BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-021N02
Chromosome2 (Build37)
Map Location 104,082,791 - 104,206,795
singlet/doubletdoublet
Overlap geneD430041D05Rik, LOC100043349
Upstream geneEhf, Elf5, Cat, Abtb2, Nat10, Caprin1, LOC433458, LOC100042961, LOC100042965, Lmo2, Fbxo3, Cd59b, Cd59a, A930018P22Rik
Downstream geneHipk3, LOC383735, LOC668733, Cstf3, Tcp11l1, EG622282, OTTMUSG00000014964, Depdc7, Qser1, LOC100042995, 2310047K21Rik, LOC668744, Prrg4, Ccdc73, Ga17, 2210415I11Rik, LOC622356, Wt1, 0610012H03Rik
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-021N02.bB6Ng01-021N02.g
ACCDH854219DH854220
length9571,109
definitionDH854219|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-021N02, 5' end.DH854220|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-021N02, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(104,205,836 - 104,206,795)(104,082,791 - 104,083,899)
sequence
gaattcctcctccaacaggctgtggggaactccttatttatttatttatt
tatttatttatttattttattttattttccctgttgcatctgacttaaag
gtagctcttataatctgaaggttctgtgttggctggattgaaaatattta
gaaaaaaatatgtctgtactaagcatgtgtagacttttttcgtcttgtca
tcagttcctatataaaacagtaaaacagccatgtgttggttagttttgtc
aacttgtcacatctagaatcacctaagagagcctcagttgaactggctag
atcagatttgcttatgggcatcattgtgggggattgtcttgattgttaat
caatacgggaaaacccagcccattgtgggtggcaccattccctaggtgtg
tgtggtggtgtctccaaatcccataagacaggagatgtctaggtgagagc
aagcaagcatgggtgcatttgttttctttacttttgactgtgggtatgat
atgactatttgccttgagtttctacttgagttttccatcaatggtggaat
tttaagctgaattaaaactttttctcctcaaacctacttttaagtcaaag
tatttggttacagcaacagaaatgaaatgagggcaagctatgtatttagc
gttatcattacattgaatagaatatatagtctagatccaattcaaagtac
atgggaggatatacctagattatgtgctaatagtatgacattttatatag
aagtccctgagcatgcacaaggttttggtatctgtgtgaggaatctgaag
ccaacctcccataaataccaatggatgactgtacattattcattcaaatt
atctgcaaatcccgagtatgtaatggctatcaaatccattttgaatagaa
acaaaaggtttctattcttgtctatttgtttattgtaagctttcacactt
tatctgt
gaattctcagggtccctttgagtactgtcttgcccacctggcttattgag
acatcatctctgaagcttggcttagtcctgacgttgggaaagctgctcag
agcagcttctccactttgctgtctactgtccccacatgaccacaggaggc
agttgtctctcaattctccaaccaagagccatagtcccttgattaaggac
aacccagctcttattctcctcccagaaagtagttctggaatgtgttttgg
ccacagatattcagacctctgtacccaagtgcttagaagaagagttcttt
ctgacaattcaagagttcactagggactagagagattgctcagtggttag
gagctaaaggcacttgctgctcatccagaggacccgagtttggtcctcag
cacccagatcaggtggctcacaaccacctgtaactcttgtctcagggaat
tcagtgccctcttctgggttccttgggcacccacatgaacatacacacaa
acacgtacacacatacacacaccacataaataattaacaaaaataaatct
tagtaagaccttttaatctttatctctattgtgaatattttatgaatact
tgtcaccttttaatagcactaaatctccctagactaccaaggaacccata
aagctggtaatatgtaaatatgtatatgtgcatatatgtgcatatataaa
attatctacataataatacacatatcctatatttaatcagataagttaga
cctttttgttgttatatatgtatgtgatatatatatatatatcacaggat
tgtaataattttaatcattttaagcacatgctttcatcggcattaaggta
ggattgcatttttttgcaaatgatcagcaacacccatctttcagaaaatt
tctcattgcccctaactgttacctattgaacaacccccagcttctctgtc
cttttatcctaggttgctcttggtactagatcactgattatctacaactc
tgggtatctatctgacagacagtaatcgttctatgtttccttctggtgac
tggcttactccttagaccaacgaactccatggccaccgtgctgcaatagc
accagaatg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr2_104205836_104206795
seq2: B6Ng01-021N02.b_43_999 (reverse)

seq1  ACTGATAAAGTTGAGAAAGCTTACAATAAACAAATAGACCAAGAATAGAA  50
      || ||||||| || |||||||||||||||||||||||| |||||||||||
seq2  ACAGATAAAG-TGTGAAAGCTTACAATAAACAAATAGA-CAAGAATAGAA  48

seq1  ACACTTTGTTTCTATTCAAAATGGATTTGATAGCCATTAACATATCTACG  100
      ||  |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| || ||
seq2  ACCTTTTGTTTCTATTCAAAATGGATTTGATAGCCATT-ACATA-CT-CG  95

seq1  GAATATGCAGATAATATGAATGAATAATGTACAGTCATCCATTGGTATTT  150
      | || |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGATTTGCAGATAATTTGAATGAATAATGTACAGTCATCCATTGGTATTT  145

seq1  ATGGGAGGTTGGCTTCAGATTCCTCACACAGATACCAAAACC-TGTGCAT  199
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
seq2  ATGGGAGGTTGGCTTCAGATTCCTCACACAGATACCAAAACCTTGTGCAT  195

seq1  GCTCA-GGACTTCTATATAAAATGTCATACTATTAGCACATAATCTAGGT  248
      ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTCAGGGACTTCTATATAAAATGTCATACTATTAGCACATAATCTAGGT  245

seq1  ATATCCTCCCATGTACTTTGAATTGGATCTAGACTATATATTCTATTCAA  298
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATCCTCCCATGTACTTTGAATTGGATCTAGACTATATATTCTATTCAA  295

seq1  TGTAATGATAACGCTAAATACATAGCTTGCCCTCATTTCATTTCTGTTGC  348
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTAATGATAACGCTAAATACATAGCTTGCCCTCATTTCATTTCTGTTGC  345

seq1  TGTAACCAAATACTTTGACTTAAAAGTAGGTTTGAGGAGAAAAAGTTTTA  398
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTAACCAAATACTTTGACTTAAAAGTAGGTTTGAGGAGAAAAAGTTTTA  395

seq1  ATTCAGCTTAAAATTCCACCATTGATGGAAAACTCAAGTAGAAACTCAAG  448
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCAGCTTAAAATTCCACCATTGATGGAAAACTCAAGTAGAAACTCAAG  445

seq1  GCAAATAGTCATATCATACCCACAGTCAAAAGTAAAGAAAACAAATGCAC  498
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAAATAGTCATATCATACCCACAGTCAAAAGTAAAGAAAACAAATGCAC  495

seq1  CCATGCTTGCTTGCTCTCACCTAGACATCTCCTGTCTTATGGGATTTGGA  548
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATGCTTGCTTGCTCTCACCTAGACATCTCCTGTCTTATGGGATTTGGA  545

seq1  GACACCACCACACACACCTAGGGAATGGTGCCACCCACAATGGGCTGGGT  598
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACACCACCACACACACCTAGGGAATGGTGCCACCCACAATGGGCTGGGT  595

seq1  TTTCCCGTATTGATTAACAATCAAGACAATCCCCCACAATGATGCCCATA  648
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCCCGTATTGATTAACAATCAAGACAATCCCCCACAATGATGCCCATA  645

seq1  AGCAAATCTGATCTAGCCAGTTCAACTGAGGCTCTCTTAGGTGATTCTAG  698
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCAAATCTGATCTAGCCAGTTCAACTGAGGCTCTCTTAGGTGATTCTAG  695

seq1  ATGTGACAAGTTGACAAAACTAACCAACACATGGCTGTTTTACTGTTTTA  748
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTGACAAGTTGACAAAACTAACCAACACATGGCTGTTTTACTGTTTTA  745

seq1  TATAGGAACTGATGACAAGACGAAAAAAGTCTACACATGCTTAGTACAGA  798
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATAGGAACTGATGACAAGACGAAAAAAGTCTACACATGCTTAGTACAGA  795

seq1  CATATTTTTTTCTAAATATTTTCAATCCAGCCAACACAGAACCTTCAGAT  848
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATATTTTTTTCTAAATATTTTCAATCCAGCCAACACAGAACCTTCAGAT  845

seq1  TATAAGAGCTACCTTTAAGTCAGATGCAACAGGGAAAATAAAATAAAATA  898
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATAAGAGCTACCTTTAAGTCAGATGCAACAGGGAAAATAAAATAAAATA  895

seq1  AATAAATAAATAAATAAATAAATAAATAAGGAGTTCCCCACAGCCTGTTG  948
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATAAATAAATAAATAAATAAATAAATAAGGAGTTCCCCACAGCCTGTTG  945

seq1  GAGGAGGAATTC  960
      ||||||||||||
seq2  GAGGAGGAATTC  957

seq1: chr2_104082791_104083899
seq2: B6Ng01-021N02.g_67_1175

seq1  GAATTCTCAGGGTCCCTTTGAGTACTGTCTTGCCCACCTGGCTTATTGAG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTCAGGGTCCCTTTGAGTACTGTCTTGCCCACCTGGCTTATTGAG  50

seq1  ACATCATCTCTGAAGCTTGGCTTAGTCCTGACGTTGGGAAAGCTGCTCAG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATCATCTCTGAAGCTTGGCTTAGTCCTGACGTTGGGAAAGCTGCTCAG  100

seq1  AGCAGCTTCTCCACTTTGCTGTCTACTGTCCCCACATGACCACAGGAGGC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCAGCTTCTCCACTTTGCTGTCTACTGTCCCCACATGACCACAGGAGGC  150

seq1  AGTTGTCTCTCAATTCTCCAACCAAGAGCCATAGTCCCTTGATTAAGGAC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTGTCTCTCAATTCTCCAACCAAGAGCCATAGTCCCTTGATTAAGGAC  200

seq1  AACCCAGCTCTTATTCTCCTCCCAGAAAGTAGTTCTGGAATGTGTTTTGG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACCCAGCTCTTATTCTCCTCCCAGAAAGTAGTTCTGGAATGTGTTTTGG  250

seq1  CCACAGATATTCAGACCTCTGTACCCAAGTGCTTAGAAGAAGAGTTCTTT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACAGATATTCAGACCTCTGTACCCAAGTGCTTAGAAGAAGAGTTCTTT  300

seq1  CTGACAATTCAAGAGTTCACTAGGGACTAGAGAGATTGCTCAGTGGTTAG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGACAATTCAAGAGTTCACTAGGGACTAGAGAGATTGCTCAGTGGTTAG  350

seq1  GAGCTAAAGGCACTTGCTGCTCATCCAGAGGACCCGAGTTTGGTCCTCAG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGCTAAAGGCACTTGCTGCTCATCCAGAGGACCCGAGTTTGGTCCTCAG  400

seq1  CACCCAGATCAGGTGGCTCACAACCACCTGTAACTCTTGTCTCAGGGAAT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACCCAGATCAGGTGGCTCACAACCACCTGTAACTCTTGTCTCAGGGAAT  450

seq1  TCAGTGCCCTCTTCTGGGTTCCTTGGGCACCCACATGAACATACACACAA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGTGCCCTCTTCTGGGTTCCTTGGGCACCCACATGAACATACACACAA  500

seq1  ACACGTACACACATACACACACCACATAAATAATTAACAAAAATAAATCT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACGTACACACATACACACACCACATAAATAATTAACAAAAATAAATCT  550

seq1  TAGTAAGACCTTTTAATCTTTATCTCTATTGTGAATATTTTATGAATACT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGTAAGACCTTTTAATCTTTATCTCTATTGTGAATATTTTATGAATACT  600

seq1  TGTCACCTTTTAATAGCACTAAATCTCCCTAGACTACCAAGGAACCCATA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCACCTTTTAATAGCACTAAATCTCCCTAGACTACCAAGGAACCCATA  650

seq1  AAGCTGGTAATATGTAAATATGTATATGTGCATATATGTGCATATATAAA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCTGGTAATATGTAAATATGTATATGTGCATATATGTGCATATATAAA  700

seq1  ATTATCTACATAATAATACACATATCCTATATTTAATCAGATAAGTTAGA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTATCTACATAATAATACACATATCCTATATTTAATCAGATAAGTTAGA  750

seq1  CCTTTTTGTTGTTATATATGTATGTGATATATATATATATATCACAGGAT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTTTTGTTGTTATATATGTATGTGATATATATATATATATCACAGGAT  800

seq1  T-TAAT-ATTTTAATCATTTTAAGCACATGC-TTCATCGGCATTAA-GTA  846
      | |||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||
seq2  TGTAATAATTTTAATCATTTTAAGCACATGCTTTCATCGGCATTAAGGTA  850

seq1  GATTTGCA-TTTTTTGCAAATGATCAGCAACACCCATC-TTCAG-AAATT  893
      |  ||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||
seq2  GGATTGCATTTTTTTGCAAATGATCAGCAACACCCATCTTTCAGAAAATT  900

seq1  TCTCATTGCCCCTAACTGTTACCTATTGAACAACCCCCAGCTTCTCTGTC  943
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCATTGCCCCTAACTGTTACCTATTGAACAACCCCCAGCTTCTCTGTC  950

seq1  CTTTTATTCCTAGGTTGCTCTTGTAACTAAGATCACTGATTATTCTACAA  993
      |||||| ||||||||||||||||  ||| ||||||||||||| |||||||
seq2  CTTTTA-TCCTAGGTTGCTCTTGGTACT-AGATCACTGATTA-TCTACAA  997

seq1  CTCTGGGTATCTATCTGACAGACAAGTAATCGTTCTATAGTTTCCCTTCT  1043
      ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||| ||||||
seq2  CTCTGGGTATCTATCTGACAGAC-AGTAATCGTTCTAT-GTTT-CCTTCT  1044

seq1  -GTGACTGGCTTACTTCACTTAGCACAACG-ACTTCAATGCCACCGTGCT  1091
       ||||||||||||||   |||||  ||||| ||| ||  |||||||||||
seq2  GGTGACTGGCTTACT--CCTTAGACCAACGAACTCCATGGCCACCGTGCT  1092

seq1  GCAGTAGGCACCAGAATG  1109
      ||| || |||||||||||
seq2  GCAATA-GCACCAGAATG  1109