BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-339F14
Chromosome19 (Build37)
Map Location 46,867,571 - 46,985,852
singlet/doubletdoublet
Overlap geneCnnm2, Nt5c2
Upstream geneKcnip2, 9130011E15Rik, EG627939, 4930505N22Rik, Hps6, Ldb1, Pprc1, Nolc1, Elovl3, Pitx3, Gbf1, LOC668094, Nfkb2, Psd, Fbxl15, Cuedc2, 2310034G01Rik, Tmem180, Actr1a, Sufu, Trim8, Arl3, Sfxn2, D19Wsu162e, Cyp17a1, EG629359, 2010012O05Rik, As3mt
Downstream geneIna, Pcgf6, LOC100042842, Taf5, Usmg5, Pdcd11, 2810048G17Rik, EG546729, EG240669, EG629389, Neurl, EG329070, Sh3pxd2a, Obfc1, Slk, Col17a1, 6330577E15Rik, D19Ertd652e, LOC677174, Gsto1, Gsto2, BC063749
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-339F14.bB6Ng01-339F14.g
ACCGA123366GA123367
length1,0331,156
definitionB6Ng01-339F14.b B6Ng01-339F14.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(46,984,834 - 46,985,852)(46,867,571 - 46,868,731)
sequence
gaattctgtttagctctgtaccccccttttaaattggattatttgggttg
ttggtgtttaatttcttgagttgtttatatattaaacattcttttaaact
cccatttgtatttgtttgcttgcctatgtgtttattagagttttattatg
tatctacctggcctgtactagacttggctgtgtagacttggctggctttg
aactcaagacagttctgctttggcttcttaagtgctagaagacattcgta
tggcatcatatctgccttactacttttcaaaaaaccatgtacacatgtac
ctgagcgaatgtaagcccctcgtctgtgggtaacagtggagagaggtagg
aggtggaggagctggagctagagtgtcaggtaacacaggtgctggggcct
caccgcagctagcgctgtctggatgaacaggaggctcttagctcctgggt
cacttttcctgctctgccttggtactgttaaacaaatacgtttcttagtt
accattgaattttgtttttcaagaatggaaacattggcagtattttaagg
ctctctcatttactttacttaggtacttagtaacttggagggtttaaaaa
tattactaaatgtgtcccatgatttccaaacttttcgatcatttgtaatc
ccttgggttagagaaaagttgcctgtgtgagttgctggatcacacttttt
tgggctgttatttatagtagaaaaagtcctggtaacagttgatgtggaac
taagaaggttttattagtatttttctctttcaaaaatgcttattaatgtg
ttttcaagttataattacagaggactaataccacatagcctaataattaa
atataaagaacattgattattgatttcatatacagcctaaaggctaatga
accttcttgggtggggtgggactgttgtcactggctgttcatattggtct
ggtagtgaggtttctttttttaatatctggcagctaacatttcttgctat
ttcctaacgattaccatcttcctttttcacata
gaattcttgatggttgtgagccactgtgtgaatgctaggaactgaaaatg
ggactgattgtatagctattagagtgagagggattttttagctttttgag
acagggtttttctgtttagccctggctgtcctggaactatgtagaccagg
ctggtctcaaattcacagagtcccatctgcctctgcctcctccaactgct
gagccagctcttcaacccctagagtgagactttgaaaacatcaccaataa
tgggaatttcttataagatgcacattgtatgtgtatatgtatgctaattt
tgcaataataatttttaatatttaattttgtaatttaatctatatttaaa
atttaattttaaattaatttaaaaaataatttttaacaagtagagaaaca
aaatgtgttttcaattattctataatgaaatactcagaggtgaccaaacc
tacgtgcaaccagtcctatggcatccctcagctggccagtgtgctgtaca
agacactcactgtacttgacagagaagtggcctggtagcatttaagaatg
cttaccttcattcagtagctgttcatgtctagcaagatttcatataggta
aagtaccacatttagatgagcaaaataacgtcctgagagcttgcatctaa
agctgaatgagcttggggaacgctaacgcctttggcacagtcccaccgat
tctgtgaaaatacctttatatggtgggaaaaatggcaagggtaactaaaa
cagaaggaagacaaagcagctccaagacaggatgcctttgacaaatggct
tactgaaggttaagaacactggctggcttgcagaggacctgagttcaatt
cttaccactcacagacagctcacacctgtctgtaaccccagctccaggga
atgcaaccgtctctgtggcctctgtaggcaccaggcgtgcatgtggtgca
catacacagtgcagccaaacactcagacacgtaaaataagaaaatatttt
ttaaagggggggagggaagagcccactcctccccgagcttgaacatccat
ctatccagctgcctggatgtcagcaacattgggatcccttccctttcaac
cagcctatcagtccagttccgaatgacatctactggatggtagactctct
taagaa
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr19_46984834_46985852
seq2: B6Ng01-339F14.b_50_1082 (reverse)

seq1  TATGT--AAAAGGAAGATGGTAATC-ATAGG-AATAGC-AGAAATGGTTG  45
      |||||  ||||||||||||||||||  |||| |||||| |||||| ||| 
seq2  TATGTGAAAAAGGAAGATGGTAATCGTTAGGAAATAGCAAGAAAT-GTTA  49

seq1  GCTGCAGTATAT--AAAAAAGAAACCATCACTACCAGA-CAATATGAACA  92
      |||||   ||||  |||||||||||| ||||||||||| |||||||||||
seq2  GCTGCCAGATATTAAAAAAAGAAACC-TCACTACCAGACCAATATGAACA  98

seq1  G-CAGTGACAACAGTCC--ACCCACCCAAGA--GGTCATTAGCCTTTAGG  137
      | |||||||||||||||   |||||||||||  | |||||||||||||||
seq2  GCCAGTGACAACAGTCCCACCCCACCCAAGAAGGTTCATTAGCCTTTAGG  148

seq1  CTGTATATGAAATCAAT-ATCAATGTTCTTTATATTTAATTATTAGGCTA  186
      ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTATATGAAATCAATAATCAATGTTCTTTATATTTAATTATTAGGCTA  198

seq1  TGTGGTATTAGTCCTCTGTAATTATAACTTGAAAACACATTAATAAGCAT  236
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGGTATTAGTCCTCTGTAATTATAACTTGAAAACACATTAATAAGCAT  248

seq1  TTTTGAAAGAG-AAAATACTAATAAAACCTTCTTAGTTCCACATCAACTG  285
      ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTGAAAGAGAAAAATACTAATAAAACCTTCTTAGTTCCACATCAACTG  298

seq1  TTACCAGGACTTTTTCTACTATAAATAACAGCCC-AAAAAGTGTGATCCA  334
      |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
seq2  TTACCAGGACTTTTTCTACTATAAATAACAGCCCAAAAAAGTGTGATCCA  348

seq1  GCAACTCACACAGGCAACTTTTCTCTAACCCAAGGGATTACAAATGATCG  384
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAACTCACACAGGCAACTTTTCTCTAACCCAAGGGATTACAAATGATCG  398

seq1  AAAAGTTTGGAAATCATGGGACACATTTAGTAATATTTTTAAACCCTCCA  434
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAGTTTGGAAATCATGGGACACATTTAGTAATATTTTTAAACCCTCCA  448

seq1  AGTTACTAAGTACCTAAGTAAAGTAAATGAGAGAGCCTTAAAATACTGCC  484
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTACTAAGTACCTAAGTAAAGTAAATGAGAGAGCCTTAAAATACTGCC  498

seq1  AATGTTTCCATTCTTGAAAAACAAAATTCAATGGTAACTAAGAAACGTAT  534
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGTTTCCATTCTTGAAAAACAAAATTCAATGGTAACTAAGAAACGTAT  548

seq1  TTGTTTAACAGTACCAAGGCAGAGCAGGAAAAGTGACCCAGGAGCTAAGA  584
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTTTAACAGTACCAAGGCAGAGCAGGAAAAGTGACCCAGGAGCTAAGA  598

seq1  GCCTCCTGTTCATCCAGACAGCGCTAGCTGCGGTGAGGCCCCAGCACCTG  634
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTCCTGTTCATCCAGACAGCGCTAGCTGCGGTGAGGCCCCAGCACCTG  648

seq1  TGTTACCTGACACTCTAGCTCCAGCTCCTCCACCTCCTACCTCTCTCCAC  684
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTACCTGACACTCTAGCTCCAGCTCCTCCACCTCCTACCTCTCTCCAC  698

seq1  TGTTACCCACAGACGAGGGGCTTACATTCGCTCAGGTACATGTGTACATG  734
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTACCCACAGACGAGGGGCTTACATTCGCTCAGGTACATGTGTACATG  748

seq1  GTTTTTTGAAAAGTAGTAAGGCAGATATGATGCCATACGAATGTCTTCTA  784
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTTTTGAAAAGTAGTAAGGCAGATATGATGCCATACGAATGTCTTCTA  798

seq1  GCACTTAAGAAGCCAAAGCAGAACTGTCTTGAGTTCAAAGCCAGCCAAGT  834
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCACTTAAGAAGCCAAAGCAGAACTGTCTTGAGTTCAAAGCCAGCCAAGT  848

seq1  CTACACAGCCAAGTCTAGTACAGGCCAGGTAGATACATAATAAAACTCTA  884
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTACACAGCCAAGTCTAGTACAGGCCAGGTAGATACATAATAAAACTCTA  898

seq1  ATAAACACATAGGCAAGCAAACAAATACAAATGGGAGTTTAAAAGAATGT  934
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAAACACATAGGCAAGCAAACAAATACAAATGGGAGTTTAAAAGAATGT  948

seq1  TTAATATATAAACAACTCAAGAAATTAAACACCAACAACCCAAATAATCC  984
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAATATATAAACAACTCAAGAAATTAAACACCAACAACCCAAATAATCC  998

seq1  AATTTAAAAGGGGGGTACAGAGCTAAACAGAATTC  1019
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTTAAAAGGGGGGTACAGAGCTAAACAGAATTC  1033

seq1: chr19_46867571_46868731
seq2: B6Ng01-339F14.g_67_1222

seq1  GAATTCTTGATGGTTGTGAGCCACTGTGTGAATGCTAGGAACTGAAAATG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTTGATGGTTGTGAGCCACTGTGTGAATGCTAGGAACTGAAAATG  50

seq1  GGACTGATTGTATAGCTATTAGAGTGAGAGGGATTTTTTAGCTTTTTGAG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGACTGATTGTATAGCTATTAGAGTGAGAGGGATTTTTTAGCTTTTTGAG  100

seq1  ACAGGGTTTTTCTGTTTAGCCCTGGCTGTCCTGGAACTATGTAGACCAGG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGGGTTTTTCTGTTTAGCCCTGGCTGTCCTGGAACTATGTAGACCAGG  150

seq1  CTGGTCTCAAATTCACAGAGTCCCATCTGCCTCTGCCTCCTCCAACTGCT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGTCTCAAATTCACAGAGTCCCATCTGCCTCTGCCTCCTCCAACTGCT  200

seq1  GAGCCAGCTCTTCAACCCCTAGAGTGAGACTTTGAAAACATCACCAATAA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGCCAGCTCTTCAACCCCTAGAGTGAGACTTTGAAAACATCACCAATAA  250

seq1  TGGGAATTTCTTATAAGATGCACATTGTATGTGTATATGTATGCTAATTT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGAATTTCTTATAAGATGCACATTGTATGTGTATATGTATGCTAATTT  300

seq1  TGCAATAATAATTTTTAATATTTAATTTTGTAATTTAATCTATATTTAAA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCAATAATAATTTTTAATATTTAATTTTGTAATTTAATCTATATTTAAA  350

seq1  ATTTAATTTTAAATTAATTTAAAAAATAATTTTTAACAAGTAGAGAAACA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTAATTTTAAATTAATTTAAAAAATAATTTTTAACAAGTAGAGAAACA  400

seq1  AAATGTGTTTTCAATTATTCTATAATGAAATACTCAGAGGTGACCAAACC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATGTGTTTTCAATTATTCTATAATGAAATACTCAGAGGTGACCAAACC  450

seq1  TACGTGCAACCAGTCCTATGGCATCCCTCAGCTGGCCAGTGTGCTGTACA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACGTGCAACCAGTCCTATGGCATCCCTCAGCTGGCCAGTGTGCTGTACA  500

seq1  AGACACTCACTGTACTTGACAGAGAAGTGGCCTGGTAGCATTTAAGAATG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACACTCACTGTACTTGACAGAGAAGTGGCCTGGTAGCATTTAAGAATG  550

seq1  CTTACCTTCATTCAGTAGCTGTTCATGTCTAGCAAGATTTCATATAGGTA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTACCTTCATTCAGTAGCTGTTCATGTCTAGCAAGATTTCATATAGGTA  600

seq1  AAGTACCACATTTAGATGAGCAAAATAACGTCCTGAGAGCTTGCATCTAA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTACCACATTTAGATGAGCAAAATAACGTCCTGAGAGCTTGCATCTAA  650

seq1  AGCTGAATGAGCTTGGGGAACGCTAACGCCTTTGGCACAGTCCCACCGAT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTGAATGAGCTTGGGGAACGCTAACGCCTTTGGCACAGTCCCACCGAT  700

seq1  TCTGTGAAAATACCTTTATATGGTGGGAAAAATGGCAAGGGTAACTAAAA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGTGAAAATACCTTTATATGGTGGGAAAAATGGCAAGGGTAACTAAAA  750

seq1  CAGAAGGAAGACAAAGCAGCTCCAAGACAGGATGCC-TTGACAAATGGCT  799
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
seq2  CAGAAGGAAGACAAAGCAGCTCCAAGACAGGATGCCTTTGACAAATGGCT  800

seq1  TACTGAAGGTTAAGAACACTGGCTGGCTTGCAGAGGACCTGAGTTCAATT  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACTGAAGGTTAAGAACACTGGCTGGCTTGCAGAGGACCTGAGTTCAATT  850

seq1  CTTACCACTCACAGACAGCTCACACCTGTCTGTAACCCCAGCTCCAGGGA  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTACCACTCACAGACAGCTCACACCTGTCTGTAACCCCAGCTCCAGGGA  900

seq1  ATGCAACCGTCTCTTGTGGCCTCTGTAGGCACCAGGCGTGCATGTGGTGC  949
      ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCAACCGTCTC-TGTGGCCTCTGTAGGCACCAGGCGTGCATGTGGTGC  949

seq1  ACATACACAAGTGCAGCCAAAACACTCAGACACGTAAAATAAGAAAATAT  999
      |||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATACAC-AGTGCAGCC-AAACACTCAGACACGTAAAATAAGAAAATAT  997

seq1  TTTTTAAA-GGGGGGAGGGAAGAGCACACTCCTCCCCGAGCCTGACACCC  1048
      |||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||| |||     
seq2  TTTTTAAAGGGGGGGAGGGAAGAGCCCACTCCTCCCCGAGCTTGA-----  1042

seq1  CACCCCCACC---CCAGCCTGGCTGGAATGTCAGCAACATTGTGATCCCT  1095
       ||  ||| |   |||| ||| |||| ||||||||||||||| |||||||
seq2  -ACATCCATCTATCCAG-CTGCCTGG-ATGTCAGCAACATTGGGATCCCT  1089

seq1  TCCCCTTCAACCAG-CTATCAGTCCAGGTCCAGATAGCCATCTACTGGAA  1144
      |||| ||||||||| |||||||||||| ||| ||  | ||||||||||| 
seq2  TCCCTTTCAACCAGCCTATCAGTCCAGTTCC-GAATGACATCTACTGGAT  1138

seq1  AGTAGACTCT-TTAAGAA  1161
       ||||||||| |||||||
seq2  GGTAGACTCTCTTAAGAA  1156