BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-010P13
Chromosome2 (Build37)
Map Location 179,607,281 - 179,737,660
singlet/doubletdoublet
Overlap geneCdh4, Taf4a
Upstream geneLOC665264, LOC100043168, LOC100039413
Downstream geneLsm14b, Psma7, Ss18l1, Gtpbp5, Hrh3, Osbpl2, LOC100039470, Adrm1, Lama5, Rps21, Cables2, BC066135, Gata5, EG622283, Slco4a1, Ntsr1, 1600027N09Rik, Ogfr, Col9a3, Tcfl5, Dido1, 2310003C23Rik, 1700019H03Rik, Bhlhb4, OTTMUSG00000016394, Ythdf1, Birc7, C030019F02Rik, LOC100039607, Arfgap1, Col20a1
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-010P13.bB6Ng01-010P13.g
ACCDH846486DH846487
length6051,168
definitionDH846486|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-010P13, 5' end.DH846487|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-010P13, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(179,607,281 - 179,607,885)(179,736,491 - 179,737,660)
sequence
gaattcattgcaactccactgctgatcctggggccagatccaggagcccc
tgccctgctctccatacctaacgggagctagggaagagggggccacagga
aagcagttgaccaataggggtgaccctgaacatagtacgcccactgtgcc
ccacaccttcttctgtctctatggagggatggatacacaggggtagagac
tgccaaactcaggtccacaagggctcagaggcgggtagtagactctaaag
catggctggcctgccccagccatgataagccaggcttcttctgggttcct
gcagtatttttctcaacgtgctggactagcttcctttccagggtcctgct
gtccagaagcaagcccagctcaccctctagtggcaggctgctgtacacac
acatgtacactacatacatgaacagagacctacaggtatgtacacacata
tgaatatatagatatacatgcacacaggtgtacatacattctaacaggca
ttcgtgtgcacacattcacatgcacgcacatgtgttcgtatataaacata
cattagagagatggatactgagtagatggaggtatgcatgggtgggtgga
gggat
gaattctctagagcagagtggcctatgggcttgtctgagaggcactggct
tgattattgatggaggagggactagcctactgtgggcagcaccattcctc
agtcagatggtcctgagctgaattagaaagcttgctatgagcctttgaga
aaactagcaagcagaattcctcctgctccgtgtttgaggttttgccttgg
ctttcctcaagtgtggcctgaaaatgtaaaccaaataacccctttccttc
ctaaggtgcttttgcccagagtgtttaatcacagcaccagaaaggaagta
agaacaatatgggaaggcaatttctggaaggattaactaaggaagaaacc
atctcccagagggtttctgttcctgcttctactattctgaagttagagcc
cagcttcttcagccttcccacgaagacaaagaccagctgtaggccttcag
caccagcctggaacctgagacactcagccttgtggactgagtagattctc
agcctctccagcatgcagatagccattgttagatgatgcaggccaaatgt
ggaaactatgtaaatcttctatgcgatgtccattctattgtcctgttctt
ctagagagccccaactaatacaagccctatcataccacctttatgctttt
atttttatatactgtagctctggctcattcctggatgcccttccactatg
tagtcatcatcatcattgtttattgagtatctattagtcatggctcccag
agatcagggctcaagccagatttacaagccaggagcttctctgtgagtgt
gttagccgaggaatgaagaaatggactgggaagatggcatcctgggtaaa
tgctgaactgcctaccagctggagaggcgggagagcctgggtgaatgagt
tgcccaccagctgaagagatggaacggtctgttcaaatcatacagcgaga
cttatcctatggagtccagactggctgcgccattccttggctccagctcc
cattggccaacacctcccatcgtaagtggagcctaagtcacacttctagt
ctttgtgttggatggtttgggaatccaagtagaaattggtgacagcaggg
ctgggagctacactgtgagtacacccatcgatccatttgcttcagttgct
tgtcgctgtcagcttgtc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr2_179607281_179607885
seq2: B6Ng01-010P13.b_44_648

seq1  GAATTCATTGCAACTCCACTGCTGATCCTGGGGCCAGATCCAGGAGCCCC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCATTGCAACTCCACTGCTGATCCTGGGGCCAGATCCAGGAGCCCC  50

seq1  TGCCCTGCTCTCCATACCTAACGGGAGCTAGGGAAGAGGGGGCCACAGGA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCCCTGCTCTCCATACCTAACGGGAGCTAGGGAAGAGGGGGCCACAGGA  100

seq1  AAGCAGTTGACCAATAGGGGTGACCCTGAACATAGTACGCCCACTGTGCC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCAGTTGACCAATAGGGGTGACCCTGAACATAGTACGCCCACTGTGCC  150

seq1  CCACACCTTCTTCTGTCTCTATGGAGGGATGGATACACAGGGGTAGAGAC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACACCTTCTTCTGTCTCTATGGAGGGATGGATACACAGGGGTAGAGAC  200

seq1  TGCCAAACTCAGGTCCACAAGGGCTCAGAGGCGGGTAGTAGACTCTAAAG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCCAAACTCAGGTCCACAAGGGCTCAGAGGCGGGTAGTAGACTCTAAAG  250

seq1  CATGGCTGGCCTGCCCCAGCCATGATAAGCCAGGCTTCTTCTGGGTTCCT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGGCTGGCCTGCCCCAGCCATGATAAGCCAGGCTTCTTCTGGGTTCCT  300

seq1  GCAGTATTTTTCTCAACGTGCTGGACTAGCTTCCTTTCCAGGGTCCTGCT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGTATTTTTCTCAACGTGCTGGACTAGCTTCCTTTCCAGGGTCCTGCT  350

seq1  GTCCAGAAGCAAGCCCAGCTCACCCTCTAGTGGCAGGCTGCTGTACACAC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCCAGAAGCAAGCCCAGCTCACCCTCTAGTGGCAGGCTGCTGTACACAC  400

seq1  ACATGTACACTACATACATGAACAGAGACCTACAGGTATGTACACACATA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATGTACACTACATACATGAACAGAGACCTACAGGTATGTACACACATA  450

seq1  TGAATATATAGATATACATGCACACAGGTGTACATACATTCTAACAGGCA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAATATATAGATATACATGCACACAGGTGTACATACATTCTAACAGGCA  500

seq1  TTCGTGTGCACACATTCACATGCACGCACATGTGTTCGTATATAAACATA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCGTGTGCACACATTCACATGCACGCACATGTGTTCGTATATAAACATA  550

seq1  CATTAGAGAGATGGATACTGAGTAGATGGAGGTATGCATGGGTGGGTGGA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTAGAGAGATGGATACTGAGTAGATGGAGGTATGCATGGGTGGGTGGA  600

seq1  GGGAT  605
      |||||
seq2  GGGAT  605

seq1: chr2_179736491_179737660
seq2: B6Ng01-010P13.g_68_1235 (reverse)

seq1  GACAAGCTGACAGCCGCACAGGCCAACTGAAAGCAGATGG-TCGATGGGT  49
      ||||||||||||||   ||| | |||||| ||||| |||| |||||||||
seq2  GACAAGCTGACAGC--GACAAG-CAACTG-AAGCAAATGGATCGATGGGT  46

seq1  GT-CACACAGCTGTAGCCTCCAGCCCTGCTGTCACCATTTCCTACCTTGA  98
      || | ||||| ||||||  |||||||||||||||||| || |||| | ||
seq2  GTACTCACAG-TGTAGCTCCCAGCCCTGCTGTCACCAATTTCTACTTGGA  95

seq1  TTCCCAAACCCATCCAACAC-AAGACTAG-AGTGTGACTTAGGCTCCACT  146
      |||||||| ||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||
seq2  TTCCCAAA-CCATCCAACACAAAGACTAGAAGTGTGACTTAGGCTCCACT  144

seq1  TACGATGGGAGGTGTTGGCCAATGGGAGCTGGGAGCCAAGGAATGGCGCA  196
      |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
seq2  TACGATGGGAGGTGTTGGCCAATGGGAGCT-GGAGCCAAGGAATGGCGCA  193

seq1  GCCAGTCTGGACT-CATAGGATAAGTCTCGCTGTATGATTTGAACAGACC  245
      ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCAGTCTGGACTCCATAGGATAAGTCTCGCTGTATGATTTGAACAGACC  243

seq1  GTTCCATCTCTTCAGCTGGTGGGCAACTCATTCACCCAGGCTCTCCCGCC  295
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTCCATCTCTTCAGCTGGTGGGCAACTCATTCACCCAGGCTCTCCCGCC  293

seq1  TCTCCAGCTGGTAGGCAGTTCAGCATTTACCCAGGATGCCATCTTCCCAG  345
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCCAGCTGGTAGGCAGTTCAGCATTTACCCAGGATGCCATCTTCCCAG  343

seq1  TCCATTTCTTCATTCCTCGGCTAACACACTCACAGAGAAGCTCCTGGCTT  395
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCATTTCTTCATTCCTCGGCTAACACACTCACAGAGAAGCTCCTGGCTT  393

seq1  GTAAATCTGGCTTGAGCCCTGATCTCTGGGAGCCATGACTAATAGATACT  445
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAAATCTGGCTTGAGCCCTGATCTCTGGGAGCCATGACTAATAGATACT  443

seq1  CAATAAACAATGATGATGATGACTACATAGTGGAAGGGCATCCAGGAATG  495
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAATAAACAATGATGATGATGACTACATAGTGGAAGGGCATCCAGGAATG  493

seq1  AGCCAGAGCTACAGTATATAAAAATAAAAGCATAAAGGTGGTATGATAGG  545
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCAGAGCTACAGTATATAAAAATAAAAGCATAAAGGTGGTATGATAGG  543

seq1  GCTTGTATTAGTTGGGGCTCTCTAGAAGAACAGGACAATAGAATGGACAT  595
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTGTATTAGTTGGGGCTCTCTAGAAGAACAGGACAATAGAATGGACAT  593

seq1  CGCATAGAAGATTTACATAGTTTCCACATTTGGCCTGCATCATCTAACAA  645
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGCATAGAAGATTTACATAGTTTCCACATTTGGCCTGCATCATCTAACAA  643

seq1  TGGCTATCTGCATGCTGGAGAGGCTGAGAATCTACTCAGTCCACAAGGCT  695
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGCTATCTGCATGCTGGAGAGGCTGAGAATCTACTCAGTCCACAAGGCT  693

seq1  GAGTGTCTCAGGTTCCAGGCTGGTGCTGAAGGCCTACAGCTGGTCTTTGT  745
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGTGTCTCAGGTTCCAGGCTGGTGCTGAAGGCCTACAGCTGGTCTTTGT  743

seq1  CTTCGTGGGAAGGCTGAAGAAGCTGGGCTCTAACTTCAGAATAGTAGAAG  795
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCGTGGGAAGGCTGAAGAAGCTGGGCTCTAACTTCAGAATAGTAGAAG  793

seq1  CAGGAACAGAAACCCTCTGGGAGATGGTTTCTTCCTTAGTTAATCCTTCC  845
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGAACAGAAACCCTCTGGGAGATGGTTTCTTCCTTAGTTAATCCTTCC  843

seq1  AGAAATTGCCTTCCCATATTGTTCTTACTTCCTTTCTGGTGCTGTGATTA  895
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAATTGCCTTCCCATATTGTTCTTACTTCCTTTCTGGTGCTGTGATTA  893

seq1  AACACTCTGGGCAAAAGCACCTTAGGAAGGAAAGGGGTTATTTGGTTTAC  945
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACACTCTGGGCAAAAGCACCTTAGGAAGGAAAGGGGTTATTTGGTTTAC  943

seq1  ATTTTCAGGCCACACTTGAGGAAAGCCAAGGCAAAACCTCAAACACGGAG  995
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTTCAGGCCACACTTGAGGAAAGCCAAGGCAAAACCTCAAACACGGAG  993

seq1  CAGGAGGAATTCTGCTTGCTAGTTTTCTCAAAGGCTCATAGCAAGCTTTC  1045
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGAGGAATTCTGCTTGCTAGTTTTCTCAAAGGCTCATAGCAAGCTTTC  1043

seq1  TAATTCAGCTCAGGACCATCTGACTGAGGAATGGTGCTGCCCACAGTAGG  1095
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATTCAGCTCAGGACCATCTGACTGAGGAATGGTGCTGCCCACAGTAGG  1093

seq1  CTAGTCCCTCCTCCATCAATAATCAAGCCAGTGCCTCTCAGACAAGCCCA  1145
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAGTCCCTCCTCCATCAATAATCAAGCCAGTGCCTCTCAGACAAGCCCA  1143

seq1  TAGGCCACTCTGCTCTAGAGAATTC  1170
      |||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGGCCACTCTGCTCTAGAGAATTC  1168