BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-350K17
Chromosome19 (Build37)
Map Location 22,377,802 - 22,511,131
singlet/doubletdoublet
Overlap geneTrpm3
Upstream geneGda, LOC100041633, 1110059E24Rik, 5730446C15Rik, Tmem2, EG433229
Downstream geneEG433230, Klf9, Smc5, Mamdc2
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-350K17.bB6Ng01-350K17.g
ACCGA131272GA131273
length1,1021,087
definitionB6Ng01-350K17.b B6Ng01-350K17.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(22,510,030 - 22,511,131)(22,377,802 - 22,378,899)
sequence
gaattcaccatgattcctgagactggacagcacagccctttcatggctct
ggcttttgttctccctattgactctcgctcactccccttcccactttgtg
gtttcagtaggcagagctccatagtgagacaaagactgtccatactcatt
tggcatgcccaagagttatttaacagctcccttccaacatggtacatact
aaattaaaaaaataatgtttctacaatgttcataggcaggttcagctttt
tcctacacagacaaagttgtttacctctcattattatccacattttattc
ctacctgcattttctagatcaggaaagcaatgcttaaattaaaagttgaa
tgtatacacaagtttattctgcaagtttcagagccatggtttttatatac
tgtatgaggcttattagcatgtttaagtaaacttacatttagggcaatgg
aaacagtttcagatacctgatgagacctaccattctaaatatttagaata
gaaatagatgggttccaacacacaataatgcacttagggcaaaactgtat
ggctatcatggttaataaaactcaaaaatgtccatgtaatcatttaattg
tgattattatttaagcttacttaatttttacatgaggcattataatagat
aaaaggaaggataatgttcccaaggggtggaccttaagtgatagtaattt
tggtaaatagtagacagaaatgaaacccttacattaagtttctgggaaaa
taatgaaagaggaagcagaaagattgtaagagccacagatccaggacaca
tgcagccagaccctgtgttctaactattactaaaacgttgtacccataac
atctcaataacatgggttgcttaaacaagacctgaataatgacaacaaac
accagctgacatgtcactgtgaatgggggacattttgcaaggtcctatgc
cgagatgaagagctatagtaaatcattagctactgagagaaggaaaataa
gttttattcagggaaaagagtttaaaacaattgaaaatggtcagtctaaa
caatatacatgttatactaaattgatatatatacacatattatatatata
ta
gaattcatcacacagggctctgttgcatctctgctctcccctctgaaggt
tgtggctcctgcttgggcttatcttcgaaaaatacagctttcttagtcaa
gtaagctctgtcagctagggatgtagggaagaaaatgtgtgctaatagtc
tggaggctctgtgcagagatttcccctaaggaagggagatggactgtgca
aagtgagctttgcacatgaagggcagatcacagcaagatcctggctgctt
gcaacaaacagattgcaggagctttgaataaattacacgccctccctctg
tttgcttaatgtgaattactattgcttactagcaacaagttgattagaaa
actataaaaaaaaatggtaccctcagacagtctagtgacaccttacacag
ttgcagcggctcccagacctctcctccgtccatcacaggccaatggaagt
gcattagcatctgccacatcgtcagacgtactcaggaataggtgtttggc
ccttgatctggttggtcgtagatacctaggggtagatctctggtgtgact
gttacattagcagaaataggatttagagaaaagtcacagttagactgtgt
aattttttgccgtggcattattttccttttgcaaacatgtaaggcactgt
ctgaaattcatgaagcgaatgggttaatttgcacctgcagagtgattgtc
aagccagcctggtgagagttctcactgaatcttgatttggaaactccagc
tgggaaggtgggccaggggactcagcaggatcaagttctatgctggggag
agaaccgggggaatttggtgcttagcatcaacgaagaaagccctgcctgg
tgcccggagcacttgagatggcttggcccaagcagcttagtattattcga
tttggacttaacagccctgagatgaatggcctttcattcgacgttgttaa
acagggacagctggccttgcttcacttttgagttgcaagtaatggatgcc
gacgcagagcagtacaagacatttcttctgcacccgtctccagtgcagct
tccagctgagagcatacctgtctcactcctgagtata
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr19_22510030_22511131
seq2: B6Ng01-350K17.b_51_1152 (reverse)

seq1  TATATAATATATATTATGTGTATATATATCCATTTAGTATAACATGTATA  50
      ||||| ||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||
seq2  TATAT-ATATATAATATGTGTATATATATCAATTTAGTATAACATGTATA  49

seq1  TTGTTTAGAACTGACCATTTTCAATTG-TATAAACTCTTTTCCCTGAATA  99
      |||||||| |||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||
seq2  TTGTTTAG-ACTGACCATTTTCAATTGTTTTAAACTCTTTTCCCTGAATA  98

seq1  AAACTTATTTTCCTTCTCTCAGTAGCTAATGATTTACTATAGCTCTTCAT  149
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACTTATTTTCCTTCTCTCAGTAGCTAATGATTTACTATAGCTCTTCAT  148

seq1  CTCGGCATAGGACCTTGCAAAATGTCCCCCATTCACAGTGACATGTCAGC  199
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCGGCATAGGACCTTGCAAAATGTCCCCCATTCACAGTGACATGTCAGC  198

seq1  TGGTGTTTGTTGTCATTATTCAGGTCTTGTTTAAGCAA-CCATGTTATTG  248
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
seq2  TGGTGTTTGTTGTCATTATTCAGGTCTTGTTTAAGCAACCCATGTTATTG  248

seq1  AGATGTTATGGGTACAACGTTTTAGTAATAGTTAGAACACAGGGTCTGGC  298
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATGTTATGGGTACAACGTTTTAGTAATAGTTAGAACACAGGGTCTGGC  298

seq1  TGCATGTGTCCTGGATCTGTGGCTCTTACAATCTTTCTGCTTCCTCTTTC  348
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCATGTGTCCTGGATCTGTGGCTCTTACAATCTTTCTGCTTCCTCTTTC  348

seq1  ATTATTTTCCCAGAAACTTAATGTAAGGGTTTCATTTCTGTCTACTATTT  398
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTATTTTCCCAGAAACTTAATGTAAGGGTTTCATTTCTGTCTACTATTT  398

seq1  ACCAAAATTACTATCACTTAAGGTCCACCCCTTGGGAACATTATCCTTCC  448
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCAAAATTACTATCACTTAAGGTCCACCCCTTGGGAACATTATCCTTCC  448

seq1  TTTTATCTATTATAATGCCTCATGTAAAAATTAAGTAAGCTTAAATAATA  498
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTATCTATTATAATGCCTCATGTAAAAATTAAGTAAGCTTAAATAATA  498

seq1  ATCACAATTAAATGATTACATGGACATTTTTGAGTTTTATTAACCATGAT  548
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCACAATTAAATGATTACATGGACATTTTTGAGTTTTATTAACCATGAT  548

seq1  AGCCATACAGTTTTGCCCTAAGTGCATTATTGTGTGTTGGAACCCATCTA  598
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCATACAGTTTTGCCCTAAGTGCATTATTGTGTGTTGGAACCCATCTA  598

seq1  TTTCTATTCTAAATATTTAGAATGGTAGGTCTCATCAGGTATCTGAAACT  648
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCTATTCTAAATATTTAGAATGGTAGGTCTCATCAGGTATCTGAAACT  648

seq1  GTTTCCATTGCCCTAAATGTAAGTTTACTTAAACATGCTAATAAGCCTCA  698
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTCCATTGCCCTAAATGTAAGTTTACTTAAACATGCTAATAAGCCTCA  698

seq1  TACAGTATATAAAAACCATGGCTCTGAAACTTGCAGAATAAACTTGTGTA  748
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACAGTATATAAAAACCATGGCTCTGAAACTTGCAGAATAAACTTGTGTA  748

seq1  TACATTCAACTTTTAATTTAAGCATTGCTTTCCTGATCTAGAAAATGCAG  798
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACATTCAACTTTTAATTTAAGCATTGCTTTCCTGATCTAGAAAATGCAG  798

seq1  GTAGGAATAAAATGTGGATAATAATGAGAGGTAAACAACTTTGTCTGTGT  848
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAGGAATAAAATGTGGATAATAATGAGAGGTAAACAACTTTGTCTGTGT  848

seq1  AGGAAAAAGCTGAACCTGCCTATGAACATTGTAGAAACATTATTTTTTTA  898
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGAAAAAGCTGAACCTGCCTATGAACATTGTAGAAACATTATTTTTTTA  898

seq1  ATTTAGTATGTACCATGTTGGAAGGGAGCTGTTAAATAACTCTTGGGCAT  948
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTAGTATGTACCATGTTGGAAGGGAGCTGTTAAATAACTCTTGGGCAT  948

seq1  GCCAAATGAGTATGGACAGTCTTTGTCTCACTATGGAGCTCTGCCTACTG  998
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCAAATGAGTATGGACAGTCTTTGTCTCACTATGGAGCTCTGCCTACTG  998

seq1  AAACCACAAAGTGGGAAGGGGAGTGAGCGAGAGTCAATAGGGAGAACAAA  1048
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACCACAAAGTGGGAAGGGGAGTGAGCGAGAGTCAATAGGGAGAACAAA  1048

seq1  AGCCAGAGCCATGAAAGGGCTGTGCTGTCCAGTCTCAGGAATCATGGTGA  1098
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCAGAGCCATGAAAGGGCTGTGCTGTCCAGTCTCAGGAATCATGGTGA  1098

seq1  ATTC  1102
      ||||
seq2  ATTC  1102

seq1: chr19_22377802_22378899
seq2: B6Ng01-350K17.g_65_1151

seq1  GAATTCATCACACAGGGCTCTGTTGCATCTCTGCTCTCCCCTCTGAAGGT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCATCACACAGGGCTCTGTTGCATCTCTGCTCTCCCCTCTGAAGGT  50

seq1  TGTGGCTCCTGCTTGGGCTTATCTTCGAAAAATACAGCTTTCTTAGTCAA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGGCTCCTGCTTGGGCTTATCTTCGAAAAATACAGCTTTCTTAGTCAA  100

seq1  GTAAGCTCTGTCAGCTAGGGATGTAGGGAAGAAAATGTGTGCTAATAGTC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAAGCTCTGTCAGCTAGGGATGTAGGGAAGAAAATGTGTGCTAATAGTC  150

seq1  TGGAGGCTCTGTGCAGAGATTTCCCCTAAGGAAGGGAGATGGACTGTGCA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGAGGCTCTGTGCAGAGATTTCCCCTAAGGAAGGGAGATGGACTGTGCA  200

seq1  AAGTGAGCTTTGCACATGAAGGGCAGATCACAGCAAGATCCTGGCTGCTT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTGAGCTTTGCACATGAAGGGCAGATCACAGCAAGATCCTGGCTGCTT  250

seq1  GCAACAAACAGATTGCAGGAGCTTTGAATAAATTACACGCCCTCCCTCTG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAACAAACAGATTGCAGGAGCTTTGAATAAATTACACGCCCTCCCTCTG  300

seq1  TTTGCTTAATGTGAATTACTATTGCTTACTAGCAACAAGTTGATTAGAAA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGCTTAATGTGAATTACTATTGCTTACTAGCAACAAGTTGATTAGAAA  350

seq1  ACTATAAAAAAAAATGGTACCCTCAGACAGTCTAGTGACACCTTACACAG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTATAAAAAAAAATGGTACCCTCAGACAGTCTAGTGACACCTTACACAG  400

seq1  TTGCAGCGGCTCCCAGACCTCTCCTCCGTCCATCACAGGCCAATGGAAGT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGCAGCGGCTCCCAGACCTCTCCTCCGTCCATCACAGGCCAATGGAAGT  450

seq1  GCATTAGCATCTGCCACATCGTCAGACGTACTCAGGAATAGGTGTTTGGC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATTAGCATCTGCCACATCGTCAGACGTACTCAGGAATAGGTGTTTGGC  500

seq1  CCTTGATCTGGTTGGTCGTAGATACCTAGGGGTAGATCTCTGGTGTGACT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTGATCTGGTTGGTCGTAGATACCTAGGGGTAGATCTCTGGTGTGACT  550

seq1  GTTACATTAGCAGAAATAGGATTTAGAGAAAAGTCACAGTTAGACTGTGT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTACATTAGCAGAAATAGGATTTAGAGAAAAGTCACAGTTAGACTGTGT  600

seq1  AATTTTTTGCCGTGGCATTATTTTCCTTTTGCAAACATGTAAGGCACTGT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTTTTTGCCGTGGCATTATTTTCCTTTTGCAAACATGTAAGGCACTGT  650

seq1  CTGAAATTCATGAAGCGAATGGGTTAATTTGCACCTGCAGAGTGATTGTC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGAAATTCATGAAGCGAATGGGTTAATTTGCACCTGCAGAGTGATTGTC  700

seq1  AAGCCAGCCTGGTGAGAGTTCTCACTGAATCTTGATTTGGAAACTCCAGC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCCAGCCTGGTGAGAGTTCTCACTGAATCTTGATTTGGAAACTCCAGC  750

seq1  TGGGAAGGTGGGCCAGGGGACTCAGCAGGATCAAGTTCTATGCTGGGGAG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGAAGGTGGGCCAGGGGACTCAGCAGGATCAAGTTCTATGCTGGGGAG  800

seq1  AGAACCGGGGGAA-TTGGTGCTTAGCATCAACGAAGAAAGCCCTGCCTGG  849
      ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAACCGGGGGAATTTGGTGCTTAGCATCAACGAAGAAAGCCCTGCCTGG  850

seq1  TG-CCGGAGCACTTGAGATGGCTTGGCCCAAGCAGCTTAGGTATTATTCG  898
      || |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
seq2  TGCCCGGAGCACTTGAGATGGCTTGGCCCAAGCAGCTTA-GTATTATTCG  899

seq1  ATTTGGACTTAACAGCCCTGAGATGAAATGGCCTTTCATTCGACGTTGTT  948
      ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTGGACTTAACAGCCCTGAGATG-AATGGCCTTTCATTCGACGTTGTT  948

seq1  AAACAGGGACAAGCTGGGCCTTGCTTCACTTTTGAGTTTGCCAAGTAAAT  998
      |||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||   ||||| |||
seq2  AAACAGGGAC-AGCT-GGCCTTGCTTCACTTTTGAGTT--GCAAGT-AAT  993

seq1  GGATTGCCGACCGCAGAGCAGTACAAGACATTTCTTCTGCACCCGTCTCC  1048
      ||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
seq2  GGA-TGCCGA-CGCAGAGCAGTACAAGACATTTCTTCTGCACCCGTCT-C  1040

seq1  CAGTGGCAGCTTTTCAGCTGAGAGCAATACTGTCTTCACTCCCGAGTATA  1098
      |||| ||||| || ||||||||||||   ||||| ||||||| |||||||
seq2  CAGT-GCAGC-TTCCAGCTGAGAGCATACCTGTC-TCACTCCTGAGTATA  1087