BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-002N23
Chromosome2 (Build37)
Map Location 167,205,824 - 167,355,408
singlet/doubletdoublet
Overlap geneSlc9a8, Spata2, Zfp313
Upstream genePpia-ps2_2197.1, BC067047, Trp53rk, Arfgef2, LOC670802, Cse1l, Stau1, LOC383774, Ddx27, AI481105, 1500012F01Rik, LOC668950, Kcnb1, Ptgis, LOC668951, B4galt5
Downstream geneSnai1, Ube2v1, AI840826, Cebpb, LOC100043728, Ptpn1, 2310033K02Rik, Pard6b, Adnp, Dpm1, Mocs3, LOC100043908, Kcng1, LOC668952, Nfatc2
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-002N23.bB6Ng01-002N23.g
ACCDH840768DH840769
length1,121578
definitionDH840768|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-002N23, 5' end.DH840769|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-002N23, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(167,205,824 - 167,206,951)(167,354,831 - 167,355,408)
sequence
gaattctgtagatagacaaagatagccttgaaccttttgtctgtttgctt
gctgactggcttgtttgtttgtttgtttgtttgtttaggacatggattct
ctctataacccaggctgtcctggagtgtgttttgtagactagactgacct
ctaacacacttgatcttcctgcctctacctcctaagagctgagattacag
gcaggcaagcacttctactctggattgtgccttagtaggcatcaaaacag
ctctgttcttctttgtgcttaaggtggagcccagggctttccctcctgct
gggcaaggtctctgtaactgagctcagcccagctcccagccctttggttt
ctcttagctcaggtcagtatgaggacatgggccagcccaccgtgacccat
gagtcaaaaatgctggcatcaggtaaggcttcaagcagctcccacagtta
ctgtaagatctctgaggtagcttgaggagacaggaaacagaaagacagga
gtcttgagctttcagcagctggggcatgctcactggagcgtaaggcgagg
gaacaaactctctcccgtgggaagttgaacagtctgccaaagaagaaaat
ggccatgaccctttataagggcagaaatgattgtagcatgctcctgaatt
tccctcctgcagtccttccctcccagaagtgcctgccaaggtgaaacagg
atgtccccacagatactctgtcacttacaaagcccacagtggcagaatct
caatgaatctgttaatgtttaacgcagacaacagctttctccccagcctt
cagagagcacagctagaaagggctgccccactggaagccagcatgctctc
tgggcacaccaccatggtcaccgtaggtacacttccagtgtgctttgggt
tagcatcactacatgcccagttgaggaggtggtggcgcatgcccattaat
tcccagcattgagaggcagaggcagacagatctctgtgtttgatgccagc
atgtttgcagagtgagttctaggataggtcagggccacactagagaactc
tgttctcaaacaaacaaacaaacaaacaacggagtcctcacatgaagaat
agaaaaaaaaattttttgagg
gaattcatgacccctggaagagcagtcagtgctcctaacttctgagccat
ctcaccagccccctcccatgtcttaagttgtataatttacttctacagct
gtggaggttgaacccggagtctctgcatgctggggcaagagttctgcctc
cgagctacagcgtgagcccctggcttgtctttctgcctttctgttgttgt
gattaccatttgcaaatattcatgatgttatttgtttaccctcatttttc
aaagacttacttactgaaatcattttttatttctttcatgtctatggggg
ttttacctgcacatatgtatgtgtatcatgtacacacctgctgctatcag
agttcggaagcgggcagatgccctggaacgggagttctgagccaccatgt
gggtgctgggagttgaacctatggcctctacaagagcagctagtgctctt
aaccactgagcaagctctctaagcttcaaaagatttaattatgtatgtgg
gaggttgcatgtatgtgtgtgtgtgtctgtatgtgtgtctgtctgtgtgt
ctgtgtgtgcatgctcatgagtgtgttt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr2_167205824_167206951
seq2: B6Ng01-002N23.b_48_1168

seq1  GAATTCTGTAGATAGACAAAGATAGCCTTGAACCTTTTGTCTGTTTGCTT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTGTAGATAGACAAAGATAGCCTTGAACCTTTTGTCTGTTTGCTT  50

seq1  GCTGACTGGCTTGTTTGTTTGTTTGTTTGTTTGTTTAGGACATGGATTCT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGACTGGCTTGTTTGTTTGTTTGTTTGTTTGTTTAGGACATGGATTCT  100

seq1  CTCTATAACCCAGGCTGTCCTGGAGTGTGTTTTGTAGACTAGACTGACCT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTATAACCCAGGCTGTCCTGGAGTGTGTTTTGTAGACTAGACTGACCT  150

seq1  CTAACACACTTGATCTTCCTGCCTCTACCTCCTAAGAGCTGAGATTACAG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAACACACTTGATCTTCCTGCCTCTACCTCCTAAGAGCTGAGATTACAG  200

seq1  GCAGGCAAGCACTTCTACTCTGGATTGTGCCTTAGTAGGCATCAAAACAG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGGCAAGCACTTCTACTCTGGATTGTGCCTTAGTAGGCATCAAAACAG  250

seq1  CTCTGTTCTTCTTTGTGCTTAAGGTGGAGCCCAGGGCTTTCCCTCCTGCT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTGTTCTTCTTTGTGCTTAAGGTGGAGCCCAGGGCTTTCCCTCCTGCT  300

seq1  GGGCAAGGTCTCTGTAACTGAGCTCAGCCCAGCTCCCAGCCCTTTGGTTT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGCAAGGTCTCTGTAACTGAGCTCAGCCCAGCTCCCAGCCCTTTGGTTT  350

seq1  CTCTTAGCTCAGGTCAGTATGAGGACATGGGCCAGCCCACCGTGACCCAT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTTAGCTCAGGTCAGTATGAGGACATGGGCCAGCCCACCGTGACCCAT  400

seq1  GAGTCAAAAATGCTGGCATCAGGTAAGGCTTCAAGCAGCTCCCACAGTTA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGTCAAAAATGCTGGCATCAGGTAAGGCTTCAAGCAGCTCCCACAGTTA  450

seq1  CTGTAAGATCTCTGAGGTAGCTTGAGGAGACAGGAAACAGAAAGACAGGA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTAAGATCTCTGAGGTAGCTTGAGGAGACAGGAAACAGAAAGACAGGA  500

seq1  GTCTTGAGCTTTCAGCAGCTGGGGCATGCTCACTGGAGCGTAAGGCGAGG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTTGAGCTTTCAGCAGCTGGGGCATGCTCACTGGAGCGTAAGGCGAGG  550

seq1  GAACAAACTCTCTCCCGTGGGAAGTTGAACAGTCTGCCAAAGAAGAAAAT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAACAAACTCTCTCCCGTGGGAAGTTGAACAGTCTGCCAAAGAAGAAAAT  600

seq1  GGCCATGACCCTTTATAAGGGCAGAAATGATTGTAGCATGCTCCTGAATT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCCATGACCCTTTATAAGGGCAGAAATGATTGTAGCATGCTCCTGAATT  650

seq1  TCCCTCCTGCAGTCCTTCCCTCCCAGAAGTGCCTGCCAAGGTGAAACAGG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCTCCTGCAGTCCTTCCCTCCCAGAAGTGCCTGCCAAGGTGAAACAGG  700

seq1  ATGTCCCCACAGATACTCTGTCACTTACAAAGCCCACAGTGGCAGAATCT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTCCCCACAGATACTCTGTCACTTACAAAGCCCACAGTGGCAGAATCT  750

seq1  CAATGAAT-TGTTAATGTTTAACGCAGACAACAGC-TTCTCCCCAGCCTT  798
      |||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
seq2  CAATGAATCTGTTAATGTTTAACGCAGACAACAGCTTTCTCCCCAGCCTT  800

seq1  CAGAGAGCACAGCTAG-AAGGGCTGCCCCACTGGAAAGCCAGCATGCTCT  847
      |||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||
seq2  CAGAGAGCACAGCTAGAAAGGGCTGCCCCACTGG-AAGCCAGCATGCTCT  849

seq1  CTGGGCACACCACCATGGTCACCGTAGGTACACTTCCAGTGTGCTTTGGG  897
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGGCACACCACCATGGTCACCGTAGGTACACTTCCAGTGTGCTTTGGG  899

seq1  TTAGCATCACTACATGCCCAGTTGA-GAGGTGGTGGCGCATG-CCATTAA  945
      ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||
seq2  TTAGCATCACTACATGCCCAGTTGAGGAGGTGGTGGCGCATGCCCATTAA  949

seq1  -TCCCAGCAGTTGAGAGGCAGAGGCAGACAGATCTCTGTGTTTGAGGCCA  994
       |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
seq2  TTCCCAGCA-TTGAGAGGCAGAGGCAGACAGATCTCTGTGTTTGATGCCA  998

seq1  GCATGGTTTGCAGAGTGAGTTCCAGGATA-GTCAGGGCCACAC-AGAGAA  1042
      |||| ||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||| |||| |
seq2  GCAT-GTTTGCAGAGTGAGTTCTAGGATAGGTCAGGGCCACACTAGAG-A  1046

seq1  ACTCTG-TCTCAAAACAAAACAAAACAAAACAAAACAAAACGGAGGCCTC  1091
      |||||| |||||||   |||||||   ||||||   | ||||||| ||||
seq2  ACTCTGTTCTCAAA--CAAACAAA--CAAACAA---ACAACGGAGTCCTC  1089

seq1  AACCACTGAGGACATAGAAAAAAAAATTTTTTTGAGG  1128
      |  || ||| || ||||||||||||| ||||||||||
seq2  A--CA-TGAAGA-ATAGAAAAAAAAA-TTTTTTGAGG  1121

seq1: chr2_167354831_167355408
seq2: B6Ng01-002N23.g_68_645 (reverse)

seq1  AAACACACTCATGAGCATGCACACACAGACACACAGACAGACACACATAC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACACACTCATGAGCATGCACACACAGACACACAGACAGACACACATAC  50

seq1  AGACACACACACACATACATGCAACCTCCCACATACATAATTAAATCTTT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACACACACACACATACATGCAACCTCCCACATACATAATTAAATCTTT  100

seq1  TGAAGCTTAGAGAGCTTGCTCAGTGGTTAAGAGCACTAGCTGCTCTTGTA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAAGCTTAGAGAGCTTGCTCAGTGGTTAAGAGCACTAGCTGCTCTTGTA  150

seq1  GAGGCCATAGGTTCAACTCCCAGCACCCACATGGTGGCTCAGAACTCCCG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGCCATAGGTTCAACTCCCAGCACCCACATGGTGGCTCAGAACTCCCG  200

seq1  TTCCAGGGCATCTGCCCGCTTCCGAACTCTGATAGCAGCAGGTGTGTACA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCAGGGCATCTGCCCGCTTCCGAACTCTGATAGCAGCAGGTGTGTACA  250

seq1  TGATACACATACATATGTGCAGGTAAAACCCCCATAGACATGAAAGAAAT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATACACATACATATGTGCAGGTAAAACCCCCATAGACATGAAAGAAAT  300

seq1  AAAAAATGATTTCAGTAAGTAAGTCTTTGAAAAATGAGGGTAAACAAATA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAAATGATTTCAGTAAGTAAGTCTTTGAAAAATGAGGGTAAACAAATA  350

seq1  ACATCATGAATATTTGCAAATGGTAATCACAACAACAGAAAGGCAGAAAG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATCATGAATATTTGCAAATGGTAATCACAACAACAGAAAGGCAGAAAG  400

seq1  ACAAGCCAGGGGCTCACGCTGTAGCTCGGAGGCAGAACTCTTGCCCCAGC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAAGCCAGGGGCTCACGCTGTAGCTCGGAGGCAGAACTCTTGCCCCAGC  450

seq1  ATGCAGAGACTCCGGGTTCAACCTCCACAGCTGTAGAAGTAAATTATACA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCAGAGACTCCGGGTTCAACCTCCACAGCTGTAGAAGTAAATTATACA  500

seq1  ACTTAAGACATGGGAGGGGGCTGGTGAGATGGCTCAGAAGTTAGGAGCAC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTAAGACATGGGAGGGGGCTGGTGAGATGGCTCAGAAGTTAGGAGCAC  550

seq1  TGACTGCTCTTCCAGGGGTCATGAATTC  578
      ||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACTGCTCTTCCAGGGGTCATGAATTC  578