BAC Information

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BAC

Clone NameB6Ng01-002L24
Chromosome2 (Build37)
Map Location 8,354,185 - 8,476,862
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneLOC100040648, LOC672230
Downstream geneLOC100040710
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-002L24.bB6Ng01-002L24.g
ACCDH840676DH840677
length3111,133
definitionDH840676|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-002L24, 5' end.DH840677|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-002L24, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(8,476,544 - 8,476,862)(8,354,185 - 8,355,330)
sequence
aaagcatatggatattaataaggtaaagcatgccacatttgaatgggaag
aaaatagaagaaacagaacaagccaatatttcctatttaggctttttttt
ttttgcagaagtcttctagggtagggagctagaatgtatggacccatgaa
caagcagggtttaagattaaacttagaaatacagaggtctttcaaaagct
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aatatatatgttgaatatgtatacaaacatgcatatacatgcatatatat
tcattctatttgtttctctaaagaacccttacacacacacacacacttta
tttatatttatatttatatttatatttatatttatatttatatttatatt
tatatttatatttatatttatatttatttatatttatatttatagtcata
tttatagtcgtatttatagtcatatttatagtcatattcatattcataca
tttatcactcttataaataaacatattaagatatatgtcaaggactatgg
gaggtgtaacttataaaacaatgaaatggtcagttagcatcttaactgcc
gttcacaaaagcctctacatcatgaattaatttttataagtggctgtttc
atttagtcaagatggtttaaaaaagacacaaactttttgtgctttcataa
catatgagcattgccaaaataaattccaatttc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr2_8476544_8476862
seq2: B6Ng01-002L24.b_47_363 (reverse)

seq1  TCTATTTCACACATTATACATGCATACATACATACATACATACATACATA  50
      ||||||||||||  || |||  |||||||   |   |       | ||||
seq2  TCTATTTCACACCATACACACACATACATCTCTCTCTCGCGCGCTCCATA  50

seq1  CATACATACATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATA  100
      |||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATACATAC--ATATATATATATATATATATATATATATATATATATATA  98

seq1  TATAAATTATGTTAGCTTTTGAAAGACCTCTGTATTTCTAAGTTTAATCT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATAAATTATGTTAGCTTTTGAAAGACCTCTGTATTTCTAAGTTTAATCT  148

seq1  TAAACCCTGCTTGTTCATGGGTCCATACATTCTAGCTCCCTACCCTAGAA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAACCCTGCTTGTTCATGGGTCCATACATTCTAGCTCCCTACCCTAGAA  198

seq1  GACTTCTGCAAAAAAAAAAAAGCCTAAATAGGAAATATTGGCTTGTTCTG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACTTCTGCAAAAAAAAAAAAGCCTAAATAGGAAATATTGGCTTGTTCTG  248

seq1  TTTCTTCTATTTTCTTCCCATTCAAATGTGGCATGCTTTACCTTATTAAT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCTTCTATTTTCTTCCCATTCAAATGTGGCATGCTTTACCTTATTAAT  298

seq1  ATCCATATGCTTTGAATTC  319
      |||||||||||||||||||
seq2  ATCCATATGCTTTGAATTC  317


seq1: chr2_8354185_8355330
seq2: B6Ng01-002L24.g_69_1201

seq1  GAATTCACCATCCAGTTACCTACCCACACATATTCCACTGATCATTCCTG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCACCATCCAGTTACCTACCCACACATATTCCACTGATCATTCCTG  50

seq1  TATAGAAAAGTTTATTGTGTAAATATACATAAATTTATATGTTGAGATGG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATAGAAAAGTTTATTGTGTAAATATACATAAATTTATATGTTGAGATGG  100

seq1  CTGTTCTTGGCTGTCTACTTAACAACAGTGGGAATTAACTAAACTCTGAA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTTCTTGGCTGTCTACTTAACAACAGTGGGAATTAACTAAACTCTGAA  150

seq1  TGGCTGGGTATACCTGTAGGACACTTTTTTTTTTTTTCCCGAGACAGGGT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGCTGGGTATACCTGTAGGACACTTTTTTTTTTTTTCCCGAGACAGGGT  200

seq1  TTCTCTGTGTGGCCCTGGCTGTCCTGGAACTCACTTTGTAGACCAGGCTG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTCTGTGTGGCCCTGGCTGTCCTGGAACTCACTTTGTAGACCAGGCTG  250

seq1  GCCTCAAACTCAGAGATCTGCCTGCCTCTGCCTCCCAAGTGCTGGGATTA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTCAAACTCAGAGATCTGCCTGCCTCTGCCTCCCAAGTGCTGGGATTA  300

seq1  AAGGCGTGGGCCACCACACCGGCATTGTAGGACACTTTTAAATGAACACA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGCGTGGGCCACCACACCGGCATTGTAGGACACTTTTAAATGAACACA  350

seq1  TTTGACATGAGAAAACCTGTGCTAAATACAGATTTTTGATGTGAGTAGAT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGACATGAGAAAACCTGTGCTAAATACAGATTTTTGATGTGAGTAGAT  400

seq1  CCACTTTAAATCTAGGCCACTTTCTGGTGGCAGCTTGCATAATGAAAATG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACTTTAAATCTAGGCCACTTTCTGGTGGCAGCTTGCATAATGAAAATG  450

seq1  AAATAGGGAAATGCTTGCTCTTTACCGGCTTGATCTCACTCTCATTGACA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATAGGGAAATGCTTGCTCTTTACCGGCTTGATCTCACTCTCATTGACA  500

seq1  AGTTCATTTTCTGCCTGGTATTAGAGCCTACTTTTTCAAGATTCTAGTGT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTCATTTTCTGCCTGGTATTAGAGCCTACTTTTTCAAGATTCTAGTGT  550

seq1  CTGCTGATCTGAAGTCCAGCTGAGACATCCAGCCTCATAGACTGAAGAAC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCTGATCTGAAGTCCAGCTGAGACATCCAGCCTCATAGACTGAAGAAC  600

seq1  TACTGAATTCTTAGACTTTCTATGTATCCATTGGATGAGACTAATTGTTC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACTGAATTCTTAGACTTTCTATGTATCCATTGGATGAGACTAATTGTTC  650

seq1  AATATATATGTTGAATATGTATACAAACATGCATATACATGCATATATAT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATATATATGTTGAATATGTATACAAACATGCATATACATGCATATATAT  700

seq1  TCATTCTATTTGTTTCTCTAAAGAACCCTTACACACACACACACACTTTA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  
seq2  TCATTCTATTTGTTTCTCTAAAGAACCCTTACACACACACACACACTT--  748

seq1  TTTATATTTATATTTATATTTATATTTATATTTATATTTATATTTATATT  800
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ----TATTTATATTTATATTTATATTTATATTTATATTTATATTTATATT  794

seq1  TATATTTATATTTATATTTATATTTATATTTATTTATATTTATATTTATA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATATTTATATTTATATTTATATTTATATTTATTTATATTTATATTTATA  844

seq1  GTCATATTTATAGTCGTATTTATAGTCATATTTATAGTCATATTCATATT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCATATTTATAGTCGTATTTATAGTCATATTTATAGTCATATTCATATT  894

seq1  CATACATTTATCACTCTTATAAATAAACATATTAAGATATATGTCAAGGA  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATACATTTATCACTCTTATAAATAAACATATTAAGATATATGTCAAGGA  944

seq1  CTAT-GGAGGTGTAACTTATAAAACAATGAAATGGTCAGTTAGCATCTTA  999
      |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATGGGAGGTGTAACTTATAAAACAATGAAATGGTCAGTTAGCATCTTA  994

seq1  ACTGCCGTTCACAAAAGCCTCTACATCATGAATTAATTTTTATAAGT-GC  1048
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
seq2  ACTGCCGTTCACAAAAGCCTCTACATCATGAATTAATTTTTATAAGTGGC  1044

seq1  TGTTTCATTTAGTCAAAGATGGTTTTAGATAGACACAAAC-TTTTGTGCT  1097
      |||||||||||||| |||||||||| | | |||||||||| |||||||||
seq2  TGTTTCATTTAGTC-AAGATGGTTTAAAAAAGACACAAACTTTTTGTGCT  1093

seq1  TTCATTAACATAGCA--ATTGCCAATATAAATCCATATTCCTGCCAATTT  1145
      |||| |||||||  |  |||||||| |||||          | |||||||
seq2  TTCA-TAACATATGAGCATTGCCAAAATAAA----------TTCCAATTT  1132

seq1  C  1146
      |
seq2  C  1133


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