BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-339D22
Chromosome19 (Build37)
Map Location 17,582,664 - 17,720,027
singlet/doubletdoublet
Overlap genePcsk5
Upstream geneGna14, Vps13a, Foxb2, A230083H22Rik, Gcnt1, Rfk
Downstream geneEef1a1-ps1, LOC383440, Ostf1, LOC666712, BC016495
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-339D22.bB6Ng01-339D22.g
ACCGA123296GA123297
length9151,162
definitionB6Ng01-339D22.b B6Ng01-339D22.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(17,582,664 - 17,583,577)(17,718,873 - 17,720,027)
sequence
gaattcccagtgctgccatgagcacctagcatgcagcagagacctaaagt
cgtctaagtgaaggaatgagtcagatattcaaatagcactttataaagtg
aatcagactgatttgtcagttcggtagactctctggactgtgagtacctg
gttggcctgtgtctgctatggaattcactgtccgattgttacaccttggt
gttgaagttaagcctggttccacctcccagccccatgctcctagaaatag
gactcagactcaaaatacatttacaaatatcttggccatctagctaggct
cttttctgactagaatcataacctaagacacccatttattttaacctgca
tacggctggttacctgtgctcaggtaccatgtacctgtctcctcacatct
ctcagtttgatctccccacccctggctctatcccagaattacttttcctc
ccagatgtcccaccttctattccctgtctaagccataggctttttgattg
acaggcgatgcatttatccattcatccataagatattctttctatacctt
ggtctcccctttagttgtgtctgtgggagagggtggacactgaatctccc
agggatcattgttgccttggtgttgttcctatctgtgtctttgaggaaag
atacaggatgtttacagtgggaggtgaaacattccattctgcggggaagt
cattaagctcagaaagtaaatatctcaaaatagcttcaggaagtacctgg
aactgtctagatttcacttctaggcccctctaatgtgtatatatgtatat
attgatagatgtatatgtacccttatgtacatatacatgcacacacacat
atatctgtatgtgtgtatatatatatatatatatatatatatatatatat
acacacatatatact
gaattccacacagcactgacaaaattgatattatttgatgttttcatctc
tatgtgacagttctaagtagctcttcatgttgtaagcacatgatatgggt
gtgtgcctggtacctatcaaaggatgaggcatatttgtgctattgatctg
acatcaaaaactgttccttgcccatgtttggccagagctggttggttgta
atgttcaaaagtgctgcccacacttggcatgtctattctggacctgcact
gaaagttgtcttggacaactaaagagtaaggagggaaatgtcatggaaag
gcttgaatccaggcacaatttatgggaaaaaattaacaacttgcacaaat
gaatgagatgatagatggggtaaaatacccaattttcatctctcaagacc
atgtctcaaaaacaaggagacctataaataagccatttctgatgtattca
tggttggactcagagactagtaccttagaaagtaactgtagagaatcccc
tgtggtttcaagtgaggaagaaatgccttcttagattgactgtgggatgg
caaccccattcctcagttgatgctcactttctcctggaggtgggctctac
aagttccctctccccactgtatggcatttcatctaaggtccctccctttg
agtcctaagagtcttaccttcaaggtctctggtacattttggagtgtgcc
cccaacctcctatctcctgagggttgtctgtttccattctttctgctgac
cctcagggcttctgtccttttcccccacccaataccagatcttgttcctc
tctttctcccctgctccccccgaaaagagttgttttttgtggtgggcata
tgatgtttgaggatgggaacagctctctttccacctttacacaatgttaa
cggatcaaactcagctcaccatgcctgcacagttagtgttttacccagtg
agacatcttaccaaccccagaaaatcccctggaagctaatatcttagcat
tccactttcttggtattattagtcagagcattttaatcggattttcaaaa
tgttgtgctcttcccgtgtacatttgccagcactgttcagcagccaaacc
atgaaagcaagctcgatcgatgtcaatcaaccatacaaaggaatttagtc
cgagtaaaacac
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr19_17582664_17583577
seq2: B6Ng01-339D22.b_46_960

seq1  GAATTCCCAGTGCTGCCATGAGCACCTAGCATGCAGCAGAGACCTAAAGT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCCAGTGCTGCCATGAGCACCTAGCATGCAGCAGAGACCTAAAGT  50

seq1  CGTCTAAGTGAAGGAATGAGTCAGATATTCAAATAGCACTTTATAAAGTG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGTCTAAGTGAAGGAATGAGTCAGATATTCAAATAGCACTTTATAAAGTG  100

seq1  AATCAGACTGATTTGTCAGTTCGGTAGACTCTCTGGACTGTGAGTACCTG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATCAGACTGATTTGTCAGTTCGGTAGACTCTCTGGACTGTGAGTACCTG  150

seq1  GTTGGCCTGTGTCTGCTATGGAATTCACTGTCCGATTGTTACACCTTGGT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTGGCCTGTGTCTGCTATGGAATTCACTGTCCGATTGTTACACCTTGGT  200

seq1  GTTGAAGTTAAGCCTGGTTCCACCTCCCAGCCCCATGCTCCTAGAAATAG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTGAAGTTAAGCCTGGTTCCACCTCCCAGCCCCATGCTCCTAGAAATAG  250

seq1  GACTCAGACTCAAAATACATTTACAAATATCTTGGCCATCTAGCTAGGCT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACTCAGACTCAAAATACATTTACAAATATCTTGGCCATCTAGCTAGGCT  300

seq1  CTTTTCTGACTAGAATCATAACCTAAGACACCCATTTATTTTAACCTGCA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTTCTGACTAGAATCATAACCTAAGACACCCATTTATTTTAACCTGCA  350

seq1  TACGGCTGGTTACCTGTGCTCAGGTACCATGTACCTGTCTCCTCACATCT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACGGCTGGTTACCTGTGCTCAGGTACCATGTACCTGTCTCCTCACATCT  400

seq1  CTCAGTTTGATCTCCCCACCCCTGGCTCTATCCCAGAATTACTTTTCCTC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCAGTTTGATCTCCCCACCCCTGGCTCTATCCCAGAATTACTTTTCCTC  450

seq1  CCAGATGTCCCACCTTCTATTCCCTGTCTAAGCCATAGGCTTTTTGATTG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGATGTCCCACCTTCTATTCCCTGTCTAAGCCATAGGCTTTTTGATTG  500

seq1  ACAGGCGATGCATTTATCCATTCATCCATAAGATATTCTTTCTATACCTT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGGCGATGCATTTATCCATTCATCCATAAGATATTCTTTCTATACCTT  550

seq1  GGTCTCCCCTTTAGTTGTGTCTGTGGGAGAGGGTGGACACTGAATCTCCC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTCTCCCCTTTAGTTGTGTCTGTGGGAGAGGGTGGACACTGAATCTCCC  600

seq1  AGGGATCATTGTTGCCTTGGTGTTGTTCCTATCTGTGTCTTTGAGGAAAG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGATCATTGTTGCCTTGGTGTTGTTCCTATCTGTGTCTTTGAGGAAAG  650

seq1  ATACAGGATGTTTACAGTGGGAGGTGAAACATTCCATTCTGCGGGGAAGT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATACAGGATGTTTACAGTGGGAGGTGAAACATTCCATTCTGCGGGGAAGT  700

seq1  CATTAAGCTCAGAAAGTAAATATCTCAAAATAGCTTCAGGAAGTACCTGG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTAAGCTCAGAAAGTAAATATCTCAAAATAGCTTCAGGAAGTACCTGG  750

seq1  AACTGTCTAGA-TTCACTTCTAGGCCCCTCTAATGTGTATATATGTATAT  799
      ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTGTCTAGATTTCACTTCTAGGCCCCTCTAATGTGTATATATGTATAT  800

seq1  ATTGATAGATGTATATGTACCCTTATGTACATATACATGCACACACACAT  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTGATAGATGTATATGTACCCTTATGTACATATACATGCACACACACAT  850

seq1  ATATCTGTATGTGTGTATATATATATATATATATATATATATATATATAT  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATCTGTATGTGTGTATATATATATATATATATATATATATATATATAT  900

seq1  ACACACATATATACT  914
      |||||||||||||||
seq2  ACACACATATATACT  915

seq1: chr19_17718873_17720027
seq2: B6Ng01-339D22.g_66_1227 (reverse)

seq1  GTGTTTTACT--GCCTAAATTCC-TTGTAT-GTTGATGGACATCGATCGA  46
      ||||||||||  | ||||||||| |||||| |||||| ||||||||||||
seq2  GTGTTTTACTCGGACTAAATTCCTTTGTATGGTTGATTGACATCGATCGA  50

seq1  GCTTGCTTCTAT-GTTTGGCTGCTGAACAGTGCT-GCAAATGTACACGGG  94
      ||||||||  || ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
seq2  GCTTGCTTTCATGGTTTGGCTGCTGAACAGTGCTGGCAAATGTACACGGG  100

seq1  -AGAGCACAACAATTTTGAAAATCCGATTTAAAATGCTCTTGACT-ATAA  142
       |||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||| ||||| ||||
seq2  AAGAGCACAAC-ATTTTGAAAATCCGA-TTAAAATGCTC-TGACTAATAA  147

seq1  TACCA--GAAGTGGAATTGCTAGATTATTAGCTTCCAGGGGA-TTTCTGG  189
      |||||   |||||||| |||||   ||||||||||||||||| |||||||
seq2  TACCAAGAAAGTGGAA-TGCTAAGATATTAGCTTCCAGGGGATTTTCTGG  196

seq1  GGTTGGTAAGATGTCTCACTGGGTAAAACACTAACTGTGCAGGCATGGTG  239
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTTGGTAAGATGTCTCACTGGGTAAAACACTAACTGTGCAGGCATGGTG  246

seq1  AGCTGAGTTTGATCCGTTAACATTGTGTAAAGGTGGAAAGAGAGCTGTTC  289
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTGAGTTTGATCCGTTAACATTGTGTAAAGGTGGAAAGAGAGCTGTTC  296

seq1  CCATCCTCAAACATCATATGCCCACCACAAAAAACAACTCTTTTCGGGGG  339
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATCCTCAAACATCATATGCCCACCACAAAAAACAACTCTTTTCGGGGG  346

seq1  GAGCAGGGGAGAAAGAGAGGAACAAGATCTGGTATTGGGTGGGGGAAAAG  389
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGCAGGGGAGAAAGAGAGGAACAAGATCTGGTATTGGGTGGGGGAAAAG  396

seq1  GACAGAAGCCCTGAGGGTCAGCAGAAAGAATGGAAACAGACAACCCTCAG  439
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACAGAAGCCCTGAGGGTCAGCAGAAAGAATGGAAACAGACAACCCTCAG  446

seq1  GAGATAGGAGGTTGGGGGCACACTCCAAAATGTACCAGAGACCTTGAAGG  489
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGATAGGAGGTTGGGGGCACACTCCAAAATGTACCAGAGACCTTGAAGG  496

seq1  TAAGACTCTTAGGACTCAAAGGGAGGGACCTTAGATGAAATGCCATACAG  539
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGACTCTTAGGACTCAAAGGGAGGGACCTTAGATGAAATGCCATACAG  546

seq1  TGGGGAGAGGGAACTTGTAGAGCCCACCTCCAGGAGAAAGTGAGCATCAA  589
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGGAGAGGGAACTTGTAGAGCCCACCTCCAGGAGAAAGTGAGCATCAA  596

seq1  CTGAGGAATGGGGTTGCCATCCCACAGTCAATCTAAGAAGGCATTTCTTC  639
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGAGGAATGGGGTTGCCATCCCACAGTCAATCTAAGAAGGCATTTCTTC  646

seq1  CTCACTTGAAACCACAGGGGATTCTCTACAGTTACTTTCTAAGGTACTAG  689
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCACTTGAAACCACAGGGGATTCTCTACAGTTACTTTCTAAGGTACTAG  696

seq1  TCTCTGAGTCCAACCATGAATACATCAGAAATGGCTTATTTATAGGTCTC  739
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCTGAGTCCAACCATGAATACATCAGAAATGGCTTATTTATAGGTCTC  746

seq1  CTTGTTTTTGAGACATGGTCTTGAGAGATGAAAATTGGGTATTTTACCCC  789
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGTTTTTGAGACATGGTCTTGAGAGATGAAAATTGGGTATTTTACCCC  796

seq1  ATCTATCATCTCATTCATTTGTGCAAGTTGTTAATTTTTTCCCATAAATT  839
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTATCATCTCATTCATTTGTGCAAGTTGTTAATTTTTTCCCATAAATT  846

seq1  GTGCCTGGATTCAAGCCTTTCCATGACATTTCCCTCCTTACTCTTTAGTT  889
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGCCTGGATTCAAGCCTTTCCATGACATTTCCCTCCTTACTCTTTAGTT  896

seq1  GTCCAAGACAACTTTCAGTGCAGGTCCAGAATAGACATGCCAAGTGTGGG  939
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCCAAGACAACTTTCAGTGCAGGTCCAGAATAGACATGCCAAGTGTGGG  946

seq1  CAGCACTTTTGAACATTACAACCAACCAGCTCTGGCCAAACATGGGCAAG  989
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCACTTTTGAACATTACAACCAACCAGCTCTGGCCAAACATGGGCAAG  996

seq1  GAACAGTTTTTGATGTCAGATCAATAGCACAAATATGCCTCATCCTTTGA  1039
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAACAGTTTTTGATGTCAGATCAATAGCACAAATATGCCTCATCCTTTGA  1046

seq1  TAGGTACCAGGCACACACCCATATCATGTGCTTACAACATGAAGAGCTAC  1089
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGGTACCAGGCACACACCCATATCATGTGCTTACAACATGAAGAGCTAC  1096

seq1  TTAGAACTGTCACATAGAGATGAAAACATCAAATAATATCAATTTTGTCA  1139
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAGAACTGTCACATAGAGATGAAAACATCAAATAATATCAATTTTGTCA  1146

seq1  GTGCTGTGTGGAATTC  1155
      ||||||||||||||||
seq2  GTGCTGTGTGGAATTC  1162