BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-329N04
Chromosome19 (Build37)
Map Location 24,875,412 - 24,985,574
singlet/doubletdoublet
Overlap genePgm5, LOC672195, Foxd4
Upstream geneApba1, Gm967, 1700021P04Rik, Tjp2, Fxn, LOC667743, Pip5k1b, LOC100042457, 2900009I07Rik, E030010A14Rik
Downstream geneCbwd1, Dock8, LOC100042503, Ankrd15, LOC433233, LOC383474, Dmrt1, Dmrt3, Dmrt2, EG667806
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-329N04.bB6Ng01-329N04.g
ACCGA116677GA116678
length1,1351,105
definitionB6Ng01-329N04.b B6Ng01-329N04.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(24,875,412 - 24,876,558)(24,984,460 - 24,985,574)
sequence
gaattcaataaacgtccgttgatgagtaagtgaatttgtcacaataagca
aggaacatcaaaggggacggcgtttggaggggaatgcccataattctaga
atattcttcaatgatgagcaagtaatttaaattcgttgtattcttgacag
aactgggacttagcaagatgccacttcccagaagaacacaggtccagctc
ctcacaggagggcttcggaaatgtttctctcttttctggattcttttttt
ttcttatataatattttattaactttttgagaacttcacaaaatgtgttt
tttataattcctgcttttattcttcttgcttgtttgtaatatagttttag
agcctcacacatgagcacagcatctacctcatgcctgccattccctctcc
tccccaagcccctctctcaagttcaggatttcttttgtaattaattttcc
atgtacatacatatgccttgtgtacttatgcgcccatgtatatatcacct
tctgagtcatttagctttgcgtgtgtgtacatgtgtccagagctgaccac
taggggttaaacaacctatgtcctaacttactcctgaaggagactgatct
gccccttatcaggaggcactgacctcctgtagcacttatctagggatggg
acagcataagatttctgctgttcatattggcatgtccactggtattgtca
ttatgctgatcttattcaggcatccatgttgctgagatttcatgggtgca
actttcctgtcatatacagaggacacagacattaccctggtccttacagt
ctctctgccctgtcttctatgattgttcctgagacttaggttcacgggag
atgcatcatttggaattgagtgtgacataagaccaggtcctatgacaagg
taataaccagcactgctgggacctctgctgtgcctctgaatctccagaat
tacgagttaaacgaaaccttttgtctttataacattagatgcctcgggta
ctttgtgtaggaacaactcactgagaaagaccacaacctgagcatgagag
caggtcactaggacatcgtatcagcaggagaatcactgtcccctggggtg
ctcttctagatgttaatagcgtatacagctttcct
gaattctcccatcgcaagggtcccgatctcagcttagccatgcctgtcgc
ctgctaggttgtcattcagtgctgcatttactttctcttcattcttttcc
acattgccgaaggaagtgcttcacttcagcctttaaaacttcattaacag
gaataaatccaagatccactgactccttaaaagcactagcaggtaacctg
gcagttgcattctcatgaatatggtagctgtgaagaaatttaataggacg
cagacatagtcaacaaagagaagaaaccttttgagttttgacatatttga
tgggtggcttctgtccaggatgaggagacctaaacctcctgttgtccttc
tgtaatatattgtctctcttctctgtagcctctggtttgccagacccttt
aatacagttgaccctttaatacagcacttggagattcagtaagagcatca
tagatcagttctctggaagacaccccaggacatatgccaaaatgaccagt
ggcatgtgcacccaaggtggcttttagcctgaaggctggggcattcaagc
actaggaactggcttggaacaaagtcttttttgttttgttttcgtttttg
ttttgtttttcaagacagggtttctctgtgtagccctggctgtcctggaa
cttactctgtagaccaggctggcctcgaactcagaaatccaccagcctct
gcctcccgagtgctgggattaaaggtgtgtgccaccaagcccggcttggt
acagagtcttatgtcagtgactctaccaattgacagggtcagtgctctgg
cctccagcttagcagttaagacctcttaaatgctgagccatccctccggc
ctcttggataacttttgagagttagtgatttctatgtgaatcactggtgt
gtttgtgtgcagtaatttcagtttcctcctagtcttactaaaagccatgt
cacagtaactgctcagattgtatagtggaatataatgaagagcttcgtaa
ctaatagttggttgacaccagacagtgctatttaaaacacttttggatat
tcccacccccagagttattgcttactttggaggctctcactgcattatct
aggca
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr19_24875412_24876558
seq2: B6Ng01-329N04.b_45_1179

seq1  GAATTCAATAAACGTCCGTTGATGAGTAAGTGAATTTGTCACAATAAGCA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAATAAACGTCCGTTGATGAGTAAGTGAATTTGTCACAATAAGCA  50

seq1  AGGAACATCAAAGGGGACGGCGTTTGGAGGGGAATGCCCATAATTCTAGA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGAACATCAAAGGGGACGGCGTTTGGAGGGGAATGCCCATAATTCTAGA  100

seq1  ATATTCTTCAATGATGAGCAAGTAATTTAAATTCGTTGTATTCTTGACAG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATTCTTCAATGATGAGCAAGTAATTTAAATTCGTTGTATTCTTGACAG  150

seq1  AACTGGGACTTAGCAAGATGCCACTTCCCAGAAGAACACAGGTCCAGCTC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTGGGACTTAGCAAGATGCCACTTCCCAGAAGAACACAGGTCCAGCTC  200

seq1  CTCACAGGAGGGCTTCGGAAATGTTTCTCTCTTTTCTGGATTCTTTTTTT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCACAGGAGGGCTTCGGAAATGTTTCTCTCTTTTCTGGATTCTTTTTTT  250

seq1  TTCTTATATAATATTTTATTAACTTTTTGAGAACTTCACAAAATGTGTTT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTTATATAATATTTTATTAACTTTTTGAGAACTTCACAAAATGTGTTT  300

seq1  TTTATAATTCCTGCTTTTATTCTTCTTGCTTGTTTGTAATATAGTTTTAG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTATAATTCCTGCTTTTATTCTTCTTGCTTGTTTGTAATATAGTTTTAG  350

seq1  AGCCTCACACATGAGCACAGCATCTACCTCATGCCTGCCATTCCCTCTCC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCTCACACATGAGCACAGCATCTACCTCATGCCTGCCATTCCCTCTCC  400

seq1  TCCCCAAGCCCCTCTCTCAAGTTCAGGATTTCTTTTGTAATTAATTTTCC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCCAAGCCCCTCTCTCAAGTTCAGGATTTCTTTTGTAATTAATTTTCC  450

seq1  ATGTACATACATATGCCTTGTGTACTTATGCGCCCATGTATATATCACCT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTACATACATATGCCTTGTGTACTTATGCGCCCATGTATATATCACCT  500

seq1  TCTGAGTCATTTAGCTTTGCGTGTGTGTACATGTGTCCAGAGCTGACCAC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGAGTCATTTAGCTTTGCGTGTGTGTACATGTGTCCAGAGCTGACCAC  550

seq1  TAGGGGTTAAACAACCTATGTCCTAACTTACTCCTGAAGGAGACTGATCT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGGGGTTAAACAACCTATGTCCTAACTTACTCCTGAAGGAGACTGATCT  600

seq1  GCCCCTTATCAGGAGGCACTGACCTCCTGTAGCACTTATCTAGGGATGGG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCCCTTATCAGGAGGCACTGACCTCCTGTAGCACTTATCTAGGGATGGG  650

seq1  ACAGCATAAGATTTCTGCTGTTCATATTGGCATGTCCACTGGTATTGTCA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGCATAAGATTTCTGCTGTTCATATTGGCATGTCCACTGGTATTGTCA  700

seq1  TTATGCTGATCTTATTCAGGCATCCATGTTGCTGAGATTTCATGGGTGCA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATGCTGATCTTATTCAGGCATCCATGTTGCTGAGATTTCATGGGTGCA  750

seq1  ACTTTCCTGTCATATACAGAGGACACAGACATTACCCTGGTCCTTACAGT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTTCCTGTCATATACAGAGGACACAGACATTACCCTGGTCCTTACAGT  800

seq1  CTCTCTGCCCTGTCTTCTATGATTGTTCCTGAGACTTAGGTTCACGGGAG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTCTGCCCTGTCTTCTATGATTGTTCCTGAGACTTAGGTTCACGGGAG  850

seq1  ATGCATCATTTGGAATTGAGTGTGACATAAGACCAGGTCCTATGACAAGG  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCATCATTTGGAATTGAGTGTGACATAAGACCAGGTCCTATGACAAGG  900

seq1  TAATAACCAGCACTGCTGGGACCTCTGCTGTGCCTCTGAATCTCCAGAAT  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATAACCAGCACTGCTGGGACCTCTGCTGTGCCTCTGAATCTCCAGAAT  950

seq1  TACGAGTTAAACG-AACCTTTTGTCTTTATAACATTAGATGCCTCGGGTA  999
      ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACGAGTTAAACGAAACCTTTTGTCTTTATAACATTAGATGCCTCGGGTA  1000

seq1  CTTTGTTGTAGGAACAACTCACCTGGAGAAAGACCAC-ACCTGAGCATGG  1048
      ||||| ||||||||||||||||   |||||||||||| ||||||||||| 
seq2  CTTTG-TGTAGGAACAACTCAC--TGAGAAAGACCACAACCTGAGCATG-  1046

seq1  AGGAGCAGGGTCCACTAGGACATCGTATCAGCA-GAGAATCAACTGTCCC  1097
        |||||||   ||||||||||||||||||||| ||||||| ||||| ||
seq2  -AGAGCAGG--TCACTAGGACATCGTATCAGCAGGAGAATC-ACTGT-CC  1091

seq1  CCTGGGGTTGCTCCTTCTAGATGTTTTAATAGGCGTAATACAGCTTTCCT  1147
      ||||||| |||| ||||||||||  |||||| |||| |||||||||||||
seq2  CCTGGGG-TGCT-CTTCTAGATG--TTAATA-GCGT-ATACAGCTTTCCT  1135

seq1: chr19_24984460_24985574
seq2: B6Ng01-329N04.g_66_1170 (reverse)

seq1  TGCCTAGATAATACAGTGAGAGCCTTTCTCAAAAGTAAGCAATTAAATTC  50
      |||||||||||| ||||||||||    ||| ||||||||||||  || ||
seq2  TGCCTAGATAATGCAGTGAGAGC----CTCCAAAGTAAGCAAT--AACTC  44

seq1  TGGGGGTGGG-ATATCCAAAAAGTTGTTTTAAATAGCACTGTCTGGTGTT  99
      |||||||||| ||||||||||   ||||||||||||||||||||||||| 
seq2  TGGGGGTGGGAATATCCAAAA--GTGTTTTAAATAGCACTGTCTGGTGTC  92

seq1  CAACAACTATTAGTTTACGAAAGCTCTTCATTATATTCCACCTATACAAT  149
       | |||||||||| ||||| |||||||||||||||||||| |||||||||
seq2  AACCAACTATTAG-TTACG-AAGCTCTTCATTATATTCCA-CTATACAAT  139

seq1  CTGAGCAGTTACTGTTGACATGGCTTTTAGTAAGACTAGGAGGAAACTG-  198
      |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| 
seq2  CTGAGCAGTTACTG-TGACATGGCTTTTAGTAAGACTAGGAGGAAACTGA  188

seq1  AATTACTGCACACAAACACACCAGTGATTCACATAGAAATCACTAACTCT  248
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTACTGCACACAAACACACCAGTGATTCACATAGAAATCACTAACTCT  238

seq1  CAAAAGTTATCCAAGAGGCCGGAGGGATGGCTCAGCATTTAAGAGGTCTT  298
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAAAGTTATCCAAGAGGCCGGAGGGATGGCTCAGCATTTAAGAGGTCTT  288

seq1  AACTGCTAAGCTGGAGGCCAGAGCACTGACCCTGTCAATTGGTAGAGTCA  348
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTGCTAAGCTGGAGGCCAGAGCACTGACCCTGTCAATTGGTAGAGTCA  338

seq1  CTGACATAAGACTCTGTACCAAGCCGGGCTTGGTGGCACACACCTTTAAT  398
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGACATAAGACTCTGTACCAAGCCGGGCTTGGTGGCACACACCTTTAAT  388

seq1  CCCAGCACTCGGGAGGCAGAGGCTGGTGGATTTCTGAGTTCGAGGCCAGC  448
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCAGCACTCGGGAGGCAGAGGCTGGTGGATTTCTGAGTTCGAGGCCAGC  438

seq1  CTGGTCTACAGAGTAAGTTCCAGGACAGCCAGGGCTACACAGAGAAACCC  498
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGTCTACAGAGTAAGTTCCAGGACAGCCAGGGCTACACAGAGAAACCC  488

seq1  TGTCTTGAAAAACAAAACAAAAACGAAAACAAAACAAAAAAGACTTTGTT  548
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCTTGAAAAACAAAACAAAAACGAAAACAAAACAAAAAAGACTTTGTT  538

seq1  CCAAGCCAGTTCCTAGTGCTTGAATGCCCCAGCCTTCAGGCTAAAAGCCA  598
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAAGCCAGTTCCTAGTGCTTGAATGCCCCAGCCTTCAGGCTAAAAGCCA  588

seq1  CCTTGGGTGCACATGCCACTGGTCATTTTGGCATATGTCCTGGGGTGTCT  648
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTGGGTGCACATGCCACTGGTCATTTTGGCATATGTCCTGGGGTGTCT  638

seq1  TCCAGAGAACTGATCTATGATGCTCTTACTGAATCTCCAAGTGCTGTATT  698
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCAGAGAACTGATCTATGATGCTCTTACTGAATCTCCAAGTGCTGTATT  688

seq1  AAAGGGTCAACTGTATTAAAGGGTCTGGCAAACCAGAGGCTACAGAGAAG  748
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGGGTCAACTGTATTAAAGGGTCTGGCAAACCAGAGGCTACAGAGAAG  738

seq1  AGAGACAATATATTACAGAAGGACAACAGGAGGTTTAGGTCTCCTCATCC  798
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGACAATATATTACAGAAGGACAACAGGAGGTTTAGGTCTCCTCATCC  788

seq1  TGGACAGAAGCCACCCATCAAATATGTCAAAACTCAAAAGGTTTCTTCTC  848
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGACAGAAGCCACCCATCAAATATGTCAAAACTCAAAAGGTTTCTTCTC  838

seq1  TTTGTTGACTATGTCTGCGTCCTATTAAATTTCTTCACAGCTACCATATT  898
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGTTGACTATGTCTGCGTCCTATTAAATTTCTTCACAGCTACCATATT  888

seq1  CATGAGAATGCAACTGCCAGGTTACCTGCTAGTGCTTTTAAGGAGTCAGT  948
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGAGAATGCAACTGCCAGGTTACCTGCTAGTGCTTTTAAGGAGTCAGT  938

seq1  GGATCTTGGATTTATTCCTGTTAATGAAGTTTTAAAGGCTGAAGTGAAGC  998
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGATCTTGGATTTATTCCTGTTAATGAAGTTTTAAAGGCTGAAGTGAAGC  988

seq1  ACTTCCTTCGGCAATGTGGAAAAGAATGAAGAGAAAGTAAATGCAGCACT  1048
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTCCTTCGGCAATGTGGAAAAGAATGAAGAGAAAGTAAATGCAGCACT  1038

seq1  GAATGACAACCTAGCAGGCGACAGGCATGGCTAAGCTGAGATCGGGACCC  1098
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATGACAACCTAGCAGGCGACAGGCATGGCTAAGCTGAGATCGGGACCC  1088

seq1  TTGCGATGGGAGAATTC  1115
      |||||||||||||||||
seq2  TTGCGATGGGAGAATTC  1105