BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-003H20
Chromosome2 (Build37)
Map Location 26,786,576 - 26,973,963
singlet/doubletdoublet
Overlap geneSurf4, Gm711, Rexo4, Adamts13, 5930434B04Rik, Slc2a6, LOC665315, 1110002H13Rik, Adamtsl2, C630035N08Rik
Upstream geneCamsap1, LOC100040100, LOC665199, Ubadc1, Btbd14a, C330006A16Rik, Lhx3, Qscn6l1, C030048H21Rik, 4932418E24Rik, Gpsm1, D2Bwg1335e, Card9, Snapc4, Sdccag3, Pmpca, Inpp5e, AU024582, Notch1, Egfl7, Agpat2, B230317C12Rik, 5730588L14Rik, LOC100039446, Lcn4, LOC669582, Abo, Surf6, Surf5-ps, Surf5, Rpl7a, Surf1, Surf2
Downstream geneDbh, Sardh, Vav2, D2Bwg1423e, Brd3, Wdr5, Rxra, Col5a1, Fcnb
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-003H20.bB6Ng01-003H20.g
ACCDH841185DH841186
length6911,110
definitionDH841185|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-003H20, 5' end.DH841186|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-003H20, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(26,973,274 - 26,973,963)(26,786,576 - 26,787,706)
sequence
gaattccagtcccagccttgcatcaaagcatttgcctgagcaagactctc
cctgacagtgcatgtccatgtctcttccacctgtactcaggccatctgat
cctcccaagtcaaagtgtaaaacacctcatctagactcgccccacctaga
cctggagagtcagaagcaaaacaccggtctgtccgttactctcatacacc
cctggaagaggattcctcagtctaaatcccggcaagtctttgggcaggtt
tagcagagatttagaaacatgcaccacagggcgtttccttgcatgtttct
gtaacagtaaaaggtggataattgtgtctgtagggtccagtggtgtgagc
ttgagttcttcagcctaaaggagtatgacctgggcgtgagcatgcagaga
aactccacagtggatccagagggctccctaagaccatcactgcagcatgg
ggctagaccccgctgcatgaagcaaaggaaggcgcaacatgtcttaacag
cagcttctttgaaaagagaagaggaaagtgttagtgtgtgcgcatggatg
tgtgtgcttaggacaagactgtggaaggggaaaagcagagctgagacagg
ttgttgcttccagggcagagcagaggatggaaggaaggaaggaaggaagg
aaggaaggaaggaaggaaggaaaggaaggaaggaaggaagg
gaattcacttggaagctactctgcaatctgtttagcttgaattaagtagc
agccacaggacataggcatgactttgagttcctggctctttcccacttgg
tttctgatggcttcgaaggtctacttcctgtatatcagcactttcttcag
agcctgggttcctgggagcaaaaggacctcatccttgactgcccaagggc
acggagcttgatgccaggtcagagatgtagctcactggaacctgccagca
ggatcccagcaggatatatccaacagcaccaacatggggggaatgctgga
tctgagtaacaagcccaggactgtgcagatcatgacaaacttctctgtag
ccctgggaagatggagccttgatggccagcctcacaggaaggtaggtgtc
cagttaacagctcagtgttctcatcagcatcagaaacacttttccaggtc
tcatatgagaagcccgactttccaggcaaatctgatttgcaaactcagtt
ctacttctgttttctaaagacatggatctgtgatactatctgacaacacc
ttagagtaacactccactttccaacacattagatcctttcacttagaacg
ttggactatcagcaccttcctcattgacaaatttgttttcaagggtgcag
atgaatatccaacacaaaagctcccaggactggtcacactgaggccactg
gaaggctccctgatgcctgacactggatcagaagagcaggagtcacatct
cagaagctcctgtggtatcctctgctacttccaggtggactctgaggcta
atcccttaagaaggaacctttattgggaattttggttttaagcagcaggc
catctacagtacgggcatcttttccactgatgtgtagctgaaatctaact
ccagacctgagatgctctggacacaagcagtagagacccaggtttcctcc
tgggtggtggacactggcagtcagagctcaagccagttactagtgggagt
gctactgtatttctcacaaaagctgtcagtcccaggattgctctttcatt
aaatcaaacaaagtacatgagacttcataaagatgaactcttcctcagtg
aaatcttcat
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr2_26973274_26973963
seq2: B6Ng01-003H20.b_43_733 (reverse)

seq1  CCTTCCTTCCTTCCTTCCTTTCCTTCCTTCCTTCCTTCCTTCCTTCCTTC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTCCTTCCTTCCTTCCTTTCCTTCCTTCCTTCCTTCCTTCCTTCCTTC  50

seq1  CTTCCTTCCTTCCATCCTCTGCTCTGCCCTGGAAGCAACAACCTGTCTCA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCCTTCCTTCCATCCTCTGCTCTGCCCTGGAAGCAACAACCTGTCTCA  100

seq1  GCTCTGCTTTTCCCCTTCCACAGTCTTGTCCTAAGCACACACATCCATGC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTCTGCTTTTCCCCTTCCACAGTCTTGTCCTAAGCACACACATCCATGC  150

seq1  GCACACACTAACACTTTCCTCTTCTCTTTTCAAAGAAGCTGCTGTTAAGA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCACACACTAACACTTTCCTCTTCTCTTTTCAAAGAAGCTGCTGTTAAGA  200

seq1  CATGTTGCGCCTTCCTTTGCTTCATGCAGCGGGGTCTAGCCCCATGCTGC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGTTGCGCCTTCCTTTGCTTCATGCAGCGGGGTCTAGCCCCATGCTGC  250

seq1  AGTGATGGTCTTAGGGAGCCCTCTGGATCCACTGTGGAGTTTCTCTGCAT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGATGGTCTTAGGGAGCCCTCTGGATCCACTGTGGAGTTTCTCTGCAT  300

seq1  GCTCACGCCCAGGTCATACTCCTTTAGGCTGAAGAACTCAAGCTCACACC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTCACGCCCAGGTCATACTCCTTTAGGCTGAAGAACTCAAGCTCACACC  350

seq1  ACTGGACCCTACAGACACAATTATCCACCTTTTACTGTTACAGAAACATG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGGACCCTACAGACACAATTATCCACCTTTTACTGTTACAGAAACATG  400

seq1  CAAGGAAACGCCCTGTGGTGCATGTTTCTAAATCTCTGCTAAACCTGCCC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGGAAACGCCCTGTGGTGCATGTTTCTAAATCTCTGCTAAACCTGCCC  450

seq1  AAAGACTTGCCGGGATTTAGACTGAGGAATCCTCTTCCAGGGGTGTATGA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGACTTGCCGGGATTTAGACTGAGGAATCCTCTTCCAGGGGTGTATGA  500

seq1  GAGTAACGGACAGACCGGTGTTTTGCTTCTGACTCTCCAGGTCTAGGTGG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGTAACGGACAGACCGGTGTTTTGCTTCTGACTCTCCAGGTCTAGGTGG  550

seq1  GGCGAGTCTAGATGAGGTGTTTTACACTTTGACTTGGGAGGATCAGATGG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCGAGTCTAGATGAGGTGTTTTACACTTTGACTTGGGAGGATCAGATGG  600

seq1  CCTGAGTACAGGTGGAAGAGACATGGACATGCACTGTCAGGGAGAGTCTT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGAGTACAGGTGGAAGAGACATGGACATGCACTGTCAGGGAGAGTCTT  650

seq1  GCTCAGGC-CATGCTTTGATGCAAGGCTGGGACTGGAATTC  690
      ||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTCAGGCAAATGCTTTGATGCAAGGCTGGGACTGGAATTC  691

seq1: chr2_26786576_26787706
seq2: B6Ng01-003H20.g_67_1176

seq1  GAATTCACTTGGAAGCTACTCTGCAATCTGTTTAGCTTGAATTAAGTAGC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCACTTGGAAGCTACTCTGCAATCTGTTTAGCTTGAATTAAGTAGC  50

seq1  AGCCACAGGACATAGGCATGACTTTGAGTTCCTGGCTCTTTCCCACTTGG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCACAGGACATAGGCATGACTTTGAGTTCCTGGCTCTTTCCCACTTGG  100

seq1  TTTCTGATGGCTTCGAAGGTCTACTTCCTGTATATCAGCACTTTCTTCAG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCTGATGGCTTCGAAGGTCTACTTCCTGTATATCAGCACTTTCTTCAG  150

seq1  AGCCTGGGTTCCTGGGAGCAAAAGGACCTCATCCTTGACTGCCCAAGGGC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCTGGGTTCCTGGGAGCAAAAGGACCTCATCCTTGACTGCCCAAGGGC  200

seq1  ACGGAGCTTGATGCCAGGTCAGAGATGTAGCTCACTGGAACCTGCCAGCA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACGGAGCTTGATGCCAGGTCAGAGATGTAGCTCACTGGAACCTGCCAGCA  250

seq1  GGATCCCAGCAGGATATATCCAACAGCACCAACATGGGGGGAATGCTGGA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGATCCCAGCAGGATATATCCAACAGCACCAACATGGGGGGAATGCTGGA  300

seq1  TCTGAGTAACAAGCCCAGGACTGTGCAGATCATGACAAACTTCTCTGTAG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGAGTAACAAGCCCAGGACTGTGCAGATCATGACAAACTTCTCTGTAG  350

seq1  CCCTGGGAAGATGGAGCCTTGATGGCCAGCCTCACAGGAAGGTAGGTGTC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTGGGAAGATGGAGCCTTGATGGCCAGCCTCACAGGAAGGTAGGTGTC  400

seq1  CAGTTAACAGCTCAGTGTTCTCATCAGCATCAGAAACACTTTTCCAGGTC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTTAACAGCTCAGTGTTCTCATCAGCATCAGAAACACTTTTCCAGGTC  450

seq1  TCATATGAGAAGCCCGACTTTCCAGGCAAATCTGATTTGCAAACTCAGTT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATATGAGAAGCCCGACTTTCCAGGCAAATCTGATTTGCAAACTCAGTT  500

seq1  CTACTTCTGTTTTCTAAAGACATGGATCTGTGATACTATCTGACAACACC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTACTTCTGTTTTCTAAAGACATGGATCTGTGATACTATCTGACAACACC  550

seq1  TTAGAGTAACACTCCACTTTCCAACACATTAGATCCTTTCACTTAGAACG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAGAGTAACACTCCACTTTCCAACACATTAGATCCTTTCACTTAGAACG  600

seq1  TTGGACTATCAGCACCTTCCTCATTGACAAATTTGTTTTCAAGGGTGCAG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGACTATCAGCACCTTCCTCATTGACAAATTTGTTTTCAAGGGTGCAG  650

seq1  ATGAATATCCAACACAAAAGCTCCCAGGACTGGTCACACTGAGGCCACTG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGAATATCCAACACAAAAGCTCCCAGGACTGGTCACACTGAGGCCACTG  700

seq1  GAAGGCTCCCTGATGCCTGACACTGGATCAGAAGAGCAGGAGTCACATCT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGGCTCCCTGATGCCTGACACTGGATCAGAAGAGCAGGAGTCACATCT  750

seq1  CAGAAGCTCCTGTGGTATCCTCTGCTAACTTCCAGGTGGACTCTGAGGCT  800
      |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAAGCTCCTGTGGTATCCTCTGCT-ACTTCCAGGTGGACTCTGAGGCT  799

seq1  AATCCCTTAAGAAGGAACCTTCATTGGGAATTTTGGTTTTAAGCAGCAGG  850
      ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATCCCTTAAGAAGGAACCTTTATTGGGAATTTTGGTTTTAAGCAGCAGG  849

seq1  CCATCTACAGTACGGGCATC-TTTCCACTGATGTGTAGCTGAAATCTAAC  899
      |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATCTACAGTACGGGCATCTTTTCCACTGATGTGTAGCTGAAATCTAAC  899

seq1  TCCAGACCTGAGATGCCCTGGACACCAAGCAGTAGGAGACCCAGGGTTTC  949
      |||||||||||||||| ||||||| ||||||||| |||||||| ||||||
seq2  TCCAGACCTGAGATGCTCTGGACA-CAAGCAGTA-GAGACCCA-GGTTTC  946

seq1  CTCCTGGGTGGTGGACACTGGCAAGTCCAGGAGCCCAAGCCAGTTACTTA  999
      |||||||||||||||||||||| ||||   |||| |||||||||||| ||
seq2  CTCCTGGGTGGTGGACACTGGC-AGTC--AGAGCTCAAGCCAGTTAC-TA  992

seq1  GTGGGAGTGGCTACTGTATTCCCCACAAAAGCCTGTCCAGTCCCAAGATT  1049
      |||||||| ||||||||||| | |||||||| |||| |||||||| ||||
seq2  GTGGGAGT-GCTACTGTATTTCTCACAAAAG-CTGT-CAGTCCCAGGATT  1039

seq1  TGGCTTCTTTCATTTAAATCAAAACAAAGTACATGGAGGACTTCATAAAA  1099
        || ||||||| ||||||| ||||||||||||||   |||||||| |||
seq2  --GC-TCTTTCA-TTAAATC-AAACAAAGTACATG--AGACTTCAT-AAA  1081

seq1  GATGAACTCTTTCTCCAGTTGAAATCTATCAT  1131
      ||||||||||| || ||| |||||||| ||||
seq2  GATGAACTCTTCCT-CAG-TGAAATCT-TCAT  1110