BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-330D13
Chromosome19 (Build37)
Map Location 34,246,657 - 34,374,545
singlet/doubletdoublet
Overlap geneStambpl1, Acta2, Fas
Upstream gene6530404N21Rik, LOC638381, EG668095, LOC628236, AI747699, EG668106, EG668112, EG668114, EG329055, EG433241, LOC668127, Lipf, Lipk, EG383462, Lipn, Ankrd22
Downstream geneCh25h, Lipa, Ifit2, Ifit3, OTTMUSG00000016644, LOC667370, 2010002M12Rik, Ifit1, Slc16a12, LOC676714, Pank1, Mphosph1, LOC383464
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-330D13.bB6Ng01-330D13.g
ACCGA116962GA116963
length1,188831
definitionB6Ng01-330D13.b B6Ng01-330D13.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(34,246,657 - 34,247,859)(34,373,713 - 34,374,545)
sequence
gaattctttctcagaaagaatggacccagtgaacactgagcccctccaag
gccactgagtgacatcatcccctttcaaatgtaaatgacatcagaagtca
tcattatcagcagtttcctcatcattatacaatgtccctaagaataatcc
tagagcttgtaaaatgaaaatctctccacccacacatcagaggggctgca
tcagtctctcggagctaccacatggagacctgagacaaagtttatggaac
tttggggtgggataatctttattttgctctttctcaaagcaaggcccaga
agaaggtagtcaattattaatcactcctaacagtttatctggctttacaa
gtagttttggacttgtatttaaatatgccagagtttaggagtctgaaaat
tcttcaaataaaacagacagaactgtacaatgaataatatctgttaactt
cttgcccaattctgaggagctagctttggcggggcatttttgagccagag
ctgccatctcctctgaacccaggcatgaagtcacacaatcccttatgata
cataatctgtgaactcagaacgggttatgcaacatggattttgacctatt
aaacttcctagacactactgtcttcttctttaggttatgttcttactttg
agtcatgccttcccattgtgagtgattttgctcacccaggaggaaaatgg
gtaggaagaaaaagaagacggttcatttactatgggacagaatgcatctg
agatctcagagacaagtaacctgaggatggctggaattggagactttaga
acatttaggtagtaggagaggagggcgctaatgaatatgaatgtcttttt
ggaaagataagtggctatcaacacaatagatggaacgttcgtgaaatatg
ttctctctctttcatgcccataatgctgccctggagtagggatttggggg
tggatgccttttactgtctgcaagcaaatggatcctgaagaacactcaga
gctgttccttccccaaagctggctcctttagacagagaaggggagataca
aaggtctgcatagccacgcttctgaagctgtgatctgagattagctccaa
ataatctcatgtaaatatgcatgtcggaggtgatgtgttctgatcttttc
acttactaaatggaatagaaataatctgaacttctaaa
gaattctcacaaggaatcccacaatcgtgggtacctgttaacagattatg
agaaacagataccagtgggcattttcttggcctgaagcctagtggagaag
tgcttttcagagccactcaagttatcaaacagaagacatggtagaggaat
gagcacacccaggaggactggcccctgtgccatggcaccctctaggacaa
gctcaccacatcttcccaggacatgtcagcactcaagaagtaagaagcca
gtgacgagcccagtgacacacaggtgactgaaataagctacctacttgaa
gacctgaacctcctgtaaatatggctggtgcctggggctaagtagggcaa
aggatcttaagggctgaactagatttgagagagagagagagagagagaga
gagagagagagagagagagagagagagagagagagagaacctactccccc
cccttcaggttcaaaacaaacaagataagactttatttttttaagtggaa
agggaaaaaaggttttgggtagtgaaaatgtcagccctgtaaatggcaag
aatgagttgctagatgcctggctcagccacactcttccacactgttctga
caccagcatagactgaaggcagactgcggtgacacagtgtctctgtagtg
acacagtgaagccttgtctccattgtaatcagtaaaatcttactcctagt
caaagccacaagggcatcttcttcagtaagacgatagtgcacagttacta
cagaagaacacggctatgctattggtctagaagtcgaggaatttggaaag
aaggaggagaaggagggggaggaggaggagg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr19_34246657_34247859
seq2: B6Ng01-330D13.b_47_1234

seq1  GAATTCTTTCTCAGAAAGAATGGACCCAGTGAACACTGAGCCCCTCCAAG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTTTCTCAGAAAGAATGGACCCAGTGAACACTGAGCCCCTCCAAG  50

seq1  GCCACTGAGTGACATCATCCCCTTTCAAATGTAAATGACATCAGAAGTCA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCACTGAGTGACATCATCCCCTTTCAAATGTAAATGACATCAGAAGTCA  100

seq1  TCATTATCAGCAGTTTCCTCATCATTATACAATGTCCCTAAGAATAATCC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATTATCAGCAGTTTCCTCATCATTATACAATGTCCCTAAGAATAATCC  150

seq1  TAGAGCTTGTAAAATGAAAATCTCTCCACCCACACATCAGAGGGGCTGCA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGAGCTTGTAAAATGAAAATCTCTCCACCCACACATCAGAGGGGCTGCA  200

seq1  TCAGTCTCTCGGAGCTACCACATGGAGACCTGAGACAAAGTTTATGGAAC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGTCTCTCGGAGCTACCACATGGAGACCTGAGACAAAGTTTATGGAAC  250

seq1  TTTGGGGTGGGATAATCTTTATTTTGCTCTTTCTCAAAGCAAGGCCCAGA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGGGGTGGGATAATCTTTATTTTGCTCTTTCTCAAAGCAAGGCCCAGA  300

seq1  AGAAGGTAGTCAATTATTAATCACTCCTAACAGTTTATCTGGCTTTACAA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAGGTAGTCAATTATTAATCACTCCTAACAGTTTATCTGGCTTTACAA  350

seq1  GTAGTTTTGGACTTGTATTTAAATATGCCAGAGTTTAGGAGTCTGAAAAT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAGTTTTGGACTTGTATTTAAATATGCCAGAGTTTAGGAGTCTGAAAAT  400

seq1  TCTTCAAATAAAACAGACAGAACTGTACAATGAATAATATCTGTTAACTT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTCAAATAAAACAGACAGAACTGTACAATGAATAATATCTGTTAACTT  450

seq1  CTTGCCCAATTCTGAGGAGCTAGCTTTGGCGGGGCATTTTTGAGCCAGAG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGCCCAATTCTGAGGAGCTAGCTTTGGCGGGGCATTTTTGAGCCAGAG  500

seq1  CTGCCATCTCCTCTGAACCCAGGCATGAAGTCACACAATCCCTTATGATA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCCATCTCCTCTGAACCCAGGCATGAAGTCACACAATCCCTTATGATA  550

seq1  CATAATCTGTGAACTCAGAACGGGTTATGCAACATGGATTTTGACCTATT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATAATCTGTGAACTCAGAACGGGTTATGCAACATGGATTTTGACCTATT  600

seq1  AAACTTCCTAGACACTACTGTCTTCTTCTTTAGGTTATGTTCTTACTTTG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACTTCCTAGACACTACTGTCTTCTTCTTTAGGTTATGTTCTTACTTTG  650

seq1  AGTCATGCCTTCCCATTGTGAGTGATTTTGCTCACCCAGGAGGAAAATGG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTCATGCCTTCCCATTGTGAGTGATTTTGCTCACCCAGGAGGAAAATGG  700

seq1  GTAGGAAGAAAAAGAAGACGGTTCATTTACTATGGGACAGAATGCATCTG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAGGAAGAAAAAGAAGACGGTTCATTTACTATGGGACAGAATGCATCTG  750

seq1  AGATCTCAGAGACAAGTAACCTGAGGATGGCTGGAATTGGAGACTTTAGA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATCTCAGAGACAAGTAACCTGAGGATGGCTGGAATTGGAGACTTTAGA  800

seq1  ACATTTAGGTAGTAGGAGAGGAGGGCGCTAATGAATATGAATGTCTTTTT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATTTAGGTAGTAGGAGAGGAGGGCGCTAATGAATATGAATGTCTTTTT  850

seq1  GGAAAGATAAGTGGCTATCAACACAATAGATGGAACGTTCGTGAAATATG  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAAAGATAAGTGGCTATCAACACAATAGATGGAACGTTCGTGAAATATG  900

seq1  TTCTCTCTCTTTCATGCCCATAATGCTGCCCTGGAGTAGGGATTT-GGGG  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
seq2  TTCTCTCTCTTTCATGCCCATAATGCTGCCCTGGAGTAGGGATTTGGGGG  950

seq1  TGGATGCCTTTTACTGTCTGCAAGCAAATGGATCCTGAAGAACACTCAGA  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGATGCCTTTTACTGTCTGCAAGCAAATGGATCCTGAAGAACACTCAGA  1000

seq1  GCTGTTTCCTTCCCCCAAAGCTGGCTCCTTTAGACAGAAGAAGGGGAGAT  1049
      |||| |||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| 
seq2  GCTG-TTCCTT-CCCCAAAGCTGGCTCCTTTAGACAG-AGAAGGGGAGA-  1046

seq1  TACAAAGTTCTGCATAGCCACGCCTTCTGAAGCTGTGGATTCTTGAAGAT  1099
      ||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||   |||    || 
seq2  TACAAAGGTCTGCATAGCCACG-CTTCTGAAGCTGTG--ATCT----GAG  1089

seq1  TTTAGCTTCAAATAATCTTCATGTAAATATGGCATGTTCGGA-GTGATGT  1148
       |||||| ||||||||| |||||||||||| ||||| ||||| |||||||
seq2  ATTAGCTCCAAATAATC-TCATGTAAATAT-GCATG-TCGGAGGTGATGT  1136

seq1  GTTCTGATCTTTTTCACTTACCTAAATTGAAATAGAATATATCTGTACTT  1198
      ||||||||| |||||||||| ||||| || |||||||   ||||| ||||
seq2  GTTCTGATC-TTTTCACTTA-CTAAA-TGGAATAGAAATAATCTGAACTT  1183

seq1  CTAAA  1203
      |||||
seq2  CTAAA  1188

seq1: chr19_34373713_34374545
seq2: B6Ng01-330D13.g_70_900 (reverse)

seq1  CCTCCTCCTCCTCCCCTTCCTTCTCCTCCTTCTTTCCAAATTCCTCGACT  50
      |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCCTCCTCCTCCCCCTCCTTCTCCTCCTTCTTTCCAAATTCCTCGACT  50

seq1  TCTAGACCAATAGCATAGCCGTGTTCTTCTGTAGTAACTGTGCACTATCG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTAGACCAATAGCATAGCCGTGTTCTTCTGTAGTAACTGTGCACTATCG  100

seq1  TCTTACTGAAGAAGATGCCCTTGTGGCTTTGACTAGGAGTAAGATTTTAC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTACTGAAGAAGATGCCCTTGTGGCTTTGACTAGGAGTAAGATTTTAC  150

seq1  TGATTACAATGGAGACAAGGCTTCACTGTGTCACTACAGAGACACTGTGT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATTACAATGGAGACAAGGCTTCACTGTGTCACTACAGAGACACTGTGT  200

seq1  CACCGCAGTCTGCCTTCAGTCTATGCTGGTGTCAGAACAGTGTGGAAGAG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACCGCAGTCTGCCTTCAGTCTATGCTGGTGTCAGAACAGTGTGGAAGAG  250

seq1  TGTGGCTGAGCCAGGCATCTAGCAACTCATTCTTGCCATTTACAGGGCTG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGGCTGAGCCAGGCATCTAGCAACTCATTCTTGCCATTTACAGGGCTG  300

seq1  ACATTTTCACTACCCAAAACCTTTTTTCCCTTTCCACTTAAAAAAATAAA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATTTTCACTACCCAAAACCTTTTTTCCCTTTCCACTTAAAAAAATAAA  350

seq1  GTCTTATCTTGTTTGTTTTGAACCTGAAGGGGGGGGAGTAGGTTCTCTCT  400
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||
seq2  GTCTTATCTTGTTTGTTTTGAACCTGAAGGGGGGGGAGTAGGT--TCTCT  398

seq1  CTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCT  448

seq1  CTCTCTCAAATCTAGTTCAGCCCTTAAGATCCTTTGCCCTACTTAGCCCC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTCTCAAATCTAGTTCAGCCCTTAAGATCCTTTGCCCTACTTAGCCCC  498

seq1  AGGCACCAGCCATATTTACAGGAGGTTCAGGTCTTCAAGTAGGTAGCTTA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCACCAGCCATATTTACAGGAGGTTCAGGTCTTCAAGTAGGTAGCTTA  548

seq1  TTTCAGTCACCTGTGTGTCACTGGGCTCGTCACTGGCTTCTTACTTCTTG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCAGTCACCTGTGTGTCACTGGGCTCGTCACTGGCTTCTTACTTCTTG  598

seq1  AGTGCTGACATGTCCTGGGAAGATGTGGTGAGCTTGTCCTAGAGGGTGCC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGCTGACATGTCCTGGGAAGATGTGGTGAGCTTGTCCTAGAGGGTGCC  648

seq1  ATGGCACAGGGGCCAGTCCTCCTGGGTGTGCTCATTCCTCTACCATGTCT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGCACAGGGGCCAGTCCTCCTGGGTGTGCTCATTCCTCTACCATGTCT  698

seq1  TCTGTTTGATAACTTGAGTGGCTCTGAAAAGCACTTCTCCACTAGGCTTC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGTTTGATAACTTGAGTGGCTCTGAAAAGCACTTCTCCACTAGGCTTC  748

seq1  AGGCCAAGAAAATGCCCACTGGTATCTGTTTCTCATAATCTGTTAACAGG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCCAAGAAAATGCCCACTGGTATCTGTTTCTCATAATCTGTTAACAGG  798

seq1  TACCCACGATTGTGGGATTCCTTGTGAGAATTC  833
      |||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACCCACGATTGTGGGATTCCTTGTGAGAATTC  831