BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-016E16
Chromosome2 (Build37)
Map Location 104,372,274 - 104,491,314
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC383735, LOC668733, Cstf3
Upstream geneAbtb2, Nat10, Caprin1, LOC433458, LOC100042961, LOC100042965, Lmo2, Fbxo3, Cd59b, Cd59a, A930018P22Rik, D430041D05Rik, LOC100043349, Hipk3
Downstream geneTcp11l1, EG622282, OTTMUSG00000014964, Depdc7, Qser1, LOC100042995, 2310047K21Rik, LOC668744, Prrg4, Ccdc73, Ga17, 2210415I11Rik, LOC622356, Wt1, 0610012H03Rik, Rcn1, Pax6os1, LOC100043391
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-016E16.bB6Ng01-016E16.g
ACCDH850297DH850298
length1,1421,029
definitionDH850297|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-016E16, 5' end.DH850298|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-016E16, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(104,490,150 - 104,491,314)(104,372,274 - 104,373,292)
sequence
gaattcagtgaaattccattctagcagtaacagagatttgcagcagtagt
gcacacctctagtccctgcccttgggagatggaggtagatggatctctgt
gagtttgaggccagctttgtctacaaagtgagttccaggacagctaaggc
tgttacaaagagaaaccctgtcttgaaaaacaagaaataaacaataaagc
aaaacaaaacaaaaaaaaaagaacccaaaagactaactcttctgaaatta
aaaattataaactgaaaacaaaaagtatctctttgatagagcatatgctt
agcatatacatctatatatgactttgagttagatccctagcacttctcta
tctccatcaatgtgtctacgtttatatgttttcatatacatatattatat
aagaaaactgaaataaagcacctaccccaaataaacccaagccaaaacaa
taacaaaacaaaacaaacaaatgacaaaacccctgcacatatgtgcatga
cagaataaagcaggagtcagaccagagtgggccagggcagaggtgaggtt
catatcatacaaagtccaaacagatgataattcaacttccttttaaagag
aactcagagaagacaacagactccagtctttacaacctattattcatata
tttataaaatgtttaaagagaaaaaattatatgggtaacaaaacatgaaa
aagtgacagttaaaagtcaaaggaaactgatctcacaaaggcccactgtc
tgaaggaatgagccaaggaggacttcacagctattgaaagaatcctatgc
aagcatctaaagaagacacattacagaggcaggagagatgcctcagagat
taagacgagctgggttagattctcaacccccatacagcagccataactat
ctgtaactccaattccagagggttctttgggtctctttgagcaccaggca
tgtaaaggtacaaagacattccctcagccaaaacatccatacacatacat
ttaaacataataacatgcatacataaaattaaaatgtaaaacaaacaaac
acccaccacattatgaaccatgatctcaataagaattaaatttaacattt
ctgaattcatgactaaagatagaatatagatgaacatgctgg
gaattccaggctagccaggaacacacatggagaccttgtctccagaaata
atcattcattcattcattcattcattcattcatttctctaaactgtcagt
ctaaggctagagtatagatcattgccaagggcatatgtttgagccccaaa
accataaatgtagaacaaacaacacattagtctgattggcacagcctgtc
agaggtagagttaggactgatagttctttgcagcactgtcattcagctgg
ggtgtagctcggtgataaaatatgtgtttagcgtgcataagatcctaagt
tggtgtgggaagccaaggaagcattgagagaatgtgtaaaggacagacgg
attcgggaatgaatgggtcgtgtttgacacaggcatggccatgcctagaa
cccagtgcttcagactgtgggcatggcaagccttgagtcagtggggacgg
gagagatggcaaagccttcctctggtcagagtttgaatatccacagtgtg
tacaaacacaagtgtttatggacagttgactagggtatgcaaaaactacc
aactgccacttcctcatcctggatgtttacagcagaaactgtcaacctgc
agagacctcctactgagacaggccaaccctgtgctgttcacaaagccaac
aagctggggttgttgcagtagtgggtgtggcttcaaagggcctgcactga
tcacccaaccccagcttctctgttcttttttcattctcttagcagcccta
gtcatgttaagaccagtctgagccccagtaccataaacaaagaccaaaaa
atagtcagttatttcaaatttagagcctttgctctttagaggtatatctt
tttctgtgtcagtaacacaagtttataaaataacaatttccactatcttc
cttgctcctacactgcttttcttgctgccttttcagaaatacccactgtg
agcagcttagtgtgtgtcttatagtttcattctgtctaacatatatatat
acacacattatatattaatgttgtgtgtg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr2_104490150_104491314
seq2: B6Ng01-016E16.b_46_1187 (reverse)

seq1  CCAGCAAATTGTTCATCTTATATACTATACTTTTTAGTTCTATGAATTTC  50
      ||||||   |||||||| ||||| |||   | ||||||   |||||||  
seq2  CCAGCA---TGTTCATC-TATATTCTA---TCTTTAGT--CATGAATT--  39

seq1  CAGGAAATGTTTATAATTTTAATTTCTTTATTGAGATTCATGTGTCATAA  100
      || |||||||   ||| |||||||   ||||||||| |||||  ||||||
seq2  CA-GAAATGT---TAAATTTAATT--CTTATTGAGA-TCATGGTTCATAA  82

seq1  TGT-GTGTGTGTTTGTTTTGTTTTACATTTTAATTTTTAATTGTATGCAT  149
      ||| ||| ||||||| |||||||||||||||||||||    |||||||||
seq2  TGTGGTGGGTGTTTG-TTTGTTTTACATTTTAATTTT---ATGTATGCAT  128

seq1  GTTATGTATGTTTAAATGTATGTGTATGGATGTTTTGGCTGAGGGAATGT  199
      ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTAT-TATGTTTAAATGTATGTGTATGGATGTTTTGGCTGAGGGAATGT  177

seq1  CTTTGTACCATTTACATGCCTGGTGCTCAAAGAGACCCAAAGAACCCTCT  249
      ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTGTACC-TTTACATGCCTGGTGCTCAAAGAGACCCAAAGAACCCTCT  226

seq1  GGAATTGGAGTTACAGATAGTTATGGCTGCTGTATGGGGGTTGAGAATCT  299
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAATTGGAGTTACAGATAGTTATGGCTGCTGTATGGGGGTTGAGAATCT  276

seq1  AACCCAGCTCGTCTTAATCTCTGAGGCATCTCTCCTGCCTCTGTAATGTG  349
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACCCAGCTCGTCTTAATCTCTGAGGCATCTCTCCTGCCTCTGTAATGTG  326

seq1  TCTTCTTTAGATGCTTGCATAGGATTCTTTCAATAGCTGTGAAGTCCTCC  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTCTTTAGATGCTTGCATAGGATTCTTTCAATAGCTGTGAAGTCCTCC  376

seq1  TTGGCTCATTCCTTCAGACAGTGGGCCTTTGTGAGATCAGTTTCCTTTGA  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGCTCATTCCTTCAGACAGTGGGCCTTTGTGAGATCAGTTTCCTTTGA  426

seq1  CTTTTAACTGTCACTTTTTCATGTTTTGTTACCCATATAATTTTTTCTCT  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTTAACTGTCACTTTTTCATGTTTTGTTACCCATATAATTTTTTCTCT  476

seq1  TTAAACATTTTATAAATATATGAATAATAGGTTGTAAAGACTGGAGTCTG  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAAACATTTTATAAATATATGAATAATAGGTTGTAAAGACTGGAGTCTG  526

seq1  TTGTCTTCTCTGAGTTCTCTTTAAAAGGAAGTTGAATTATCATCTGTTTG  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTCTTCTCTGAGTTCTCTTTAAAAGGAAGTTGAATTATCATCTGTTTG  576

seq1  GACTTTGTATGATATGAACCTCACCTCTGCCCTGGCCCACTCTGGTCTGA  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACTTTGTATGATATGAACCTCACCTCTGCCCTGGCCCACTCTGGTCTGA  626

seq1  CTCCTGCTTTATTCTGTCATGCACATATGTGCAGGGGTTTTGTCATTTGT  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCTGCTTTATTCTGTCATGCACATATGTGCAGGGGTTTTGTCATTTGT  676

seq1  TTGTTTTGTTTTGTTATTGTTTTGGCTTGGGTTTATTTGGGGTAGGTGCT  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTTTTGTTTTGTTATTGTTTTGGCTTGGGTTTATTTGGGGTAGGTGCT  726

seq1  TTATTTCAGTTTTCTTATATAATATATGTATATGAAAACATATAAACGTA  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATTTCAGTTTTCTTATATAATATATGTATATGAAAACATATAAACGTA  776

seq1  GACACATTGATGGAGATAGAGAAGTGCTAGGGATCTAACTCAAAGTCATA  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACACATTGATGGAGATAGAGAAGTGCTAGGGATCTAACTCAAAGTCATA  826

seq1  TATAGATGTATATGCTAAGCATATGCTCTATCAAAGAGATACTTTTTGTT  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATAGATGTATATGCTAAGCATATGCTCTATCAAAGAGATACTTTTTGTT  876

seq1  TTCAGTTTATAATTTTTAATTTCAGAAGAGTTAGTCTTTTGGGTTCTTTT  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCAGTTTATAATTTTTAATTTCAGAAGAGTTAGTCTTTTGGGTTCTTTT  926

seq1  TTTTTTGTTTTGTTTTGCTTTATTGTTTATTTCTTGTTTTTCAAGACAGG  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTTTGTTTTGTTTTGCTTTATTGTTTATTTCTTGTTTTTCAAGACAGG  976

seq1  GTTTCTCTTTGTAACAGCCTTAGCTGTCCTGGAACTCACTTTGTAGACAA  1049
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTCTCTTTGTAACAGCCTTAGCTGTCCTGGAACTCACTTTGTAGACAA  1026

seq1  AGCTGGCCTCAAACTCACAGAGATCCATCTACCTCCATCTCCCAAGGGCA  1099
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTGGCCTCAAACTCACAGAGATCCATCTACCTCCATCTCCCAAGGGCA  1076

seq1  GGGACTAGAGGTGTGCACTACTGCTGCAAATCTCTGTTACTGCTAGAATG  1149
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGACTAGAGGTGTGCACTACTGCTGCAAATCTCTGTTACTGCTAGAATG  1126

seq1  GAATTTCACTGAATTC  1165
      ||||||||||||||||
seq2  GAATTTCACTGAATTC  1142

seq1: chr2_104372274_104373292
seq2: B6Ng01-016E16.g_67_1095

seq1  GAATTCCAGGCTAGCCAGGAACACACATGGAGACCTTGTCTCCAGAAATA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCAGGCTAGCCAGGAACACACATGGAGACCTTGTCTCCAGAAATA  50

seq1  ATCATTCATTCATTCATTCATTCATTCATTCATTTCTCTAAACTGTCAGT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCATTCATTCATTCATTCATTCATTCATTCATTTCTCTAAACTGTCAGT  100

seq1  CTAAGGCTAGAGTATAGATCATTGCCAAGGGCATATGTTTGAGCCCCAAA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAAGGCTAGAGTATAGATCATTGCCAAGGGCATATGTTTGAGCCCCAAA  150

seq1  ACCATAAATGTAGAACAAACAACACATTAGTCTGATTGGCACAGCCTGTC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCATAAATGTAGAACAAACAACACATTAGTCTGATTGGCACAGCCTGTC  200

seq1  AGAGGTAGAGTTAGGACTGATAGTTCTTTGCAGCACTGTCATTCAGCTGG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGGTAGAGTTAGGACTGATAGTTCTTTGCAGCACTGTCATTCAGCTGG  250

seq1  GGTGTAGCTCGGTGATAAAATATGTGTTTAGCGTGCATAAGATCCTAAGT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTGTAGCTCGGTGATAAAATATGTGTTTAGCGTGCATAAGATCCTAAGT  300

seq1  TGGTGTGGGAAGCCAAGGAAGCATTGAGAGAATGTGTAAAGGACAGACGG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTGTGGGAAGCCAAGGAAGCATTGAGAGAATGTGTAAAGGACAGACGG  350

seq1  ATTCGGGAATGAATGGGTCGTGTTTGACACAGGCATGGCCATGCCTAGAA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCGGGAATGAATGGGTCGTGTTTGACACAGGCATGGCCATGCCTAGAA  400

seq1  CCCAGTGCTTCAGACTGTGGGCATGGCAAGCCTTGAGTCAGTGGGGACGG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCAGTGCTTCAGACTGTGGGCATGGCAAGCCTTGAGTCAGTGGGGACGG  450

seq1  GAGAGATGGCAAAGCCTTCCTCTGGTCAGAGTTTGAATATCCACAGTGTG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGAGATGGCAAAGCCTTCCTCTGGTCAGAGTTTGAATATCCACAGTGTG  500

seq1  TACAAACACAAGTGTTTATGGACAGTTGACTAGGGTATGCAAAAACTACC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACAAACACAAGTGTTTATGGACAGTTGACTAGGGTATGCAAAAACTACC  550

seq1  AACTGCCACTTCCTCATCCTGGATGTTTACAGCAGAAACTGTCAACCTGC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTGCCACTTCCTCATCCTGGATGTTTACAGCAGAAACTGTCAACCTGC  600

seq1  AGAGACCTCCTACTGAGACAGGCCAACCCTGTGCTGTTCACAAAGCCAAC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGACCTCCTACTGAGACAGGCCAACCCTGTGCTGTTCACAAAGCCAAC  650

seq1  AAGCTGGGGTTGTTGCAGTAGTGGGTGTGGCTTCAAAGGGCCTGCACTGA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCTGGGGTTGTTGCAGTAGTGGGTGTGGCTTCAAAGGGCCTGCACTGA  700

seq1  TCACCCAACCCCAGCTTCTCTGTTCTTTTTTCATTCTCTTAGCAGCCCTA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACCCAACCCCAGCTTCTCTGTTCTTTTTTCATTCTCTTAGCAGCCCTA  750

seq1  GTCATGTTAAGACCAGTCTGAGCCCCAGTACCATAAACAAAGACCAAAAA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCATGTTAAGACCAGTCTGAGCCCCAGTACCATAAACAAAGACCAAAAA  800

seq1  ATAGTCAGTTATTTC-AAGTTAGAGCC-TTGCTCTTTAGAGGTATATC-T  847
      ||||||||||||||| || |||||||| |||||||||||||||||||| |
seq2  ATAGTCAGTTATTTCAAATTTAGAGCCTTTGCTCTTTAGAGGTATATCTT  850

seq1  TTTCTGTGTCAGT-ACACAAGTTTATAAAATAACATTTCCAACTATC-TC  895
      ||||||||||||| ||||||||||||||||||||| || | |||||| ||
seq2  TTTCTGTGTCAGTAACACAAGTTTATAAAATAACAATTTCCACTATCTTC  900

seq1  CTTGCTCCTACACTGC-TTTCTTGCTGCCTTTTCAGAAATACCCACTGTG  944
      |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGCTCCTACACTGCTTTTCTTGCTGCCTTTTCAGAAATACCCACTGTG  950

seq1  AGCAGCTTAGTGTGTGTCTTTATAG-TTCATTCTGTCTAACATATATATA  993
      |||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCAGCTTAGTGTGTGTC-TTATAGTTTCATTCTGTCTAACATATATATA  999

seq1  TACACACATATATATAT-----ATGTGTGTG  1019
      ||||||||| |||||||      ||||||||
seq2  TACACACAT-TATATATTAATGTTGTGTGTG  1029