BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-020D12
Chromosome2 (Build37)
Map Location 90,904,679 - 91,047,896
singlet/doubletdoublet
Overlap geneSlc39a13, Sfpi1, Mybpc3, Madd, Nr1h3, Acp2
Upstream geneOlfr1266-ps1, Olfr1267-ps1, Olfr1268-ps1, Olfr1269, Olfr32, LOC100043090, Olfr1270, LOC627525, LOC100043096, Olfr1506, Olfr142, Olfr1271, Olfr1272, Olfr1273, LOC100042690, LOC100043113, LOC668629, GA_x5J8B7W2BV0-3116-4045, Ptprj, 4933423P22Rik, Nup160, Fnbp4, Rpl30-ps3, Agbl2, Mtch2, C1qtnf4, Ndufs3, Kbtbd4, Ptpmt1, Cugbp1, LOC279067, Rapsn, Psmc3
Downstream geneDdb2, Pacsin3, Zfp289, 1110051M20Rik, Lrp4, LOC619941, Ckap5, F2, Zfp408, Arhgap1, D2Ertd391e, LOC100043179, D230010M03Rik, D030051N19Rik, Chrm4, Mdk, Dgkz, Creb3l1
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-020D12.bB6Ng01-020D12.g
ACCDH853079DH853080
length1,0131,017
definitionDH853079|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-020D12, 5' end.DH853080|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-020D12, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(91,046,876 - 91,047,896)(90,904,679 - 90,905,709)
sequence
gaattcttctagttcatggggaccatactggaactctataccatctactg
ctaagaactgtcaagtttatagagaagacagataaagcaagctattagta
tgtaaacacaggtgtagaaacgaataggaggcactgatcatgacttaaca
gtatgaacacagtgtaaacttaagactgcttcatagtacataagatgttg
gtttatgccagagcaactgctgtatgcacactttgaaaactactgcattc
tcaaatgtttgagaatgggtacccctgaatgctcaaagtaactggcacat
gtattaccccatgtcttttctctaaaagtcttagcaattctctggaggga
ggtatgtagttaggaaaaagaggaagggtctttcaacatgggtgagactt
aagagtaagaatgataggccagggctggagagatggctcagtggttaaga
gcgctgactgctcttccagaggtcctgagttcaattcccagcaactattt
ggtggctcacaaccatctgtaataggatatgatgccctcttctggtgtat
ctgaagacagctacagtgtactcatatagataaaataaataaatctttaa
aaagaatggcaggtggttagcacacacctttaatcccagcccttgggagg
cagaggcaagtagatctctgtgagaccacacagagttcaagctggcttga
ccagaactacatagagagtgagacctgtgactctagctaaatatcagaca
actgggagattgggcaactagcagggatggccgggagattatcttaggca
gcctagtgtgtgagaagctcccacagcagattttcagtgctggagagttc
tgaggaaagggtagtggcatgttgtccttgtcactcacccccttgaagcc
gggccttctgtacttgctcgtggatccgaagaggaagaggaagctgaagt
ctttgctggtctcagacgctgcccggttggggtgaggccagggcggcgaa
gcatccatgggtt
gaattctttgagaacaataaaggtgaagggagacagtttagagactaagg
cagcatccaggagaggaatagagactaggcttcacaaaggtactgttaat
aaaagcaagaagtagagactgtttcggagattgatctgaccggtagacat
cgatgtcattcccaccagaaatgccagaggtcccatcccttacctttttg
ctcacaaggaagctggcagccacagccagcccatgagtgaagttgtctat
ggtgttggcaagcaggttgagatagccactgacctggatgaggggagaga
aaggcaggctgagccagggaggcagagccgagtcagccattcagctctgc
agctgcaggaggggggcccgcatgggccactcactttgaggttccggacc
acggctctcaggccgggctctgcagccggctgggccagacagtggcctcc
attgagcgcggcagcagtggggtctttgctgggggcctacagccagaaga
aggaaagagaggagacattagatgccccccactcagacaggcaggcagaa
agagagagagaggataagagacgatgaatacctctttgatctggctagac
tttgctgatcgatccatcaggctgggctcctcagagtcagacctcaagcc
cacactgctgttactacccatgtacaacggtggttctcagccttccgaat
gctgcaaccccttcatatggtttctcatgttgtactaacccccaactata
aaattattttgttgctacttcatggctctaatttttgctactgttatgct
atgttattgtaatgtaaatatccaacatgcagctgatcttaggcaacccc
tatgaaaggtctttgactccaattgagaccactgatctatatagtaaact
acttcagaggctattatttgctctcaagagtaggaaaggagattcaggag
atgtctagactaacttagaccttgggcttctccagcctgggttctacttt
agaaaacaaacactgct
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr2_91046876_91047896
seq2: B6Ng01-020D12.b_45_1057 (reverse)

seq1  AACCCATGGGCTGCTTCTGCCGCCCTGGGCCTCACCCCAAACCGTGCAGC  50
      ||||||| || |||||| |||||||| ||||||||||| ||||| |||||
seq2  AACCCAT-GGATGCTTC-GCCGCCCT-GGCCTCACCCC-AACCGGGCAGC  46

seq1  GTCTGAG-CCAGCTAAAGGACTTCAGCTTCCTCTTCCTCTTCGGGATCCA  99
      ||||||| |||||  || |||||||||||||||||||||||| |||||||
seq2  GTCTGAGACCAGC--AAAGACTTCAGCTTCCTCTTCCTCTTC-GGATCCA  93

seq1  CGAGCAAGTACAGAAGGCCCGGCTTCAGGGGGGTGAGTGACAAGGACAAC  149
      ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
seq2  CGAGCAAGTACAGAAGGCCCGGCTTCAAGGGGGTGAGTGACAAGGACAAC  143

seq1  ATGCCACTACCCTTTCCTCAGAACTCTCCAGCACTGAAAATCTGCTGTGG  199
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCCACTACCCTTTCCTCAGAACTCTCCAGCACTGAAAATCTGCTGTGG  193

seq1  GAGCTTCTCACACACTAGGCTGCCTAAGATAATTCTCCCGGCCATCCCTG  249
      |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
seq2  GAGCTTCTCACACACTAGGCTGCCTAAGATAA-TCTCCCGGCCATCCCTG  242

seq1  CTAGTTGCCCAAATCTCCCAGTTGTCTGATATTTAGCTAGAGTCACAGGT  299
      |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAGTTGCCC-AATCTCCCAGTTGTCTGATATTTAGCTAGAGTCACAGGT  291

seq1  CTCACTCTCTATGTAGTTCTGGTCAAGCCAGCTTGAACTCTGTGTGGTCT  349
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCACTCTCTATGTAGTTCTGGTCAAGCCAGCTTGAACTCTGTGTGGTCT  341

seq1  CACAGAGATCTACTTGCCTCTGCCTCCCAAGGGCTGGGATTAAAGGTGTG  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACAGAGATCTACTTGCCTCTGCCTCCCAAGGGCTGGGATTAAAGGTGTG  391

seq1  TGCTAACCACCTGCCATTCTTTTTAAAGATTTATTTATTTTATCTATATG  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTAACCACCTGCCATTCTTTTTAAAGATTTATTTATTTTATCTATATG  441

seq1  AGTACACTGTAGCTGTCTTCAGATACACCAGAAGAGGGCATCATATCCTA  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTACACTGTAGCTGTCTTCAGATACACCAGAAGAGGGCATCATATCCTA  491

seq1  TTACAGATGGTTGTGAGCCACCAAATAGTTGCTGGGAATTGAACTCAGGA  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTACAGATGGTTGTGAGCCACCAAATAGTTGCTGGGAATTGAACTCAGGA  541

seq1  CCTCTGGAAGAGCAGTCAGCGCTCTTAACCACTGAGCCATCTCTCCAGCC  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCTGGAAGAGCAGTCAGCGCTCTTAACCACTGAGCCATCTCTCCAGCC  591

seq1  CTGGCCTATCATTCTTACTCTTAAGTCTCACCCATGTTGAAAGACCCTTC  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGCCTATCATTCTTACTCTTAAGTCTCACCCATGTTGAAAGACCCTTC  641

seq1  CTCTTTTTCCTAACTACATACCTCCCTCCAGAGAATTGCTAAGACTTTTA  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTTTTTCCTAACTACATACCTCCCTCCAGAGAATTGCTAAGACTTTTA  691

seq1  GAGAAAAGACATGGGGTAATACATGTGCCAGTTACTTTGAGCATTCAGGG  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGAAAAGACATGGGGTAATACATGTGCCAGTTACTTTGAGCATTCAGGG  741

seq1  GTACCCATTCTCAAACATTTGAGAATGCAGTAGTTTTCAAAGTGTGCATA  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTACCCATTCTCAAACATTTGAGAATGCAGTAGTTTTCAAAGTGTGCATA  791

seq1  CAGCAGTTGCTCTGGCATAAACCAACATCTTATGTACTATGAAGCAGTCT  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCAGTTGCTCTGGCATAAACCAACATCTTATGTACTATGAAGCAGTCT  841

seq1  TAAGTTTACACTGTGTTCATACTGTTAAGTCATGATCAGTGCCTCCTATT  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGTTTACACTGTGTTCATACTGTTAAGTCATGATCAGTGCCTCCTATT  891

seq1  CGTTTCTACACCTGTGTTTACATACTAATAGCTTGCTTTATCTGTCTTCT  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGTTTCTACACCTGTGTTTACATACTAATAGCTTGCTTTATCTGTCTTCT  941

seq1  CTATAAACTTGACAGTTCTTAGCAGTAGATGGTATAGAGTTCCAGTATGG  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATAAACTTGACAGTTCTTAGCAGTAGATGGTATAGAGTTCCAGTATGG  991

seq1  TCCCCATGAACTAGAAGAATTC  1021
      ||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCCATGAACTAGAAGAATTC  1013

seq1: chr2_90904679_90905709
seq2: B6Ng01-020D12.g_65_1081

seq1  GAATTCTTTGAGAACAATAAAGGTGAAGGGAGACAGTTTAGAGACTAAGG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTTTGAGAACAATAAAGGTGAAGGGAGACAGTTTAGAGACTAAGG  50

seq1  CAGCATCCAGGAGAGGAATAGAGACTAGGCTTCACAAAGGTACTGTTAAT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCATCCAGGAGAGGAATAGAGACTAGGCTTCACAAAGGTACTGTTAAT  100

seq1  AAAAGCAAGAAGTAGAGACTGTTTCGGAGATTGATCTGACCGGTAGACAT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAGCAAGAAGTAGAGACTGTTTCGGAGATTGATCTGACCGGTAGACAT  150

seq1  CGATGTCATTCCCACCAGAAATGCCAGAGGTCCCATCCCTTACCTTTTTG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGATGTCATTCCCACCAGAAATGCCAGAGGTCCCATCCCTTACCTTTTTG  200

seq1  CTCACAAGGAAGCTGGCAGCCACAGCCAGCCCATGAGTGAAGTTGTCTAT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCACAAGGAAGCTGGCAGCCACAGCCAGCCCATGAGTGAAGTTGTCTAT  250

seq1  GGTGTTGGCAAGCAGGTTGAGATAGCCACTGACCTGGATGAGGGGAGAGA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTGTTGGCAAGCAGGTTGAGATAGCCACTGACCTGGATGAGGGGAGAGA  300

seq1  AAGGCAGGCTGAGCCAGGGAGGCAGAGCCGAGTCAGCCATTCAGCTCTGC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGCAGGCTGAGCCAGGGAGGCAGAGCCGAGTCAGCCATTCAGCTCTGC  350

seq1  AGCTGCAGGAGGGGGGCCCGCATGGGCCACTCACTTTGAGGTTCCGGACC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTGCAGGAGGGGGGCCCGCATGGGCCACTCACTTTGAGGTTCCGGACC  400

seq1  ACGGCTCTCAGGCCGGGCTCTGCAGCCGGCTGGGCCAGACAGTGGCCTCC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACGGCTCTCAGGCCGGGCTCTGCAGCCGGCTGGGCCAGACAGTGGCCTCC  450

seq1  ATTGAGCGCGGCAGCAGTGGGGTCTTTGCTGGGGGCCTACAGCCAGAAGA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTGAGCGCGGCAGCAGTGGGGTCTTTGCTGGGGGCCTACAGCCAGAAGA  500

seq1  AGGAAAGAGAGGAGACATTAGATGCCCCCCACTCAGACAGGCAGGCAGAA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGAAAGAGAGGAGACATTAGATGCCCCCCACTCAGACAGGCAGGCAGAA  550

seq1  AGAGAGAGAGAGGATAAGAGACGATGAATACCTCTTTGATCTGGCTAGAC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGAGAGAGAGGATAAGAGACGATGAATACCTCTTTGATCTGGCTAGAC  600

seq1  TTTGCTGATCGATCCATCAGGCTGGGCTCCTCAGAGTCAGACCTCAAGCC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGCTGATCGATCCATCAGGCTGGGCTCCTCAGAGTCAGACCTCAAGCC  650

seq1  CACACTGCTGTTACTACCCATGTACAACGGTGGTTCTCAGCCTTCCGAAT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACACTGCTGTTACTACCCATGTACAACGGTGGTTCTCAGCCTTCCGAAT  700

seq1  GCTGCAACCCCTTCATATGGTTTCTCATGTTGTACTAACCCCCAACTATA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGCAACCCCTTCATATGGTTTCTCATGTTGTACTAACCCCCAACTATA  750

seq1  AAATTATTTTGTTGCTACTTCATGGCTCTAATTTTTGCTACTGTTATGCT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATTATTTTGTTGCTACTTCATGGCTCTAATTTTTGCTACTGTTATGCT  800

seq1  ATGTTATTGTAATGTAAATATCCAACATGCAGCTGATCTTAGGCAACCCC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTTATTGTAATGTAAATATCCAACATGCAGCTGATCTTAGGCAACCCC  850

seq1  TATGAAAGGGTCTTTGACTCCAATTGAGAACCACTGATCTATATAGTTAA  900
      ||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||
seq2  TATGAAA-GGTCTTTGACTCCAATTGAG-ACCACTGATCTATATAG-TAA  897

seq1  ACTACTTCAGAGGCTAATAATGTTGCTCTCAAGAGTAAGGAAAGAGAGTC  950
      |||||||||||||||| ||   ||||||||||||||| | || |||| ||
seq2  ACTACTTCAGAGGCTATTA--TTTGCTCTCAAGAGTAGGAAAGGAGATTC  945

seq1  AGGAGATGTCTTAGACTTAACTTAGACCCTGGGCTTCTCCAGGCCTTGGG  1000
      |||||||||| ||||| ||||||||||| |||||||||||||  | ||||
seq2  AGGAGATGTC-TAGAC-TAACTTAGACCTTGGGCTTCTCCAG--CCTGGG  991

seq1  TTCTACTTTAGGAAAACAAAAACCAACTGCT  1031
      |||||||||| |||||||||     ||||||
seq2  TTCTACTTTA-GAAAACAAA----CACTGCT  1017