BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-002C23
Chromosome2 (Build37)
Map Location 90,508,684 - 90,630,512
singlet/doubletdoublet
Overlap geneNup160, Fnbp4, Rpl30-ps3, Agbl2
Upstream geneOlfr1252, GA_x5J8B7W62NC-992588-991951, Olfr1253-ps1, Olfr1254, Olfr1255, Olfr1256, Olfr48, Olfr1257, Olfr1258, Olfr1259, Olfr1260, Olfr1261, Olfr1262, Olfr1263, Olfr1264, Olfr1265, Olfr140, Olfr1266-ps1, Olfr1267-ps1, Olfr1268-ps1, Olfr1269, Olfr32, LOC100043090, Olfr1270, LOC627525, LOC100043096, Olfr1506, Olfr142, Olfr1271, Olfr1272, Olfr1273, LOC100042690, LOC100043113, LOC668629, GA_x5J8B7W2BV0-3116-4045, Ptprj, 4933423P22Rik
Downstream geneMtch2, C1qtnf4, Ndufs3, Kbtbd4, Ptpmt1, Cugbp1, LOC279067, Rapsn, Psmc3, Slc39a13, Sfpi1, Mybpc3, Madd, Nr1h3, Acp2, Ddb2, Pacsin3, Zfp289, 1110051M20Rik, Lrp4, LOC619941, Ckap5, F2, Zfp408, Arhgap1, D2Ertd391e, LOC100043179, D230010M03Rik, D030051N19Rik
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-002C23.bB6Ng01-002C23.g
ACCDH840285DH840286
length1,1881,135
definitionDH840285|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-002C23, 5' end.DH840286|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-002C23, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(90,629,298 - 90,630,512)(90,508,684 - 90,509,819)
sequence
gaattcagaggccagacacatggaaacacacataagggtgcaggtttgta
gccccaggggtgggtcagaaataggaaacccctgaagctcagtgaactcc
aggttcaggaagaaagaccttgtctcaaaaaataagattgagggctcagc
ggttaagagcactgactgctcttccagaggtcctgagttcaattcccagc
aaccacatggtggctcacaaccatttatctgtaatgaggtctgatgccct
cttctggtgtgtctgaagacagctacagtgcactcagatacatgaaataa
ataaataaatctttaaaaaaaaaaaaaaaagattgagaggcatttcatac
aaccaccaaagacatacaccaattgacatcgggcctttaagtgtgtgcat
acacacctgaaaacatgtatgagcatacaccatgcaaacgcacacattga
aaacaaaacttattgtgcagcaatcaacaaactgaacttcagagtcctgc
tatactcatctgaagattggtacctctgtttacagcgtctatgtgagcat
gcccagttgaagataaacaggtaggccctaggaagaaagaagggagcacc
atttgcttatttgttttgtccactgtctcccatctctttgtccttttcat
ccccacaccaggcccctgaattttgatataggtctttacccagtaattac
tggctgagacaataaccattctaaaagatggcaaagtgaatttaaaagaa
agccggaggctggagggatggctcggggattaagactgcttgctgatctt
gtagtggtctgaggttcagattccagcaccagtcagacgggaagctcagt
ctcccatagctctagctctaggggatcccaagcctggtcttcagggcact
cgtgtgcatatgaccacacaacacacacacacacacagacacacacacac
acagacacacacacacacatacatacacacacacacacacacacacacac
atacacacacacacaccgcgcgcgtgcacactcacgccgacctgaccaca
cctctcatacccaccgaccgaaccccacggactctattacttactcccca
cataccacaacaccacatgcacctccaagttgatttattcagttatttct
gttgcgatgcgtatttgggacaggcagtgctgtatctc
gaattctgtgggttcaggccagcctggactacatagcaagggctatatcc
acaacagctggggctatgtaatgagacccctgtgttcaaacaaacaagca
aagaaacaaaaaaaaaattttaaatcctttttatcattaaaaaaatttaa
atactgctcaaaaaaaacaaaaaaaaatattgaatatcactgggtgtgta
gcttagtgtagaggccatccaaaacaaggaaaattcaagaaactctcact
gacttgaggaacctaaggatacgtatctgagcatctcgtgtaactgagta
gcatggatagaatcctggaacaaaaaagaccaattatgtttaaaaaaaaa
aaagtatacaagtgtgatggtttgtatattcttgggccagggagtggcac
catttggaggtgtggccttgttggaataggtgtgacctagttggagtagg
tgtgtcactgtgggtttgggcttaatattctcaccctaagtcagtcttcc
actagcagcctttggatgaagacgtagaactctcagctctgcctgcacca
tgcctgcctggatgctgtcatgctcccaccttgatgataatggactgaac
ctctgaacctgtaagccagccccaattaaatgttgtttttcataagactt
gccttggtcatggtgtctgttcacagcagtaaaaccctaactaatacaag
tgagatggctcaatgggtaaaaacacttgtgcaaacctgacaaaacgagt
caaatccccagaaaccaaagcacaagaagaaaactgagtcctggaagttg
ttttccaacctctccacacgtacactcacggtgagagcacacattcgcgt
gcatgggcacacacacacacacacacacacacacacatgaaagtcaggta
tgatggcgaatgtttgtaatcctagtgttccagagatgactcaaggctag
cctaggctatgcatagtgagacttggggtggggaaaaaagaagacaaagt
atactttgagaagtatactggataggtttattgttaactattcgtttgac
aattactagtgtaatctgtttatcacaggaaacctaaagctattacaaaa
caaccttctgttattttatcaaaacagtgcatctg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr2_90629298_90630512
seq2: B6Ng01-002C23.b_44_1231 (reverse)

seq1  GAGAT-CAGCACTGCCTGTCTCCCAAAAACTTCCCCCACTCCGCCCCAAC  49
      ||||| ||||||||||||  ||||||| ||           |  | ||||
seq2  GAGATACAGCACTGCCTG--TCCCAAATAC----------GCATCGCAAC  38

seq1  AGTATTTTATTTTTATTATTTTTAAATTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGT  99
      || |   ||  |  || |   | || |||   |||  |||| |||| |||
seq2  AGAA--ATAACTGAATAA--ATCAACTTGGAGGTGCATGTG-GTGT-TGT  82

seq1  -GTATGTGTGTGTGTGTATGTATGTGTGTGTCTGTGTGTGTCTGTATGTG  148
       |||||||   | | ||| |||     | ||| ||| |  || ||  |||
seq2  GGTATGTG---GGGAGTAAGTA--ATAGAGTCCGTGGGGTTCGGTCGGTG  127

seq1  TGTGTATGTGTGTGTGTGTCTGTGTCTGTGTGTGTGTGTGCACGCGCGCG  198
       || |  | | ||||| ||| | |||   | ||| |||||||||||||||
seq2  GGTATGAGAG-GTGTG-GTCAG-GTC--GGCGTGAGTGTGCACGCGCGCG  172

seq1  TGTGTGTGTGTGTGTATGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTATGTATG  248
       |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  -GTGTGTGTGTGTGTATGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTATGTATG  221

seq1  TGTGTGTGTGTGTCTGTGTGTGTGTGTGTCTGTGTGTGTGTGTGTGTTGT  298
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGTGTGTGTGTCTGTGTGTGTGTGTGTCTGTGTGTGTGTGTGTGTTGT  271

seq1  GTGGTCATATGCACACGAGTGCCCTGAAGACCAGGCTTGGGATCCCCTAG  348
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGTCATATGCACACGAGTGCCCTGAAGACCAGGCTTGGGATCCCCTAG  321

seq1  AGCTAGAGCTATGGGAGACTGAGCTTCCCGTCTGACTGGTGCTGGAATCT  398
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTAGAGCTATGGGAGACTGAGCTTCCCGTCTGACTGGTGCTGGAATCT  371

seq1  GAACCTCAGACCACTACAAGATCAGCAAGCAGTCTTAATCCCCGAGCCAT  448
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAACCTCAGACCACTACAAGATCAGCAAGCAGTCTTAATCCCCGAGCCAT  421

seq1  CCCTCCAGCCTCCGGCTTTCTTTTAAATTCACTTTGCCATCTTTTAGAAT  498
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTCCAGCCTCCGGCTTTCTTTTAAATTCACTTTGCCATCTTTTAGAAT  471

seq1  GGTTATTGTCTCAGCCAGTAATTACTGGGTAAAGACCTATATCAAAATTC  548
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTTATTGTCTCAGCCAGTAATTACTGGGTAAAGACCTATATCAAAATTC  521

seq1  AGGGGCCTGGTGTGGGGATGAAAAGGACAAAGAGATGGGAGACAGTGGAC  598
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGGCCTGGTGTGGGGATGAAAAGGACAAAGAGATGGGAGACAGTGGAC  571

seq1  AAAACAAATAAGCAAATGGTGCTCCCTTCTTTCTTCCTAGGGCCTACCTG  648
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAACAAATAAGCAAATGGTGCTCCCTTCTTTCTTCCTAGGGCCTACCTG  621

seq1  TTTATCTTCAACTGGGCATGCTCACATAGACGCTGTAAACAGAGGTACCA  698
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTATCTTCAACTGGGCATGCTCACATAGACGCTGTAAACAGAGGTACCA  671

seq1  ATCTTCAGATGAGTATAGCAGGACTCTGAAGTTCAGTTTGTTGATTGCTG  748
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTTCAGATGAGTATAGCAGGACTCTGAAGTTCAGTTTGTTGATTGCTG  721

seq1  CACAATAAGTTTTGTTTTCAATGTGTGCGTTTGCATGGTGTATGCTCATA  798
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACAATAAGTTTTGTTTTCAATGTGTGCGTTTGCATGGTGTATGCTCATA  771

seq1  CATGTTTTCAGGTGTGTATGCACACACTTAAAGGCCCGATGTCAATTGGT  848
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGTTTTCAGGTGTGTATGCACACACTTAAAGGCCCGATGTCAATTGGT  821

seq1  GTATGTCTTTGGTGGTTGTATGAAATGCCTCTCAATCTTTTTTTTTTTTT  898
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTATGTCTTTGGTGGTTGTATGAAATGCCTCTCAATCTTTTTTTTTTTTT  871

seq1  TTTAAAGATTTATTTATTTATTTCATGTATCTGAGTGCACTGTAGCTGTC  948
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTAAAGATTTATTTATTTATTTCATGTATCTGAGTGCACTGTAGCTGTC  921

seq1  TTCAGACACACCAGAAGAGGGCATCAGACCTCATTACAGATAAATGGTTG  998
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCAGACACACCAGAAGAGGGCATCAGACCTCATTACAGATAAATGGTTG  971

seq1  TGAGCCACCATGTGGTTGCTGGGAATTGAACTCAGGACCTCTGGAAGAGC  1048
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGCCACCATGTGGTTGCTGGGAATTGAACTCAGGACCTCTGGAAGAGC  1021

seq1  AGTCAGTGCTCTTAACCGCTGAGCCCTCAATCTTATTTTTTGAGACAAGG  1098
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTCAGTGCTCTTAACCGCTGAGCCCTCAATCTTATTTTTTGAGACAAGG  1071

seq1  TCTTTCTTCCTGAACCTGGAGTTCACTGAGCTTCAGGGGTTTCCTATTTC  1148
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTTCTTCCTGAACCTGGAGTTCACTGAGCTTCAGGGGTTTCCTATTTC  1121

seq1  TGACCCACCCCTGGGGCTACAAACCTGCACCCTTATGTGTGTTTCCATGT  1198
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACCCACCCCTGGGGCTACAAACCTGCACCCTTATGTGTGTTTCCATGT  1171

seq1  GTCTGGCCTCTGAATTC  1215
      |||||||||||||||||
seq2  GTCTGGCCTCTGAATTC  1188

seq1: chr2_90508684_90509819
seq2: B6Ng01-002C23.g_67_1201

seq1  GAATTCTGTGGGTTCAGGCCAGCCTGGACTACATAGCAAGGGCTATATCC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTGTGGGTTCAGGCCAGCCTGGACTACATAGCAAGGGCTATATCC  50

seq1  ACAACAGCTGGGGCTATGTAATGAGACCCCTGTGTTCAAACAAACAAGCA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAACAGCTGGGGCTATGTAATGAGACCCCTGTGTTCAAACAAACAAGCA  100

seq1  AAGAAACAAAAAAAAAATTTTAAATCCTTTTTATCATTAAAAAAATTTAA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAAACAAAAAAAAAATTTTAAATCCTTTTTATCATTAAAAAAATTTAA  150

seq1  ATACTGCTCAAAAAAAACAAAAAAAAATATTGAATATCACTGGGTGTGTA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATACTGCTCAAAAAAAACAAAAAAAAATATTGAATATCACTGGGTGTGTA  200

seq1  GCTTAGTGTAGAGGCCATCCAAAACAAGGAAAATTCAAGAAACTCTCACT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTAGTGTAGAGGCCATCCAAAACAAGGAAAATTCAAGAAACTCTCACT  250

seq1  GACTTGAGGAACCTAAGGATACGTATCTGAGCATCTCGTGTAACTGAGTA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACTTGAGGAACCTAAGGATACGTATCTGAGCATCTCGTGTAACTGAGTA  300

seq1  GCATGGATAGAATCCTGGAACAAAAAAGACCAATTATGTTTAAAAAAAAA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATGGATAGAATCCTGGAACAAAAAAGACCAATTATGTTTAAAAAAAAA  350

seq1  AAAGTATACAAGTGTGATGGTTTGTATATTCTTGGGCCAGGGAGTGGCAC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGTATACAAGTGTGATGGTTTGTATATTCTTGGGCCAGGGAGTGGCAC  400

seq1  CATTTGGAGGTGTGGCCTTGTTGGAATAGGTGTGACCTAGTTGGAGTAGG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTTGGAGGTGTGGCCTTGTTGGAATAGGTGTGACCTAGTTGGAGTAGG  450

seq1  TGTGTCACTGTGGGTTTGGGCTTAATATTCTCACCCTAAGTCAGTCTTCC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGTCACTGTGGGTTTGGGCTTAATATTCTCACCCTAAGTCAGTCTTCC  500

seq1  ACTAGCAGCCTTTGGATGAAGACGTAGAACTCTCAGCTCTGCCTGCACCA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTAGCAGCCTTTGGATGAAGACGTAGAACTCTCAGCTCTGCCTGCACCA  550

seq1  TGCCTGCCTGGATGCTGTCATGCTCCCACCTTGATGATAATGGACTGAAC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCCTGCCTGGATGCTGTCATGCTCCCACCTTGATGATAATGGACTGAAC  600

seq1  CTCTGAACCTGTAAGCCAGCCCCAATTAAATGTTGTTTTTCATAAGACTT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTGAACCTGTAAGCCAGCCCCAATTAAATGTTGTTTTTCATAAGACTT  650

seq1  GCCTTGGTCATGGTGTCTGTTCACAGCAGTAAAACCCTAACTAATACAAG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTTGGTCATGGTGTCTGTTCACAGCAGTAAAACCCTAACTAATACAAG  700

seq1  TGAGATGGCTCAATGGGTAAAAACACTTGTGCAAACCTGACAAAACGAGT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGATGGCTCAATGGGTAAAAACACTTGTGCAAACCTGACAAAACGAGT  750

seq1  CAAATCCCCAGAAACCAAAGCACAAGAAGAAAACTGAGTCCTGGAAGTTG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAATCCCCAGAAACCAAAGCACAAGAAGAAAACTGAGTCCTGGAAGTTG  800

seq1  TTTTCCAACCTCTCCACACGTACACTCACGGTGAGAGCACACATTCGCGT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTCCAACCTCTCCACACGTACACTCACGGTGAGAGCACACATTCGCGT  850

seq1  GCATGGGCACACACACACACACACACACACACACACATGAAAGTCAGGTA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATGGGCACACACACACACACACACACACACACACATGAAAGTCAGGTA  900

seq1  TGATGGCGAATGTTTGTAATCCTAGTGTTCCAGAGATGACTCAAGGCTAG  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATGGCGAATGTTTGTAATCCTAGTGTTCCAGAGATGACTCAAGGCTAG  950

seq1  CCTAGGCTATGCATAGTGAGACTTGGGGTGGGGAAAAAAGAAAGACAAAG  1000
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
seq2  CCTAGGCTATGCATAGTGAGACTTGGGGTGGGGAAAAAAG-AAGACAAAG  999

seq1  TATACTTTGAGGAAGTATACTGGATAGTTTTA-TGTTAACTATTCGTTTT  1049
      |||||||||| |||||||||||||||| |||| ||||||||||||| |||
seq2  TATACTTTGA-GAAGTATACTGGATAGGTTTATTGTTAACTATTCG-TTT  1047

seq1  GACAATTACTAGTGTAATCTGTTAATCACAGGAAA-CTAAAGGTTTATTT  1098
      ||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||| |    ||
seq2  GACAATTACTAGTGTAATCTGTTTATCACAGGAAACCTAAAGCT---ATT  1094

seq1  ACAAAACAAACCTCTG-TATTT--ACAAAACAGTGCATCTG  1136
      ||||||||| | |||| |||||   ||||||||||||||||
seq2  ACAAAACAACCTTCTGTTATTTTATCAAAACAGTGCATCTG  1135