BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-349P19
Chromosome19 (Build37)
Map Location 51,344,296 - 51,444,209
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneSorcs1
Downstream geneLOC100042924, LOC100042928, LOC668536, LOC100042936, Ins1
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-349P19.bB6Ng01-349P19.g
ACCGA130804GA130805
length1,0981,093
definitionB6Ng01-349P19.b B6Ng01-349P19.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(51,344,296 - 51,345,389)(51,443,103 - 51,444,209)
sequence
gaattcattatgaattaatatctattttgacacatgtctctctaaaaggg
acctcagagcagcaatactttggtgatgtcaatatgtactggtacatagt
ttttgaatgaaaaatttgagattcaaaggaaagatttaatcattcctcca
aggtggctcagaagcgataaagagctaaataattttagggcaaatggcac
aaattgaaaagacttcctactatgaagatactggcagaaattttgaagcc
gtttcaaaatctaagctaattcaaaatactaatcctgcagaaacgagcca
ttgagtcagaatgcttaagccgcatcaggcagcactggggcatggcctta
acactggtaaaggtggcaaacattccattcacctttgcttaaagaaactt
aatactgtagttcataaactgcaaaccaacttcaaggtgagatactgact
ttttgtttgtttgtttgtttgttttgtatttgtctcagtagagtgcggtc
agaggtaacgagtaaggagatgctgacaggtgaaatgatgttgatagata
aaaagaaggaactgactttggcagtctagaccatgttaatgtcattctgc
tctttctgcggctcttctgaatgttttgatttctgtgcatttttaaagtc
tctcagcaatgtctttggtgatgactgaatgcattctcctgggagaccaa
ttcagaacgggtgtctctgtgacgcttattctccttttctttatttcctt
ttcttttcctgccatgttatgtttctctgtttctacttatatgtcacagt
tcatcaaaaacagtcatgtataactgctttctaatatctaaaccatacag
aactgtgtataaagtcaggacaaggctatttatgggttataaagaataca
taggcaggatcatacagaaatagaataagactctaaaaggctggggaaca
cttggaagcaatgaaaggtacaaaatgtatttcaaggaaacagtatccga
agatgcaagttgtcacttcttgagttaataaacaattcttagcatctagt
aattggaacaaacacctaaaattaaaataaaattaatagaaattctgg

gaattccattgcctgaaacaccgccactggttgcctttttcttatatccc
tgctcttagccctatgttcgatgatcctcttatctttactatcactgtat
ctccttctaagtctcctttcagatttatgtgactgttaactattttatga
gttctataacactcagcagatactgtatattttcctgttaaacatacagt
tatttcctacattatatttactttcacactgtcttttcttcccaactaaa
tgctacatttatctaaggctatttcaatgttgctttatacaggacaagaa
gttaggggttcaatccaacattacgtaaatcatcatgctgcaaggatttg
atggacatctttttatgagcattcgtccatgttaaatgactttagacaca
ctcatcaaaatacgtgttaattatatattaataataaagttactcatttt
cttttctgtaaggttactaaataaaggagtgatcttttctaatatcaaag
ttcctctatagagtaattgaaatttttctacatataccaagggaaattta
taatactatattctttctaacatctgggagacatggacttattcatcaca
tctgaatgttagaattaatatgaacttctcaaatatactttgccttaata
atttttgttttgtggcatttttgttcaattaaatattggcccatgtagat
ataatcttcatatgtggttatcatagattgtaatgggactttctctggac
tttcccgtgagctttgatattgacttggaggcttccattatagtttaaaa
cttaagacatttgctgagacattccccagctactatttaattttaccaac
atacattgccttgcaaccatcatgtggctatctctatacctttaccatcg
ggtggtgggaggggcacagagctgtatgcatccagatatgtaggcccaaa
ggcagggaaagtgatcttccttatgtcaatcagtctcagaaagattcagg
gttggacatacttgacccactcttgcatcagctgatcttcttagccacac
atctgccttttgctttataaggatgcatcatcaagtcatctcc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr19_51344296_51345389
seq2: B6Ng01-349P19.b_47_1144

seq1  GAATTCATTATGAATTAATATCTATTTTGACACATG-CTCTCTAAAAGGG  49
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
seq2  GAATTCATTATGAATTAATATCTATTTTGACACATGTCTCTCTAAAAGGG  50

seq1  ACCTCAGAGCAGCAATACTTTGGTGATGTCAATATGTACTGGTACATAGT  99
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTCAGAGCAGCAATACTTTGGTGATGTCAATATGTACTGGTACATAGT  100

seq1  TTTTGAATGAAAAATTTGAGATTCAAAGGAAAGATTTAATCATTCCTCCA  149
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTGAATGAAAAATTTGAGATTCAAAGGAAAGATTTAATCATTCCTCCA  150

seq1  AGGTGGCTCAGAAGCGATAAAGAGCTAAATAATTTTAGGGCAAATGGCAC  199
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTGGCTCAGAAGCGATAAAGAGCTAAATAATTTTAGGGCAAATGGCAC  200

seq1  AAATTGAAAAGACTTCCTACTATGAAGATACTGGCAGAAATTTTGAAGCC  249
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATTGAAAAGACTTCCTACTATGAAGATACTGGCAGAAATTTTGAAGCC  250

seq1  GTTTCAAAATCTAAGCTAATTCAAAATACTAATCCTGCAGAAACGAGCCA  299
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTCAAAATCTAAGCTAATTCAAAATACTAATCCTGCAGAAACGAGCCA  300

seq1  TTGAGTCAGAATGCTTAAGCCGCATCAGGCAGCACTGGGGCATGGCCTTA  349
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGAGTCAGAATGCTTAAGCCGCATCAGGCAGCACTGGGGCATGGCCTTA  350

seq1  ACACTGGTAAAGGTGGCAAACATTCCATTCACCTTTGCTTAAAGAAACTT  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACTGGTAAAGGTGGCAAACATTCCATTCACCTTTGCTTAAAGAAACTT  400

seq1  AATACTGTAGTTCATAAACTGCAAACCAACTTCAAGGTGAGATACTGACT  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATACTGTAGTTCATAAACTGCAAACCAACTTCAAGGTGAGATACTGACT  450

seq1  TTTTGTTTGTTTGTTTGTTTGTTTTGTATTTGTCTCAGTAGAGTGCGGTC  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTGTTTGTTTGTTTGTTTGTTTTGTATTTGTCTCAGTAGAGTGCGGTC  500

seq1  AGAGGTAACGAGTAAGGAGATGCTGACAGGTGAAATGATGTTGATAGATA  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGGTAACGAGTAAGGAGATGCTGACAGGTGAAATGATGTTGATAGATA  550

seq1  AAAAGAAGGAACTGACTTTGGCAGTCTAGACCATGTTAATGTCATTCTGC  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAGAAGGAACTGACTTTGGCAGTCTAGACCATGTTAATGTCATTCTGC  600

seq1  TCTTTCTGCGGCTCTTCTGAATGTTTTGATTTCTGTGCATTTTTAAAGTC  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTTCTGCGGCTCTTCTGAATGTTTTGATTTCTGTGCATTTTTAAAGTC  650

seq1  TCTCAGCAATGTCTTTGGTGATGACTGAATGCATTCTCCTGGGAGACCAA  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCAGCAATGTCTTTGGTGATGACTGAATGCATTCTCCTGGGAGACCAA  700

seq1  TTCAGAACGGGTGTCTCTGTGACGCTTATTCTCCTTTTCTTTATTTCCTT  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCAGAACGGGTGTCTCTGTGACGCTTATTCTCCTTTTCTTTATTTCCTT  750

seq1  TTCTTTTCCTGCCATGTTATGTTTCTCTGTTTCTACTTATATGTCACAGT  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTTTTCCTGCCATGTTATGTTTCTCTGTTTCTACTTATATGTCACAGT  800

seq1  TCATCAAAAACAGTCATGTATAACTGCTTTCTAATATCTAAACCATACAG  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATCAAAAACAGTCATGTATAACTGCTTTCTAATATCTAAACCATACAG  850

seq1  AACTGTGTATAAAGTCAGGAC-AGGCTATTTAT-GGTTATAAAGAATACA  897
      ||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||
seq2  AACTGTGTATAAAGTCAGGACAAGGCTATTTATGGGTTATAAAGAATACA  900

seq1  TAGGCAGGATCATACAGAAATAGAATAAGACTCT-AAAGGCTGGGGAACA  946
      |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
seq2  TAGGCAGGATCATACAGAAATAGAATAAGACTCTAAAAGGCTGGGGAACA  950

seq1  CTTGGAAGCAATG-AAGGTACAAAATGTATTTCAAGGAAACAGTATCCGA  995
      ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGGAAGCAATGAAAGGTACAAAATGTATTTCAAGGAAACAGTATCCGA  1000

seq1  AGATGCAAGTTGTCACTTCTTTGAGTTTTAATAAAC-ATTCTTAGCATCT  1044
      ||||||||||||||||||| |||||  ||||||||| |||||||||||||
seq2  AGATGCAAGTTGTCACTTC-TTGAG--TTAATAAACAATTCTTAGCATCT  1047

seq1  AGTAATTGGAACAAACA-CTAAAAATAAAATAAAATTAATAGAAATTCTG  1093
      ||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTAATTGGAACAAACACCTAAAATTAAAATAAAATTAATAGAAATTCTG  1097

seq1  G  1094
      |
seq2  G  1098


seq1: chr19_51443103_51444209
seq2: B6Ng01-349P19.g_67_1159 (reverse)

seq1  GGAGATGACTT--TGATGAATCCCTTCCTTTATAAAACCAAAAGGGCAAG  48
      |||||||||||  ||||| ||||      |||| ||| |||||||   ||
seq2  GGAGATGACTTGATGATGCATCC------TTAT-AAAGCAAAAGG--CAG  41

seq1  ATGTGTGGCTAAGAAGATCAGGCCTGATGCAAGAGTGGGGTCAAAGTATG  98
      |||||||||||||||||||||  ||||||||||||| ||||| |||||||
seq2  ATGTGTGGCTAAGAAGATCAG--CTGATGCAAGAGT-GGGTC-AAGTATG  87

seq1  TCCAAACCCTGGAAATCTTTTCCTGAGACTGATTGACATAAGGAAGATCA  148
      ||| |||||||  |||||||  ||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCC-AACCCTG--AATCTTT--CTGAGACTGATTGACATAAGGAAGATCA  132

seq1  CTTTCCCCTGCC-TTGGGCCTACATATCTGGATGCATACAGCTCTGTGCC  197
      |||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTT-CCCTGCCTTTGGGCCTACATATCTGGATGCATACAGCTCTGTGCC  181

seq1  CCTCCCACCACCCGATGGT-AAGGTATAGAGATAGCCACATGATGGTTGC  246
      ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCCCACCACCCGATGGTAAAGGTATAGAGATAGCCACATGATGGTTGC  231

seq1  AAGGCAATGTATGTTGGTAAAATTAAATAGTAGCTGGGGAATGTCTCAGC  296
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGCAATGTATGTTGGTAAAATTAAATAGTAGCTGGGGAATGTCTCAGC  281

seq1  AAATGTCTTAAGTTTTAAACTATAATGGAAGCCTCCAAGTCAATATCAAA  346
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATGTCTTAAGTTTTAAACTATAATGGAAGCCTCCAAGTCAATATCAAA  331

seq1  GCTCAC-GGAAAGTCCAGAGAAAGTCCCATTACAATCTATGATAACCACA  395
      |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTCACGGGAAAGTCCAGAGAAAGTCCCATTACAATCTATGATAACCACA  381

seq1  TATGAAGATTATATCTACATGGGCCAATATTTAATTGAACAAAAATGCCA  445
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGAAGATTATATCTACATGGGCCAATATTTAATTGAACAAAAATGCCA  431

seq1  CAAAACAAAAATTATTAAGGCAAAGTATATTTGAGAAGTTCATATTAATT  495
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAAACAAAAATTATTAAGGCAAAGTATATTTGAGAAGTTCATATTAATT  481

seq1  CTAACATTCAGATGTGATGAATAAGTCCATGTCTCCCAGATGTTAGAAAG  545
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAACATTCAGATGTGATGAATAAGTCCATGTCTCCCAGATGTTAGAAAG  531

seq1  AATATAGTATTATAAATTTCCCTTGGTATATGTAGAAAAATTTCAATTAC  595
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATATAGTATTATAAATTTCCCTTGGTATATGTAGAAAAATTTCAATTAC  581

seq1  TCTATAGAGGAACTTTGATATTAGAAAAGATCACTCCTTTATTTAGTAAC  645
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTATAGAGGAACTTTGATATTAGAAAAGATCACTCCTTTATTTAGTAAC  631

seq1  CTTACAGAAAAGAAAATGAGTAACTTTATTATTAATATATAATTAACACG  695
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTACAGAAAAGAAAATGAGTAACTTTATTATTAATATATAATTAACACG  681

seq1  TATTTTGATGAGTGTGTCTAAAGTCATTTAACATGGACGAATGCTCATAA  745
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTTTGATGAGTGTGTCTAAAGTCATTTAACATGGACGAATGCTCATAA  731

seq1  AAAGATGTCCATCAAATCCTTGCAGCATGATGATTTACGTAATGTTGGAT  795
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGATGTCCATCAAATCCTTGCAGCATGATGATTTACGTAATGTTGGAT  781

seq1  TGAACCCCTAACTTCTTGTCCTGTATAAAGCAACATTGAAATAGCCTTAG  845
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAACCCCTAACTTCTTGTCCTGTATAAAGCAACATTGAAATAGCCTTAG  831

seq1  ATAAATGTAGCATTTAGTTGGGAAGAAAAGACAGTGTGAAAGTAAATATA  895
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAAATGTAGCATTTAGTTGGGAAGAAAAGACAGTGTGAAAGTAAATATA  881

seq1  ATGTAGGAAATAACTGTATGTTTAACAGGAAAATATACAGTATCTGCTGA  945
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTAGGAAATAACTGTATGTTTAACAGGAAAATATACAGTATCTGCTGA  931

seq1  GTGTTATAGAACTCATAAAATAGTTAACAGTCACATAAATCTGAAAGGAG  995
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTTATAGAACTCATAAAATAGTTAACAGTCACATAAATCTGAAAGGAG  981

seq1  ACTTAGAAGGAGATACAGTGATAGTAAAGATAAGAGGATCATCGAACATA  1045
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTAGAAGGAGATACAGTGATAGTAAAGATAAGAGGATCATCGAACATA  1031

seq1  GGGCTAAGAGCAGGGATATAAGAAAAAGGCAACCAGTGGCGGTGTTTCAG  1095
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGCTAAGAGCAGGGATATAAGAAAAAGGCAACCAGTGGCGGTGTTTCAG  1081

seq1  GCAATGGAATTC  1107
      ||||||||||||
seq2  GCAATGGAATTC  1093


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |