BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-022K22
Chromosome2 (Build37)
Map Location 52,545,419 - 52,710,276
singlet/doubletdoublet
Overlap geneStam2
Upstream geneLOC433426, Ppia-ps2_635.1, Rbm43, LOC100041634, Nmi, Tnfaip6, Rif1, Neb, LOC100041670, Arl5a, Cacnb4, OTTMUSG00000012638
Downstream geneFmnl2, Prpf40a, Arl6ip6, LOC666872, LOC666876, LOC207933
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-022K22.bB6Ng01-022K22.g
ACCDH854822DH854823
length1,1071,033
definitionDH854822|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-022K22, 5' end.DH854823|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-022K22, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(52,545,419 - 52,546,524)(52,709,255 - 52,710,276)
sequence
gaattctttaaaatttactttcatttgatgtgcactggtgttttgcctgg
atgtatgtctgtgtgaaggtgtcagatcccttgaaactggagccatacag
ttctgatcttccatgtgggtgctgggaattgaacctgagtacgcttaacc
actgagccatctctccagcctgacaaactgaattttaagatgtatcatag
atcaaatagctttaggccaagtaaaattaaattctataaaaaatttagaa
tgttaaaatgtgagctagtgaaatagctcacactataaaagcccttgctg
ccagggctgcggaactgagttccaggtcctggacctacacactggaagaa
ctaactccccaaagttttcatctgacctctacatctccttccaaacacac
acacaaagtgcaataaaaattgtaactagatgccaataagcaatcatgtg
gataagaggatacaggccctggaatgtaccaagtcttggctaagtttagt
ttcaattttcatttcagataaattatgtgcctgtgccaaggaatacaact
aaaatatggctctgagttttgaagtcttccacagacctatgcgggctcaa
acctacccaacagcaagctggcagatgaattggtagataagatctttaat
tttcacccatgaagcaaaatagccactcaaagatgttatctttctaagcc
cttgggattttacccttcatggtcacaaaattactgctttctctcctggc
atggactctgctaagccaaagcttcttgttttaacctttcttctttcttc
ttaggaagaccaccccagacctcttacctaaatctcattgggtcaaaaac
aatacacatggtcacctctggcagcaaaggagtctgggaaggcaactccc
ttttgtttactgactctatacagaataattaaaatgaggtagctggctga
aaatgcatattaaataagcaaattataccgtccactacagataagggaag
aaggaaaagcatcagcaagtgggaagtgcttggaacataattaccagaag
gccttcaagccagcatttattggggccagcgaccattatgggctgtccat
ttaactc
gaattctcagaggcccacctgcctctggcttctgagtcatgtgggattaa
agaagtatcccaccacacccacccattctgttttaattgaataatttaat
taaatttatgtattttaatgtctgttgttattgttgtatctgacagggct
cactagatatgccaaactagcctagaacttgctatatgaaccagataacc
ttaaatttatggcgtctttctccctctgcctactaagggctgggattgca
ggtgagtgtcatcatgcccagctttagctttattttgttaatatagattt
gtaaattaaaatatatcatgaagagaacacatgaaagctactttaaaata
gctaagatattaaataggcatgtttctgctggaatcaaagcatgcaggtg
attataaatcattggcaaaggaggaaagagatgagaggcgggctttgaat
gggctttcaagtatgagtgtgtaccccccccccacacacacacacaccag
tcagtttcaaggcgactgaatttggtgaagactgttactggctactgtga
gggttattcttggtggccaacttgactagatctggaatcaactaagtgat
acgcctctaggcgcacttgtgaggatttccttgattgaacatgttctttg
cagtggcataacccaccatgaaatatggatagcattccttccagagacag
ccagataaagggtctgagacaaaagcttagctttttacctgcttgtcgtc
ctgctgcctccctcccttactgtccagttcagctatttgtggctgcttgg
gcttctgctgctgttattcttcgctgacctcagaacccatcttcttcagc
cttccaaaatgaactgaagcccagtggctctccaggaatcttctttaggg
cctggaatctagaccttcagcacccccactgggacagctgaggcccagcc
tgagagctgagctaccagatctgtatatgaagacaggcacggtgtgttta
aaaacttactgcaagccaatctaataaaccccc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr2_52545419_52546524
seq2: B6Ng01-022K22.b_42_1148

seq1  GAATTCTTTAAAATTTACTTTCATTTGATGTGCACTGGTGTTTTGCCTGG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTTTAAAATTTACTTTCATTTGATGTGCACTGGTGTTTTGCCTGG  50

seq1  ATGTATGTCTGTGTGAAGGTGTCAGATCCCTTGAAACTGGAGCCATACAG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTATGTCTGTGTGAAGGTGTCAGATCCCTTGAAACTGGAGCCATACAG  100

seq1  TTCTGATCTTCCATGTGGGTGCTGGGAATTGAACCTGAGTACGCTTAACC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTGATCTTCCATGTGGGTGCTGGGAATTGAACCTGAGTACGCTTAACC  150

seq1  ACTGAGCCATCTCTCCAGCCTGACAAACTGAATTTTAAGATGTATCATAG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGAGCCATCTCTCCAGCCTGACAAACTGAATTTTAAGATGTATCATAG  200

seq1  ATCAAATAGCTTTAGGCCAAGTAAAATTAAATTCTATAAAAAATTTAGAA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCAAATAGCTTTAGGCCAAGTAAAATTAAATTCTATAAAAAATTTAGAA  250

seq1  TGTTAAAATGTGAGCTAGTGAAATAGCTCACACTATAAAAGCCCTTGCTG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTAAAATGTGAGCTAGTGAAATAGCTCACACTATAAAAGCCCTTGCTG  300

seq1  CCAGGGCTGCGGAACTGAGTTCCAGGTCCTGGACCTACACACTGGAAGAA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGGGCTGCGGAACTGAGTTCCAGGTCCTGGACCTACACACTGGAAGAA  350

seq1  CTAACTCCCCAAAGTTTTCATCTGACCTCTACATCTCCTTCCAAACACAC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAACTCCCCAAAGTTTTCATCTGACCTCTACATCTCCTTCCAAACACAC  400

seq1  ACACAAAGTGCAATAAAAATTGTAACTAGATGCCAATAAGCAATCATGTG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACAAAGTGCAATAAAAATTGTAACTAGATGCCAATAAGCAATCATGTG  450

seq1  GATAAGAGGATACAGGCCCTGGAATGTACCAAGTCTTGGCTAAGTTTAGT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATAAGAGGATACAGGCCCTGGAATGTACCAAGTCTTGGCTAAGTTTAGT  500

seq1  TTCAATTTTCATTTCAGATAAATTATGTGCCTGTGCCAAGGAATACAACT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCAATTTTCATTTCAGATAAATTATGTGCCTGTGCCAAGGAATACAACT  550

seq1  AAAATATGGCTCTGAGTTTTGAAGTCTTCCACAGACCTATGCGGGCTCAA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAATATGGCTCTGAGTTTTGAAGTCTTCCACAGACCTATGCGGGCTCAA  600

seq1  ACCTACCCAACAGCAAGCTGGCAGATGAATTGGTAGATAAGATCTTTAAT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTACCCAACAGCAAGCTGGCAGATGAATTGGTAGATAAGATCTTTAAT  650

seq1  TTTCACCCATGAAGCAAAATAGCCACTCAAAGATGTTATCTTTCTAAGCC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCACCCATGAAGCAAAATAGCCACTCAAAGATGTTATCTTTCTAAGCC  700

seq1  CTTGGGATTTTACCCTTCATGGTCACAAAATTACTGCTTTCTCTCCTGGC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGGGATTTTACCCTTCATGGTCACAAAATTACTGCTTTCTCTCCTGGC  750

seq1  ATGGACTCTGCTAAGCCAAAGCTTCTTGTTTTAACCTTTCTTCTTTCTTC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGACTCTGCTAAGCCAAAGCTTCTTGTTTTAACCTTTCTTCTTTCTTC  800

seq1  TTAGGAAGACCACCCCAAGACCTCTTACCTAAATCTCATTGGGTCAAAAA  850
      |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAGGAAGACCACCCC-AGACCTCTTACCTAAATCTCATTGGGTCAAAAA  849

seq1  CAATACACATGGTCACCTCTGGCAGCAAAGGAGTCTGGGAAGGCAACTCC  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAATACACATGGTCACCTCTGGCAGCAAAGGAGTCTGGGAAGGCAACTCC  899

seq1  C-TTTGTTTACTGACTTCTATACAGAATAATTAAAATGAGGTAGCTGGCT  949
      | ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTTGTTTACTGAC-TCTATACAGAATAATTAAAATGAGGTAGCTGGCT  948

seq1  GAAAATGCATATTAAATAAAGCAAATTATACCGTCCACTACAGATACAGG  999
      ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||  ||
seq2  GAAAATGCATATTAAAT-AAGCAAATTATACCGTCCACTACAGATAAGGG  997

seq1  AAG-AGAGAAAGCATCAGCAAGTGGGAAGTGCTT-GAACATAATTACAAG  1047
      ||| ||  |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||
seq2  AAGAAGGAAAAGCATCAGCAAGTGGGAAGTGCTTGGAACATAATTACCAG  1047

seq1  ATG--CTTCAAAAGCACAGCATTATTTGGGGCCAGCGA-CATTA-GGGCT  1093
      | |  ||||  |||| |||||||  ||||||||||||| ||||| |||||
seq2  AAGGCCTTC--AAGC-CAGCATTTATTGGGGCCAGCGACCATTATGGGCT  1094

seq1  GACCATTTAACTC  1106
      | |||||||||||
seq2  GTCCATTTAACTC  1107

seq1: chr2_52709255_52710276
seq2: B6Ng01-022K22.g_85_1103 (reverse)

seq1  GGGGGTTTATTAGATTGGCTTGCAGTACAGTGTTTGTATCCAACTGTGGC  50
      ||||||||||||||||||||||||||| ||| |||  | |  || ||| |
seq2  GGGGGTTTATTAGATTGGCTTGCAGTA-AGT-TTTTAAACACACCGTGCC  48

seq1  TGTCTTCATACTACAGATCTGGTAGCTCAGCTCTTCAGGCTGGGCCTCAG  100
      |||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
seq2  TGTCTTCATA-TACAGATCTGGTAGCTCAGCTC-TCAGGCTGGGCCTCAG  96

seq1  CTGTCCCAGT-GGGGTGCTGAAGGTCTAGATTCCAGGCCCTAAAGAAGAT  149
      |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTCCCAGTGGGGGTGCTGAAGGTCTAGATTCCAGGCCCTAAAGAAGAT  146

seq1  TCCTGGAGAGCCACTGGGCTTCAGTTCATTTTGGAAGGCTGAAGAAGATG  199
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTGGAGAGCCACTGGGCTTCAGTTCATTTTGGAAGGCTGAAGAAGATG  196

seq1  GGTTCTGAGGTCAGCGAAGAATAACAGCAGCAGAAGCCCAAGCAGCCACA  249
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTTCTGAGGTCAGCGAAGAATAACAGCAGCAGAAGCCCAAGCAGCCACA  246

seq1  AATAGCTGAACTGGACAGTAAGGGAGGGAGGCAGCAGGACGACAAGCAGG  299
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATAGCTGAACTGGACAGTAAGGGAGGGAGGCAGCAGGACGACAAGCAGG  296

seq1  TAAAAAGCTAAGCTTTTGTCTCAGACCCTTTATCTGGCTGTCTCTGGAAG  349
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAAAGCTAAGCTTTTGTCTCAGACCCTTTATCTGGCTGTCTCTGGAAG  346

seq1  GAATGCTATCCATATTTCATGGTGGGTTATGCCACTGCAAAGAACATGTT  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATGCTATCCATATTTCATGGTGGGTTATGCCACTGCAAAGAACATGTT  396

seq1  CAATCAAGGAAATCCTCACAAGTGCGCCTAGAGGCGTATCACTTAGTTGA  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAATCAAGGAAATCCTCACAAGTGCGCCTAGAGGCGTATCACTTAGTTGA  446

seq1  TTCCAGATCTAGTCAAGTTGGCCACCAAGAATAACCCTCACAGTAGCCAG  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCAGATCTAGTCAAGTTGGCCACCAAGAATAACCCTCACAGTAGCCAG  496

seq1  TAACAGTCTTCACCAAATTCAGTCGCCTTGAAACTGACTGGTGTGTGTGT  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAACAGTCTTCACCAAATTCAGTCGCCTTGAAACTGACTGGTGTGTGTGT  546

seq1  GTGTGGGGGGGGGGTACACACTCATACTTGAAAGCCCATTCAAAGCCCGC  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTGGGGGGGGGGTACACACTCATACTTGAAAGCCCATTCAAAGCCCGC  596

seq1  CTCTCATCTCTTTCCTCCTTTGCCAATGATTTATAATCACCTGCATGCTT  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTCATCTCTTTCCTCCTTTGCCAATGATTTATAATCACCTGCATGCTT  646

seq1  TGATTCCAGCAGAAACATGCCTATTTAATATCTTAGCTATTTTAAAGTAG  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATTCCAGCAGAAACATGCCTATTTAATATCTTAGCTATTTTAAAGTAG  696

seq1  CTTTCATGTGTTCTCTTCATGATATATTTTAATTTACAAATCTATATTAA  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTCATGTGTTCTCTTCATGATATATTTTAATTTACAAATCTATATTAA  746

seq1  CAAAATAAAGCTAAAGCTGGGCATGATGACACTCACCTGCAATCCCAGCC  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAAATAAAGCTAAAGCTGGGCATGATGACACTCACCTGCAATCCCAGCC  796

seq1  CTTAGTAGGCAGAGGGAGAAAGACGCCATAAATTTAAGGTTATCTGGTTC  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTAGTAGGCAGAGGGAGAAAGACGCCATAAATTTAAGGTTATCTGGTTC  846

seq1  ATATAGCAAGTTCTAGGCTAGTTTGGCATATCTAGTGAGCCCTGTCAGAT  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATAGCAAGTTCTAGGCTAGTTTGGCATATCTAGTGAGCCCTGTCAGAT  896

seq1  ACAACAATAACAACAGACATTAAAATACATAAATTTAATTAAATTATTCA  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAACAATAACAACAGACATTAAAATACATAAATTTAATTAAATTATTCA  946

seq1  ATTAAAACAGAATGGGTGGGTGTGGTGGGATACTTCTTTAATCCCACATG  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTAAAACAGAATGGGTGGGTGTGGTGGGATACTTCTTTAATCCCACATG  996

seq1  ACTCAGAAGCCAGAGGCAGGTGG  1022
      |||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCAGAAGCCAGAGGCAGGTGG  1019