BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-002C02
Chromosome2 (Build37)
Map Location 49,781,187 - 49,904,394
singlet/doubletdoublet
Overlap gene2310010M24Rik
Upstream geneOrc4l, LOC100041508, Mbd5, LOC100042719, LOC666709, LOC435666, Epc2, Kif5c
Downstream geneLypd6, 2010311D03Rik, LOC666781, LOC227885
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-002C02.bB6Ng01-002C02.g
ACCDH840249DH840250
length1,1771,137
definitionDH840249|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-002C02, 5' end.DH840250|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-002C02, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(49,781,187 - 49,782,390)(49,903,255 - 49,904,394)
sequence
gaattcacattcaactcaggacttcatctactttatttattcacttgggg
ctacctctactccctacacttttaggaatatcgaaacaatatgggccaat
gaatatataaaacagttgctttgcatttgtccatataatgtgataacgtg
atcatttcattatcttttgtggataactacttttcatggcaattgggctt
ccagccttacagtgtacaataattatcttttatatacactttagatgagt
tcctctaaacatgaaatgggtttggagtgggaactagacagaaatggatg
ttggagctgaaaactttagtgtctatgggtctgagataaggagagatctg
gtgccaagggtcagtatcagtgagctggcatggtattaccctcctgttct
aagagaaggtggtacttcctgttggtttctcatccttatgtgcataccaa
atgcttttatttcacacagctgtgactggctctcactgaactcagggtat
gcttccaaccaactttcaaaatgtagtgaggaggccagattgttagtttc
ccttacatccaccactaaatgatgcactctaaagccaaacaaagatgctg
ttttgcattaaccgcagtttggattttttttaacgcatatattaagacgt
aaggctatatggaggctagaggatgaggaaagacatttgcataatttgaa
acaagatctctcattggcctgaatctcactgagtgggctaggtgctgcct
ggctagtgagctccagggatccccctgtctgtgtctgctcagttctagca
ttataaaccttcattaccgtgcctggcagtttttatatggatactgggcg
tgaagctcaggactgccctcacatcctcttaagcaccagaccactagaaa
ggagctgccatgcttaaatgtacgacaggttaggaactggcaattgtcag
ccagttgcgcattcatttgtttgtattttgatagcatgtgtcctcatggc
tgggaaacagacatgagaatacactttgaggagtcttcttgtactgtgcc
ctctcagtcttatctgtcactctagctacaacttcatgttgttattccat
aatgctaatgtccgtgtttatgcatgcgcaagtgagaacatgccatgctt
ctaatcgaaaggtgatagggtgtgtgt
gaattcacttgaacaagaggagggcatgaactagatctcttgtctcattt
atgtaggtatgttagggtggggccttttaaagtaaagccacccctgcaga
tgtcttttctttctccctttaataccacttttcccctggacttccaaagg
aggacaaagttcagtttacaaaacctttggcacacccaacaaacttgagg
atcttgactgtactgggttagcctgatgctgcttgtattctaatgctaat
attgggcctccaagactggttacctcagagataagagagtccttaggtag
atgctagcaaagtgaccctgcccccaggttatttctgattggtaaataaa
gatgacaacagccaatagctgggcagaagagacataaatgagctttaggt
ttcttggccttgaaatctgggtagaatcatgaagagaaagaagaaagtgc
aaaagaaacagccatgggttaggtaaactataaaaaacgtggccttgagg
gctggccaaagttagaagcagtccagatgaaacatattaagtaataattc
gggtttattgataggaaaatagattcatagcatagagggtaggtttctgc
ccagttcttctattgtttaaggatttttgtaactataagggttctgagtg
tgctttatctgggaactaaatggtcaaggcagggtaaacactccaggatg
ggattaaccatttctacagcacgtgaccttccgatgactagaatccgtcc
atcactgactgactcagtccctgaacgttcttgggaggctgtaattctca
aaaggatgaaaagcatgaccttcttcaacacaaaatgcatatatgtcaga
ggtcttcttcagctcattagtaaggaaacaatttttttatattagcccaa
ggagtaatagcaacagttgtataatagcaacagtggtgtctgcaatttaa
ttataaaaaatacatcatgatagggattggtgggaatacaactggctcat
aaagcataaccatctactgtcaaccttatgacctatatttcctagtgtcc
accttcattacaggtgattttactttatgtcatctatgttgtctcctttt
aagtgtattcgagttctgctacatgtaatgtgtatgt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr2_49781187_49782390
seq2: B6Ng01-002C02.b_45_1221

seq1  GAATTCACATTCAACTCAGGACTTCATCTACTTTATTTATTCACTTGGGG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCACATTCAACTCAGGACTTCATCTACTTTATTTATTCACTTGGGG  50

seq1  CTACCTCTACTCCCTACACTTTTAGGAATATCGAAACAATATGGGCCAAT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTACCTCTACTCCCTACACTTTTAGGAATATCGAAACAATATGGGCCAAT  100

seq1  GAATATATAAAACAGTTGCTTTGCATTTGTCCATATAATGTGATAACGTG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATATATAAAACAGTTGCTTTGCATTTGTCCATATAATGTGATAACGTG  150

seq1  ATCATTTCATTATCTTTTGTGGATAACTACTTTTCATGGCAATTGGGCTT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCATTTCATTATCTTTTGTGGATAACTACTTTTCATGGCAATTGGGCTT  200

seq1  CCAGCCTTACAGTGTACAATAATTATCTTTTATATACACTTTAGATGAGT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGCCTTACAGTGTACAATAATTATCTTTTATATACACTTTAGATGAGT  250

seq1  TCCTCTAAACATGAAATGGGTTTGGAGTGGGAACTAGACAGAAATGGATG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTCTAAACATGAAATGGGTTTGGAGTGGGAACTAGACAGAAATGGATG  300

seq1  TTGGAGCTGAAAACTTTAGTGTCTATGGGTCTGAGATAAGGAGAGATCTG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGAGCTGAAAACTTTAGTGTCTATGGGTCTGAGATAAGGAGAGATCTG  350

seq1  GTGCCAAGGGTCAGTATCAGTGAGCTGGCATGGTATTACCCTCCTGTTCT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGCCAAGGGTCAGTATCAGTGAGCTGGCATGGTATTACCCTCCTGTTCT  400

seq1  AAGAGAAGGTGGTACTTCCTGTTGGTTTCTCATCCTTATGTGCATACCAA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAGAAGGTGGTACTTCCTGTTGGTTTCTCATCCTTATGTGCATACCAA  450

seq1  ATGCTTTTATTTCACACAGCTGTGACTGGCTCTCACTGAACTCAGGGTAT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCTTTTATTTCACACAGCTGTGACTGGCTCTCACTGAACTCAGGGTAT  500

seq1  GCTTCCAACCAACTTTCAAAATGTAGTGAGGAGGCCAGATTGTTAGTTTC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTCCAACCAACTTTCAAAATGTAGTGAGGAGGCCAGATTGTTAGTTTC  550

seq1  CCTTACATCCACCACTAAATGATGCACTCTAAAGCCAAACAAAGATGCTG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTACATCCACCACTAAATGATGCACTCTAAAGCCAAACAAAGATGCTG  600

seq1  TTTTGCATTAACCGCAGTTTGGATTTTTTTTAACGCATATATTAAGACGT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTGCATTAACCGCAGTTTGGATTTTTTTTAACGCATATATTAAGACGT  650

seq1  AAGGCTATATGGAGGCTAGAGGATGAGGAAAGACATTTGCATAATTTGAA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGCTATATGGAGGCTAGAGGATGAGGAAAGACATTTGCATAATTTGAA  700

seq1  ACAAGATCTCTCATTGGCCTGAATCTCACTGAGTGGGCTAGGTGCTGCCT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAAGATCTCTCATTGGCCTGAATCTCACTGAGTGGGCTAGGTGCTGCCT  750

seq1  GGCTAGTGAGCTCCAGGGATCCCCCTGTCTGTGTCTGCTCAGTTCTAGCA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTAGTGAGCTCCAGGGATCCCCCTGTCTGTGTCTGCTCAGTTCTAGCA  800

seq1  TTATAAACCTTCATTACCGTGCCTGGCAGTTTTTATATGGATACTGGGCG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATAAACCTTCATTACCGTGCCTGGCAGTTTTTATATGGATACTGGGCG  850

seq1  TGAAGCTCAGGGACTGCCCTCACATCCTCTTAAGCACCAGACCACTAG-A  899
      ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
seq2  TGAAGCTCA-GGACTGCCCTCACATCCTCTTAAGCACCAGACCACTAGAA  899

seq1  AGGAGCTGCCATGCTTAAATGTACGACAGGTTAGGAACTGGCAATTGTCA  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGAGCTGCCATGCTTAAATGTACGACAGGTTAGGAACTGGCAATTGTCA  949

seq1  GGCCAGTTGCGCCATTCATTTTGTTTGTATTTTTGAATAAGCCATGTGTC  999
       |||||||||| |||||| ||||||||||||||   |||   ||||||||
seq2  -GCCAGTTGCG-CATTCA-TTTGTTTGTATTTT--GATA--GCATGTGTC  992

seq1  CTCATGGCTGGGAAAACCAGACCAATGAGGAATACACTTTGAGGAGTCTT  1049
      |||||||||||||||  |||||  |||| |||||||||||||||||||||
seq2  CTCATGGCTGGGAAA--CAGAC--ATGA-GAATACACTTTGAGGAGTCTT  1037

seq1  CTTGTTACTTGTGCCCTCTCAGTCTTTAATCTGTCACTCTAGCTACAAAC  1099
      |||| ||| |||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||  
seq2  CTTG-TAC-TGTGCCCTCTCAGTCTT--ATCTGTCACTCTAGCTACAA--  1081

seq1  CTTCATGTCTGTTAATTTTCCATATATGCTTATTGCACGTATTTATGCAT  1149
      |||||||| |||||   ||||||| |||| || ||  ||| |||||||||
seq2  CTTCATGT-TGTTA---TTCCATA-ATGC-TAATGTCCGTGTTTATGCAT  1125

seq1  GCACAAGT-AGACACATGCAATGCTTCTAAAATCCGAGAGGTGATATGGT  1198
      || ||||| ||| |||||| ||||||||||    ||| |||||||| |||
seq2  GCGCAAGTGAGA-ACATGCCATGCTTCTAA---TCGAAAGGTGATAGGGT  1171

seq1  GTGTGT  1204
      ||||||
seq2  GTGTGT  1177

seq1: chr2_49903255_49904394
seq2: B6Ng01-002C02.g_67_1203 (reverse)

seq1  ACATACACA-TACATGTAGGCAAGACATCCATACACATAAAAGAAAACAA  49
      ||||||||| |||||||| |||  ||    |||||| |||||| | ||||
seq2  ACATACACATTACATGTA-GCAGAACTCGAATACACTTAAAAGGAGACAA  49

seq1  CATAAGATGAAAATAAAAGTAAAAACACCTGTAAATGATGTGTGGACACT  99
      ||| |||||| |   ||||||||| ||||||| ||||| | |||||||||
seq2  CAT-AGATGACA--TAAAGTAAAATCACCTGT-AATGAAG-GTGGACACT  94

seq1  AGGAAATATA-GTCATAA-GTTTACAGTAGATGGTTTATACTTTATGAGC  147
      |||||||||| ||||||| ||| ||||||||||| |||| ||||||||||
seq2  AGGAAATATAGGTCATAAGGTTGACAGTAGATGG-TTATGCTTTATGAGC  143

seq1  CAGTTGTATTCCCACCAA-CCCTATCCTGATGTA-TTTTTATTATTAAAT  195
      |||||||||||||||||| ||||||| ||||||| ||||||| |||||||
seq2  CAGTTGTATTCCCACCAATCCCTATCATGATGTATTTTTTATAATTAAAT  193

seq1  TGCAGACACCACTGTTGCTATTATACAACTGTTGCTATTACTCCTTGGGC  245
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCAGACACCACTGTTGCTATTATACAACTGTTGCTATTACTCCTTGGGC  243

seq1  TATATTAAAAAAATTGTTTCCTTACTAATGAGCTGAAGAAGACCTCTGAC  295
      ||   |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATATAAAAAAATTGTTTCCTTACTAATGAGCTGAAGAAGACCTCTGAC  293

seq1  ATATATGCATTTTGTGTTTGAAGAAGGTCATGCTTTTCATCCTTTTGAGA  345
      |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATATGCATTTTGTG-TTGAAGAAGGTCATGCTTTTCATCCTTTTGAGA  342

seq1  ATTACAGCCTCCCAAGAACGTTCAGGGACTGAGTCAGTCAGTGATGGACG  395
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTACAGCCTCCCAAGAACGTTCAGGGACTGAGTCAGTCAGTGATGGACG  392

seq1  GATTCTAGTCATCGGAAGGTCACGTGCTGTAGAAATGGTTAATCCCATCC  445
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATTCTAGTCATCGGAAGGTCACGTGCTGTAGAAATGGTTAATCCCATCC  442

seq1  TGGAGTGTTTACCCTGCCTTGACCATTTAGTTCCCAGATAAAGCACACTC  495
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGAGTGTTTACCCTGCCTTGACCATTTAGTTCCCAGATAAAGCACACTC  492

seq1  AGAACCCTTATAGTTACAAAAATCCTTAAACAATAGAAGAACTGGGCAGA  545
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAACCCTTATAGTTACAAAAATCCTTAAACAATAGAAGAACTGGGCAGA  542

seq1  AACCTACCCTCTATGCTATGAATCTATTTTCCTATCAATAAACCCGAATT  595
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACCTACCCTCTATGCTATGAATCTATTTTCCTATCAATAAACCCGAATT  592

seq1  ATTACTTAATATGTTTCATCTGGACTGCTTCTAACTTTGGCCAGCCCTCA  645
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTACTTAATATGTTTCATCTGGACTGCTTCTAACTTTGGCCAGCCCTCA  642

seq1  AGGCCACGTTTTTTATAGTTTACCTAACCCATGGCTGTTTCTTTTGCACT  695
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCCACGTTTTTTATAGTTTACCTAACCCATGGCTGTTTCTTTTGCACT  692

seq1  TTCTTCTTTCTCTTCATGATTCTACCCAGATTTCAAGGCCAAGAAACCTA  745
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTTCTTTCTCTTCATGATTCTACCCAGATTTCAAGGCCAAGAAACCTA  742

seq1  AAGCTCATTTATGTCTCTTCTGCCCAGCTATTGGCTGTTGTCATCTTTAT  795
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCTCATTTATGTCTCTTCTGCCCAGCTATTGGCTGTTGTCATCTTTAT  792

seq1  TTACCAATCAGAAATAACCTGGGGGCAGGGTCACTTTGCTAGCATCTACC  845
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTACCAATCAGAAATAACCTGGGGGCAGGGTCACTTTGCTAGCATCTACC  842

seq1  TAAGGACTCTCTTATCTCTGAGGTAACCAGTCTTGGAGGCCCAATATTAG  895
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGGACTCTCTTATCTCTGAGGTAACCAGTCTTGGAGGCCCAATATTAG  892

seq1  CATTAGAATACAAGCAGCATCAGGCTAACCCAGTACAGTCAAGATCCTCA  945
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTAGAATACAAGCAGCATCAGGCTAACCCAGTACAGTCAAGATCCTCA  942

seq1  AGTTTGTTGGGTGTGCCAAAGGTTTTGTAAACTGAACTTTGTCCTCCTTT  995
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTTGTTGGGTGTGCCAAAGGTTTTGTAAACTGAACTTTGTCCTCCTTT  992

seq1  GGAAGTCCAGGGGAAAAGTGGTATTAAAGGGAGAAAGAAAAGACATCTGC  1045
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAAGTCCAGGGGAAAAGTGGTATTAAAGGGAGAAAGAAAAGACATCTGC  1042

seq1  AGGGGTGGCTTTACTTTAAAAGGCCCCACCCTAACATACCTACATAAATG  1095
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGGTGGCTTTACTTTAAAAGGCCCCACCCTAACATACCTACATAAATG  1092

seq1  AGACAAGAGATCTAGTTCATGCCCTCCTCTTGTTCAAGTGAATTC  1140
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACAAGAGATCTAGTTCATGCCCTCCTCTTGTTCAAGTGAATTC  1137