BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-334D09
Chromosome19 (Build37)
Map Location 36,976,408 - 37,069,132
singlet/doubletdoublet
Overlap geneFgfbp3, Btaf1
Upstream geneA830019P07Rik, Htr7, Rpp30, Ankrd1, LOC668195, Pcgf5, LOC668201, Hectd2, LOC668215, Ppp1r3c, Tnks2
Downstream geneCpeb3, March5, LOC668230, Ide, LOC100043010, Kif11, EG667490, LOC631069, Hhex, Exoc6, Cyp26c1, Cyp26a1, LOC668248, LOC668251, LOC209281, Fer1l3
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-334D09.bB6Ng01-334D09.g
ACCGA119772GA119773
length1,101605
definitionB6Ng01-334D09.b B6Ng01-334D09.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(36,976,408 - 36,977,507)(37,068,528 - 37,069,132)
sequence
gaattcactctgtagaccaggctggtctcgaactcggaaatgtacctacc
tctgcctcccaagtgctgagattaaaggcatgtgccaccactgccctgca
gtgctgagttttaagaaatccccaagtgttttattcatttattttgtttt
aaatatttatttatttattttatgtatatgaatacactgtagctgtcatc
agacacaagagcgcatcaaatcccattacagatattgtgagccaccatgt
ggttgctgggaattgaactctggaactttggaagagcagttaatgctctt
aactgctaagccatctctccagcgccatcccacccccccaagccccaaat
gtcttatgaccacaatgttgggagaccactggcctaacttctatactttc
tttgaccttttttagatttattttgtttgtatgcatgagtgcctgtctga
tgctcttgaagacccccaaaaaggattagatcccccgaaactggagttac
aggtgcttgtgagccctacctcaatgtgggtgatgatttccaaccaggat
cttctgcaagagcaacttgcaacttctgcaagtgctccctactgctgagc
catctctccagccctcactcccctctttttagacagggtctcactacata
ttgatagctggctttgaactcacaaaaatctgcctgcctctgccatccaa
tatgctgcggttaaaggtaaatgccaccacaacgtgctacttttgtgctc
aatctgtttctctcccccttcttctccttttaaatatttttttaagattc
tttttattttatgtgtacaaagtgtttgcctccatgtgtatatgcacaac
atacacgcctggtgtcctggaaagccgaaagagggcgtgagatcccctgg
gatggagttacagattgtttggagccaatattgttgaggtctgccaccct
aacccccagcaaaactgtagccatgttgttccatgcctgccagctatttc
tattgttgctgtaaaatgcttcaaggtcattggcacagaaaatacaactt
gacttgaagcaggatctcttgttatgtctcgtaaaaaggtttgtttatct
t
gaattccatgaagcttatacttattgagaaaggctaaccagttcacacca
tcctagaaagttgggtagagaaaggaaatctatgtaaatgtaagcagagc
ataaggaatttttttcttgtaaaatgtatttgtatgaacctagataaatt
aaaataggacactaaacctaagacttgactgagtcaaacaagaaaagtga
tttcacatttacaaactcacctgctgatatttcctgagttcagcattgat
tggcactgggatcttgtaattttctaacttcttcccatctaacaattgct
ctaaaaagtgtcgctcttttgctttcaactggattaattcttctgacatg
tttggagggtctggaatgcctgcctaaaataggttttaagatgtattaga
attagacttgagagtaatacatagctcatttgctaagtggttgacgaaca
tgcaaaaagccccaagttcaatgccagcattgcataaaactacagcattc
cggggttgaaggggttcacctctctcaagaagtattaactaatgcttgtt
ctatgtgtgggggtggggtaagggaagagaaggttgcctgagacagccgg
atttc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr19_36976408_36977507
seq2: B6Ng01-334D09.b_46_1146

seq1  GAATTCACTCTGTAGACCAGGCTGGTCTCGAACTCGGAAATGTACCTACC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCACTCTGTAGACCAGGCTGGTCTCGAACTCGGAAATGTACCTACC  50

seq1  TCTGCCTCCCAAGTGCTGAGATTAAAGGCATGTGCCACCACTGCCCTGCA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGCCTCCCAAGTGCTGAGATTAAAGGCATGTGCCACCACTGCCCTGCA  100

seq1  GTGCTGAGTTTTAAGAAATCCCCAAGTGTTTTATTCATTTATTTTGTTTT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGCTGAGTTTTAAGAAATCCCCAAGTGTTTTATTCATTTATTTTGTTTT  150

seq1  AAATATTTATTTATTTATTTTATGTATATGAATACACTGTAGCTGTCATC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATATTTATTTATTTATTTTATGTATATGAATACACTGTAGCTGTCATC  200

seq1  AGACACAAGAGCGCATCAAATCCCATTACAGATATTGTGAGCCACCATGT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACACAAGAGCGCATCAAATCCCATTACAGATATTGTGAGCCACCATGT  250

seq1  GGTTGCTGGGAATTGAACTCTGGAACTTTGGAAGAGCAGTTAATGCTCTT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTTGCTGGGAATTGAACTCTGGAACTTTGGAAGAGCAGTTAATGCTCTT  300

seq1  AACTGCTAAGCCATCTCTCCAGCGCCATCCCACCCCCCCAAGCCCCAAAT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTGCTAAGCCATCTCTCCAGCGCCATCCCACCCCCCCAAGCCCCAAAT  350

seq1  GTCTTATGACCACAATGTTGGGAGACCACTGGCCTAACTTCTATACTTTC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTTATGACCACAATGTTGGGAGACCACTGGCCTAACTTCTATACTTTC  400

seq1  TTTGACCTTTTTTAGATTTATTTTGTTTGTATGCATGAGTGCCTGTCTGA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGACCTTTTTTAGATTTATTTTGTTTGTATGCATGAGTGCCTGTCTGA  450

seq1  TGCTCTTGAAGACCCCCAAAAAGGATTAGATCCCCCGAAACTGGAGTTAC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTCTTGAAGACCCCCAAAAAGGATTAGATCCCCCGAAACTGGAGTTAC  500

seq1  AGGTGCTTGTGAGCCCTACCTCAATGTGGGTGATGATTTCCAACCAGGAT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTGCTTGTGAGCCCTACCTCAATGTGGGTGATGATTTCCAACCAGGAT  550

seq1  CTTCTGCAAGAGCAACTTGCAACTTCTGCAAGTGCTCCCTACTGCTGAGC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCTGCAAGAGCAACTTGCAACTTCTGCAAGTGCTCCCTACTGCTGAGC  600

seq1  CATCTCTCCAGCCCTCACTCCCCTCTTTTTAGACAGGGTCTCACTACATA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCTCTCCAGCCCTCACTCCCCTCTTTTTAGACAGGGTCTCACTACATA  650

seq1  TTGATAGCTGGCTTTGAACTCACAAAAATCTGCCTGCCTCTGCCATCCAA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGATAGCTGGCTTTGAACTCACAAAAATCTGCCTGCCTCTGCCATCCAA  700

seq1  TATGCTGCGGTTAAAGGTAAATGCCACCACAACGTGCTACTTTTGTGCTC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGCTGCGGTTAAAGGTAAATGCCACCACAACGTGCTACTTTTGTGCTC  750

seq1  AATCTGTTTCTCTCCCCCTTCTTCTCCTTTTAAATATTTTTTTAAGATTT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
seq2  AATCTGTTTCTCTCCCCCTTCTTCTCCTTTTAAATATTTTTTTAAGA-TT  799

seq1  CTTTTTATTTTATGTGTAC-AAGTGTTTGCCTCCATGTGTATATGCACAA  849
      ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTTTATTTTATGTGTACAAAGTGTTTGCCTCCATGTGTATATGCACAA  849

seq1  CATACACGCCTGGTGTCCTGGAAAGCCGAAAGAGGGCGTGGGATCCCCTG  899
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
seq2  CATACACGCCTGGTGTCCTGGAAAGCCGAAAGAGGGCGTGAGATCCCCTG  899

seq1  GGATTGGAGTTACAGATTGTTTGGAGCCAATATTGTTGAGGTCTGCCACC  949
      ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGA-TGGAGTTACAGATTGTTTGGAGCCAATATTGTTGAGGTCTGCCACC  948

seq1  CTAACCCCCAGCAAAACTGTAGCCATGTTGTTCCATGCCTGCCAGCTATT  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAACCCCCAGCAAAACTGTAGCCATGTTGTTCCATGCCTGCCAGCTATT  998

seq1  TCATATTGTTGCTGTAAAATGCCTCCAAGTCATTGCCACAG-AAATACAA  1048
      || ||||||||||||||||||| || | ||||||| ||||| ||||||||
seq2  TC-TATTGTTGCTGTAAAATGCTTCAAGGTCATTGGCACAGAAAATACAA  1047

seq1  CTTGACTCAGAGCAGGGTCTC-TGTTATGT-TCTGTAAAAGGTTTGTTAA  1096
      |||||||   |||||| |||| |||||||| ||   |||||||||||| |
seq2  CTTGACTTGAAGCAGGATCTCTTGTTATGTCTCGTAAAAAGGTTTGTTTA  1097

seq1  TCTT  1100
      ||||
seq2  TCTT  1101

seq1: chr19_37068528_37069132
seq2: B6Ng01-334D09.g_66_670 (reverse)

seq1  GAAATCCAGGCCTTTCAGACAACCTTCTCTTCCCTTACCCCACCCCCACA  50
      ||||||| |   | |||| |||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAATCCGGCTGTCTCAGGCAACCTTCTCTTCCCTTACCCCACCCCCACA  50

seq1  CATAGAACAAGCATTAGTTAATACTTCTTGAGAGAGGTGAACCCCTTCAA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATAGAACAAGCATTAGTTAATACTTCTTGAGAGAGGTGAACCCCTTCAA  100

seq1  CCCCGGAATGCTGTAGTTTTATGCAATGCTGGCATTGAACTTGGGGCTTT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCCGGAATGCTGTAGTTTTATGCAATGCTGGCATTGAACTTGGGGCTTT  150

seq1  TTGCATGTTCGTCAACCACTTAGCAAATGAGCTATGTATTACTCTCAAGT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGCATGTTCGTCAACCACTTAGCAAATGAGCTATGTATTACTCTCAAGT  200

seq1  CTAATTCTAATACATCTTAAAACCTATTTTAGGCAGGCATTCCAGACCCT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAATTCTAATACATCTTAAAACCTATTTTAGGCAGGCATTCCAGACCCT  250

seq1  CCAAACATGTCAGAAGAATTAATCCAGTTGAAAGCAAAAGAGCGACACTT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAAACATGTCAGAAGAATTAATCCAGTTGAAAGCAAAAGAGCGACACTT  300

seq1  TTTAGAGCAATTGTTAGATGGGAAGAAGTTAGAAAATTACAAGATCCCAG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTAGAGCAATTGTTAGATGGGAAGAAGTTAGAAAATTACAAGATCCCAG  350

seq1  TGCCAATCAATGCTGAACTCAGGAAATATCAGCAGGTGAGTTTGTAAATG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCCAATCAATGCTGAACTCAGGAAATATCAGCAGGTGAGTTTGTAAATG  400

seq1  TGAAATCACTTTTCTTGTTTGACTCAGTCAAGTCTTAGGTTTAGTGTCCT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAAATCACTTTTCTTGTTTGACTCAGTCAAGTCTTAGGTTTAGTGTCCT  450

seq1  ATTTTAATTTATCTAGGTTCATACAAATACATTTTACAAGAAAAAAATTC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTTAATTTATCTAGGTTCATACAAATACATTTTACAAGAAAAAAATTC  500

seq1  CTTATGCTCTGCTTACATTTACATAGATTTCCTTTCTCTACCCAACTTTC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTATGCTCTGCTTACATTTACATAGATTTCCTTTCTCTACCCAACTTTC  550

seq1  TAGGATGGTGTGAACTGGTTAGCCTTTCTCAATAAGTATAAGCTTCATGG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGGATGGTGTGAACTGGTTAGCCTTTCTCAATAAGTATAAGCTTCATGG  600

seq1  AATTC  605
      |||||
seq2  AATTC  605