BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-018K24
Chromosome2 (Build37)
Map Location 145,207,898 - 145,277,708
singlet/doubletdoublet
Overlap geneSlc24a3
Upstream geneCsrp2bp, LOC100043552, 6330439K17Rik, Polr3f, Rbbp9, Sec23b, Gm561, Dtd1, 1700010M22Rik
Downstream geneLOC627312, OTTMUSG00000015643, LOC433482, LOC100043810, Rin2, Nat5, Crnkl1, 4930529M08Rik, LOC100043563, Insm1, A230067G21Rik
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-018K24.bB6Ng01-018K24.g
ACCDH852017DH852018
length1,089872
definitionDH852017|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-018K24, 5' end.DH852018|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-018K24, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(145,276,609 - 145,277,708)(145,207,898 - 145,208,769)
sequence
gaattccttgtccactcttcaagaccagcagcaccttggccccaaaatgt
gcctctgctgagccccctcagcagacagaacagaccatggttagcacttt
gaccgtgtcaggttccatccatggcagttctcctcacaacatactgactt
cctgcaggataaagccatggctcatccacccagaaggccccagccaagcg
ctagtaaacttctagctcagggtgtgctcctaaatgtgagtcctttaatg
tcttacagtcttgacttgtgtgttcatctgttactgctggaccctaaata
ccctttgcccttacagcaattatttttatatcctgaggtattcactgaaa
atttcctgtgcaagctaagtttgctgggtgatctgtaaagtagatggaga
tataagaggatctgccctgaattgagcaagcaatgactatacaactcatg
ttgttcagtgagccaaatgtgatggaaatggctcccctcatgaggcatat
ttgcagagtctccagtgggtcagaggtgctccttgacattgcagctatat
ggacaggatatttctctggccatacagaaaggccttcccctcatcctctg
ccctgtgctacacacatgtgcatcacaggaagtaagttcaaggttaatgc
atcagggtctcctccttccaagattaggatcctgggaaggagcctgtgaa
gatcttggaagccagcttgagattagatattagttacttctctgctgtaa
taaaagaccatgaccaaaggttaatcaaggacaaaagagttgatttgggc
ttatgctttctcaaagagaatccataatggcagcaggtagccagagcagg
aagttgagagattacatcttcaaccacagacaagaagcagataggacaaa
taaactctcaaaacccacctccagtgatgcacttctctcacaaggctcta
cttcctaacagtgccacaacttacaggtccatgtgtcatatatgtgctga
gcccacagggacacatttctcattcaacacacagctatgtgggtagatat
tctctactctacacatgtagaatgaaagaatggcactga
gaattcccttatgcttaacaggtagggaaagagagaaaatgggggatcgg
gtgacaagggaaattagaccaagaaagcatgcatataatttctgtccctg
aatcactggccaaaactgaactaccacactaaacaccatgagcttagtga
cttcaatatctagtatgtagattttgctgaaatcacggctaattaactct
gacttaactgtttgagagctgaaatagggtcacaaaacgttgacatcctg
aaatgagctatgtcttaaaaaggtgagatttggtggcaatgaatataaac
ccgtgaccttaggtgagggggagcctttttcaggtgcatgggatgaagag
atgtcttaagagccctgtgatttggggtttccttaggtagtgtgcttatg
ggctctcatatcagcatagtttgctaatcctgaggcaatagtgagttcga
ctaggcctcacccaccactcaggagttctgagcttgtgtacaggtcacca
atgactgactcaaatgtgaaccttaccatatagcagtataacattcaaaa
gtcggttgcctctttccacagggaggcactacttgtatcagtcttcccag
gaagctgccaaggaattaatgagataatctctgtgtgttagtcagctttg
cactgctataacagaataccacagaccagagcatctattaaaaaaataga
actgtactccctcacagttctagcaactgggaaatccaagatcaagaggc
tggccaagggcaagggccttctgctgcatcttccatgactgaaaagagca
agagaggatgagaggatgatgaggtaggaaagaaagcagacagagggaag
ggagagagaggagggaggaaat
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr2_145276609_145277708
seq2: B6Ng01-018K24.b_45_1133 (reverse)

seq1  TCAGTGCCCATTCTTTCAATCTACAATGTGTAGAGTAGAAGAATTATCTA  50
      |||||| ||||||||||| ||||| ||||||||||||| |||| ||||||
seq2  TCAGTG-CCATTCTTTCATTCTAC-ATGTGTAGAGTAG-AGAA-TATCTA  46

seq1  CCCACATAGCT-TGTGGTTGTTTGAATGAGAAATGTGTCCCTGTGGGCTC  99
      ||||||||||| ||||     |||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCACATAGCTGTGTG-----TTGAATGAGAAATGTGTCCCTGTGGGCTC  91

seq1  AGCACATATATGAACACATGGACCCTGTAAGTTGTGGCACTGTTAGGAAG  149
      |||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCACATATATG-ACACATGGA-CCTGTAAGTTGTGGCACTGTTAGGAAG  139

seq1  TAGAGCCTTGTGAGAGGAAGTGCATCACTGGAGGTGGGTTTTGAGAGTTT  199
      ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGAGCCTTGTGAGA-GAAGTGCATCACTGGAGGTGGGTTTTGAGAGTTT  188

seq1  ATTTGTCCTATCTGCTTCTTGTCTGTGGTTGAAGATGTAATCTCTCAACT  249
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTGTCCTATCTGCTTCTTGTCTGTGGTTGAAGATGTAATCTCTCAACT  238

seq1  TCCTGCTCTGGCTACCTGCTGCCATTATGGATTCTCTTTGAGAAAGCATA  299
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTGCTCTGGCTACCTGCTGCCATTATGGATTCTCTTTGAGAAAGCATA  288

seq1  AGCCCAAATCAACTCTTTTGTCCTTGATTAACCTTTGGTCATGGTCTTTT  349
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCCAAATCAACTCTTTTGTCCTTGATTAACCTTTGGTCATGGTCTTTT  338

seq1  ATTACAGCAGAGAAGTAACTAATATCTAATCTCAAGCTGGCTTCCAAGAT  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTACAGCAGAGAAGTAACTAATATCTAATCTCAAGCTGGCTTCCAAGAT  388

seq1  CTTCACAGGCTCCTTCCCAGGATCCTAATCTTGGAAGGAGGAGACCCTGA  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCACAGGCTCCTTCCCAGGATCCTAATCTTGGAAGGAGGAGACCCTGA  438

seq1  TGCATTAACCTTGAACTTACTTCCTGTGATGCACATGTGTGTAGCACAGG  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCATTAACCTTGAACTTACTTCCTGTGATGCACATGTGTGTAGCACAGG  488

seq1  GCAGAGGATGAGGGGAAGGCCTTTCTGTATGGCCAGAGAAATATCCTGTC  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGAGGATGAGGGGAAGGCCTTTCTGTATGGCCAGAGAAATATCCTGTC  538

seq1  CATATAGCTGCAATGTCAAGGAGCACCTCTGACCCACTGGAGACTCTGCA  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATATAGCTGCAATGTCAAGGAGCACCTCTGACCCACTGGAGACTCTGCA  588

seq1  AATATGCCTCATGAGGGGAGCCATTTCCATCACATTTGGCTCACTGAACA  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATATGCCTCATGAGGGGAGCCATTTCCATCACATTTGGCTCACTGAACA  638

seq1  ACATGAGTTGTATAGTCATTGCTTGCTCAATTCAGGGCAGATCCTCTTAT  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATGAGTTGTATAGTCATTGCTTGCTCAATTCAGGGCAGATCCTCTTAT  688

seq1  ATCTCCATCTACTTTACAGATCACCCAGCAAACTTAGCTTGCACAGGAAA  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTCCATCTACTTTACAGATCACCCAGCAAACTTAGCTTGCACAGGAAA  738

seq1  TTTTCAGTGAATACCTCAGGATATAAAAATAATTGCTGTAAGGGCAAAGG  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTCAGTGAATACCTCAGGATATAAAAATAATTGCTGTAAGGGCAAAGG  788

seq1  GTATTTAGGGTCCAGCAGTAACAGATGAACACACAAGTCAAGACTGTAAG  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTATTTAGGGTCCAGCAGTAACAGATGAACACACAAGTCAAGACTGTAAG  838

seq1  ACATTAAAGGACTCACATTTAGGAGCACACCCTGAGCTAGAAGTTTACTA  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATTAAAGGACTCACATTTAGGAGCACACCCTGAGCTAGAAGTTTACTA  888

seq1  GCGCTTGGCTGGGGCCTTCTGGGTGGATGAGCCATGGCTTTATCCTGCAG  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCGCTTGGCTGGGGCCTTCTGGGTGGATGAGCCATGGCTTTATCCTGCAG  938

seq1  GAAGTCAGTATGTTGTGAGGAGAACTGCCATGGATGGAACCTGACACGGT  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGTCAGTATGTTGTGAGGAGAACTGCCATGGATGGAACCTGACACGGT  988

seq1  CAAAGTGCTAACCATGGTCTGTTCTGTCTGCTGAGGGGGCTCAGCAGAGG  1049
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAAGTGCTAACCATGGTCTGTTCTGTCTGCTGAGGGGGCTCAGCAGAGG  1038

seq1  CACATTTTGGGGCCAAGGTGCTGCTGGTCTTGAAGAGTGGACAAGGAATT  1099
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACATTTTGGGGCCAAGGTGCTGCTGGTCTTGAAGAGTGGACAAGGAATT  1088

seq1  C  1100
      |
seq2  C  1089

seq1: chr2_145207898_145208769
seq2: B6Ng01-018K24.g_68_939

seq1  GAATTCCCTTATGCTTAACAGGTAGGGAAAGAGAGAAAATGGGGGATCGG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCCTTATGCTTAACAGGTAGGGAAAGAGAGAAAATGGGGGATCGG  50

seq1  GTGACAAGGGAAATTAGACCAAGAAAGCATGCATATAATTTCTGTCCCTG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGACAAGGGAAATTAGACCAAGAAAGCATGCATATAATTTCTGTCCCTG  100

seq1  AATCACTGGCCAAAACTGAACTACCACACTAAACACCATGAGCTTAGTGA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATCACTGGCCAAAACTGAACTACCACACTAAACACCATGAGCTTAGTGA  150

seq1  CTTCAATATCTAGTATGTAGATTTTGCTGAAATCACGGCTAATTAACTCT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCAATATCTAGTATGTAGATTTTGCTGAAATCACGGCTAATTAACTCT  200

seq1  GACTTAACTGTTTGAGAGCTGAAATAGGGTCACAAAACGTTGACATCCTG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACTTAACTGTTTGAGAGCTGAAATAGGGTCACAAAACGTTGACATCCTG  250

seq1  AAATGAGCTATGTCTTAAAAAGGTGAGATTTGGTGGCAATGAATATAAAC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATGAGCTATGTCTTAAAAAGGTGAGATTTGGTGGCAATGAATATAAAC  300

seq1  CCGTGACCTTAGGTGAGGGGGAGCCTTTTTCAGGTGCATGGGATGAAGAG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCGTGACCTTAGGTGAGGGGGAGCCTTTTTCAGGTGCATGGGATGAAGAG  350

seq1  ATGTCTTAAGAGCCCTGTGATTTGGGGTTTCCTTAGGTAGTGTGCTTATG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTCTTAAGAGCCCTGTGATTTGGGGTTTCCTTAGGTAGTGTGCTTATG  400

seq1  GGCTCTCATATCAGCATAGTTTGCTAATCCTGAGGCAATAGTGAGTTCGA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTCTCATATCAGCATAGTTTGCTAATCCTGAGGCAATAGTGAGTTCGA  450

seq1  CTAGGCCTCACCCACCACTCAGGAGTTCTGAGCTTGTGTACAGGTCACCA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAGGCCTCACCCACCACTCAGGAGTTCTGAGCTTGTGTACAGGTCACCA  500

seq1  ATGACTGACTCAAATGTGAACCTTACCATATAGCAGTATAACATTCAAAA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGACTGACTCAAATGTGAACCTTACCATATAGCAGTATAACATTCAAAA  550

seq1  GTCGGTTGCCTCTTTCCACAGGGAGGCACTACTTGTATCAGTCTTCCCAG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCGGTTGCCTCTTTCCACAGGGAGGCACTACTTGTATCAGTCTTCCCAG  600

seq1  GAAGCTGCCAAGGAATTAATGAGATAATCTCTGTGTGTTAGTCAGCTTTG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGCTGCCAAGGAATTAATGAGATAATCTCTGTGTGTTAGTCAGCTTTG  650

seq1  CACTGCTATAACAGAATACCACAGACCAGAGCATCTATTAAAAAAATAGA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTGCTATAACAGAATACCACAGACCAGAGCATCTATTAAAAAAATAGA  700

seq1  ACTGTACTCCCTCACAGTTCTAGCAACTGGGAAATCCAAGATCAAGAGGC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGTACTCCCTCACAGTTCTAGCAACTGGGAAATCCAAGATCAAGAGGC  750

seq1  TGGCCAAGGGCAAGGGCCTTCTGCTGCATCTTCCATGACTGAAAAGAGCA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGCCAAGGGCAAGGGCCTTCTGCTGCATCTTCCATGACTGAAAAGAGCA  800

seq1  AGAGAGGATGAGAGGATGATGAGGTAGGAAAGAAAGCAGACAGAGGGAAG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGAGGATGAGAGGATGATGAGGTAGGAAAGAAAGCAGACAGAGGGAAG  850

seq1  GGAGAGAGAGGAGGGAGGAAGT  872
      |||||||||||||||||||| |
seq2  GGAGAGAGAGGAGGGAGGAAAT  872