BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-003E18
Chromosome2 (Build37)
Map Location 8,079,146 - 8,232,315
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneLOC100040648, LOC672230
Downstream genenone
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-003E18.bB6Ng01-003E18.g
ACCDH841056DH841057
length1,1901,138
definitionDH841056|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-003E18, 5' end.DH841057|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-003E18, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(8,079,146 - 8,080,347)(8,231,153 - 8,232,315)
sequence
gaattctctgaatgaacactgattgggaagatttgtgtgtcccatttgaa
tggcttgcataaatgtttacatttaaagcaaaatataaataaaacaaaaa
gaaaataatccaaaataaaaaaatataagtcgaggctgagaagaaggtgg
tctgtgtatcccttggagctagcaggctacatagtctgcaaagtacagta
gcaaataagagacactgtttcaaactatgtcgattgtgaataccaacatc
caagctggtcttcttaacaccatacgtatcccatgcagattcatacctac
acttgcacatatgataaacacacacacatgcacatggacacacaaatata
caccaacacatacagagtttataaaaggatttttaaaaaggtaaccattt
atcttttaatatcaactaagctctctactaaatcaccattattcatagtc
aatagactaatgggcaaattggctgtgctggtaggcatgaacattattca
tagaatgcacaacattaattccaacctcatgtagttctcagtgcacaatc
tgacaacagtagagataaattctgctctgtagtgtatatcatgatgtaag
gatgtcaaccagatttcttgatattcattcattcattcattcattcatta
tcacagatgagagggttttcacctcattgtcaatagtgttctgttaggtc
actatgtaaaactcataatgacagcaattgtcatgtttctcacagcattg
attttgaaaaataaactcttttgataaaatgtaatatattctgattacca
tctttcctctaattcttccagagcttgctttctcctgcacccacccaaat
cgacattcattcttctttctttaatatttataattaatagatatttcttt
catttacatttcaaatgctatcccaaaagtccctataccctccccctgcc
ctgctccccacccacccactaccacttcctggccctggcattccctatac
taagaaattatataatctttgcagaccaagggcctcttcctcaaatgctg
ctgactagtcatctctgctatatatgcagctagaagacaaagcactaggg
atacttgttagtcaatttgtaattcctcctataggttgcagaacctcttc
agctcttgaatctttctctagccttcaattggggccctgt

gaattcagtgatgatgtataaggattgcctatgagaccacactcctaact
tcataaaagaaagggtttaatagctaaaaattaatagggcacaaagtagt
tatttctgaagtcaatgaaaaaaagctgtgaataaatagtgaaatgcata
ctttcaatattccacactacaaaaacagtagaagtttcaatgtcagtgct
atggtttatgggcttctcggccctggttgcctcctgaatctgaactcatg
catagatccatcaccgaggcatgctaaggtttatgtctcagtagctatac
ttcccaaggttgaatgtcaagcacatatgtatttttgatggattaagtca
tccaaaggtaaaacaagcaattcataaaagacatatatagttattgcatt
attgacaaatcaattcttccaagaaagagtttagatgaaaaagtgaacat
tgatttccaatgttcattgcaaatagataagaaagaatgaaaatgtgcac
agatgtcatacagagccagtgaggagagggtggatagatataataaagag
actgggaagcgctgaccttaaatcacatttgaagtctatgggacataaat
agcaaggctgtcctacatgccctgcaatagagagctataatgttgaattc
attattcaatgtgtcttcagttctcccagcaacattatctgtaattacaa
ttagaaagaatggctcacattatgaaaatccagtctctggcaaatgggcc
tcttgtatgatccaacctggtccattctgaggaaggatctgtgccagagc
aggaagggatggttcgctctccatcagtgctttgttctcttgtctgttat
gtaatggagaacgctgtgcctaattacaaattcatcaataaaactcaaga
atgagtatgaatataacattttttgttggatatactatcctaggtttgtg
agactttgattcttttaaaatacactcatatattctttggcttcagatta
ttcctgcccatctttttgtataggagtcaaatttttcacctccagctgtt
atcacagcagacattcttattcttagtgcttaagattaaaatagtcacgg
acatatatccacaaggcatagaccccaggaagttctta
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr2_8079146_8080347
seq2: B6Ng01-003E18.b_46_1235

seq1  GAATTCTCTGAATGAACACTGATTGGGAAGATTTGTGTGTCCCATTTGAA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTCTGAATGAACACTGATTGGGAAGATTTGTGTGTCCCATTTGAA  50

seq1  TGGCTTGCATAAATGTTTACATTTAAAGCAAAATATAAATAAAACAAAAA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGCTTGCATAAATGTTTACATTTAAAGCAAAATATAAATAAAACAAAAA  100

seq1  GAAAATAATCCAAAATAAAAAAATATAAGTCGAGGCTGAGAAGAAGGTGG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAATAATCCAAAATAAAAAAATATAAGTCGAGGCTGAGAAGAAGGTGG  150

seq1  TCTGTGTATCCCTTGGAGCTAGCAGGCTACATAGTCTGCAAAGTACAGTA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGTGTATCCCTTGGAGCTAGCAGGCTACATAGTCTGCAAAGTACAGTA  200

seq1  GCAAATAAGAGACACTGTTTCAAACTATGTCGATTGTGAATACCAACATC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAAATAAGAGACACTGTTTCAAACTATGTCGATTGTGAATACCAACATC  250

seq1  CAAGCTGGTCTTCTTAACACCATACGTATCCCATGCAGATTCATACCTAC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGCTGGTCTTCTTAACACCATACGTATCCCATGCAGATTCATACCTAC  300

seq1  ACTTGCACATATGATAAACACACACACATGCACATGGACACACAAATATA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTGCACATATGATAAACACACACACATGCACATGGACACACAAATATA  350

seq1  CACCAACACATACAGAGTTTATAAAAGGATTTTTAAAAAGGTAACCATTT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACCAACACATACAGAGTTTATAAAAGGATTTTTAAAAAGGTAACCATTT  400

seq1  ATCTTTTAATATCAACTAAGCTCTCTACTAAATCACCATTATTCATAGTC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTTTTAATATCAACTAAGCTCTCTACTAAATCACCATTATTCATAGTC  450

seq1  AATAGACTAATGGGCAAATTGGCTGTGCTGGTAGGCATGAACATTATTCA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATAGACTAATGGGCAAATTGGCTGTGCTGGTAGGCATGAACATTATTCA  500

seq1  TAGAATGCACAACATTAATTCCAACCTCATGTAGTTCTCAGTGCACAATC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGAATGCACAACATTAATTCCAACCTCATGTAGTTCTCAGTGCACAATC  550

seq1  TGACAACAGTAGAGATAAATTCTGCTCTGTAGTGTATATCATGATGTAAG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACAACAGTAGAGATAAATTCTGCTCTGTAGTGTATATCATGATGTAAG  600

seq1  GATGTCAACCAGATTTCTTGATATTCATTCATTCATTCATTCATTCATTA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGTCAACCAGATTTCTTGATATTCATTCATTCATTCATTCATTCATTA  650

seq1  TCACAGATGAGAGGGTTTTCACCTCATTGTCAATAGTGTTCTGTTAGGTC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACAGATGAGAGGGTTTTCACCTCATTGTCAATAGTGTTCTGTTAGGTC  700

seq1  ACTATGTAAAACTCATAATGACAGCAATTGTCATGTTTCTCACAGCATTG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTATGTAAAACTCATAATGACAGCAATTGTCATGTTTCTCACAGCATTG  750

seq1  ATTTTGAAAAATAAACTCTTTTGATAAAATGTAATATATTCTGATTACCA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTTGAAAAATAAACTCTTTTGATAAAATGTAATATATTCTGATTACCA  800

seq1  TCTTTCCTCTAATTCTTCCAGAGCTTGCTTTCTCCTGCACCCACCCAAAT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTTCCTCTAATTCTTCCAGAGCTTGCTTTCTCCTGCACCCACCCAAAT  850

seq1  CGACATTCATTCTTTCTTTCTTTAATATTTATAATTAATAGATATTTCCT  900
      |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
seq2  CGACATTCATTC-TTCTTTCTTTAATATTTATAATTAATAGATATTTCTT  899

seq1  TCATTTACATTTCAAATGCTATCCCAAAAGTCCCCTATACCCTCCCCCTG  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
seq2  TCATTTACATTTCAAATGCTATCCCAAAAGT-CCCTATACCCTCCCCCTG  948

seq1  CCCTGCTCCCCAACCCACCCACTACCACTTCCTGGCCCTGGCATTCCCCT  1000
      ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
seq2  CCCTGCTCCCC-ACCCACCCACTACCACTTCCTGGCCCTGGCATT-CCCT  996

seq1  ATACTAAGACA-TATATAATCTTTGCAAGACCAAGGGCCTCTCCTCCAAA  1049
      ||||||||| | |||||||||||||| ||||||||||||||| |  ||||
seq2  ATACTAAGAAATTATATAATCTTTGC-AGACCAAGGGCCTCTTCCTCAAA  1045

seq1  TGCTGGCTGACTAGGCCATCTTCTGCTATATATGCAGCTAG-AGACAAAA  1098
      |||| |||||||| | |||| |||||||||||||||||||| |||| |||
seq2  TGCT-GCTGACTA-GTCATC-TCTGCTATATATGCAGCTAGAAGAC-AAA  1091

seq1  GCACTAGGGATACTGGTTAGTTCATATTGTTATTCCTCCTATAAGGTTGC  1148
      |||||||||||||| ||||| |||  |||| ||||||||||| |||||||
seq2  GCACTAGGGATACTTGTTAG-TCAATTTGTAATTCCTCCTAT-AGGTTGC  1139

seq1  AG-ACCCCTTCAGCTCCTTGAGTACTTTCTCTAGCTCTTCCATTGGGGGC  1197
      || ||| |||||||| ||||| | ||||||||||| |||| ||| |||||
seq2  AGAACCTCTTCAGCT-CTTGAAT-CTTTCTCTAGC-CTTCAATT-GGGGC  1185

seq1  CCTGT  1202
      |||||
seq2  CCTGT  1190


seq1: chr2_8231153_8232315
seq2: B6Ng01-003E18.g_67_1204 (reverse)

seq1  TAAGAAACTTCCTGGGGTCTATGCCTTTGTTGGATTATATGGTCTGTTGA  50
      |||| ||||||||||||||||||||||   |||| ||||| ||| | |||
seq2  TAAG-AACTTCCTGGGGTCTATGCCTT--GTGGA-TATAT-GTCCG-TGA  44

seq1  CTTATTTTAATTCTATAAGCACTTTAAGGAATAAAGAATTGTCTGCTTGT  100
      | |||||||| ||| ||||||||   | |||| ||||| ||||||||   
seq2  C-TATTTTAA-TCT-TAAGCACT---AAGAAT-AAGAA-TGTCTGCT--G  84

seq1  TGATAACAGCTGGGAGTGGAAAAATTTTGACTCCTAATACAAAAAGATGG  150
      |||||||||||||  |||  |||| |||||||||| |||||||||||| |
seq2  TGATAACAGCTGGAGGTG--AAAAATTTGACTCCT-ATACAAAAAGAT-G  130

seq1  GGCAGGAATAAATCTGAAGCCAAAGAATTATATGAGTGTATTTTTAAAAG  200
      ||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||
seq2  GGCAGGAAT-AATCTGAAGCCAAAGAA-TATATGAGTGTA-TTTTAAAAG  177

seq1  AATCAAAGTCTTCACAAACCTAGGATAGTATTATCCAACAAAAAATGTTA  250
      |||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
seq2  AATCAAAGTC-TCACAAACCTAGGATAGTA-TATCCAACAAAAAATGTTA  225

seq1  TATTCATACTCATTCTTGAGTTTTATTGATGAATTTGTAATTAGGCACAG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTCATACTCATTCTTGAGTTTTATTGATGAATTTGTAATTAGGCACAG  275

seq1  CGTTCTCCATTACATAACAGACAAGAGAACAAAGCACTGATGGAGAGCGA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGTTCTCCATTACATAACAGACAAGAGAACAAAGCACTGATGGAGAGCGA  325

seq1  ACCATCCCTTCCTGCTCTGGCACAGATCCTTCCTCAGAATGGACCAGGTT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCATCCCTTCCTGCTCTGGCACAGATCCTTCCTCAGAATGGACCAGGTT  375

seq1  GGATCATACAAGAGGCCCATTTGCCAGAGACTGGATTTTCATAATGTGAG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGATCATACAAGAGGCCCATTTGCCAGAGACTGGATTTTCATAATGTGAG  425

seq1  CCATTCTTTCTAATTGTAATTACAGATAATGTTGCTGGGAGAACTGAAGA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATTCTTTCTAATTGTAATTACAGATAATGTTGCTGGGAGAACTGAAGA  475

seq1  CACATTGAATAATGAATTCAACATTATAGCTCTCTATTGCAGGGCATGTA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACATTGAATAATGAATTCAACATTATAGCTCTCTATTGCAGGGCATGTA  525

seq1  GGACAGCCTTGCTATTTATGTCCCATAGACTTCAAATGTGATTTAAGGTC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGACAGCCTTGCTATTTATGTCCCATAGACTTCAAATGTGATTTAAGGTC  575

seq1  AGCGCTTCCCAGTCTCTTTATTATATCTATCCACCCTCTCCTCACTGGCT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCGCTTCCCAGTCTCTTTATTATATCTATCCACCCTCTCCTCACTGGCT  625

seq1  CTGTATGACATCTGTGCACATTTTCATTCTTTCTTATCTATTTGCAATGA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTATGACATCTGTGCACATTTTCATTCTTTCTTATCTATTTGCAATGA  675

seq1  ACATTGGAAATCAATGTTCACTTTTTCATCTAAACTCTTTCTTGGAAGAA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATTGGAAATCAATGTTCACTTTTTCATCTAAACTCTTTCTTGGAAGAA  725

seq1  TTGATTTGTCAATAATGCAATAACTATATATGTCTTTTATGAATTGCTTG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGATTTGTCAATAATGCAATAACTATATATGTCTTTTATGAATTGCTTG  775

seq1  TTTTACCTTTGGATGACTTAATCCATCAAAAATACATATGTGCTTGACAT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTACCTTTGGATGACTTAATCCATCAAAAATACATATGTGCTTGACAT  825

seq1  TCAACCTTGGGAAGTATAGCTACTGAGACATAAACCTTAGCATGCCTCGG  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAACCTTGGGAAGTATAGCTACTGAGACATAAACCTTAGCATGCCTCGG  875

seq1  TGATGGATCTATGCATGAGTTCAGATTCAGGAGGCAACCAGGGCCGAGAA  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATGGATCTATGCATGAGTTCAGATTCAGGAGGCAACCAGGGCCGAGAA  925

seq1  GCCCATAAACCATAGCACTGACATTGAAACTTCTACTGTTTTTGTAGTGT  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCCATAAACCATAGCACTGACATTGAAACTTCTACTGTTTTTGTAGTGT  975

seq1  GGAATATTGAAAGTATGCATTTCACTATTTATTCACAGCTTTTTTTCATT  1050
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAATATTGAAAGTATGCATTTCACTATTTATTCACAGCTTTTTTTCATT  1025

seq1  GACTTCAGAAATAACTACTTTGTGCCCTATTAATTTTTAGCTATTAAACC  1100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACTTCAGAAATAACTACTTTGTGCCCTATTAATTTTTAGCTATTAAACC  1075

seq1  CTTTCTTTTATGAAGTTAGGAGTGTGGTCTCATAGGCAATCCTTATACAT  1150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTCTTTTATGAAGTTAGGAGTGTGGTCTCATAGGCAATCCTTATACAT  1125

seq1  CATCACTGAATTC  1163
      |||||||||||||
seq2  CATCACTGAATTC  1138


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |