BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-333E08
Chromosome19 (Build37)
Map Location 10,126,927 - 10,272,449
singlet/doubletdoublet
Overlap geneFads3, Fads2, LOC100040227, Fads1
Upstream geneAhnak, Scgb1a1, Asrgl1, EG621699, LOC100040104, LOC623810, Pcna-ps2, LOC100040130, LOC100040137, LOC100040143, LOC100040152, Stxbp3b, LOC623688, LOC100040178, LOC100040192, 6720475J19Rik, LOC100040203, Incenp, LOC100040215, Fth1, Best1, Rab3il1
Downstream geneFen1, 1810006K21Rik, Gm98, Dagla, Syt7, Gm705, 4930579J09Rik, 0610038F07Rik, 5730453I16Rik, 2810441K11Rik, Tmem138, Cybasc3, Dak, Ddb1, Vwce, Pga5, 2210404E10Rik, Vps37c, Cd5, Cd6, Slc15a3, Tmem132a, Tmem109, Prpf19, Zp1, Gpr44, Ccdc86, Ms4a10, E530011F12Rik, 5033428B15Rik, AW112010, Ms4a8a, Gm336, LOC624395, 1700025F22Rik, Ms4a13
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-333E08.bB6Ng01-333E08.g
ACCGA119132GA119133
length1,1541,130
definitionB6Ng01-333E08.b B6Ng01-333E08.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(10,271,280 - 10,272,449)(10,126,927 - 10,128,064)
sequence
gaattcatactgtttcccaaagaagtcttgggtgaatgtagacactgttt
tatcctgagagcagagcacttattttgttctctgctctcgcagttgatga
gtggaactgactttaccagattaaatttgagttgtcccccccccccccca
ccattccataatttgattctaaatgtgcagtggcaatgagctgagtgcca
aggctgcactgcctgagcgcagtggcctttaggggcttgtatcccgtggt
cggcaagcatttagaggtctggcttgcttttaaatttgaacttcgtagcc
ctttctaattgtgctgatttgtgcttggccctgtgaatgttctgctgttt
cactcagctgaagttcaatagttaagaggcgttgcagttaagaggcatgg
ctctgcagtctgatcgagacagtgttggcaaagagacttatagctaaaac
catgctgaaattccaaataggtacgaagggagaaataattcaagatggaa
agttgaagactgaactgtgagatctatgagatccggcaggagtaccgcag
cagtacagtgtctctacagatgggcactgggatgaacctggccttgtcag
accacccttacatgggagtcacagtcctgcccaggttatacaagggaact
ggcagtgagtcatgttcccaagggagctgagctcacaggtaggaagggac
ctagcagtagtagcagggatcttgtgtatatttatgtgggtacatgttcc
tgcatgtttgaatgtcaaaaaggccagagggtcagcaactgtctgcttta
acccttaatcacgccacctgagtttttactgaacctgaagcctaccaatt
tgccgaaggtggttggccagcaagctccaaggatgcacctctgctaatgc
tgggttatagagctccacccctggcatttacatgggtcctggggatcgga
acttggataggaagtgccttaccagcttggataggaagtgcttaccagct
gaggcagctcccctctctgcacagggcatcgggtaggcatgtgcagacaa
gcagcgcgatttcaaatgatacacattctttggtcaaataatttattttt
ttagcttcacagatgtggtaacagcatggcaccacagatacctgacttag
ctca
gaattcatagcaatgttctgtttaagtaaggattctaaatctgacttagc
taggagaacttgctgtgggtctccagtgaggtctctttctgctccagatg
cagtggaaacttcctcctgcctccagttctacaatgaggatatttttgag
tcttaaaagtttcctctattggctctgattttctctgcttattacccacc
ccacatctttggggccagggagagacttagctacaagctagttccccagg
ccatacatagcataccctgtctggtgttattgtttctccatctatcaccc
agcagtgggaagtgggatgacttaaggatgcaatggtaaacttctgggga
ctacagcagtccctgcttcctcatctgctggactgcttccctgccacagg
cccagctgatcgaggacttccgagccttgcgccaggcagctgaagacatg
aagctgtttgaagctgataccactttctttgcactcctgctgggccacat
cctggctatggagttgttggcctggcttatcatctacctcttgggccctg
gctgggtgtccagtatccttgctgccctgatcctggccatctctcaggta
actatgcagcagatgcgggggtccagaacatgtggaaactcagggcagtt
ttcttaaggatgaaagaatggattggtaaatggatgaatgagaaaatgaa
atgccagaggcccttaagaaacaccagatctagaacaccacagcccagcc
ctatgtgtgacacaacttgtgtaggtgaagaaaaggatgaccctgcctat
catgaaggtcatgggtaacaactgctatgacaaaaaacagattagcaaga
gaaaaactgaaaatttttttgtctgatcatcgcctcgtggtgacacagaa
gccttcagattaaagaacaaaggtcagagtgagtcatctattattatttt
ctttagcatgtatgctcttataaagcaggaacaatcttgtaggaatgggg
agcagacacagaaggtctgtggagatgaacagaatgaaaggtctggagca
gtgaaacagactggctcagatctggcagctgactgctcagagtctctgac
tttttctgagcctcttcttcaggtgtggga
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr19_10271280_10272449
seq2: B6Ng01-333E08.b_50_1203 (reverse)

seq1  TGAGCCTAATGTCA-GTATCTGTGTGTGCCAATGCTGTTACCACATCCTG  49
      |||| |||| |||| ||||||||| ||||| ||||||||||||||||   
seq2  TGAG-CTAA-GTCAGGTATCTGTG-GTGCC-ATGCTGTTACCACATC--T  44

seq1  GTGAAGCTAAAAAATAAAATTTAATTTGGACCAAAAGAATGTTGTTATTC  99
      ||||||||||||||  |||||  |||| |||| |||||||| |||   ||
seq2  GTGAAGCTAAAAAAATAAATT--ATTT-GACC-AAAGAATG-TGT--ATC  87

seq1  ATTTGAAATCCGCGCTGCTTGTCTGCACATGCCTACCCGATGCCCTGGTG  149
      ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
seq2  ATTTGAAAT-CGCGCTGCTTGTCTGCACATGCCTACCCGATGCCCT-GTG  135

seq1  CAGAGAAGGGGAGCTGCCTCAGCTGGTAAGGCACTTCCTATCCAAGCTGG  199
      ||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
seq2  CAGAG-AGGGGAGCTGCCTCAGCTGGTAA-GCACTTCCTATCCAAGCTGG  183

seq1  TAAGGCACTTCCTATCCAAGTTCCGATCCCCAGGACCCATGTAAATGCCA  249
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGGCACTTCCTATCCAAGTTCCGATCCCCAGGACCCATGTAAATGCCA  233

seq1  GGGGTGGAGCTCTATAACCCAGCATTAGCAGAGGTGCATCCTTGGAGCTT  299
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGGTGGAGCTCTATAACCCAGCATTAGCAGAGGTGCATCCTTGGAGCTT  283

seq1  GCTGGCCAACCACCTTCGGCAAATTGGTAGGCTTCAGGTTCAGTAAAAAC  349
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGGCCAACCACCTTCGGCAAATTGGTAGGCTTCAGGTTCAGTAAAAAC  333

seq1  TCAGGTGGCGTGATTAAGGGTTAAAGCAGACAGTTGCTGACCCTCTGGCC  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGGTGGCGTGATTAAGGGTTAAAGCAGACAGTTGCTGACCCTCTGGCC  383

seq1  TTTTTGACATTCAAACATGCAGGAACATGTACCCACATAAATATACACAA  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTTGACATTCAAACATGCAGGAACATGTACCCACATAAATATACACAA  433

seq1  GATCCCTGCTACTACTGCTAGGTCCCTTCCTACCTGTGAGCTCAGCTCCC  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATCCCTGCTACTACTGCTAGGTCCCTTCCTACCTGTGAGCTCAGCTCCC  483

seq1  TTGGGAACATGACTCACTGCCAGTTCCCTTGTATAACCTGGGCAGGACTG  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGGAACATGACTCACTGCCAGTTCCCTTGTATAACCTGGGCAGGACTG  533

seq1  TGACTCCCATGTAAGGGTGGTCTGACAAGGCCAGGTTCATCCCAGTGCCC  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACTCCCATGTAAGGGTGGTCTGACAAGGCCAGGTTCATCCCAGTGCCC  583

seq1  ATCTGTAGAGACACTGTACTGCTGCGGTACTCCTGCCGGATCTCATAGAT  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTGTAGAGACACTGTACTGCTGCGGTACTCCTGCCGGATCTCATAGAT  633

seq1  CTCACAGTTCAGTCTTCAACTTTCCATCTTGAATTATTTCTCCCTTCGTA  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCACAGTTCAGTCTTCAACTTTCCATCTTGAATTATTTCTCCCTTCGTA  683

seq1  CCTATTTGGAATTTCAGCATGGTTTTAGCTATAAGTCTCTTTGCCAACAC  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTATTTGGAATTTCAGCATGGTTTTAGCTATAAGTCTCTTTGCCAACAC  733

seq1  TGTCTCGATCAGACTGCAGAGCCATGCCTCTTAACTGCAACGCCTCTTAA  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCTCGATCAGACTGCAGAGCCATGCCTCTTAACTGCAACGCCTCTTAA  783

seq1  CTATTGAACTTCAGCTGAGTGAAACAGCAGAACATTCACAGGGCCAAGCA  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATTGAACTTCAGCTGAGTGAAACAGCAGAACATTCACAGGGCCAAGCA  833

seq1  CAAATCAGCACAATTAGAAAGGGCTACGAAGTTCAAATTTAAAAGCAAGC  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAATCAGCACAATTAGAAAGGGCTACGAAGTTCAAATTTAAAAGCAAGC  883

seq1  CAGACCTCTAAATGCTTGCCGACCACGGGATACAAGCCCCTAAAGGCCAC  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGACCTCTAAATGCTTGCCGACCACGGGATACAAGCCCCTAAAGGCCAC  933

seq1  TGCGCTCAGGCAGTGCAGCCTTGGCACTCAGCTCATTGCCACTGCACATT  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCGCTCAGGCAGTGCAGCCTTGGCACTCAGCTCATTGCCACTGCACATT  983

seq1  TAGAATCAAATTATGGAATGGTGGGGGGGGGGGGGGACAACTCAAATTTA  1049
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGAATCAAATTATGGAATGGTGGGGGGGGGGGGGGACAACTCAAATTTA  1033

seq1  ATCTGGTAAAGTCAGTTCCACTCATCAACTGCGAGAGCAGAGAACAAAAT  1099
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTGGTAAAGTCAGTTCCACTCATCAACTGCGAGAGCAGAGAACAAAAT  1083

seq1  AAGTGCTCTGCTCTCAGGATAAAACAGTGTCTACATTCACCCAAGACTTC  1149
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTGCTCTGCTCTCAGGATAAAACAGTGTCTACATTCACCCAAGACTTC  1133

seq1  TTTGGGAAACAGTATGAATTC  1170
      |||||||||||||||||||||
seq2  TTTGGGAAACAGTATGAATTC  1154

seq1: chr19_10126927_10128064
seq2: B6Ng01-333E08.g_70_1199

seq1  GAATTCATAGCAATGTTCTGTTTAAGTAAGGATTCTAAATCTGACTTAGC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCATAGCAATGTTCTGTTTAAGTAAGGATTCTAAATCTGACTTAGC  50

seq1  TAGGAGAACTTGCTGTGGGTCTCCAGTGAGGTCTCTTTCTGCTCCAGATG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGGAGAACTTGCTGTGGGTCTCCAGTGAGGTCTCTTTCTGCTCCAGATG  100

seq1  CAGTGGAAACTTCCTCCTGCCTCCAGTTCTACAATGAGGATATTTTTGAG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTGGAAACTTCCTCCTGCCTCCAGTTCTACAATGAGGATATTTTTGAG  150

seq1  TCTTAAAAGTTTCCTCTATTGGCTCTGATTTTCTCTGCTTATTACCCACC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTAAAAGTTTCCTCTATTGGCTCTGATTTTCTCTGCTTATTACCCACC  200

seq1  CCACATCTTTGGGGCCAGGGAGAGACTTAGCTACAAGCTAGTTCCCCAGG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACATCTTTGGGGCCAGGGAGAGACTTAGCTACAAGCTAGTTCCCCAGG  250

seq1  CCATACATAGCATACCCTGTCTGGTGTTATTGTTTCTCCATCTATCACCC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATACATAGCATACCCTGTCTGGTGTTATTGTTTCTCCATCTATCACCC  300

seq1  AGCAGTGGGAAGTGGGATGACTTAAGGATGCAATGGTAAACTTCTGGGGA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCAGTGGGAAGTGGGATGACTTAAGGATGCAATGGTAAACTTCTGGGGA  350

seq1  CTACAGCAGTCCCTGCTTCCTCATCTGCTGGACTGCTTCCCTGCCACAGG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTACAGCAGTCCCTGCTTCCTCATCTGCTGGACTGCTTCCCTGCCACAGG  400

seq1  CCCAGCTGATCGAGGACTTCCGAGCCTTGCGCCAGGCAGCTGAAGACATG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCAGCTGATCGAGGACTTCCGAGCCTTGCGCCAGGCAGCTGAAGACATG  450

seq1  AAGCTGTTTGAAGCTGATACCACTTTCTTTGCACTCCTGCTGGGCCACAT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCTGTTTGAAGCTGATACCACTTTCTTTGCACTCCTGCTGGGCCACAT  500

seq1  CCTGGCTATGGAGTTGTTGGCCTGGCTTATCATCTACCTCTTGGGCCCTG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGGCTATGGAGTTGTTGGCCTGGCTTATCATCTACCTCTTGGGCCCTG  550

seq1  GCTGGGTGTCCAGTATCCTTGCTGCCCTGATCCTGGCCATCTCTCAGGTA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGGGTGTCCAGTATCCTTGCTGCCCTGATCCTGGCCATCTCTCAGGTA  600

seq1  ACTATGCAGCAGATGCGGGGGTCCAGAACATGTGGAAACTCAGGGCAGTT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTATGCAGCAGATGCGGGGGTCCAGAACATGTGGAAACTCAGGGCAGTT  650

seq1  TTCTTAAGGATGAAAGAATGGATTGGTAAATGGATGAATGAGAAAATGAA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTTAAGGATGAAAGAATGGATTGGTAAATGGATGAATGAGAAAATGAA  700

seq1  ATGCCAGAGGCCCTTAAGAAACACCAGATCTAGAACACCACAGCCCAGCC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCCAGAGGCCCTTAAGAAACACCAGATCTAGAACACCACAGCCCAGCC  750

seq1  CTATGTGTGACACAACTTGTGTAGGTGAAGAAAAGGATGACCCTGCCTAT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATGTGTGACACAACTTGTGTAGGTGAAGAAAAGGATGACCCTGCCTAT  800

seq1  CATGAAGGTCATGGTTAAC-ACTGCTATGACAAAAGACAGATTAGCAAGA  849
      |||||||||||||| |||| ||||||||||||||| ||||||||||||||
seq2  CATGAAGGTCATGGGTAACAACTGCTATGACAAAAAACAGATTAGCAAGA  850

seq1  GAAAAACTGAAAA---ATTTATCTGATCATAGTCTCGT-GTGACACAGAA  895
      |||||||||||||    ||| ||||||||| | ||||| |||||||||||
seq2  GAAAAACTGAAAATTTTTTTGTCTGATCATCGCCTCGTGGTGACACAGAA  900

seq1  GCCTTCAGATTAAAGAACAAAAGGTCAGAGTGAGTCATCTATTATTA-TT  944
      |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||
seq2  GCCTTCAGATTAAAGAAC-AAAGGTCAGAGTGAGTCATCTATTATTATTT  949

seq1  TCTTTAGCATGTATGCTCTTATAAAGCAGGAACAATC-TGTAGGAAT-GG  992
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||
seq2  TCTTTAGCATGTATGCTCTTATAAAGCAGGAACAATCTTGTAGGAATGGG  999

seq1  GAGCAGACACAGAAGGTCTGT-GAGATGGAAACAGAATGAAAGGGTCTGA  1041
      ||||||||||||||||||||| ||||||  |||||||||||| |||||| 
seq2  GAGCAGACACAGAAGGTCTGTGGAGATG--AACAGAATGAAA-GGTCTGG  1046

seq1  GCCAGTGGAAACAGACTGGCTCAGAATCCTGGCAAGGCTGACTGCTCAGA  1091
        |||| ||||||||||||||||||   ||||||  ||||||||||||||
seq2  AGCAGT-GAAACAGACTGGCTCAGA--TCTGGCA--GCTGACTGCTCAGA  1091

seq1  GTCTTCCTGACCTCTTTCTGAGGCCTTCTTCCTTCCCAGGTGTGGGA  1138
      ||||  |||| || ||||||||  | ||||| |   |||||||||||
seq2  GTCT--CTGA-CTTTTTCTGAG--CCTCTTCTT---CAGGTGTGGGA  1130