BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-021E12
Chromosome2 (Build37)
Map Location 65,936,894 - 66,028,199
singlet/doubletdoublet
Overlap geneGalnt3, LOC620893, Ttc21b
Upstream geneCobll1, LOC383705, 9330158F14Rik, Scn3a, Scn2a1, A330102K23Rik
Downstream geneScn1a, LOC100039486, LOC383706, Scn9a, Scn7a, LOC383707, LOC100039540, Gm1322
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-021E12.bB6Ng01-021E12.g
ACCDH853831DH853832
length1,093714
definitionDH853831|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-021E12, 5' end.DH853832|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-021E12, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(65,936,894 - 65,937,995)(66,027,487 - 66,028,199)
sequence
gaattcttgttagtatgtaactgagtttaagtgaccttgttaggttcaga
acccacatacatgggcaagtatggagaaagtaacaccctgtgatgtgtgt
ttgctcctgccacatttcaaaggcaagtgcagaagagtttggctttgtct
tggataaataggtgtcttcagagatgcagagggaaatgttgctgttgtaa
aggatagtattcatcaggggactggtactccaggaagaacagccagggac
aggaagtctaagcattaccattccactgttgctgccaccgacttcgtatc
ctaactccttgtagacatcggggatagtctcctcaatacatgcaaggttg
cactatacccacatgcacaaccataaaattccagtgacttgcaaatttca
aaggtgttcgtgtggctttattcactggagttactacatatatttccaat
acatcctgtccccacctcttaaagggtttggagagatggctcagagctta
agagaattggctgttctttcagaggaccaaagttcaattcccagcatcca
cattctggtgcctgtttataatttcactctcagggatatctgacaccctc
tcctagcctccttgatactgcaaccatacatgtaggtaaaacactcacac
tcaaaatagaggaaaatcaaaaacaaacaaagaaacgaacaaacaaacaa
aaaaacccaaacatctaaaatatgttcaaattcttctctgctcccgagat
tttatccaacccgcactccgtttggggaaggtaagtacaaaaattacatc
aaagcagacatcttgggtttgagcaacattctctttaactgaccttagac
aagtaattttacctttcctatactttagatcccttatctatagggaggac
gtgacagaattagcagcacaggtgacgttgggacatgaggtgggacactt
ctggacagcagacacagggcctactatgtggcactactctgaaatgttat
ctttgttcctgctatcataggattagtatctcattggtacttgaaatgtc
catatcccatgctgctttctaacaactggttagtttctatgtc
gaattcaacacttaccctgggttttctgtatgaactgcatttgtaagtgg
ccaattatttgataagatatctcaatatataaatgttcaaaataataatc
catgataactatcactatgtttcaacatggacgagtttatgaatgggcag
aatattacaaaggagagaatcaaacatgcggtgctttgttatagaagaac
acaatgtctatgacagagatgggggttaatgagggaaaaaccacaatcac
aatgattacaacagtgtactgtattttcaatcaagtgaaatgagaaaaag
taatatgaaaacatacagactctactgtgctgagccgtgggacactgggg
tgggagctttctcagggtcacatttttgtctgtgatttaatggaaagtgg
ttttagtgaaaatacttagtgatgaaatttcttagaataaggaagaacct
tacaataaatactgttggtatataaagaaaatattcagactgaaccccta
aaacagtgattttcaacctgtgggccatgaccctttcactggattcgtct
aagaccatgctgaatatcagttatttacatcacaattcagagcagtaaca
aaattacagtcagaaaaagcattttatggttgggggtcatcacaacatga
ggaactggattaaagggtttagggatagcgttagggttagcgttagggtt
agggttagggttag
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr2_65936894_65937995
seq2: B6Ng01-021E12.b_42_1134

seq1  GAATTCTTGTTAGTATGTAACTGAGTTTAAGTGACCTTGTTAGGTTCAGA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTTGTTAGTATGTAACTGAGTTTAAGTGACCTTGTTAGGTTCAGA  50

seq1  ACCCACATACATGGGCAAGTATGGAGAAAGTAACACCCTGTGATGTGTGT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCCACATACATGGGCAAGTATGGAGAAAGTAACACCCTGTGATGTGTGT  100

seq1  TTGCTCCTGCCACATTTCAAAGGCAAGTGCAGAAGAGTTTGGCTTTGTCT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGCTCCTGCCACATTTCAAAGGCAAGTGCAGAAGAGTTTGGCTTTGTCT  150

seq1  TGGATAAATAGGTGTCTTCAGAGATGCAGAGGGAAATGTTGCTGTTGTAA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGATAAATAGGTGTCTTCAGAGATGCAGAGGGAAATGTTGCTGTTGTAA  200

seq1  AGGATAGTATTCATCAGGGGACTGGTACTCCAGGAAGAACAGCCAGGGAC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGATAGTATTCATCAGGGGACTGGTACTCCAGGAAGAACAGCCAGGGAC  250

seq1  AGGAAGTCTAAGCATTACCATTCCACTGTTGCTGCCACCGACTTCGTATC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGAAGTCTAAGCATTACCATTCCACTGTTGCTGCCACCGACTTCGTATC  300

seq1  CTAACTCCTTGTAGACATCGGGGATAGTCTCCTCAATACATGCAAGGTTG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAACTCCTTGTAGACATCGGGGATAGTCTCCTCAATACATGCAAGGTTG  350

seq1  CACTATACCCACATGCACAACCATAAAATTCCAGTGACTTGCAAATTTCA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTATACCCACATGCACAACCATAAAATTCCAGTGACTTGCAAATTTCA  400

seq1  AAGGTGTTCGTGTGGCTTTATTCACTGGAGTTACTACATATATTTCCAAT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGTGTTCGTGTGGCTTTATTCACTGGAGTTACTACATATATTTCCAAT  450

seq1  ACATCCTGTCCCCACCTCTTAAAGGGTTTGGAGAGATGGCTCAGAGCTTA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATCCTGTCCCCACCTCTTAAAGGGTTTGGAGAGATGGCTCAGAGCTTA  500

seq1  AGAGAATTGGCTGTTCTTTCAGAGGACCAAAGTTCAATTCCCAGCATCCA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGAATTGGCTGTTCTTTCAGAGGACCAAAGTTCAATTCCCAGCATCCA  550

seq1  CATTCTGGTGCCTGTTTATAATTTCACTCTCAGGGATATCTGACACCCTC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTCTGGTGCCTGTTTATAATTTCACTCTCAGGGATATCTGACACCCTC  600

seq1  TCCTAGCCTCCTTGATACTGCAACCATACATGTAGGTAAAACACTCACAC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTAGCCTCCTTGATACTGCAACCATACATGTAGGTAAAACACTCACAC  650

seq1  TCAAAATAGAGGAAAATCAAAAACAAACAAAGAAACGAACAAACAAACAA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAAAATAGAGGAAAATCAAAAACAAACAAAGAAACGAACAAACAAACAA  700

seq1  AAAAACCCAAACATCTAAAATATGTTCAAATTCTTCTCTGCTCCCGAGAT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAACCCAAACATCTAAAATATGTTCAAATTCTTCTCTGCTCCCGAGAT  750

seq1  TTTATCCAACCCGCACTCCGTTTGGGGAAGGTAAGTACAAAAATTACATC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTATCCAACCCGCACTCCGTTTGGGGAAGGTAAGTACAAAAATTACATC  800

seq1  AAAGCAGACATCTTGGGTTTGAGCAACATTCTCTTTAACTGACCTTAGAC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGCAGACATCTTGGGTTTGAGCAACATTCTCTTTAACTGACCTTAGAC  850

seq1  AAGTAATTTTACCTTTCCTATACTTTAGATCCCTTATCTATA-GGAGGAC  899
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
seq2  AAGTAATTTTACCTTTCCTATACTTTAGATCCCTTATCTATAGGGAGGAC  900

seq1  GTGACAGAATTAGCAGCACAGGTGACGGTTGGGACAATGAGGTGGGACAC  949
      |||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||
seq2  GTGACAGAATTAGCAGCACAGGTGAC-GTTGGGAC-ATGAGGTGGGACAC  948

seq1  TCCTGGACAGCAGAACACAGGGCCTACTATGTGGCACTACTCTGAAAATG  999
      | ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||
seq2  TTCTGGACAGCAG-ACACAGGGCCTACTATGTGGCACTACTCTG-AAATG  996

seq1  TTATCTTTGTTCCTGCTATCATAGGATTTAAGTATCTCATTGGTACTTGA  1049
      ||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||
seq2  TTATCTTTGTTCCTGCTATCATAGGATT--AGTATCTCATTGGTACTTGA  1044

seq1  AATGTCCATATCCCATGCTGCCTTTCCTAAACAAACTGGTTAGTTTCTCT  1099
      |||||||||||||||||||||  || ||||   ||||||||||||||| |
seq2  AATGTCCATATCCCATGCTGC--TTTCTAA--CAACTGGTTAGTTTCTAT  1090

seq1  GTC  1102
      |||
seq2  GTC  1093

seq1: chr2_66027487_66028199
seq2: B6Ng01-021E12.g_67_780 (reverse)

seq1  CTAACCCTAACCCTAACCCTAACGCTAACCCTAACGCTATCCCT-AACCC  49
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
seq2  CTAACCCTAACCCTAACCCTAACGCTAACCCTAACGCTATCCCTAAACCC  50

seq1  TTTAATCCAGTTCCTCATGTTGTGATGACCCCCAACCATAAAATGCTTTT  99
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTAATCCAGTTCCTCATGTTGTGATGACCCCCAACCATAAAATGCTTTT  100

seq1  TCTGACTGTAATTTTGTTACTGCTCTGAATTGTGATGTAAATAACTGATA  149
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGACTGTAATTTTGTTACTGCTCTGAATTGTGATGTAAATAACTGATA  150

seq1  TTCAGCATGGTCTTAGACGAATCCAGTGAAAGGGTCATGGCCCACAGGTT  199
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCAGCATGGTCTTAGACGAATCCAGTGAAAGGGTCATGGCCCACAGGTT  200

seq1  GAAAATCACTGTTTTAGGGGTTCAGTCTGAATATTTTCTTTATATACCAA  249
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAATCACTGTTTTAGGGGTTCAGTCTGAATATTTTCTTTATATACCAA  250

seq1  CAGTATTTATTGTAAGGTTCTTCCTTATTCTAAGAAATTTCATCACTAAG  299
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTATTTATTGTAAGGTTCTTCCTTATTCTAAGAAATTTCATCACTAAG  300

seq1  TATTTTCACTAAAACCACTTTCCATTAAATCACAGACAAAAATGTGACCC  349
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTTTCACTAAAACCACTTTCCATTAAATCACAGACAAAAATGTGACCC  350

seq1  TGAGAAAGCTCCCACCCCAGTGTCCCACGGCTCAGCACAGTAGAGTCTGT  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGAAAGCTCCCACCCCAGTGTCCCACGGCTCAGCACAGTAGAGTCTGT  400

seq1  ATGTTTTCATATTACTTTTTCTCATTTCACTTGATTGAAAATACAGTACA  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTTTTCATATTACTTTTTCTCATTTCACTTGATTGAAAATACAGTACA  450

seq1  CTGTTGTAATCATTGTGATTGTGGTTTTTCCCTCATTAACCCCCATCTCT  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTTGTAATCATTGTGATTGTGGTTTTTCCCTCATTAACCCCCATCTCT  500

seq1  GTCATAGACATTGTGTTCTTCTATAACAAAGCACCGCATGTTTGATTCTC  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCATAGACATTGTGTTCTTCTATAACAAAGCACCGCATGTTTGATTCTC  550

seq1  TCCTTTGTAATATTCTGCCCATTCATAAACTCGTCCATGTTGAAACATAG  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTTTGTAATATTCTGCCCATTCATAAACTCGTCCATGTTGAAACATAG  600

seq1  TGATAGTTATCATGGATTATTATTTTGAACATTTATATATTGAGATATCT  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATAGTTATCATGGATTATTATTTTGAACATTTATATATTGAGATATCT  650

seq1  TATCAAATAATTGGCCACTTACAAATGCAGTTCATACAGAAAACCCAGGG  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATCAAATAATTGGCCACTTACAAATGCAGTTCATACAGAAAACCCAGGG  700

seq1  TAAGTGTTGAATTC  713
      ||||||||||||||
seq2  TAAGTGTTGAATTC  714