaattaaaaaatggcaa
ccagttgataatagcacatgcctttaatcctatcaatgagaaggcagaga
caggcagaatctatgagtttgaggatagccagggctacacagagaaaccc
tgtctacagttttttctggcagtgattcatgttcaagcatttaacatcca
tgggcccagaggtgattctgtgaggtgcaggcctatctggtatgcatagt
tccaagacagccaaggctatgtagagagtctgtcttaaaaacaaagaatt
tagcatcctgggctgggtgtgtggctcagtgcttgactgatgtgcacaaa
gctctgtgtttaatcctagttccttagaaaagttaacttcttagacggtt
tagttttttctgaattgttgttgcccatgtttgtattttagggtctcctt
ttgtgaatgcgattatccataagggctttgatgaaaggcatgcatacata
ggtggcatgtttggagctggaatttattttgctgagaactcttccaaaag
caatcaatatgtgtatggaattggaggtggcaccggatgtccaattcaca
aagacagatcgtgttacattttgtcacaggtgagagattacttggtactt
ttcataattagaactaatttacatatttgagacatatggagggcaaggca
tacctgacaattttgagggatacagattaaactgtctctttcacaagtta
caataaacagctaatattttacccaaaggaatcttgagtggggcaagcat
gattctgagcacttgaatttgtttaaattcaacttcctttgaatacttgt
ctctccatagag
gaattcatatgcttttaaaaagtcacccaggggctggagagacggctcag
tagttaagaggactggctgttcttgcagaggactagggttcaattcctag
caccaacatggtaactcacaaccatctgcaacttcagttctaggacatct
aatgccttcttctgccctctgcaccacccacgtgcacatagggcacatac
gtgtaagaaagcactcatacatattaaacaggtgaatatttttaaaaggg
tttcatcatcttaaccacccccaaaaaatgaagtcataataaagtttgtg
ccatcttgggggacaagaagagaaagaaatgtatagctcagacatgcact
tgggtgtgaaaagtgctggtggtttcaaaccgcatcagttgtcgtgtttt
ctaagtgacgtttggtgatggtgagcccaaagtcattctgatgtcctgat
tagcctgtgacttagcgacatcagaagcaggcacagaaagtgagcccagg
ccctacagtatccactggtaaccgacatagtgtatgcccgtgtctccaga
agttgaatgagtagcatgttttaagagctgtggaagagcagtagccaagc
tggtgtggtgggcctacctgtaatcccagtacttgggaggccagaccaag
aaggtctcgaggttgagaacagagtgggatgtacagtgagacactctcaa
aaagggggtacagaagaaagagtacccgttattcctcaaatctgcacata
gagttcattaaggctggatactttactgggcagttgggccacacacaggt
gtatgagctcagcctcaaaggaccctggctgtaacagtgggaagtaggtg
tgtgacaggaagtgaactaaggagctgcaggtactctgagagatgccata
gggagtatgtgagactgggagtcatggatggagaagaatgtgccgatgtt
atgacttggtcaggaaaggtttcgcttgcgtctttgactgtagtatttca
taataatgacttactaactcagggtatgcattacatacctttttgaagat
catgtcatctctctcctcctcctcttttttttttttcttgctagcatcct
atgaaagagatgacacaaatgccatgcctcaatataatgttgacgggccc
tgacg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr19_36962558_36963607
seq2: B6Ng01-321H10.b_44_1105

seq1  GAATTCTTAGCTCTAAAAATAGCAAGCTCTAGGGTCTGTAGGGATGATTT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTTAGCTCTAAAAATAGCAAGCTCTAGGGTCTGTAGGGATGATTT  50

seq1  AGAAGGAACAGAAAGAGCAAATATTGCTGCTGGAGAAGACTGCAGTTAAG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAGGAACAGAAAGAGCAAATATTGCTGCTGGAGAAGACTGCAGTTAAG  100

seq1  TTTCCAAAGCCCGCATTGGGTGTTCAAACTGCCTGTGATTCTGGCTCTCA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCCAAAGCCCGCATTGGGTGTTCAAACTGCCTGTGATTCTGGCTCTCA  150

seq1  ATGCACATACCACATGGACCTACAGAATTATGCATAGCTTTGTTGTTGGT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCACATACCACATGGACCTACAGAATTATGCATAGCTTTGTTGTTGGT  200

seq1  AGTTTTTGTTTTTGTTTTGTTTTGTTTTTTTTTTAATTAAAAAATGGCAA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTTTTGTTTTTGTTTTGTTTTGTTTTTTTTTTAATTAAAAAATGGCAA  250

seq1  CCAGTTGATAATAGCACATGCCTTTAATCCTATCAATGAGAAGGCAGAGA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGTTGATAATAGCACATGCCTTTAATCCTATCAATGAGAAGGCAGAGA  300

seq1  CAGGCAGAATCTATGAGTTTGAGGATAGCCAGGGCTACACAGAGAAACCC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGCAGAATCTATGAGTTTGAGGATAGCCAGGGCTACACAGAGAAACCC  350

seq1  TGTCTACAGTTTTTTCTGGCAGTGATTCATGTTCAAGCATTTAACATCCA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCTACAGTTTTTTCTGGCAGTGATTCATGTTCAAGCATTTAACATCCA  400

seq1  TGGGCCCAGAGGTGATTCTGTGAGGTGCAGGCCTATCTGGTATGCATAGT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGCCCAGAGGTGATTCTGTGAGGTGCAGGCCTATCTGGTATGCATAGT  450

seq1  TCCAAGACAGCCAAGGCTATGTAGAGAGTCTGTCTTAAAAACAAAGAATT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCAAGACAGCCAAGGCTATGTAGAGAGTCTGTCTTAAAAACAAAGAATT  500

seq1  TAGCATCCTGGGCTGGGTGTGTGGCTCAGTGCTTGACTGATGTGCACAAA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGCATCCTGGGCTGGGTGTGTGGCTCAGTGCTTGACTGATGTGCACAAA  550

seq1  GCTCTGTGTTTAATCCTAGTTCCTTAGAAAAGTTAACTTCTTAGACGGTT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTCTGTGTTTAATCCTAGTTCCTTAGAAAAGTTAACTTCTTAGACGGTT  600

seq1  TAGTTTTTTCTGAATTGTTGTTGCCCATGTTTGTATTTTAGGGTCTCCTT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGTTTTTTCTGAATTGTTGTTGCCCATGTTTGTATTTTAGGGTCTCCTT  650

seq1  TTGTGAATGCGATTATCCATAAGGGCTTTGATGAAAGGCATGCATACATA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTGAATGCGATTATCCATAAGGGCTTTGATGAAAGGCATGCATACATA  700

seq1  GGTGGCATGTTTGGAGCTGGAATTTATTTTGCTGAGAACTCTTCCAAAAG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTGGCATGTTTGGAGCTGGAATTTATTTTGCTGAGAACTCTTCCAAAAG  750

seq1  CAATCAATATGTGTATGGAATTGGAGGTGGCACCGGATGTCCAATTCACA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAATCAATATGTGTATGGAATTGGAGGTGGCACCGGATGTCCAATTCACA  800

seq1  AAGACAGATCGTGTTACA-TTTGTCACAGGTGAGAGATTACTTGGTAC-T  848
      |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |
seq2  AAGACAGATCGTGTTACATTTTGTCACAGGTGAGAGATTACTTGGTACTT  850

seq1  TTCATAATTAGAACTAA-TTACATATTTGAGACATATGGAGGGCAAGGCA  897
      ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCATAATTAGAACTAATTTACATATTTGAGACATATGGAGGGCAAGGCA  900

seq1  TACCTGACAA-TTTGAGGGATACAGATTAAACTGTCTC-TTCACAAGTTA  945
      |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
seq2  TACCTGACAATTTTGAGGGATACAGATTAAACTGTCTCTTTCACAAGTTA  950

seq1  CAAT-AACAGCTAATATTT--ACCAAAGG-ATC-TGAGT-GGGCCAGCAT  989
      |||| ||||||||||||||   ||||||| ||| ||||| |||| |||||
seq2  CAATAAACAGCTAATATTTTACCCAAAGGAATCTTGAGTGGGGCAAGCAT  1000

seq1  GATTCTGAGCACTTG-ATTTGTTT-AATTCAACTTCCTTTTGAATACTTG  1037
      ||||||||||||||| |||||||| |||||||||||| ||||||||||||
seq2  GATTCTGAGCACTTGAATTTGTTTAAATTCAACTTCC-TTTGAATACTTG  1049

seq1  GTTCTCCATAGAG  1050
        |||||||||||
seq2  TCTCTCCATAGAG  1062

seq1: chr19_37135227_37136397
seq2: B6Ng01-321H10.g_65_1219 (reverse)

seq1  CGTCAGGGGCCGTCAAC-TACTAATGAAGCATGGCATTT-TGTGTACTCT  48
      |||||||| |||||||| |  || ||| ||||||||||| |||   ||||
seq2  CGTCAGGGCCCGTCAACATTATATTGAGGCATGGCATTTGTGTCATCTCT  50

seq1  TTCATAGGGATGCTTAGCAAAAAAAAAAAAAAAAAAAGAGAGAGAGAGAG  98
      |||||| |||||| ||||    || ||||||||||||||| |||   |||
seq2  TTCATA-GGATGC-TAGC----AAGAAAAAAAAAAAAGAG-GAGGAGGAG  93

seq1  AGAGAATGAACAAATGATACTACAAAAAAGGTTATGTAATGCATACCCTT  148
      |||| |||   | ||||| || ||||||  | |||||||||||||||| |
seq2  AGAG-ATG---ACATGAT-CTTCAAAAA--GGTATGTAATGCATACCC-T  135

seq1  GAGTTAGTAAAGTCATTATTAATGAAATACTACAGTCAAAAGACGCAAGC  198
      |||||||| ||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||
seq2  GAGTTAGT-AAGTCATTATT-ATGAAATACTACAGTC-AAAGACGCAAGC  182

seq1  GAACCCTTTCCTGACCAAGTCATAACATCGGCACATTCTTCTCCATCCAT  248
      ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAACCTTTCCTGACCAAGTCATAACATCGGCACATTCTTCTCCATCCAT  232

seq1  GACTCCCAGTCTCACATACTCCCTATGGCATCTCTCAGAGTACCTGCAGC  298
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACTCCCAGTCTCACATACTCCCTATGGCATCTCTCAGAGTACCTGCAGC  282

seq1  TCCTTAGTTCACTTCCTGTCACACACCTACTTCCCACTGTTACAGCCAGG  348
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTTAGTTCACTTCCTGTCACACACCTACTTCCCACTGTTACAGCCAGG  332

seq1  GTCCTTTGAGGCTGAGCTCATACACCTGTGTGTGGCCCAACTGCCCAGTA  398
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCCTTTGAGGCTGAGCTCATACACCTGTGTGTGGCCCAACTGCCCAGTA  382

seq1  AAGTATCCAGCCTTAATGAACTCTATGTGCAGATTTGAGGAATAACGGGT  448
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTATCCAGCCTTAATGAACTCTATGTGCAGATTTGAGGAATAACGGGT  432

seq1  ACTCTTTCTTCTGTACCCCCTTTTTGAGAGTGTCTCACTGTACATCCCAC  498
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCTTTCTTCTGTACCCCCTTTTTGAGAGTGTCTCACTGTACATCCCAC  482

seq1  TCTGTTCTCAACCTCGAGACCTTCTTGGTCTGGCCTCCCAAGTACTGGGA  548
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGTTCTCAACCTCGAGACCTTCTTGGTCTGGCCTCCCAAGTACTGGGA  532

seq1  TTACAGGTAGGCCCACCACACCAGCTTGGCTACTGCTCTTCCACAGCTCT  598
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTACAGGTAGGCCCACCACACCAGCTTGGCTACTGCTCTTCCACAGCTCT  582

seq1  TAAAACATGCTACTCATTCAACTTCTGGAGACACGGGCATACACTATGTC  648
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAACATGCTACTCATTCAACTTCTGGAGACACGGGCATACACTATGTC  632

seq1  GGTTACCAGTGGATACTGTAGGGCCTGGGCTCACTTTCTGTGCCTGCTTC  698
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTTACCAGTGGATACTGTAGGGCCTGGGCTCACTTTCTGTGCCTGCTTC  682

seq1  TGATGTCGCTAAGTCACAGGCTAATCAGGACATCAGAATGACTTTGGGCT  748
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATGTCGCTAAGTCACAGGCTAATCAGGACATCAGAATGACTTTGGGCT  732

seq1  CACCATCACCAAACGTCACTTAGAAAACACGACAACTGATGCGGTTTGAA  798
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACCATCACCAAACGTCACTTAGAAAACACGACAACTGATGCGGTTTGAA  782

seq1  ACCACCAGCACTTTTCACACCCAAGTGCATGTCTGAGCTATACATTTCTT  848
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCACCAGCACTTTTCACACCCAAGTGCATGTCTGAGCTATACATTTCTT  832

seq1  TCTCTTCTTGTCCCCCAAGATGGCACAAACTTTATTATGACTTCATTTTT  898
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCTTCTTGTCCCCCAAGATGGCACAAACTTTATTATGACTTCATTTTT  882

seq1  TGGGGGTGGTTAAGATGATGAAACCCTTTTAAAAATATTCACCTGTTTAA  948
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGGGTGGTTAAGATGATGAAACCCTTTTAAAAATATTCACCTGTTTAA  932

seq1  TATGTATGAGTGCTTTCTTACACGTATGTGCCCTATGTGCACGTGGGTGG  998
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGTATGAGTGCTTTCTTACACGTATGTGCCCTATGTGCACGTGGGTGG  982

seq1  TGCAGAGGGCAGAAGAAGGCATTAGATGTCCTAGAACTGAAGTTGCAGAT  1048
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCAGAGGGCAGAAGAAGGCATTAGATGTCCTAGAACTGAAGTTGCAGAT  1032

seq1  GGTTGTGAGTTACCATGTTGGTGCTAGGAATTGAACCCTAGTCCTCTGCA  1098
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTTGTGAGTTACCATGTTGGTGCTAGGAATTGAACCCTAGTCCTCTGCA  1082

seq1  AGAACAGCCAGTCCTCTTAACTACTGAGCCGTCTCTCCAGCCCCTGGGTG  1148
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAACAGCCAGTCCTCTTAACTACTGAGCCGTCTCTCCAGCCCCTGGGTG  1132

seq1  ACTTTTTAAAAGCATATGAATTC  1171
      |||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTTTTAAAAGCATATGAATTC  1155