BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-008G20
Chromosome2 (Build37)
Map Location 57,458,190 - 57,564,718
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneLOC227920, Nr4a2, LOC100041900, LOC100042910, Gpd2, LOC271788
Downstream geneGalnt5, A330104H05Rik, LOC667026, Pscdbp, LOC100042926, Acvr1c, LOC667062, Acvr1
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-008G20.bB6Ng01-008G20.g
ACCDH844688DH844689
length1,0831,148
definitionDH844688|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-008G20, 5' end.DH844689|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-008G20, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(57,563,637 - 57,564,718)(57,458,190 - 57,459,344)
sequence
gaattctgatatatgaaatattacttgattattttactattaaatttgtt
taaattattcaaaggtattataagtctttaaagtataagtttctcaagag
tttgagtttttccaaatttcaataaaatatacagctagttttataaacaa
cctattgtgtgtgtgtgtgtgtgtatatacctgtacatgtctttgtgtgt
gtgaatatctctgtgtgtgtgtctgtatgactgtgtgtatgtatgtgtgt
gcctatgtgtgtatgcatatgcatgtgtgtctgactctgtgtgtgcatgt
gtataattgttttataagacaggatctttccctgatctggagcctgctga
ttaggctaagcttgatagcagtcaagtctcagtaatacatttgtgcctgg
tgtgggagctaatctgggcattaaattcccccctcatttataggctgaac
ttcctttccagctatagtgacagttctgagaccttaccatgttgctatta
ctttacaaacatccaattcattttaatatgaaaagcagtcttggaaaact
gagttctcaggaggactgttaatattatcagtttttaatcttggaaagat
ctgaatttctttcaagcttggatatgagtctctaagcctacttttgtttc
agtacacaatattatataaaatatctaacaacacatgttggaaacataac
tactatgaagaccaacccttctagcttactatcaaatacattgttcttct
ctgagaaactatcatctgcatttatttgtatgatgcattattaagaactc
agcaacaaggtgaaaaaaaatagaaatgattccaagtcactgaaaatgtt
aagatgatattctcagtatacagggatcagtttgaggtgacctagggtat
gacttcaaagtacacaaaagctaaattaatctgactccagaagctgtatc
atctggagtcaaatagagtcagaatgttgtatcatctaaatattaaccat
tctgggatgatctatttaggtggatgtcaggacttgcctttataacctga
actggtcctgatcattttcgtagaggcatcctg
gaattcttttgcaaaaacgtttaattcttttcagaagtttccaaaaccat
tgaacaaagcaaaaatagagatagtacacatttaatggtattactcaaac
tatgcacagttcagaatgtagcattcacttaatagagattctccttggtg
gactattagattacaggtaccttgttagtgcagggaacatatgctttctc
tggacttataaggagagtccctactaacaaggctcatctcagaggacagg
agcattatctacctaaaccaggatccattgtggggcaggctgtgatgtgt
tcatagtagctcctgagacagatgtgtgagaatgtggcctacttagactg
taattatcttcagtgaatagaatcctcaacagatgacaagtctagatgca
agtcatttgctgttgctgtgaatttaatccatttaccgttgctgtaagtt
taatccatttacagttgttgtaagtttaatctattatagttgaattccag
tattttatgagatttttatctggtctgtaactcaggtatatagacagggc
tataatcaaagttacagagattcacctctctctatttaccaagagctgaa
attaaaggcatacaccacttaccctggtctacaatttcttgattgttgac
taatttgggaaggtctagtccactgtgggtagtgcagctcttgatgctgg
tcctggattctatagaaggtcaagatgaggaaaccatggagaaccaggga
gtcagcaacactccaaaatagtctctgcttcaattctctcttctaggtcc
ctcccttgacttccctcagtcacggactgtgatctttaatccaaatgaac
ccttttccttccaagtaatttttggtgatggtgtttatcacaaaatagaa
agcaagctaggatggacaagagtgtgatgccactgagctttttaatgtag
acacttagttcatgaggagcagttcaaatattctgcatcgccatcacttc
ccaggtgatgcctggtgagctgagagatagatttttactcctcttcaatt
ctgactcaaagtataggagtctctgctggcaaaaggggtgagccaggtgc
ctctgctttagatctgcctgaacttgcctacttgattatacaaaggcc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr2_57563637_57564718
seq2: B6Ng01-008G20.b_42_1124 (reverse)

seq1  CAGGATG-CTCTACGAAAATGATCAGGGACAGGTCAGGTTATAAAGGCAA  49
      ||||||| |||||||||||||||||||  ||| |||||||||||||||||
seq2  CAGGATGCCTCTACGAAAATGATCAGGACCAGTTCAGGTTATAAAGGCAA  50

seq1  GTTCTTGACAT-CACCTAAATAAGATCATTCCAG-ATGGTTAATATTTAG  97
      | || |||||| ||||||||| ||||||| |||| |||||||||||||||
seq2  G-TCCTGACATCCACCTAAAT-AGATCATCCCAGAATGGTTAATATTTAG  98

seq1  ATGATACAACATTCTTGACTCTATTTGACT-CAGATGATACAGCTTCTGG  146
      |||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||
seq2  ATGATACAACATTC-TGACTCTATTTGACTCCAGATGATACAGCTTCTGG  147

seq1  AGTCAGATTAATTTAGCTTTTGTGTACTTTGAAGTCATACCCTAGGTCAC  196
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTCAGATTAATTTAGCTTTTGTGTACTTTGAAGTCATACCCTAGGTCAC  197

seq1  CTCAAACTGATCCCTGTATACTGAGAATATCATCTTAACATTTTCAGTGA  246
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCAAACTGATCCCTGTATACTGAGAATATCATCTTAACATTTTCAGTGA  247

seq1  CTTGGAATCATTTCTATTTTTTTTCACCTTGTTGCTGAGTTCTTAATAAT  296
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGGAATCATTTCTATTTTTTTTCACCTTGTTGCTGAGTTCTTAATAAT  297

seq1  GCATCATACAAATAAATGCAGATGATAGTTTCTCAGAGAAGAACAATGTA  346
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATCATACAAATAAATGCAGATGATAGTTTCTCAGAGAAGAACAATGTA  347

seq1  TTTGATAGTAAGCTAGAAGGGTTGGTCTTCATAGTAGTTATGTTTCCAAC  396
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGATAGTAAGCTAGAAGGGTTGGTCTTCATAGTAGTTATGTTTCCAAC  397

seq1  ATGTGTTGTTAGATATTTTATATAATATTGTGTACTGAAACAAAAGTAGG  446
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTGTTGTTAGATATTTTATATAATATTGTGTACTGAAACAAAAGTAGG  447

seq1  CTTAGAGACTCATATCCAAGCTTGAAAGAAATTCAGATCTTTCCAAGATT  496
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTAGAGACTCATATCCAAGCTTGAAAGAAATTCAGATCTTTCCAAGATT  497

seq1  AAAAACTGATAATATTAACAGTCCTCCTGAGAACTCAGTTTTCCAAGACT  546
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAACTGATAATATTAACAGTCCTCCTGAGAACTCAGTTTTCCAAGACT  547

seq1  GCTTTTCATATTAAAATGAATTGGATGTTTGTAAAGTAATAGCAACATGG  596
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTTTCATATTAAAATGAATTGGATGTTTGTAAAGTAATAGCAACATGG  597

seq1  TAAGGTCTCAGAACTGTCACTATAGCTGGAAAGGAAGTTCAGCCTATAAA  646
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGGTCTCAGAACTGTCACTATAGCTGGAAAGGAAGTTCAGCCTATAAA  647

seq1  TGAGGGGGGAATTTAATGCCCAGATTAGCTCCCACACCAGGCACAAATGT  696
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGGGGGGAATTTAATGCCCAGATTAGCTCCCACACCAGGCACAAATGT  697

seq1  ATTACTGAGACTTGACTGCTATCAAGCTTAGCCTAATCAGCAGGCTCCAG  746
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTACTGAGACTTGACTGCTATCAAGCTTAGCCTAATCAGCAGGCTCCAG  747

seq1  ATCAGGGAAAGATCCTGTCTTATAAAACAATTATACACATGCACACACAG  796
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCAGGGAAAGATCCTGTCTTATAAAACAATTATACACATGCACACACAG  797

seq1  AGTCAGACACACATGCATATGCATACACACATAGGCACACACATACATAC  846
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTCAGACACACATGCATATGCATACACACATAGGCACACACATACATAC  847

seq1  ACACAGTCATACAGACACACACACAGAGATATTCACACACACAAAGACAT  896
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACAGTCATACAGACACACACACAGAGATATTCACACACACAAAGACAT  897

seq1  GTACAGGTATATACACACACACACACACACAATAGGTTGTTTATAAAACT  946
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTACAGGTATATACACACACACACACACACAATAGGTTGTTTATAAAACT  947

seq1  AGCTGTATATTTTATTGAAATTTGGAAAAACTCAAACTCTTGAGAAACTT  996
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTGTATATTTTATTGAAATTTGGAAAAACTCAAACTCTTGAGAAACTT  997

seq1  ATACTTTAAAGACTTATAATACCTTTGAATAATTTAAACAAATTTAATAG  1046
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATACTTTAAAGACTTATAATACCTTTGAATAATTTAAACAAATTTAATAG  1047

seq1  TAAAATAATCAAGTAATATTTCATATATCAGAATTC  1082
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAATAATCAAGTAATATTTCATATATCAGAATTC  1083

seq1: chr2_57458190_57459344
seq2: B6Ng01-008G20.g_67_1214

seq1  GAATTCTTTTGCAAAAACGTTTAATTCTTTTCAGAAGTTTCCAAAACCAT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTTTTGCAAAAACGTTTAATTCTTTTCAGAAGTTTCCAAAACCAT  50

seq1  TGAACAAAGCAAAAATAGAGATAGTACACATTTAATGGTATTACTCAAAC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAACAAAGCAAAAATAGAGATAGTACACATTTAATGGTATTACTCAAAC  100

seq1  TATGCACAGTTCAGAATGTAGCATTCACTTAATAGAGATTCTCCTTGGTG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGCACAGTTCAGAATGTAGCATTCACTTAATAGAGATTCTCCTTGGTG  150

seq1  GACTATTAGATTACAGGTACCTTGTTAGTGCAGGGAACATATGCTTTCTC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACTATTAGATTACAGGTACCTTGTTAGTGCAGGGAACATATGCTTTCTC  200

seq1  TGGACTTATAAGGAGAGTCCCTACTAACAAGGCTCATCTCAGAGGACAGG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGACTTATAAGGAGAGTCCCTACTAACAAGGCTCATCTCAGAGGACAGG  250

seq1  AGCATTATCTACCTAAACCAGGATCCATTGTGGGGCAGGCTGTGATGTGT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCATTATCTACCTAAACCAGGATCCATTGTGGGGCAGGCTGTGATGTGT  300

seq1  TCATAGTAGCTCCTGAGACAGATGTGTGAGAATGTGGCCTACTTAGACTG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATAGTAGCTCCTGAGACAGATGTGTGAGAATGTGGCCTACTTAGACTG  350

seq1  TAATTATCTTCAGTGAATAGAATCCTCAACAGATGACAAGTCTAGATGCA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATTATCTTCAGTGAATAGAATCCTCAACAGATGACAAGTCTAGATGCA  400

seq1  AGTCATTTGCTGTTGCTGTGAATTTAATCCATTTACCGTTGCTGTAAGTT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTCATTTGCTGTTGCTGTGAATTTAATCCATTTACCGTTGCTGTAAGTT  450

seq1  TAATCCATTTACAGTTGTTGTAAGTTTAATCTATTATAGTTGAATTCCAG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATCCATTTACAGTTGTTGTAAGTTTAATCTATTATAGTTGAATTCCAG  500

seq1  TATTTTATGAGATTTTTATCTGGTCTGTAACTCAGGTATATAGACAGGGC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTTTATGAGATTTTTATCTGGTCTGTAACTCAGGTATATAGACAGGGC  550

seq1  TATAATCAAAGTTACAGAGATTCACCTCTCTCTATTTACCAAGAGCTGAA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATAATCAAAGTTACAGAGATTCACCTCTCTCTATTTACCAAGAGCTGAA  600

seq1  ATTAAAGGCATACACCACTTACCCTGGTCTACAATTTCTTGATTGTTGAC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTAAAGGCATACACCACTTACCCTGGTCTACAATTTCTTGATTGTTGAC  650

seq1  TAATTTGGGAAGGTCTAGTCCACTGTGGGTAGTGCAGCTCTTGATGCTGG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATTTGGGAAGGTCTAGTCCACTGTGGGTAGTGCAGCTCTTGATGCTGG  700

seq1  TCCTGGATTCTATAGAAGGTCAAGATGAGGAAACCATGGAGAACCAGGGA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTGGATTCTATAGAAGGTCAAGATGAGGAAACCATGGAGAACCAGGGA  750

seq1  GTCAGCAACACTCCAAAATAGTCTCTGCTTCAATTCTCTCTTCTAGGTCC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCAGCAACACTCCAAAATAGTCTCTGCTTCAATTCTCTCTTCTAGGTCC  800

seq1  CTCCCTTGACTTCCCTCAGTCACGGACTGTGATCTTTAATCCAAATGAAC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCCTTGACTTCCCTCAGTCACGGACTGTGATCTTTAATCCAAATGAAC  850

seq1  CCTTTCCTTCCCAAGTAATTTTTGGTGATGGTGTTTATCACAAAAATAGA  900
      ||||| | | ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
seq2  CCTTTTCCTTCCAAGTAATTTTTGGTGATGGTGTTTATCAC-AAAATAGA  899

seq1  AAGCAAGCTAGGATGGACAAGAGTGTGATGCCAACTGAGCCTTTTTAAAT  950
      |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||  |||| |||
seq2  AAGCAAGCTAGGATGGACAAGAGTGTGATGCC-ACTGAGC--TTTTTAAT  946

seq1  GTAGACACTTAGTTCATGAGGAGCAAGTTCAAATATTCTGCATCGCCATC  1000
      |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| 
seq2  GTAGACACTTAGTTCATGAGGAGC-AGTTCAAATATTCTGCATCGCCAT-  994

seq1  CACTTCCCAGGTGATGCCTGGTGAGCTGAGA-ATAGATTTTTACTTCTCT  1049
      ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||
seq2  CACTTCCCAGGTGATGCCTGGTGAGCTGAGAGATAGATTTTTACTCCTCT  1044

seq1  TCAATCCTGACTCAAAGTATAGGAGTTCTCTGCTGGCAAAAGGTGTGAGC  1099
      ||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||
seq2  TCAATTCTGACTCAAAGTATAGGAG-TCTCTGCTGGCAAAAGGGGTGAGC  1093

seq1  CA-GTGGCTCTGCTTTCAGACCTGCCTGAACTTGCCTACTTGACTATACA  1148
      || ||| ||||||||| ||| |||||||||||||||||||||| ||||| 
seq2  CAGGTGCCTCTGCTTT-AGATCTGCCTGAACTTGCCTACTTGATTATAC-  1141

seq1  AAAGGCC  1155
      |||||||
seq2  AAAGGCC  1148