BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-327P20
Chromosome19 (Build37)
Map Location 35,437,213 - 35,556,548
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC100042292
Upstream geneCh25h, Lipa, Ifit2, Ifit3, OTTMUSG00000016644, LOC667370, 2010002M12Rik, Ifit1, Slc16a12, LOC676714, Pank1, Mphosph1, LOC383464
Downstream geneA830019P07Rik, Htr7, Rpp30, Ankrd1, LOC668195, Pcgf5, LOC668201
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-327P20.bB6Ng01-327P20.g
ACCGA115371GA115372
length1,1351,129
definitionB6Ng01-327P20.b B6Ng01-327P20.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(35,437,213 - 35,438,343)(35,555,420 - 35,556,548)
sequence
gaattcattcaccctttacaacgaaattacagtagccagttgattgaatt
tgtgtgttgaatataaaagttcttttctctttcatttgcctgacctactt
gtgtttctccatgtgttgtagctacagtgaaacactcaagaatacaatac
tctttagaacacaaggtgtatttaggtaacaagttagaaggtttaaggga
aaatgcattgacatcacccaactttgctgagggtgattttggttgtgtta
cacatgaagagaatatccatgtgaggaatgaattctatagacaaaaacag
gagcacacttgtataaaaggattataaggatatcttctataggaccatta
ttttcatccaaggataaaattcattattgacctaaagagctcatgctagg
tcccacttgctaaggactgcattatcccatatatgatcacattagggacc
aatacataaacatttaggggccaacaatattccaaaagtagcaatatttt
gtcacttagagttatgtaaaacttttaaacttactgtttatagtcagtgt
agaacttttaggggccaaccatattccaatatgctatatcatttttgtaa
acctttgtttaacaaatatattctatgcatcatacatgttttgctagatg
caagttttacaaatatgatacagccaaactttcgtgaatttgcataaagt
atacataacttaatcagaaatgtttcattccagagaggctggaaattatg
accttgatccttcagtatctatatctcttctagaattaagtgtttcatct
tttttctgtcgatattcttagttgcttatagagtgttagttcaatgttca
tagtagggcttgctaactcattgttcatcctgaatacaaaatagtggatt
tttggaagctagagatagctactgagtgcatgtgttctacttttgttgta
gtttctactgatgtctggctgagatgtactaaccttcagtgtgactaggg
ttgggtgatggaaatgtattctgttgtttcatcacaagactttcttcgta
gcagactcagccatctttctgcctaacagagtcaccttggcctggtgggc
ataacaccttattctgtacattccagtgaaccctt
gaattcccagttagcctcttgagttaattgtctccaatttcctttccaat
aatcctgacagtggaggtggtagggcactattttgtttgaaagacttggg
tctatatgatcacatgcattgtttcccatggattctgcaagtaccaaaca
aggtcctcatatcaaaacatctttctgagccaaactgtaaagctttgaaa
aaacatgaacaccattttcaagtaaatcttagtggaacattttgtaaatt
tttaaaaatttttacagtattattttttttacatgatgtttcaatttatt
tttagttgaaagattttcagacaatatagttttagcttattttctctcct
ctgacttcccccgactgttctcattctgtacccaatcaacgttttttatg
gaactcatagacagattaatgcagaggtcctcaatatataaattttaaaa
tatttatatgtgtgtaagtgagtactttgcctgtttgcatgtatgtgtat
cacatgtatgcctggtgccattgtaggtcaaaagagagtgtcagatccca
ctgaactgcagtacaaatagttggttgtttgtgatctgccaggtgatgct
ggaaacctagcctggatcctctacaagagcaacaactgctattaaacact
gagtcacctttccagtctcgtgtgtgtgtgtgtccccagagactaatggt
agatagcatagaaatttctctgtgtgctggacagcagcagggagctgtat
ctattattccatcaaatgattttgaaaagaactgcttcatatttatagtg
tgctgagcagtttcatgttaacataacacaagctaaaggtcatctgagag
gaaggaacctcagttacagttgcgagtattgtatgagagaagaatctatt
tttgataaacaagagaagaaaagaatcaagtatatcagtctaaagaaaat
ataaactttataaaatatagcttgtattatggtttcccagctcatcttca
tgccgatgatgttgcacatttcctacataacctttagaccacttgtcagt
agaacagatgcacatttattcatcctcacctatattttcaccttcacgta
ccaagctctgtatgatggctcttgccatt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr19_35437213_35438343
seq2: B6Ng01-327P20.b_49_1183

seq1  GAATTCATTCACCCTTTACAACGAAATTACAGTAGCCAGTTGATTGAATT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCATTCACCCTTTACAACGAAATTACAGTAGCCAGTTGATTGAATT  50

seq1  TGTGTGTTGAATATAAAAGTTCTTTTCTCTTTCATTTGCCTGACCTACTT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGTGTTGAATATAAAAGTTCTTTTCTCTTTCATTTGCCTGACCTACTT  100

seq1  GTGTTTCTCCATGTGTTGTAGCTACAGTGAAACACTCAAGAATACAATAC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTTTCTCCATGTGTTGTAGCTACAGTGAAACACTCAAGAATACAATAC  150

seq1  TCTTTAGAACACAAGGTGTATTTAGGTAACAAGTTAGAAGGTTTAAGGGA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTTAGAACACAAGGTGTATTTAGGTAACAAGTTAGAAGGTTTAAGGGA  200

seq1  AAATGCATTGACATCACCCAACTTTGCTGAGGGTGATTTTGGTTGTGTTA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATGCATTGACATCACCCAACTTTGCTGAGGGTGATTTTGGTTGTGTTA  250

seq1  CACATGAAGAGAATATCCATGTGAGGAATGAATTCTATAGACAAAAACAG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACATGAAGAGAATATCCATGTGAGGAATGAATTCTATAGACAAAAACAG  300

seq1  GAGCACACTTGTATAAAAGGATTATAAGGATATCTTCTATAGGACCATTA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGCACACTTGTATAAAAGGATTATAAGGATATCTTCTATAGGACCATTA  350

seq1  TTTTCATCCAAGGATAAAATTCATTATTGACCTAAAGAGCTCATGCTAGG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTCATCCAAGGATAAAATTCATTATTGACCTAAAGAGCTCATGCTAGG  400

seq1  TCCCACTTGCTAAGGACTGCATTATCCCATATATGATCACATTAGGGACC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCACTTGCTAAGGACTGCATTATCCCATATATGATCACATTAGGGACC  450

seq1  AATACATAAACATTTAGGGGCCAACAATATTCCAAAAGTAGCAATATTTT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATACATAAACATTTAGGGGCCAACAATATTCCAAAAGTAGCAATATTTT  500

seq1  GTCACTTAGAGTTATGTAAAACTTTTAAACTTACTGTTTATAGTCAGTGT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCACTTAGAGTTATGTAAAACTTTTAAACTTACTGTTTATAGTCAGTGT  550

seq1  AGAACTTTTAGGGGCCAACCATATTCCAATATGCTATATCATTTTTGTAA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAACTTTTAGGGGCCAACCATATTCCAATATGCTATATCATTTTTGTAA  600

seq1  ACCTTTGTTTAACAAATATATTCTATGCATCATACATGTTTTGCTAGATG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTTTGTTTAACAAATATATTCTATGCATCATACATGTTTTGCTAGATG  650

seq1  CAAGTTTTACAAATATGATACAGCCAAACTTTCGTGAATTTGCATAAAGT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGTTTTACAAATATGATACAGCCAAACTTTCGTGAATTTGCATAAAGT  700

seq1  ATACATAACTTAATCAGAAATGTTTCATTCCAGAGAGGCTGGAAATTATG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATACATAACTTAATCAGAAATGTTTCATTCCAGAGAGGCTGGAAATTATG  750

seq1  ACCTTGATCCTTCAGTATCTATATCTCTTCTAGAATTAAGTGTTTCATCT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTTGATCCTTCAGTATCTATATCTCTTCTAGAATTAAGTGTTTCATCT  800

seq1  TTTTTCTGTCGATATTCTTAGTTGCTTATAGAGTGTTAGTTCAATGTTCA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTTCTGTCGATATTCTTAGTTGCTTATAGAGTGTTAGTTCAATGTTCA  850

seq1  TAGTA-GGCTTGCTAACTCATTGTTCATCCTGAATACAAAAATAGTGGAT  899
      ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
seq2  TAGTAGGGCTTGCTAACTCATTGTTCATCCTGAATAC-AAAATAGTGGAT  899

seq1  TTTTGGAAGCTAGAGATAGCTACTGAGTGCATGTGTTCTACTTTTGTTGT  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTGGAAGCTAGAGATAGCTACTGAGTGCATGTGTTCTACTTTTGTTGT  949

seq1  AGTTTCTACTGATGTCTGGCTGAGATGTACTAACCTTCAGTGTGACTAGG  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTTCTACTGATGTCTGGCTGAGATGTACTAACCTTCAGTGTGACTAGG  999

seq1  --TTGGTGATGGAAATGTATTCTGTTGTTTCATCAC-AGACTTTCTTCGT  1046
        | |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
seq2  GTTGGGTGATGGAAATGTATTCTGTTGTTTCATCACAAGACTTTCTTCGT  1049

seq1  AGCAGACTCAGCCATC-TTCTGCCTACAGGAGTCACCCTGGCCT-GTGGG  1094
      |||||||||||||||| |||||||||   |||||||| |||||| |||||
seq2  AGCAGACTCAGCCATCTTTCTGCCTAACAGAGTCACCTTGGCCTGGTGGG  1099

seq1  CATAACACCTTTATTCTGTACCATTCCAGTG-ACCCTT  1131
      ||||||||| |||||||||| |||||||||| ||||||
seq2  CATAACACC-TTATTCTGTA-CATTCCAGTGAACCCTT  1135

seq1: chr19_35555420_35556548
seq2: B6Ng01-327P20.g_65_1193 (reverse)

seq1  AATGGC-AGAGCCATCATACAGAAGGCCTTGTCCCGTGA--GTG-AAATA  46
      |||||| ||||||||||||||||    ||||   |||||  ||| |||||
seq2  AATGGCAAGAGCCATCATACAGA---GCTTGGTACGTGAAGGTGAAAATA  47

seq1  TAGGTGA-GATG-ATAAATGTGCATCTGTCTTACTGACAAGTGGTTCTAA  94
      ||||||| |||| ||||||||||||||||  ||||||||||||| |||||
seq2  TAGGTGAGGATGAATAAATGTGCATCTGTTCTACTGACAAGTGG-TCTAA  96

seq1  AGGGTTATGTAGG-AATGTGCAACATCATCCGGCATGAAGATGGAGCTGG  143
      | ||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||| |||||||
seq2  A-GGTTATGTAGGAAATGTGCAACATCAT-CGGCATGAAGAT-GAGCTGG  143

seq1  GAAACCATAATACAAGCTATTATTTTATAAAGTTTATATTTTCTTTAGAC  193
      ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAACCATAATACAAGCTA-TATTTTATAAAGTTTATATTTTCTTTAGAC  192

seq1  TGATATACTTGATTCTTTTCTTCTCTTGTTTATCAAAAATAGATTCTTCT  243
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATATACTTGATTCTTTTCTTCTCTTGTTTATCAAAAATAGATTCTTCT  242

seq1  CTCATACAATACTCGCAACTGTAACTGAGGTTCCTTCCTCTCAGATGACC  293
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCATACAATACTCGCAACTGTAACTGAGGTTCCTTCCTCTCAGATGACC  292

seq1  -TTAGCTTGTGTTATGTTAACATGAAACTGCTCAGCACACTATAAATATG  342
       |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTAGCTTGTGTTATGTTAACATGAAACTGCTCAGCACACTATAAATATG  342

seq1  AAGCAGTTCTTTTCAAAATCATTTGATGGAATAATAGATACAGCTCCCTG  392
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCAGTTCTTTTCAAAATCATTTGATGGAATAATAGATACAGCTCCCTG  392

seq1  CTGCTGTCCAGCACACAGAGAAATTTCTATGCTATCTACCATTAGTCTCT  442
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCTGTCCAGCACACAGAGAAATTTCTATGCTATCTACCATTAGTCTCT  442

seq1  GGGGACACACACACACACGAGACTGGAAAGGTGACTCAGTGTTTAATAGC  492
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGGACACACACACACACGAGACTGGAAAGGTGACTCAGTGTTTAATAGC  492

seq1  AGTTGTTGCTCTTGTAGAGGATCCAGGCTAGGTTTCCAGCATCACCTGGC  542
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTGTTGCTCTTGTAGAGGATCCAGGCTAGGTTTCCAGCATCACCTGGC  542

seq1  AGATCACAAACAACCAACTATTTGTACTGCAGTTCAGTGGGATCTGACAC  592
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATCACAAACAACCAACTATTTGTACTGCAGTTCAGTGGGATCTGACAC  592

seq1  TCTCTTTTGACCTACAATGGCACCAGGCATACATGTGATACACATACATG  642
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCTTTTGACCTACAATGGCACCAGGCATACATGTGATACACATACATG  642

seq1  CAAACAGGCAAAGTACTCACTTACACACATATAAATATTTTAAAATTTAT  692
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAACAGGCAAAGTACTCACTTACACACATATAAATATTTTAAAATTTAT  692

seq1  ATATTGAGGACCTCTGCATTAATCTGTCTATGAGTTCCATAAAAAACGTT  742
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATTGAGGACCTCTGCATTAATCTGTCTATGAGTTCCATAAAAAACGTT  742

seq1  GATTGGGTACAGAATGAGAACAGTCGGGGGAAGTCAGAGGAGAGAAAATA  792
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATTGGGTACAGAATGAGAACAGTCGGGGGAAGTCAGAGGAGAGAAAATA  792

seq1  AGCTAAAACTATATTGTCTGAAAATCTTTCAACTAAAAATAAATTGAAAC  842
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTAAAACTATATTGTCTGAAAATCTTTCAACTAAAAATAAATTGAAAC  842

seq1  ATCATGTAAAAAAAATAATACTGTAAAAATTTTTAAAAATTTACAAAATG  892
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCATGTAAAAAAAATAATACTGTAAAAATTTTTAAAAATTTACAAAATG  892

seq1  TTCCACTAAGATTTACTTGAAAATGGTGTTCATGTTTTTTCAAAGCTTTA  942
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCACTAAGATTTACTTGAAAATGGTGTTCATGTTTTTTCAAAGCTTTA  942

seq1  CAGTTTGGCTCAGAAAGATGTTTTGATATGAGGACCTTGTTTGGTACTTG  992
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTTTGGCTCAGAAAGATGTTTTGATATGAGGACCTTGTTTGGTACTTG  992

seq1  CAGAATCCATGGGAAACAATGCATGTGATCATATAGACCCAAGTCTTTCA  1042
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAATCCATGGGAAACAATGCATGTGATCATATAGACCCAAGTCTTTCA  1042

seq1  AACAAAATAGTGCCCTACCACCTCCACTGTCAGGATTATTGGAAAGGAAA  1092
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACAAAATAGTGCCCTACCACCTCCACTGTCAGGATTATTGGAAAGGAAA  1092

seq1  TTGGAGACAATTAACTCAAGAGGCTAACTGGGAATTC  1129
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGAGACAATTAACTCAAGAGGCTAACTGGGAATTC  1129