BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-008E10
Chromosome2 (Build37)
Map Location 69,281,285 - 69,442,360
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLrp2
Upstream geneStk39, LOC100039683, Gm1323, 4933409G03Rik, 4932414N04Rik, LOC667443, Lass6, Nostrin, Spc25, G6pc2, Abcb11, Dhrs9
Downstream geneBbs5, Kbtbd10, Fastkd1, Ppig, 4930578N16Rik, Phospho2, LOC433432, Klhl23, Ssb, Mettl5, 4930550G17Rik, Zfp650, Myo3b, LOC100040021, Sp5, 4933404M02Rik, LOC100040068, Gad1
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-008E10.bB6Ng01-008E10.g
ACCDH844583DH844584
length1,0501,119
definitionDH844583|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-008E10, 5' end.DH844584|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-008E10, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(69,281,285 - 69,282,343)(69,441,230 - 69,442,360)
sequence
gaattctttaaatcgtctctgatgggttggaaaaataactttatggtaga
ttgctaggttcagtccctagtattgccaagaacttattacagaacgacat
atgaattagacacagtaatatacatgataaaagatacctaaaatcgcagt
catttctcgtcttgatgagctaccttctgagcccatgccacagaacttat
tttgtgccttgcctaagtgggtaggtaataaacacatgggttttgacaaa
gacattgagctttttgacttctggtggttttaagcagtcattaccaccaa
aacctccattattgacactgtgtaccaaaatgacaacaccaggaggttaa
cccattaagtggcttagctaaaaggcaataggtggaaaacctaaaacaaa
caacaaaaaaagcaaagttctctaaataacaatggaaggaaaaatgttct
accttgacatgaatttttgtccaaagtactaggtttgaacccaggtcgac
aggagcagataaatcctccattgcttaactgggtgcagttctgttcacat
attttttcagcacatgttctattttctcctagatctggaaaacaaaatct
caacgtcataagtgaagggtaaaacaggtcagccacaagcacacagatac
ctcaccaactatgcggcaccttcaggcgatccttttccagaagcttgaaa
tgagaggggacctttgttctgtctgtaaaaggcctggatgttctctacac
aaatgtgcaatggtccttgaggccatttcccaccatatacagcactacca
ggctcaacctcagacacagtgtccaaaaccagagtcagaaattatgaaac
cagagattccacagctaacattgcatgttcttgctcaatcatctaatgca
ttaggtagatagatagttatgtatattttatacacacacaactctgtgtg
tgtgtgtgagagagaagacagacagacagacaactctgtgtgtgagaaag
acagacaggcagacagacgacgacgacaaactctggtgtggtgtgtgaga

gaattcatcccagtttgcagataaagagactgagtcacggggaagtagtc
tgggttttgtggccaggatgactcagcttggggaatagtactgggcttta
gatagtttcctgattcgagtgtgttggttctaacagtaggaagtcttggg
tgcactgattggaggacattcacctttctttgcaagggtcccctgtgaag
cacttgacattggagcccaacagccatgattgttcctggagtcttaaagt
ctcacagacttgcaatgtgtacaaaggcagccgcgggagctaaacatttt
cttctctaacttcctccatggtttatcaccaagtaaaacagttaccttaa
tcatctcagggtccaagggttggggctttactctttgctaagggatgatt
tttctggaaggatttctaagaaaacaccttggcaaaggggtaaaaaattg
actattcagtgaccaccaagctgggaggctcacaacctttggaccacaga
cacaggtcacctactttggctgtcatataggatttctggggaccagcaca
ttcttattaactgaagagacaaaaaaaaaaatcataaagtaggctagtgg
tgggcggagaagcacatcttagtaagatcatagacatttctgtgcatttt
atttaaaccgttaatagtgtggctattgatcaattcaacccagatgcatc
ctccttaaaaactgtgttttcttttcagtacagagtctcccactgtagcc
caggctggcttccagcttgataatgcttgtgtctcacccttccatggttt
acactataagtgtgtgccactatgctcctgctgaagttttgatcatttag
ttgttggggtcctgagtaccaaccctaaaccttgcatatatatatgctct
accattgagccatgccccagcctagacatgtaccatatttcatttcagga
agggaagagagagtgttaggtaagggtcccactactgaaccatgtcctca
gcatttttaaattaatttcttctggagacgagagcatcaagtgtcaggct
agctttaactcactctgcaactttcacaggctgaactggtgactcttcca
aaagctgaaatggcaagct
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr2_69281285_69282343
seq2: B6Ng01-008E10.b_49_1098

seq1  GAATTCTTTAAATCGTCTCTGATGGGTTGGAAAAATAACTTTATGGTAGA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTTTAAATCGTCTCTGATGGGTTGGAAAAATAACTTTATGGTAGA  50

seq1  TTGCTAGGTTCAGTCCCTAGTATTGCCAAGAACTTATTACAGAACGACAT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGCTAGGTTCAGTCCCTAGTATTGCCAAGAACTTATTACAGAACGACAT  100

seq1  ATGAATTAGACACAGTAATATACATGATAAAAGATACCTAAAATCGCAGT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGAATTAGACACAGTAATATACATGATAAAAGATACCTAAAATCGCAGT  150

seq1  CATTTCTCGTCTTGATGAGCTACCTTCTGAGCCCATGCCACAGAACTTAT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTTCTCGTCTTGATGAGCTACCTTCTGAGCCCATGCCACAGAACTTAT  200

seq1  TTTGTGCCTTGCCTAAGTGGGTAGGTAATAAACACATGGGTTTTGACAAA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGTGCCTTGCCTAAGTGGGTAGGTAATAAACACATGGGTTTTGACAAA  250

seq1  GACATTGAGCTTTTTGACTTCTGGTGGTTTTAAGCAGTCATTACCACCAA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACATTGAGCTTTTTGACTTCTGGTGGTTTTAAGCAGTCATTACCACCAA  300

seq1  AACCTCCATTATTGACACTGTGTACCAAAATGACAACACCAGGAGGTTAA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACCTCCATTATTGACACTGTGTACCAAAATGACAACACCAGGAGGTTAA  350

seq1  CCCATTAAGTGGCTTAGCTAAAAGGCAATAGGTGGAAAACCTAAAACAAA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCATTAAGTGGCTTAGCTAAAAGGCAATAGGTGGAAAACCTAAAACAAA  400

seq1  CAACAAAAAAAGCAAAGTTCTCTAAATAACAATGGAAGGAAAAATGTTCT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAACAAAAAAAGCAAAGTTCTCTAAATAACAATGGAAGGAAAAATGTTCT  450

seq1  ACCTTGACATGAATTTTTGTCCAAAGTACTAGGTTTGAACCCAGGTCGAC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTTGACATGAATTTTTGTCCAAAGTACTAGGTTTGAACCCAGGTCGAC  500

seq1  AGGAGCAGATAAATCCTCCATTGCTTAACTGGGTGCAGTTCTGTTCACAT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGAGCAGATAAATCCTCCATTGCTTAACTGGGTGCAGTTCTGTTCACAT  550

seq1  ATTTTTTCAGCACATGTTCTATTTTCTCCTAGATCTGGAAAACAAAATCT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTTTTCAGCACATGTTCTATTTTCTCCTAGATCTGGAAAACAAAATCT  600

seq1  CAACGTCATAAGTGAAGGGTAAAACAGGTCAGCCACAAGCACACAGATAC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAACGTCATAAGTGAAGGGTAAAACAGGTCAGCCACAAGCACACAGATAC  650

seq1  CTCACCAACTATGCGGCACCTTCAGGCGATCCTTTTCCAGAAGCTTGAAA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCACCAACTATGCGGCACCTTCAGGCGATCCTTTTCCAGAAGCTTGAAA  700

seq1  TGAGAGGGGACCTTTGTTCTGTCTGTAAAAGGCCTGGATGTTCTCTACAC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGAGGGGACCTTTGTTCTGTCTGTAAAAGGCCTGGATGTTCTCTACAC  750

seq1  AAATGTGCAATGGTCCTTGAGGCCATTTCCCACCATATACAGCACTACCA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATGTGCAATGGTCCTTGAGGCCATTTCCCACCATATACAGCACTACCA  800

seq1  GGCTCAACCTCAGACACAGTGTCCAAAACCAGAGTCAGAAATTATGAAAC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTCAACCTCAGACACAGTGTCCAAAACCAGAGTCAGAAATTATGAAAC  850

seq1  CAGAGATTCCACAGCTAACATTGCATGTTCTTGCTCAATCATCTAATGCA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 
seq2  CAGAGATTCCACAGCTAACATTGCATGTTCTTGCTCAATCATCTAATGC-  899

seq1  ATTAGGTAGATAGATAGTTATGTATATTTTATACACACACAAACTCTGTG  950
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
seq2  ATTAGGTAGATAGATAGTTATGTATATTTTATACACACAC-AACTCTGTG  948

seq1  TGTGTGTGTGAGAGAGACAGACAGACAGACAGACAAACTCTGTGTGTGAG  1000
      ||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||
seq2  TGTGTGTGTGAGAGAGA-AGACAGACAGACAGAC-AACTCTGTGTGTGAG  996

seq1  ACAGACAGACAGGCAGACAGACAGACAGACAGACAAACTCTGTGTGT-GT  1049
      | |||||||||||||||||||| ||| ||| ||||||||||| |||| ||
seq2  AAAGACAGACAGGCAGACAGAC-GAC-GAC-GACAAACTCTG-GTGTGGT  1042

seq1  GTGTGAGAGA  1059
      ||||||||  
seq2  GTGTGAGA--  1050

seq1: chr2_69441230_69442360
seq2: B6Ng01-008E10.g_67_1185 (reverse)

seq1  AGCTTGCCATCTCAGCTATTTGGAAGAGTCACAAGTTCAAGGCCTGTGAA  50
      |||||||||| |||||| |||||||||||||| ||||||  |||||||||
seq2  AGCTTGCCATTTCAGCT-TTTGGAAGAGTCACCAGTTCA--GCCTGTGAA  47

seq1  GGTTGCAGAGTGAGTTTAAAGCTAGCCTGGACAACTTGATGCTCTTCTGT  100
       ||||||||||||| ||||||||||||| ||| ||||||||||||  | |
seq2  AGTTGCAGAGTGAG-TTAAAGCTAGCCT-GAC-ACTTGATGCTCTCGTCT  94

seq1  CTCAGAGGAAATAAATTTAAAAATGGCTGAGGACATGGTTCAGTAGTGGG  150
      | |||| ||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
seq2  C-CAGAAGAAATTAATTTAAAAAT-GCTGAGGACATGGTTCAGTAGTGGG  142

seq1  ACCCTTACCTAGCACTCTCCTCTTTCCCTTCCCTGAAATGAAATATGGTA  200
      ||||||||||| |||||| ||| ||||||| |||||||||||||||||||
seq2  ACCCTTACCTAACACTCT-CTC-TTCCCTT-CCTGAAATGAAATATGGTA  189

seq1  CATGTCTAGGCTGGGGCATGGCTCAATGGTAGAGCATATATTATATGCAA  250
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
seq2  CATGTCTAGGCTGGGGCATGGCTCAATGGTAGAGCATATA-TATATGCAA  238

seq1  GGTTTAGGGTTGGTACTCAGGACCCCAACAACTAAATGATCAAAACTTCA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTTTAGGGTTGGTACTCAGGACCCCAACAACTAAATGATCAAAACTTCA  288

seq1  GCAGG-GCATAGTGGCACACACTTATAGTGTAAACCATTGGAAGGGTGAG  349
      ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
seq2  GCAGGAGCATAGTGGCACACACTTATAGTGTAAACCA-TGGAAGGGTGAG  337

seq1  ACACAAGCATTATCAAGCTGGAAGCCAGCCTGGGCTACAGTGGGAGACTC  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACAAGCATTATCAAGCTGGAAGCCAGCCTGGGCTACAGTGGGAGACTC  387

seq1  TGTACTGAAAAGAAAACACAGTTTTTAAGGAGGATGCATCTGGGTTGAAT  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTACTGAAAAGAAAACACAGTTTTTAAGGAGGATGCATCTGGGTTGAAT  437

seq1  TGATCAATAGCCACACTATTAACGGTTTAAATAAAATGCACAGAAATGTC  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATCAATAGCCACACTATTAACGGTTTAAATAAAATGCACAGAAATGTC  487

seq1  TATGATCTTACTAAGATGTGCTTCTCCGCCCACCACTAGCCTACTTTATG  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGATCTTACTAAGATGTGCTTCTCCGCCCACCACTAGCCTACTTTATG  537

seq1  ATTTTTTTTTTTGTCTCTTCAGTTAATAAGAATGTGCTGGTCCCCAGAAA  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTTTTTTTTTGTCTCTTCAGTTAATAAGAATGTGCTGGTCCCCAGAAA  587

seq1  TCCTATATGACAGCCAAAGTAGGTGACCTGTGTCTGTGGTCCAAAGGTTG  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTATATGACAGCCAAAGTAGGTGACCTGTGTCTGTGGTCCAAAGGTTG  637

seq1  TGAGCCTCCCAGCTTGGTGGTCACTGAATAGTCAATTTTTTACCCCTTTG  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGCCTCCCAGCTTGGTGGTCACTGAATAGTCAATTTTTTACCCCTTTG  687

seq1  CCAAGGTGTTTTCTTAGAAATCCTTCCAGAAAAATCATCCCTTAGCAAAG  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAAGGTGTTTTCTTAGAAATCCTTCCAGAAAAATCATCCCTTAGCAAAG  737

seq1  AGTAAAGCCCCAACCCTTGGACCCTGAGATGATTAAGGTAACTGTTTTAC  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTAAAGCCCCAACCCTTGGACCCTGAGATGATTAAGGTAACTGTTTTAC  787

seq1  TTGGTGATAAACCATGGAGGAAGTTAGAGAAGAAAATGTTTAGCTCCCGC  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGTGATAAACCATGGAGGAAGTTAGAGAAGAAAATGTTTAGCTCCCGC  837

seq1  GGCTGCCTTTGTACACATTGCAAGTCTGTGAGACTTTAAGACTCCAGGAA  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTGCCTTTGTACACATTGCAAGTCTGTGAGACTTTAAGACTCCAGGAA  887

seq1  CAATCATGGCTGTTGGGCTCCAATGTCAAGTGCTTCACAGGGGACCCTTG  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAATCATGGCTGTTGGGCTCCAATGTCAAGTGCTTCACAGGGGACCCTTG  937

seq1  CAAAGAAAGGTGAATGTCCTCCAATCAGTGCACCCAAGACTTCCTACTGT  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAAGAAAGGTGAATGTCCTCCAATCAGTGCACCCAAGACTTCCTACTGT  987

seq1  TAGAACCAACACACTCGAATCAGGAAACTATCTAAAGCCCAGTACTATTC  1049
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGAACCAACACACTCGAATCAGGAAACTATCTAAAGCCCAGTACTATTC  1037

seq1  CCCAAGCTGAGTCATCCTGGCCACAAAACCCAGACTACTTCCCCGTGACT  1099
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCAAGCTGAGTCATCCTGGCCACAAAACCCAGACTACTTCCCCGTGACT  1087

seq1  CAGTCTCTTTATCTGCAAACTGGGATGAATTC  1131
      ||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTCTCTTTATCTGCAAACTGGGATGAATTC  1119