BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-340L08
Chromosome19 (Build37)
Map Location 38,295,777 - 38,462,858
singlet/doubletdoublet
Overlap gene5730455O13Rik, Lgi1
Upstream geneMarch5, LOC668230, Ide, LOC100043010, Kif11, EG667490, LOC631069, Hhex, Exoc6, Cyp26c1, Cyp26a1, LOC668248, LOC668251, LOC209281, Fer1l3, Cep55, Gpr120, Rbp4, Pde6c
Downstream geneTmem20, LOC100042483, Plce1, EG667587, Noc3l, Tbc1d12, Hells, LOC209753, Cyp2c55, LOC100042507, Cyp2c65, LOC668278, Cyp2c66, Cyp2c29
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-340L08.bB6Ng01-340L08.g
ACCGA124327GA124328
length1,1431,076
definitionB6Ng01-340L08.b B6Ng01-340L08.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(38,461,713 - 38,462,858)(38,295,777 - 38,296,863)
sequence
gaattcaccctccaaactggaattgtctttatgttttgagtttagattag
aatgagaaactcttttaaaaattgcagggcaagaggggttatctgggact
gtcctaagcaaactaaagcacgtggctgcctcaattctcacttgattaat
gtatagctttgccttgtctgaaaaataactcaagactgcttttaagaata
cacacagctaagatggtggctatggaagtgggaaccacccctcccctatc
ccaccccccacactacctcccaaccaccacctatgaaagaggaagaaaca
gaatctaatcaggaggttgctaacccagagcactatattactcatcctct
gtagcacaggtgggcactctggtctttttctaaatgataaaagtaaaact
gagccaacctttgaccgacctgtaattttgatacagtggaagactttggg
gctcaatacaaccacatctagttgcccggtcatttaatgccaggcggtga
ctactactcaacttattttaaggatgataatcgagttatgtgagaagatg
agaaaaacaaatggagaaggcaatggctaattacatttaacagcagaggt
ggcgtgacctgaatcacttctggctagggacatttgtgtgcttattgggg
aatcttttgatggcaacagtgatgatgtatgtggtgctgtggtcaatgtt
agagctaagatggtaagatagcaatgtggactcttgagcattaacacaga
gaaagcagtcatgcacacaggaagggggtacagtgaaagacccacaacgt
gaggactcccccacgttctgactcaggagaggcgacaccctaaaatcacc
cacaagaaacggtcttgttgcaaactgcaagaggatttttattcagagcg
ctcttgggcccatggtcatataccacgcaaggggtagaggaccgtggcgc
cccaagtagctgggttagggggtattaaaggagaaaccacacctcaagga
agtggggagggcattgttggagataccaaagaataccagttagagtcacc
aggagtgctatgttacagagtctacagggatactgggtaactggtaactc
tcagacaggcttcctagagacccctaacacatagcacatttgc
gaattccaggatagcctgaactaaataataaaactgtctcaggaaacaaa
aatgacaacaacaacaaaaatgtgtcctctttgtgaagcccaggctttgt
atgctagaggatcttggtcttgccaactctgacctgctcattcaagtcaa
cattacaactgttctgaattacaattcatcctccacgagcacctcactgg
gaagacaaacagcaaccaagcctcctttaagctgtgacatttgcagacac
acagtcttaacaaatgaaaaagcaaacaacaaaaaacaaaacaaaacaaa
aaaaaaaaacatgcaatagagaaatctttccttttccctctatccctttc
aataaactccttcacaacaaaacttcattttccccacaactacctccaaa
ctgaaatccatttattacagtgcaatgaataaaccctcacttgctacagc
agttgtttccatatgcaaagtcaatccaaaccctttccaggatttagtta
tacttcatgtccgtctagaaacagtgtgaactatggatcaacagacttac
ttcttcctctttttgctggagcctccgccttgctcatcgtcactaaaatc
agagtcatagcctccatgcccatgcatctgcaaaggagtgcgaggtcagc
cgtgcggacccgagctgccaaatactcaggaaacacaagactgagagtta
agtgatcttaaacagccacaagctttacaagtcatgctgggcagatcatg
gtctctggtctacgcagccacctaacactttaatccctttgaaataagaa
gaataaggacattagtcactggccttccagtgaaacctaagcctggatat
tgcaaagcgactccatgcaaggacacagtgcatccctttttatttgtgcc
acacacccccacaccccctagagatgtttcagccacagacagaccactgg
aggaaatacaattattgctagtacttcactatacctctacattgtagcta
tgcctaactgtgcaataccatacactatctacagtatattgcacaacatg
ctatatacgttcatagtctagaaaga
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr19_38461713_38462858
seq2: B6Ng01-340L08.b_44_1186 (reverse)

seq1  GCAAATGTGCTAT-TGTTAGGGG-CTCTTAGAAG-CTGTCTTGAGAGTTA  47
      ||||||||||||| ||||||||| ||||  |||| ||||| |||||||||
seq2  GCAAATGTGCTATGTGTTAGGGGTCTCTAGGAAGCCTGTC-TGAGAGTTA  49

seq1  ACAATTACCATGTATTCCTTGTGACTCTTGTAACATTGCACTTCCTTGTG  97
       || |||||  |||| |||   ||||| |||||||| |||| |||| |||
seq2  CCAGTTACCCAGTATCCCTGTAGACTC-TGTAACATAGCAC-TCCTGGTG  97

seq1  ACTCTTAACTGGTA-TCTTTGGTATCTTCCAACAATGCCCTCCCCACTTC  146
      |||| ||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||
seq2  ACTC-TAACTGGTATTCTTTGGTATC-TCCAACAATGCCCTCCCCACTTC  145

seq1  CTTGAGTTGTGGTTTCTTCCTTTAAATACCCCCTTACCCAGCTACTTGGG  196
      |||||| ||||||||| |||||| |||||||||| |||||||||||||||
seq2  CTTGAGGTGTGGTTTC-TCCTTT-AATACCCCCTAACCCAGCTACTTGGG  193

seq1  GCGCCACGGTCCTCTACCCC-TGCGTGGTATATGACCATGGGCCCAAGAG  245
      |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCGCCACGGTCCTCTACCCCTTGCGTGGTATATGACCATGGGCCCAAGAG  243

seq1  CGCTCTTGAATAAAAATCCTCTTGCAGTTTGCAACAAGACCGTTTCTTGT  295
      ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGCTC-TGAATAAAAATCCTCTTGCAGTTTGCAACAAGACCGTTTCTTGT  292

seq1  GGGTGATTTTAGGGTGTCGCCTCTCCTGAGTCAGAACGTGGGGGAGTCCT  345
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGTGATTTTAGGGTGTCGCCTCTCCTGAGTCAGAACGTGGGGGAGTCCT  342

seq1  CACGTTGTGGGTCTTTCACTGTACCCCCTTCCTGTGTGCATGACTGCTTT  395
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACGTTGTGGGTCTTTCACTGTACCCCCTTCCTGTGTGCATGACTGCTTT  392

seq1  CTCTGTGTTAATGCTCAAGAGTCCACATTGCTATCTTACCATCTTAGCTC  445
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTGTGTTAATGCTCAAGAGTCCACATTGCTATCTTACCATCTTAGCTC  442

seq1  TAACATTGACCACAGCACCACATACATCATCACTGTTGCCATCAAAAGAT  495
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAACATTGACCACAGCACCACATACATCATCACTGTTGCCATCAAAAGAT  492

seq1  TCCCCAATAAGCACACAAATGTCCCTAGCCAGAAGTGATTCAGGTCACGC  545
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCCAATAAGCACACAAATGTCCCTAGCCAGAAGTGATTCAGGTCACGC  542

seq1  CACCTCTGCTGTTAAATGTAATTAGCCATTGCCTTCTCCATTTGTTTTTC  595
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACCTCTGCTGTTAAATGTAATTAGCCATTGCCTTCTCCATTTGTTTTTC  592

seq1  TCATCTTCTCACATAACTCGATTATCATCCTTAAAATAAGTTGAGTAGTA  645
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATCTTCTCACATAACTCGATTATCATCCTTAAAATAAGTTGAGTAGTA  642

seq1  GTCACCGCCTGGCATTAAATGACCGGGCAACTAGATGTGGTTGTATTGAG  695
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCACCGCCTGGCATTAAATGACCGGGCAACTAGATGTGGTTGTATTGAG  692

seq1  CCCCAAAGTCTTCCACTGTATCAAAATTACAGGTCGGTCAAAGGTTGGCT  745
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCCAAAGTCTTCCACTGTATCAAAATTACAGGTCGGTCAAAGGTTGGCT  742

seq1  CAGTTTTACTTTTATCATTTAGAAAAAGACCAGAGTGCCCACCTGTGCTA  795
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTTTTACTTTTATCATTTAGAAAAAGACCAGAGTGCCCACCTGTGCTA  792

seq1  CAGAGGATGAGTAATATAGTGCTCTGGGTTAGCAACCTCCTGATTAGATT  845
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAGGATGAGTAATATAGTGCTCTGGGTTAGCAACCTCCTGATTAGATT  842

seq1  CTGTTTCTTCCTCTTTCATAGGTGGTGGTTGGGAGGTAGTGTGGGGGGTG  895
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTTTCTTCCTCTTTCATAGGTGGTGGTTGGGAGGTAGTGTGGGGGGTG  892

seq1  GGATAGGGGAGGGGTGGTTCCCACTTCCATAGCCACCATCTTAGCTGTGT  945
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGATAGGGGAGGGGTGGTTCCCACTTCCATAGCCACCATCTTAGCTGTGT  942

seq1  GTATTCTTAAAAGCAGTCTTGAGTTATTTTTCAGACAAGGCAAAGCTATA  995
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTATTCTTAAAAGCAGTCTTGAGTTATTTTTCAGACAAGGCAAAGCTATA  992

seq1  CATTAATCAAGTGAGAATTGAGGCAGCCACGTGCTTTAGTTTGCTTAGGA  1045
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTAATCAAGTGAGAATTGAGGCAGCCACGTGCTTTAGTTTGCTTAGGA  1042

seq1  CAGTCCCAGATAACCCCTCTTGCCCTGCAATTTTTAAAAGAGTTTCTCAT  1095
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTCCCAGATAACCCCTCTTGCCCTGCAATTTTTAAAAGAGTTTCTCAT  1092

seq1  TCTAATCTAAACTCAAAACATAAAGACAATTCCAGTTTGGAGGGTGAATT  1145
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTAATCTAAACTCAAAACATAAAGACAATTCCAGTTTGGAGGGTGAATT  1142

seq1  C  1146
      |
seq2  C  1143

seq1: chr19_38295777_38296863
seq2: B6Ng01-340L08.g_66_1141

seq1  GAATTCCAGGATAGCCTGAACTAAATAATAAAACTGTCTCAGGAAACAAA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCAGGATAGCCTGAACTAAATAATAAAACTGTCTCAGGAAACAAA  50

seq1  AATGACAACAACAACAAAAATGTGTCCTCTTTGTGAAGCCCAGGCTTTGT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGACAACAACAACAAAAATGTGTCCTCTTTGTGAAGCCCAGGCTTTGT  100

seq1  ATGCTAGAGGATCTTGGTCTTGCCAACTCTGACCTGCTCATTCAAGTCAA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCTAGAGGATCTTGGTCTTGCCAACTCTGACCTGCTCATTCAAGTCAA  150

seq1  CATTACAACTGTTCTGAATTACAATTCATCCTCCACGAGCACCTCACTGG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTACAACTGTTCTGAATTACAATTCATCCTCCACGAGCACCTCACTGG  200

seq1  GAAGACAAACAGCAACCAAGCCTCCTTTAAGCTGTGACATTTGCAGACAC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGACAAACAGCAACCAAGCCTCCTTTAAGCTGTGACATTTGCAGACAC  250

seq1  ACAGTCTTAACAAATGAAAAAGCAAACAACAAAAAACAAAACAAAACAAA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGTCTTAACAAATGAAAAAGCAAACAACAAAAAACAAAACAAAACAAA  300

seq1  AAAAAAAAACATGCAATAGAGAAATCTTTCCTTTTCCCTCTATCCCTTTC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAAAAAACATGCAATAGAGAAATCTTTCCTTTTCCCTCTATCCCTTTC  350

seq1  AATAAACTCCTTCACAACAAAACTTCATTTTCCCCACAACTACCTCCAAA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATAAACTCCTTCACAACAAAACTTCATTTTCCCCACAACTACCTCCAAA  400

seq1  CTGAAATCCATTTATTACAGTGCAATGAATAAACCCTCACTTGCTACAGC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGAAATCCATTTATTACAGTGCAATGAATAAACCCTCACTTGCTACAGC  450

seq1  AGTTGTTTCCATATGCAAAGTCAATCCAAACCCTTTCCAGGATTTAGTTA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTGTTTCCATATGCAAAGTCAATCCAAACCCTTTCCAGGATTTAGTTA  500

seq1  TACTTCATGTCCGTCTAGAAACAGTGTGAACTATGGATCAACAGACTTAC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACTTCATGTCCGTCTAGAAACAGTGTGAACTATGGATCAACAGACTTAC  550

seq1  TTCTTCCTCTTTTTGCTGGAGCCTCCGCCTTGCTCATCGTCACTAAAATC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTTCCTCTTTTTGCTGGAGCCTCCGCCTTGCTCATCGTCACTAAAATC  600

seq1  AGAGTCATAGCCTCCATGCCCATGCATCTGCAAAGGAGTGCGAGGTCAGC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGTCATAGCCTCCATGCCCATGCATCTGCAAAGGAGTGCGAGGTCAGC  650

seq1  CGTGCGGACCCGAGCTGCCAAATACTCAGGAAACACAAGACTGAGAGTTA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGTGCGGACCCGAGCTGCCAAATACTCAGGAAACACAAGACTGAGAGTTA  700

seq1  AGTGATCTTAAACAGCCACAAGCTTTACAAGTCATGCTGGGCAGATCATG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGATCTTAAACAGCCACAAGCTTTACAAGTCATGCTGGGCAGATCATG  750

seq1  GTCTCTGGTCTACGCAGCCACCTAACACTTTAATCCCTTTGAAATAAGAA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTCTGGTCTACGCAGCCACCTAACACTTTAATCCCTTTGAAATAAGAA  800

seq1  GAATAAGGACATTAGTCACTGGCCTTCCAGTGAAACCTAAGCCTGGATAT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATAAGGACATTAGTCACTGGCCTTCCAGTGAAACCTAAGCCTGGATAT  850

seq1  TGCAAAGCGACTCCATGCAAGGGACAACAGTGCATCAC-TTTTATTTGTG  899
      |||||||||||||||||||| |||| |||||||||| | |||||||||||
seq2  TGCAAAGCGACTCCATGCAA-GGAC-ACAGTGCATCCCTTTTTATTTGTG  898

seq1  CCACACA-CCCCACACCCCCTAGAGATGTTTCAGCCACAGACAGACCACT  948
      ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACACACCCCCACACCCCCTAGAGATGTTTCAGCCACAGACAGACCACT  948

seq1  GGAGGAAAATACAAATTATTGCTTAGTACTTCAACTATACCTTCTACATT  998
      ||||| |||||| ||||||||| ||||||||| |||||||| ||||||||
seq2  GGAGG-AAATAC-AATTATTGC-TAGTACTTC-ACTATACC-TCTACATT  993

seq1  GTAGCTATGCCTAACTGTGCAAATACCATTACACTTATCTACAGTAATAA  1048
      |||||||||||||||||||| ||||||| ||||| |||||||||||   |
seq2  GTAGCTATGCCTAACTGTGC-AATACCA-TACAC-TATCTACAGTA--TA  1038

seq1  TTGCAACAACATGCTATATACGTTCATAGTCTAGAAAGA  1087
      |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGC-ACAACATGCTATATACGTTCATAGTCTAGAAAGA  1076